马明方从新疆回延安后，任中共中央西北局副书记，1948年12月后又兼任中共晋南工委书记。
新中国成立后，1949年底，中央人民政府主席毛泽东任命马明方为陕西省人民政府主席，中央军委任命他为陕西军区第一政治委员。1950年1月，中共中央任命马明方为中共陕西省委书记。
1950年1月陕西全省解放。当时的形势是一方面人心振奋。群情沸腾；另一方面却是疮痍满目，百废待兴，摆在省委、省政府面前的任务复杂而艰巨。老革命根据地惨遭战争创伤，元气尚未恢复；新解放区曾为国民党长期包围陕甘宁边区的基地，历遭横征暴敛之苦，民不聊生。加之，扶眉战役后，敌人逃跑时，更是到处抢劫掳掠，咸阳以西，秦岭之南，兵连祸结。国民党反动残渣余孽、土匪、特务，流窜关中、陕南和榆林部分地区，继续作乱危害人民；许多地区又相继发生水、旱、霜、雹等自然灾害。
1950年1月10日，马明方在陕西省人民政府成立典礼会上就职讲话时说：摆在我们面前的是医好战争创伤，整理财政金融，恢复发展产，进行农村各项民主改革，这些任务是颇为繁重而紧迫的。
1950年10月至1951年5月，在关中和榆林专区的部分地区，共700万人口的农村胜利地完成了土地改革；1952年春，陕南500万人口的地区，在反霸减租、清债等一系列发动群众工作的基础上，也完成了土地改革。
早在1950年3月23日的省委会议上，马明方便提出要学习有关土改的政策，“赶土改时打好一个初步基础”。5月8日省委又专题讨论了土改的准备工作，他说：我们的准备有两个方面，一个是政策，一个是干部，这两个方面，无论哪一个方面准备不好，都会使工作受到损失。只政策准备得好，干部训练不好，形不成骨干，还是贯彻不下去的。他还要求当时即将开展的整风运动要为土改“组织一批力量”，并提出以关中为主连同陕南、榆械，选择四个乡进行土改试点。
土地改革开始后，马明方密切注意运动中的新情况、新问题，进行具体研究和指导。1950年12月，他在省土改委员会和渭南专区土改委员会召开的会议上，听取了下乡参加土改干部的汇报和讨论，发现了比较严重而带普遍性的问题（这时候第一期土改在关中的三分之一地区，800个乡，200万人口中开始不久），撰写了《论土改中群众工作的两种立场和两套作法》一文，发表于《群众日报》，以防止萌芽状态的偏差影响整个运动的开展。文中赞扬了这样一种做法：用农民所熟悉并迫切要求解决的问题来解释和说明土改政策。把宣传解释工作和发动群众、进行反对恶霸地主、土匪特务、一贯道反动会道门等一系列工作结合起来。其结果是农会得到整顿，积极分子和于部得到培养，领导核心和农民队伍大体形了。对照之下，他批评了另一种做法，即：从文件和主观愿望出发，包办代替的形式主义的工作方法，空洞的会议，滔滔不绝地背诵土改文件，冗长而轮番的讲话，不着边际的计划等等。他指出：用这种方法宣传政策、召开会议、整顿组织以及进行其他有关土改的各项工作时，不能起组织和动员群众的作用，干部的语言总是不能被群众理解和接受，群众感到我们说空话，不能解决问题。马明方的文章对第一期土改的健康发展起了重要指导作用。
关中地区土地改革运动能否健康发展对各方面的工作关系极大，对当时巩固政权，解放生产力，具有举足轻重的意义。马明方对此付出极大精力。当时参加土改的人员，90％是新干部，缺乏经验。为了稳步前进，各县以乡为单位，分三期进行。省、地、县机关领导人大部分派赴第一期第一线工作。马明方身兼党政主要领导职务，接见来访，听取汇报，具体指导，夜以继日。1951年初，土改运动与镇压反革命运动、抗美援朝等工作同时进行，人少事繁。1月间各地第一期土改相继结束，2月1日马明方主持召开了省委扩大会议，进行总结并布置了二三期的工作。