1954年4月，中共中央任命马明方为中央副秘书长、中央组织部副部长。8月，马明方从西北大区到中央接任新职，协助中央秘书长兼中央组织部部长邓小平工作。
1955年12月28日，中央政治局根据形势发展的需要，决定成立中共中央财政贸易工作部（简称中央财贸部），马明方任部长，裴孟飞任副部长，后又增加姚依林、白潜为副部长。
中央规定中央财贸部的任务是：管理财贸部门的干部工作，检查党的决议和政策在财贸部门的执行情况，管理财贸部门党的基层组织工作，指导财贸部门政治机关的工作。
马明方坚决地执行了中央规定的四项任务，提出财贸部的干部要深人基层，熟悉情况，钻研经济工作，积累经验，加强理论和政策的学习，争取在两三年内打好工作基础的方针。经过五年的踏实工作，在政治上、思想上、组织上取得显著成绩，有力地推动了全国财贸工作的发展。
财贸部门的工作面广，同工农业生产和人民生活有密切的联系。全国财贸系统有十几万基层单位，遍布城市和农村，是财贸部门的基础力量。党的一切决议政策和财贸部门的各项工作，都要通过基层单位去实现。基层工作的好坏，直接影响整个财贸工作的好坏。因此，马明方强调各级财贸部都要把抓基层、打基础作为一项经常的重要工作，尤其要用很多的时间和精力，切实加强党的基层组织工作，充分发挥党的基层组织的战斗堡垒作用。1955年底，全国财贸部门800多万职工中，只有党员43万人，占职工总人数的5％多一点，党员的分布很不平衡，有些部门和企业中党员很少，有的甚至没有党员，多数企业中没有单独建立支部，所有支部都是执行机关支部的任务。不改变这种情况，就不能加强基层单位的工作。
1956年2月，中央财贸部召开了12省市党委财贸部部长座谈会，研究讨论了1956年至1957年几项工作的计划要点。马明方在座谈会上的总结发言中指出：加强党的基层组织的建设，是各级财贸部的首要任务。他提出：各级财贸部门必须注意从基层单位的店员、营业员、财务会计人员和知识分子中吸收一批具备入党条件的积极分子人党，经过几年努力，使党员人数达到职工人数的10％左右。在发展党员工作中，必须坚持“积极慎重”的方针，注重党员的质量，防止单纯追求数量的偏向。凡有党员三人以上的企业单位，都应单独建立党的支部；党员不足三人者，可由党员和团员组成党团小组，以便加强企业中党组织的工作。企业支部除执行一般支部的任务外，还应对行政工作加以保证和监督。他的总结发言，报经中央批准后，印发各级党委执行。
1957年2月，中央财贸部召开了第一次全国财贸部门党的基层组织工作会议。这次会议召开时，财贸部门已新发展党员十多万人，不少企业已单独建立起党的支部，实行了党委领导下的经理负责制。一部分支部经过整顿，调整了干部，加强了对经济工作的领导。马明方在这次会议的总结发言中提出：1957年财贸部门党的基层组织应当以发动群众、广泛开展增产节约运动为中心任务。为了把这个运动组织好，领导好，就必须进一步加强党的基层组织的建设，扎扎实实地打好基层组织的工作基础，切实加强党的基层组织的领导核心，坚持群众路线的工作方法。要充分发动群众揭发工作中存在的问题，特别是在商品流通、资金周转、物资保管、财务管理、农副产品收购运输等方面的浪费问题，并依靠群众，一项一项地进行整改。要坚决批判那些认为财贸部门增产节约“油水不大”、“浪费不多”等不符合实际的错误观点，发扬勤俭建国、勤俭办企业的精神。财贸部门的各项工作都要发动群众去进行，党的集体领导如果离开了群众路线，就变成形式的、空洞的、没有生气的、软弱无力的东西，甚至会犯错误。因此，在增产节约运动中，必须对党员进行一次群众路线的教育，使党员尤其是领导干部在实际工作中学会走群众路线，和群众取得密切联系，这不仅是一个理论问题，而且是加强党的建设、党的领导的一个实际问题。这次会议对于加强和改善党的基层组织工作，推动财贸部门的增产节约运动起了很大促进作用。