同年5月，关中地区土改全部结束。马明方广泛研究了有关资料，并移居药王洞，关门一星期，写出了《关中地区土地改革总结和土地改革后的农村工作任务》一文，为即将在陕南地区开展土地改革提供了领导经验。马明方在文中列举了大量事实，再次批评了一度在各界人士和部门干部中出现过的“大势所趋论”和单纯经济利益的错误观点。指出：关中虽然地主占有土地不多，但地租、高利贷及其他强横霸占、额外勒索等超经济剥削的总和便夺去农户劳动所得的70—80％。经过土改的地区，有326万余、占总人口51%的农民，在土地、粮食、废除债务等方面获得了利益。农民积极性高涨，从各方面向地主阶级进行了反复的斗争，收缴了反动武装枪支1.3万余件。实践证明，不推翻地主阶级的压迫，农民是不能翻身的，而且只有经过实际斗争，农民觉悟才能大大提高。单纯经济观点和“大势所趋论”认为地主规规矩矩听从土改，显然是没有根据的。
同年9月26日，马明方会见西北大区机关下乡参加土改归来的干部，并即席讲话。他说：解放后到土改前，农民解除了国民党官僚机构的压迫，负担合理并获得了减租的利益，生产情绪和政治热情有了不少提高，但那还是有限的，而土改带来的变化则巨大得不可比拟。不论是在生产还是在镇反、抗美援朝、参军、学习政治文化和参加政权建设等方面，都有显著的积极表现。例如参军运动，有的县三五天就集中一两千人；好多地方麦田大部分是妇女锄的；积极分子大量涌现；农村政权普遍得到改造。这些都是空前未有的，充分证明了只有经过土地改革，才能巩固人民革命的胜利，才能解放农村生产力，达到发展农业生产，为中国的工业化开辟道路的目标。
他分析关中地区取得土改胜利的一些有利条件时说：关中地主虽然少一些，但也有18.5万多人。要消灭这样一个阶级，革掉一个因袭数千年的旧制度，决不是个别领导单位或某几个单位或业务部门所能做到的，必须在党的统一领导下，动员成千上万的干部去发动广大群众才能完成。关中土改之所以能够胜利完成，就是因为做到了集中全力这一条。省委的部长、省府的厅长，经常有十来个人在下面具体指导。各机关也抽派许多干部参加，专区及县级工作人员，下得更彻底一些。西北大区也派了不少干部。总之，共组织了1.3万余人的土改干部队伍，这是土改胜利的重要条件。马明方还回顾了历史的教训。他说：过去老区某些地方土改以后农民生产劲头不大（指解放战争开始以后的某些地方的土改——作者），是因为运动中伤害了自己人。关中土改成功的地方就是记取了这个教训。无论是在划阶级中和斗争中，都没有伤群众的元气，而是发扬了农民的积极性。关中土改中和土改后的一个显著事实，就是农民生产情绪直线高涨。
1949年的灾害蔓延到1950年。这一年春季一开始，全省各地便程度不同地出现了灾荒。其中一部分是战争造成的，所以救灾工作也是医治战争创伤的一个方面。当时在宝鸡、咸阳一带都出现了严重灾荒；榆林一带也有灾情；陕南灾情更加宽泛，个别地方出现了病饿死亡的严重情况。紫阳、岚皋等巴山地区，股匪猖獗，抢劫财物、杀害区乡干部，更加重了人民的困难。
马明方1950年7月在西北军政委员会第二次会议上汇报说：陕西省人民政府成立后，首先遇到全省范围内较为严重的灾荒问题。今春全省灾民约70余万人，缺粮户约216.4万多人，这个情况要求我们必须明确规定“以生产救灾为中心”的工作方针。
马明方在各地新的灾情陆续露头时，就当机立断，确定了工作的中心。2月20日，在来不及由省委研究的情况下，他便将这一方针直接批示中共宝鸡地委，要求把工作转移到生产救灾上来。同日，省委接受马明方的意见，作出《关于当前中心工作的指示》。指出：全省境内除了匪情较严重的某些地区（如陕南巴山附近某些地区）仍应着重剿匪肃特等工作外，其他各地均须立即将自己的工作转入以生产救灾为中心，适当地结合反霸、剿匪、治安等项工作。将生产救灾这一工作和其他工作并列对待或将这一工作置于次要地位都是错误的。
指示还要求：各级党委必须动员所有力量发动与组织群众进行生产救灾。一切为春季生产所急需的物力都投入生产和再生产中去；要修整水地，修补田垅，防治虫害，组织各种副业生产；宣传生产致富、畅通农村借贷和土改中坚决不动中农等项政策。在生产救灾中，应有机地配合以反霸、剿匪、肃特等工作，并使这些工作有助于生产救灾的进行。
马明方在西北军政委员会第二次会议上汇报时还说：我们将生产与救灾统一起来，尽一切可能把灾民组织到生产中去，为了完成这个任务，就必须首先贯彻人民政府在农村中生产致富的各项政策，例如借贷、雇佣等政策。当这些政策逐渐下达以后，农村的借贷关系活跃了，又配合以救济粮、农业贷款、收购土产山货等工作，灾荒基本上获得了解决。
全省经过五个月紧张的生产救灾活动，基本上渡过了农荒，群众生产情绪相当旺盛。据当时关中32个县的统计，锄过的麦田占87％。20个县中扩大棉田30万亩，翻耕两次，施肥充足。政府和农民同心协力扩大水地面积，仅洛惠渠就扩大灌溉10万亩，陕南之汉、褒、滑渠都积极进行整修。当年夏天又久旱不雨，威胁棉苗生长和秋田播种，省政府立即发放小型水利贷款好几百亿元（当时币值，等于现在好几百万元），在关中宜井灌区修水井6万眼。当年全省共扩大灌溉面积30余万亩。
生产实践充分证明，省委春季“以生产救灾为中心”的方针是完全正确的。
马明方说：我们五个月来在政治上和经济上最有意义的一件事，是我们人民政府的各项政策在生产的实践中最广泛而深刻地被群众所认识的一次，也是各级人民政府和广大群众最广泛地通气的一次。
马明方总是围绕着是否有利于发展生产这项基础建设问题，部署工作。至国民经济恢复时期，生产还是以农业生产为主的。早在解放战争期间，他在一次延安地区所属县委书记会上就说过：在战争期间一切为战争的胜利，生产也是为了战争的胜利，要利用一切可能抓紧生产、支援前线；但打仗终究会结束的，生产却不能停顿，没有生产，就没有一切。
当灾荒出现时，他也是这样考虑生产问题的。当关中土地改革大大激发了农民的积极性时，他非常高兴，为“解放农村生产力，达到发展农业生产，为中国的工业化开辟道路”大唱赞歌。
1951年7月13日省委会上讨论工业投资问题时，马明方说：在1951、1952、1953三年内，我们的主要力量要用在农业生产建设上。他对以农业为基础的指导思想是清楚的。
全省1950年至1952年三年中粮食每年递增7—9％，棉花增加一倍左右，农副业生产每年增加收入20％左右，大小牲畜也均恢复到战前水平。
1950年和1951年年终时，都召开了全省农业生产会议，总结当年经验，部署下一年的工作。马明方分别在两次会议上做了总结报告。他在第一次总结报告中进一步阐述，搞好农业生产是发展经济，改变农村经济面貌最重要的一环。他指出：革命的目的就是为了解放生产力，生产的目的则是为了满足人民群众物质生活和精神生活的需要。劳动生产这件事，永远和太阳一样的光明，伟大而长久存在。同时指出：土改和农村中的许多工作，如果脱离生产这个目的，就会违背马克思列宁主义关于“劳动创造价值”、“劳动创造世界”的伟大真理，就会脱离群众。他批评了一些同志把征粮、土改看做硬任务，把领导生产看做软任务的错误观点。指出：谁能不吃饭？农业生产是基础，是命脉，任何时候都不能丝毫放松。