1958年，财贸部门党的基层工作又有了新的发展。财贸部门共有党的基层组织4万多个，党员60多万人，大多数企业单位建立起支部，许多地方对支部书记进行了训练。经过整风运动，各地普遍地进行整顿党的基层组织的工作，党员的政治思想水平有了进一步提高，党的组织进一步巩固了，党的领导作用增强了，“三参”（干部参加劳动，职工参加管理，群众参加监督）“一改”（改善经营管理）和职工代表大会、民主管理委员会等先进管理经验，普遍得到推广，一大批先进支部涌现出来，成为党的基层组织学习的榜样。中央财贸部和各省市财贸部都编印了基层组织工作经验汇编，向全国财贸部门介绍了上百个先进支部的经1959年1月，中央财贸部召开了第二次全国财贸部门党的基层组织工作会议，总结和交流了1958年财贸部门党的基层组织工作的经验，确定了今后工作的任务。马明方在会议上了总结言。他指出：这次会议的大会发言60多篇，书面发言20多篇，讲了党委对财贸工作的领导，党的基层组织工作、社会主义和共产主义教育，开展红旗运动、技术革新和改善管理制度，党的政治工作、群众工作和人民公社的财贸工作。会议上的发言，反映出各地、各方面都有许多好的经验，需要互相之间虚心地、认真地研究和学习，根据本地区、本单位的实际情况，加以采用。他提出，要继续加强党的建设，首先要加强党的基层组织的领导核心，改进支部委员会的工作。目前全国财贸部门党的基层组织，大约有半数左右领导核心较强、工作做得较好；也有近半数左右的基层组织领导还不够强，工作和组织生活还不很健全，还有大约百分之几的基层组织，领导核心还没有形成，组织涣散，工作处于落后状态。因此，有必要首先注意把党的基层组织的领导核心加强起来，要把政治坚定、干劲很足、作风好、受到群众拥护的同志，吸收到支部委员会中来，使基层组织的领导核心增加新的力量。对那些领导薄弱的单位，要抽调一批政治上强的干部充实基层，首先把支部书记配备强。怎样才算形成强有力的领导核心呢？这就是说：党的支部委员会应当逐步做到：能够坚持党的政策、方针和原则，善于按照实际情况出主意、想办法，把党的政策、方针和原则贯彻到实际工作中去，并且善于总结实践经验，不断地改进工作，提高领导水平，能够团结和组织全体党员，团结和组织积极分子和广大职工，充分发挥积极性和创造性，正确地完成各项工作任务，能够向各种错误倾向正确地进行批评和斗争，同时又能够倾听党内和职工中的各种不同意见，善于分析问题，讲清道理，不断提高党员和职工群众的思想水平。只有具有这样的领导核心，党的基层组织才有战斗力，才能充分发挥党的领导作用。我们应当争取在一定时期内，经过努力，使所有支部都达到这样的水平。会议经过集体研究讨论，制定了《关于进一步加强财贸部党的基层组织》的文件，印发各级党委财贸部参照执行。这次会对于进一步加强党的基层组织的建设有重要意义。
1960年2月，中央财贸部召开了第四次各省市自治区党委财贸部部长会议。马明方在会上提出，根据几年来财贸部门党的基层组织发展状况，1960年应当着重提高全体党员的思想水平和党的领导水平。要建立起坚强有力的通政治通业务的集体领导核心，它既要把党的政治思想工作和组织工作做好，又要把经济工作管理好，领导好。会议讨论通过了《进一步提高财贸部门党的领导水平》的文件，经中央批发各级党委执行。
1960年9月，中央决定撤销中央财贸部。经过五年来的工作，财贸部门党的基层组织工作打下了一定的基础。1956年初，财贸部门党的基层组织2.3万多个，党员43万人，到1960年9月，党的基层组织发展到7.5万多个，配备了3万多名专职支部书记，党员发展到85万人，党员的政治素质和业务水平都有很大提高，党的基层组织的领导作用加强了，并积累了一定的政治工作、群众工作和经济工作的经验，从而有力地推动了财贸工作的发展。
马明方在中央财贸部工作期间，十分重视干部管理和教育工作，提出把“培养又红又专的干部队伍”作为各级财贸部门干部工作的努力目标。
财贸部门的干部队伍是很大的。1955年底统计，全国财贸部门共有干部160万人，其中，新中国成立以前参加工作的37万，新中国成立以后参加工作、具有三年以上工作经历的100万人。从文化程度上看，具有大专程度的4万人，具有高中程度的19万人，具有初中毕业程度的70万人，初中文化以下的70万人。县科级以上干部5万人，区级干部30万人。这160万干部是财贸部门的骨干力量，在财贸战线上发挥着重要的作用，在各方面工作中积累了一定的经验。但是从工作发展的需要看，财贸系统的各级领导干部的数量还是不足的，干部的政治水平和业务水平一般还是不高的，一部分干部的政治情况和思想情况还比较复杂，干部管理制度还不健全，干部工作还落后于政治形势和经济工作发展的需要，这种状况需要逐步改变。
1956年2月，马明方在中央财贸部召开的12省市党委财贸部部长座谈会的讲话中指出：加强财贸部门的干部管理和教育工作，是各级财贸部门的一项经常重要的工作。目前干部工作的主要问题是：干部工作和政治、业务结合不够，对干部情况不熟悉，干部工作缺乏远大的目标，在提拔干部中有严重的保守思想，必须采取有效措施，迅速扭转这种落后被动的局面。他提出：必须制定干部工作的全面规划。要有两个规划，今明两年的规划和七年规划，并使这两个规划衔接起来。在制定干部规划的时候，必须切实做好调查研究工作，全面了解各部门的干部情况和今后发展的需要，使干部工作规划建立在可靠的基础上。他提出：必须积极地培养干部，大胆地、破格地提拔各方面工作中急需的德才兼备的干部。打破“资历”、“班辈”、“级别”等条条框框的束缚，从深入考察了解干部的过程中去识别干部和提拔干部。在提拔干部的时候，必须注意提拔知识分子干部特别是高级知识分子和技术专家；必须注意提拔非党干部和妇女干部；在少数民族地区要注意培养和提拔少数民族干部；在公私合营企业中要特别注意提拔优秀的店员担任领导工作。他提出：必须做好干部的教育和训练工作。切实整顿和加强现有各级各类干部学校，坚持“政治与业务相结合、理论与实际相结合，提高思想水平和业务水平”的教学方针，争取五年到七年，对区、县两级财贸部门的领导干部轮训一遍。对现有文化水平不急初中的干部应有计划地组织他们学习文化。他提出：必须加强和改进财贸系统的干部管理工作，各级党委财贸部应当根据中央关于部分分级管理干部的规定，迅速地确定各自管理干部职务名称表，经常考察干部的实际工作情况，以利正确地配备和使用干部。他提出；要做好干部管理工作，紧紧依靠党委财贸不少数人是不行的，必须加强财贸部门认识机构，组织各方面力量共同去做。这次财贸部长座谈会，讨论制定了《中央财贸不关于1956年至1957年几项工作的计划要点》，报经中央批转各级党委执行。这个计划要点基本上是正确的，各级党委财贸部的工作基本上是按这个计划要点进行的，并作出了一定的成绩。
1956年8月，中央财贸部召开了第二次各省市自治区党委财贸部部长会议，这种讨论了非党干部的使用问题、干部训练问题和财贸部门的干部管理问题。1957年2月，中央财贸部召开了第三次各省市自治区党委财贸部部长会议，马明方在会上讲话指出：一年来财贸部门干部已经发展到213万人，提拔和配备了县科级以上干部2万人，区供销社主任以上干部14万人，领导干部缺额问题已基本解决。这16万人是财贸部门干部管理工作的重点，管理干部部门要深入到实际工作中去了解干部的业务能力，思想水平，学习情况。系统地研究干部政策和工作经验，把这16万干部培养和管理好。就能带动全部做好工作。同时提出，要在增产节约运动中，发现和表扬好的干部，克服和纠正部分干部中出现出现的各种不良倾向。1958年3月，马明方在八省党委财贸部部长会议上讲话指出，在整风运动中，要从反对保守、浪费入手，对干部中揭发出来的贪污浪费、官僚主义等问题，要实事求是地严肃地批评和处理。我们的方针是治病救人，廉洁奉公，而不是把人一棍子打死。