他在两次总结报告中都论述了科学技术与生产的关系，指出：提高农业生产中的科学技术水平是增加生产的重要条件。生产促进科技的发展，科技带来生产的繁荣，由于科技方面的知识不足，使我们在发展农业方面受到很多限制。因此，具有科学技术的专门人才是很宝贵的，一定要爱护他们，培养他们。他还指出，科学技术部门必须和生产部门、行政部门相结合。科学技术与生产结合起来，才能发挥作用，行政部门是这种结合的枢纽，行政部门若不重视这种结合，不组织这种结合，不给这种结合以积极支持，就是失职行为；如果三者分割开来，科学技术就会变成没有用处的东西或者用处很小。他列举了有些地方有了化肥但不会使用或使用不当，从而产生了不良后果；由于群众不知道如何选择适宜的土壤、肥料，优良品种变得无用；农民不懂如何防治病虫害而受到损失等具体事例，反复说明这个问题。他要求：已经掌握的那些技术和科学知识，如选种、施肥、修整水利、灌溉、防治和消灭病虫害等，必须在1952年的群众性生产运动中有组织地认真谨慎地加以推广。希望科技人员到生产第一线中发挥他们的才智，为生产服务，为人民服务；同时也要教育农民和科技人员在生产实践的大课堂中不断进步、不断取得新的成果，推动生产的增长。他号召行政人员努力学习科学技术知识，争取在三五年内变为具有初步专门科学知识和技术的干部。他指出，不要总是固守老一套，不然就不能领导生产，我们的工作就无法前进。
马明方在两次农业生产会议上都谈到了互助合作问题。他说，互助合作、变工组织的目的，就是要把劳力、农具、畜力使用得更加合理，把剩余的一部分劳动力更合理地组织到副业生产以及和农业生产有密切联系的供销工作上去。劳动互助、变工组织，应该按照自愿两利的原则，采取亲帮亲、邻帮邻的办法，有重点去建立。陕南群众中原有“唐将班子”组织和习惯，可适当推广并注意提高。应提倡自愿的小型变工组织。他指出：关中有些地方，几十人甚至全村集体耕种、锄耘、运粪，都因浪费人力、做法粗糙、贻误农时，不适于分散的小农经济这个具体情况而失败了。在第二次农业生产会议上，针对当时陕北老区已出现少数较高级的农业合作组织的情况，他指出：农业合作组织必须建立在自愿互利、记工算账、民主管理、土地财产为个人私有的基础上。并提出：必须反对农业社会主义、反对强迫命令与形式主义，因为这些都是起着阻碍和破坏生产的作用。
他在会上还强调了物资周转和组织农村供销合作社问题。他说：全省除了商品粮的推销外，棉花和200余种农副土产品中，农民直接消费后所需要作为商品推销的价值，可折合小麦28亿斤。这在农村经济中显然占一个重要地位。农村中的供销工作是刺激生产、活跃农村经济、沟通城乡关系的一个极为重要的环节。他说：各专业公司应大力经营，并组织私商、吸收游资，协力进行，商业机关给以业务方针指导。他指出：要组织农村供销合作社，有效地推销各种农产品，供给农民生产和生活必需品。
全省供销合作社发展得很快，到1953年，乡乡建立起供销合作社，有的大村庄也建立这种组织，便利了群众，为广大农民所欢迎。
国民党军队自关中、陕南溃退时，潜伏了许多特务、反动武装，号称“十万地下军”。他们与惯匪、帮会反动分子等勾结，进行公开破坏和隐蔽斗争，不断摧残基层政权和当地群众；榆林有一股反动武装，出没于蒙汉边界，猖狂一时。1950年3月以前，经过剿抚兼施，发动群众等工作，大部土匪被消灭或被粉碎，但仍有一部分不甘心失败、灭亡，继续骚扰破坏。
9月7日，马明方在省委会上说：9、10两个月是我们剿匪的重要时期，要集中力量搞。他分析：匪特猖狂的原因，一是我们的军队参加生产的较多；一是政治上疏忽麻木，思想准备不够。他指出：现在土匪有组织有经验了，而我们的工作上还有漏洞。他宣布了在秦岭西部，组成剿匪联合指挥部，以宝鸡军分区副司令员董策丞为指挥部党委书记，周至、眉县、宝鸡三县县委书记为委员。