1958年6月，马明方在全国各省市自治区党委和政府财贸部门负责人参加的广东新会现场会议上的总结讲话中提出，我们在干部工作上的长远目标，是培养又红又专的干部队伍，必须有计划地培养一支有共产主义觉悟、有文化科学知识、精通业务，能够密切联系群众的干部队伍，这是财贸部门的一项基本建设。1959年4月，马明方在中央财贸部专门召开的干部会的总结报告中指出，在整风和大跃进中，财贸干部队伍发生了重大变化，全国财贸部门精简了60万人，其中40多万调到工业、农业部门，加强工业、农业战线的工作，下放劳动锻炼的干部20万人，以后还要继续轮流下放。要注意在政治上帮助他们，给他们便利的条件进行学习，帮助他们在劳动中锻炼思想，坚定无产阶级立场，和劳动人民打成一片，建立同劳动人民的感情，这是培养干部的一个重要途径。
1960年2月，马明方在第四次各省市自治区党委财贸部部长会议上的讲话中提出，1960年财贸部门干部工作的重点，是加强干部的教育，组织干部学习，对各级领导干部要有计划地分期分批地组织他们系统地学习毛泽东著作，进一步提高干部的理论政策水平。
经过近五年的努力，在中央和各级党委的领导下，财贸部门的干部工作做出很大成绩，制定和执行了干部工作规划，确定和完善了各级党委财贸部的管理干部职务名称表，加强了干部培养和管理工作，对干部特别是各级领导干部的工作情况进行普遍地全面地考察了解。中央财贸部办了500多名高中级干部的任免手续，审批了170多名厅局级以上干部的审查结论，给边疆抽调了2400多名干部，到22个省检查了干部工作情况和干部执行党的决议和政策的情况，各级财贸部门提拔了30多万名干部，其中，县局行长以上干部5万多名，直接从工人、店员中选拔了5万多名干部，处理了10多万干部的各种问题，轮流下放劳动锻炼的干部30万名，科技人员由4000多人增加到1万多人。在全国财贸部门的149所干部学校中，轮训了35万名干部，其中，区级以上干部15万人。在进行上述工作的同时，结合日常工作，组织干部认真学习马列主义和毛泽东著作，学习党的路线、方针和政策，学会做政治工作、经济工作和群众工作，全面加强生产观点、政治观点、群众观点和全局观点，绝大多数干部在红专道路上前进了一大步。当然，干部工作中还有许多缺点，特别是在反右派斗争中，各级财贸部门错划了1000多名右派，虽然以后陆续给一些人摘帽，特别是党的十一届三中全会以后给所有错划的同志都做了改正结论，但的确伤害了一些同志，应该认真汲取教训。
马明方一贯重视政治思想工作。1956年1月3日，他在中央财贸部成立时的干部会上就提出，要努力做好政治思想工作，积累经验，推动工作。1956年陈云提出，在财贸部门的全体职工中，要树立生产观念、政治观点和群众观点。马明方完全赞成，并以此作为财贸不政治思想的基本方针。理论结合实际，他在工作做过多次重要的、深入简出的阐述。
马明方在各种会议上和外出巡视时，多次反复强调指出：马克思列宁主义政治经济学深刻地论述了社会的生产、分配、交换和消费是统一过程的各个环节，其中起决定作用的是生产。生产是根本，未有生产不发展而财贸工作很好开展的，唯有经济不发展而财政问题可以很好解决的，财贸工作必须处处从生产出发，尽一切努力促进生产的发展。生产决定分配，交换和消费，但同时，分配、交换、消费又反过来影响生产，在一定的条件和范围内有时甚至对生产起决定性影响。财贸部门的主要工作是主管交换、分配和消费的。财贸部门为生产提供资金、原料，销售产品，满足人民生活和生产的需要，因此就必须明确地树立生产观点，通过自己的经营活动，支援生产，为人民提供更多更好的商品，并从人民对消费品数量和质量的需求，反馈到生产部门，促进生产的发展和改进。那种认为财贸部门只是做调、转、运、存、挣的单纯的片面的业务观点是错误的。
马明方多次强调指出：“政治工作是经济工作的生命线”。财贸工作人员必须牢固树立政治观点，使政治经济紧密结合起来。那种只顾经济，不问政治的观点是错误的。