10月1日国庆节时，马明方发表了《克服麻痹思想》一文，指出：我们同志中存在着一种不可容忍的麻痹疏忽，对敌人不加警惕的现象。他说：扶风、岐山、眉县劫狱案件的先后发生，零星匪特公开和秘密的活动，地主、恶霸、流氓、一贯道的造谣欺骗，某些地方国家和人民的财产被抢劫，干部和群众中的积极分子被杀害，这些不幸事件的出现，其中一个最重要的原因，就是因为我们丧失了对敌人的警惕，满足于已经取得的胜利，而忽视了零散潜藏敌特的活动。就是因为我们某些人的头脑中滋长着太平观点、享乐思想和骄傲情绪。
10月20日，省委又一次听取汇报并讨论了镇压反革命活动的问题。马明方指出：敌人是有联系有领导有组织的，他们隐蔽活动和公开破坏互相配合，在社会上利用一些落后的团体、会道门为掩护；还与一些反动的旧军人、恶霸、地主、流氓取得联系，进行破坏。因此解决这个问题，就不是简单的事情，需要我们把各种办法配合在一起，做艰苦的工作。要警惕、要细致，使大家的头脑清醒起来。战争结束后，在关中这样一些地方出现这个问题是很自然的，因为这里曾经是胡宗南的反革命基地。我们的问题是思想、政治上失去警惕性；群众没有系统地发动起来，仅仅是点点滴滴。所以我们这次土改，应将力量集中在关中。目前要继续熟悉敌人的隐蔽活动，研究重大案件，加强内外侦察。对阴谋破坏活动、政治案件的处理是首要的。但不要打草惊蛇。对一些没有查清的案件，尽量达到与土改结合进行。目前对土匪，仍在清剿中，对逃匪要彻底追击消灭。这一工作做不好，群众工作也难得做好；当然，做不好群众工作，也难使剿匪工作顺利进行。
从1949年下半年至1950年底，全省境内的收编、收缴和清剿，消灭反动武装合计3万多人，破获潜伏特务暴动案108起，逮捕特务分子千余名，并缴获了大批武器弹药、电台、文件等，管制和判处匪特反革命分子8000多名，登记国民党党团骨干分子1.1万多名，对一贯道反动会道门也进行了取缔工作，社会秩序逐步趋于安定。
整风
1950年3月，中共中央西北局第一书记、西北军政委员会主席彭德怀号召厉行廉洁朴素的作风，反对贪污浪费等不良倾向。中共陕西省委立即响应并作出具体部署，取得了一定的成绩。同年5月，中共中央和西北局指示开展反官僚主义、命令主义的斗争。陕西省在反不良倾向的基础上，进一步深入开展反官僚主义的斗争。马明方在中共陕西省委和西北军政委员会会议上，对反对官僚主义、命令主义和违法乱纪等问题，作过多次指示和讲话。他首先指出：进城以来，在国内和平环境中，官僚主义、命令主义等现象，在我们的一些领导机关和领导同志中滋长起来了，正在败坏党的声誉，败坏党的事业，腐蚀干部思想，损害人民的利益，成为当前工作中最大的危险。官僚主义的表现形式是多种多样的，最主要的是脱离实际，脱离群众，缺乏实事求是的精神，做官当老爷，高高在上，不愿再做艰苦的组织工作。官僚主义的膨胀，又掩护和帮助了命令主义的违法乱纪的蔓延。使之得不到及时发现和及时制止。官僚主义是旧社会给我们遗留下来的一个毒瘤，如果不果断地施行“手术”，必将置我们于死地。他号召从上到下普遍开展反官僚主义的斗争，揭露它，“割除”它，以保护我们健康的肌体。步骤是从检查当前工作入手，看哪些工作做得好，哪些工作没有做好，哪些工作做坏了，分析其原因，找出解决的办法。方法是抓重点，抓大案、要案，领导与群众相结合，自上而下和自下而上地开展批评与自我批评，彻底“脱裤子”，不遮丑，不掩饰，不护短。方针是“惩前毖后，治病救人”，严守法纪，明辨是非。对那些腐败分子，不可救药的分子，坚决拉下来，并给以应得的处分，不如此，就不能教育干部，挽救干部。在进行反官僚主义的斗争中，必须和当前工作紧密结合起来，并使之成为推动我们各项工作前进的动力，如果孤立地进行反官僚主义而丢掉当前工作，本身就是官僚主义。一切党员和干部都应投身于这场斗争，不能自以为没有问题而袖手旁观。同时指出，反官僚主义是一项长期的斗争，要进行长期的教育，经常地检查，但在一定时期，又要集中地进行检查，以免养痈遗患。从1950年至1953年，全省进行过两次大规模的检查，揭发和解决了许多问题。马明方曾几次到基层单位检查，并带头进行自我批评，主动承担了应负的领导责任，给大家树立了榜样。他强调指出：实事求是和密切联系群众是整顿的主要内容，反对放空炮，空对空，雷声大，雨点小。必须以解决实际问题，推进工作，改进作风为验收的标准。