马明方多次指出：财贸工作是为人民服务的，财贸工作人员必须明确树立群众观点，走群众路线。财贸部门同人民生产和人民生活有直接的密切联系，必须通过自身的业务活动，积极主动地及时了解群众生产和生活上的需要，并通过自己的工作尽可能满足群众千差万别的需要，如果心里没有群众，在工作中不走群众路线，一心只想挣钱，那就会丧失社会主义财贸工作的特性，就会脱离群众，引起群众的不满。
马明方反复强调，政治工作要上柜台，要落实到日常经济活动中去；提高财贸部门的服务质量，是提高和改进财贸工作的中心环节。服务质量是一个综合指标，是政治工作、经济工作、群众工作的结合点和集中表现，是经济效益和社会效益统一的具体表现。这不仅包括服务态度、服务内容、服务方法，也包括各项经济指标和经营方式。只有良好的服务质量，才能有效地支援生产和满足人民的需要，才能使财贸工作得到发展和改善。而良好的服务质量，是无声的宣传，它能吸引群众看到社会主义的优越性，从而调动群众的积极性，团结在党的周围，为社会主义事业而共同奋斗。如果老是板着一张脸，不热情地为群众服务，不热情地做好经济工作，就自然不能得到群众的拥护和支持，社会主义的优越性也就表现不出来。这不仅是一个经济问题，也是一个政治问题。
马明方多次强调指出：财贸部门必须参与组织和安排人民生活，指导人民的消费。1958年以来，由于“大跃进”和人民公社化引起的社会经济大变动，粮食和日用工业品短缺，人民生活产生了许多困难。马明方提出，财贸部门要千方百计地组织和安排人民等生活，合理分配不足的商品，指导人民有计划地消费，勤俭持家，细水长流，反对“走后门”等不良倾向。马明方多次强调指出：财贸工作人员是经济工作人员，同时也政治工作人员，群众工作人员。在经济工作中要贯彻执行党的政策等，用马列主义、毛泽东思想的立场、方法去处理各种问题，要发扬共产主义精神，团结友爱，发奋图强，互相帮助，通力协作。要向群众耐心宣传有关政策，关心群众的疾苦，做群众的贴心人，并依靠群众，做好工作。
马明方还提出：财贸部门要积极主动地同工业、农业、交通运部门密切配合，协同动作，发扬共产主义协作精神，使工业农业的原料供应、工农业产品的收购、资金的周转、商品的运输和农副产品的加工等环节，一环扣一环地密切联系起来，形成工农商交一条龙大协作，坚决反对那种固步自封、互相扯皮、不顾全局的错误思想。
马明方多次强调指出：财贸部门要积极组织干部和职工认真学习毛泽东著作，特别是要普遍学习毛泽东《经济问题与财政高题》、《关心群众生活，注意工作方法》、《必须学会做经济工作》、《关于正确处理人民内部矛盾的问题》等著作以及党的路线方针政策以武装自己的头脑尽管在“大跃进”、人民公社化等“左”的指导思想下，马明方财贸部门的工作人员不可能不受到影响，但马明方的上述指导思想，对财贸部门的工作起了积极的作用。那个时期，财贸部门的政治工作做得很活，很有生气，有效地提高了财贸部门干部和职工的思想水平。今天看来，马明方的上述观点，也是完全正确的。
1956年开始，全国财贸部门开展了先进工作者运动，财贸部门的各行各业都涌现了一批先进工作者。1957年2月，马明方在中央财贸部召开的第三次各省市自治区党委财贸部部长会议上的讲话中指出：去年开展的先进工作者运动是有成绩的。缺点是先进工作者的标准偏低，有些单位把只完成了一般任务的职工也评为先进工作者，有些单位先进工作者占职工总数的百分之五十、六十，这就降低了先进工作者的作用。他提出，先进工作者应当是在工作中做出突出优异成绩或有重大贡献，为群众公认的标兵。抓典型、树标兵是一个很好的领导方法，应该继续推广。
1958年，许多地方开展了红旗竞赛运动。北京市商业部门首先抓住了天桥百货商店这个典型，总结经验，加以推广，迅速在全国开展了学习天桥百货商店经验的群众运动。马明方亲自视察了北京天桥百货商店，称赞它几个主要方面的工作都做得好。1958年3月，马明方在八省党委财贸部部长会议上的讲话中说，大家参观了北京天桥百货商店和马连道仓库等先进单位，深受感动。现在很多地方财贸部门都发现了先进单位和先进地区，如湖北的麻城县、蕲春县，河北的徐水县、亮甲台信用社，山东冠县的信用社，四川的江油县，湖南的衡阳县，都做出了突出的成绩。各级财贸部门都应抓典型，树标兵，开展红旗竞赛运动，推动财贸工作的发展。1958年，中央财贸部从推广北京天桥百货商店、湖北省的麻城、蕲春的先进经验开始，先后召开了天津、双城、汉口、江油、衡阳等地的现场会议，总结和推广了财贸工作的先进经验。马明方根据毛泽东的指示，在广东新会县召开了更大规模的现场会，介绍和总结了新会县财贸部门的先进经验。新会县的财贸部门1958年1月至4月，挖掘40万担肥料支援生产，银行帮助农业社安排资金，粮食局积极解决猪饲料，供销社积极收购农副产品，并帮助农户解决了38万头猪的饲料，商业部门积极解决工业原材料，组织农业社用稻草作原料增产草纸，生产砖瓦，种植药材，增产瓜子、莲子、草菇、茶叶，上门收购，满足市场需要。同时组织200多个货郎队、2000多人下乡流动售货，组织小商贩回收废品，加工利用，全县计划利用280多种，价值相当于1亿斤稻谷。各地还设立了美化家庭服务组，帮助居民清理废品，美化家庭。财贸部门成为生产上的得力助手，人民生活的组织者。马明方在新会现场会议的讲话中指出，新会县的经验是农村财贸工作的方向，为财贸部门树立了旗帜。旗帜是经过干部和群众正确地进行了工作之后建立的，而不是任何人强加于某个单位和地区的。旗帜出现之后，要抓住它，培养它，把它放在显著的地位，作为学习的榜样。
1959年6月，马明方亲自主持起草了题为《论目前财贸战线的红旗运动》的文章，送《红旗》杂志发表。文中指出：去年财贸战线上展开的红旗运动，是一个群众性的社会主义竞赛运动，各地都涌现出大批先进单结合的标志。越是开展红旗运动，工作就越要做得深入、细致、踏实。必须防止和克服那种满足于轰轰烈烈华而不实的倾向。红旗运动是先进带动落后、落后赶上先进、先进更先进的活动，是互相学习，共同提高的一种组织形式。开展红旗运动的目的，是总结和推广先进经验，推动财贸工作的发展，必须注意在政治和经济上带来实际效果。一定要防止形式主义、锦标主义，搞花架子，过分渲染和铺张浪费等现象。给先进单位以红旗单位的称号，为的是鼓励后进学先进。绝不允许对那些工作不是先进的单位给以白旗、黄旗、黑旗的符号，否则就会打击一大片，挫伤大多数人的积极性，就会脱离群众。
1959年11月2日和24日，马明方先后出席了全国财贸部门群英大会和全国金融工作先进集体和先进工作者经验交流大会，并在两个会上作了讲话。他一再提出，在继续发动群众的基础上，使红旗运动的政治内容和经济内容更加丰富，群众运动更加宏伟，使红旗竞赛运动成为群众的自觉活动。
1960年2月，马明方在第四次各省市自治区党委财贸部部长会议的总结发言中指出：五年来，全国财贸部门涌现出了大批红旗单位和近百万个先进工作者，他们是财贸战线的先头部队，联系着千百万群众，起着团结、教育和组织群众的重要作用，对不断提高财贸工作的水平有深远的影响。
马明方在中央财贸部工作期间，勤勤恳恳，实实在在，坚决执行中央的决定，一步一个脚印。他对中央财贸部的同志，热心爱护和关怀，经常教育大家，深入实际，深入基层，调查研究，总结经验，努力学习政治，学习业务，苦练基本功，把工作、学习、写作紧密结合起来。对某些同志的不健康思想和行为提出诚恳的批评。他在“大跃进”中虽然也说过一些过头话，但从总的方面来看，他是反对浮夸，力主实事求是的；在反右派斗争的大气候下，他在中央财贸部也将一个同志错划为右派，对三个同志给了错误的处分。在反右倾斗争中，他只做了传达，没有在部里开展反右倾运动。他在工作中也有缺点，多次在于部会上作了自我批评。大家都认为他是说老实话、做老实事、当老实人的忠厚长者。