整党
1951年7月4日，马明方在陕西省第一次组织工作会议上就整党问题讲了话。这次会议传达了中共中央召开的第一次全国组织工作会议关于整党的决议和刘少奇的报告。马明方说：中央的会议是第一次全国范围的有系统的进行整顿和建设我们党的会议，我们必须稳妥地以最好的成效来完成这个工作。
在此前后，马明方曾多次指出：陕西党组织有两个薄弱环节，一是民主生活不够，一是党员思想政治水平不高。他说：我们的许多会议，缺乏充分的准备，认真的讨论，往往流于形式，缺乏生气，没有很好的结果，从根本上说，是和民主生活不正常分不开的。我们应特别注意党内的民主生活，党委会和常委会议要成为我们的经常制度，必须加强党委制、开展批评与自我批评。
他说：刘少奇同志报告中讲的和大家讨论中提到的问题，不是现在才有的，原来就有类似的问题和缺点。我们党员中还有一种不求进步的倾向，说什么“三十亩地一头牛，老婆娃娃热炕头”，这是小农经济思想在党内的一种反映，它不像贪污腐化、违法乱纪那种剥削阶级思想行为显著而易为人们所发现，但它同样可以腐蚀党，发展下去也是危险的。
马明方说，整顿和克服我们党的工作中的缺点，是一件细致的教育党员的工作。通过整党不仅要整顿和纯洁党的组织，更重要的是要在实际斗争中提高党员的政治觉悟和思想水平。每个党员都要经常检讨自己的思想和工作，进行自我批评，同时帮助战友进行同志式的批评，使大家都发扬进步的方面，克服落后的方面，不断地前进，这就是整党的方法和目的。
他强调：党员的八条标准不能打折扣，这是普遍性的原则问题，不能有例外睛况。有人说：有的老党员不够条件怎么办？不够条件要洗刷。但也不能像裁缝一样，把不够尺码的一剪子剪掉。不够条件的要教育，经过批评、教育、帮助以后，他的毛病去掉了原来不够尺码的人够尺码了。很多人要经过这样的步骤。对于屡教无效、等待一段后还是那样，要洗刷。有的不够条件，请他声明退党。
有的同志认为，八个条件很高，以后无法建党了。他指出，这种理解是不对的。只要我们关心国家的事情和人民的事情，就拿有人够党员的条件而被吸收为共产党员，条件要靠我们去创造、去培养，例如经过剿匪、反霸、土改等运动，会涌现出一些积极分子，可以创造一些共产党员的条件。共产党员不会像水一样的冒出来的，有了这样的条件，还要作很多具体的马列主义的教育工作。所以对党员和积极分子普遍地进行共产主义和马列主义的教育是十分必要的。光是好人，老实诚恳，积极劳动，不能成为共产党员，因为共产党的性质，共产党员的条件不能简单地停留在一般好人的水平上，不能把无产阶级先锋队的作用降低到一般好人的作用上。
他说：关中、陕南今年基本上就是整顿现有党员，培养积极分子，创造建党条件；陕北基本上是普遍提高的问题。
1952年省级机关普遍按照中央的精神进行了整党，各地也进行了整党试点工作。
早在1950年4月，中共中央就任命马明方为中央西北局第三书记。1952年秋，西北局第二书记、西北军政委员会副主席、西北主区政治委员习仲勋调中央工作后，中央又先后任命马明方为西北军区副政治委员、西北军政委员会副主席、西北行政委员会副专席。马明方主持西北大区工作整两年，对西北的建设事业做出重要贡献。