1941年1月，马明方同张子意、方志纯等20多人从苏联回国，路经新疆，暂住新疆八路军办事处。当时，中共驻新疆代表是陈潭秋，马明方曾任办事处党支部书记。
1933年4月，军阀盛世才发动政变，当上新疆边防督办，掌握了新疆军政大权。
盛世才上台之初，面临着他的前任金树仁留下的政治腐败、经济凋敝、民族矛盾和阶级矛盾十分尖锐的局面。他为了摆脱困境，巩固自己的统治，标榜亲苏、反帝，取得苏联的信任和支持。在联共（布）党员和进步人士的帮助下，于1936年4月间，提出了反帝、亲苏、民平、清廉、和平、建设六大政策，作为施政纲领。在苏联的大力支持下，盛世才在新疆得以站稳脚跟，巩固了统治地位。1937年4月，经过苏联的斡旋，中国共产党派陈云、滕代远到新疆，接应中国工农红军西路军余部进入迪化（乌鲁木齐），组成新兵营，陈云为中共第一任驻新疆代表。抗战爆发不久，中共在迪化设立八路军办事处，同盛世才建立了统一战线关系。1938年，中国共产党应盛世才的邀请，从延安抽调一些干部，分三批进入新疆，被盛世才分配在财政、民政、文教、军事、新闻、群众工作等部门工作。包括从新兵营抽调的一些干部，其中有些同志担任了重要的领导职务，如毛泽民先后担任财政厅厅长、民政厅厅长，林基路担任新疆学院教务长，汪小川担任《新疆日报》总编辑，另有40多人进入盛世才办的航空队学习航空技术。他们坚决执行中共代表的指示，以共产党的模范行动影响周围的群众，以卓有成效的工作改造新疆，使落后、沉滞的新疆，很快地出现了空前民主与进步的新局面。
1939年，国际国内形势开始逆转。法西斯德国迅速占领欧洲大片土地，并将战火导向苏联；蒋介石在国内发动第一次反共高潮，国共两党关系紧张，盛世才越来越背离六大政策，同蒋介石进行勾结，信使往还，开始走向反苏反共的道路。1939年至1940年盛世才制造了“杜重远案”、“军校案”、“陈培生案”、“阿山案”等阴谋案件，妄图嫁罪于中共人员和进步人士。盛世才认为苏联不可靠了，共产党要垮台了，于是于1942年又精心策划了所谓新疆“四一二阴谋暴动案”，将他的比较进步的四弟盛世骐枪杀，嫁祸于苏联驻迪化总领事和共产党人。他一面邀请国民党派朱绍良、翁文灏入疆；一面将中共在南北疆工作的人员陆续调回迪化，与原在迪化的中共人员，分别集中在羊毛湖、八户梁和新疆办事处，并将航空对的人员全部隔离。
1942年9月17 13，盛世才突然派兵以“请谈话”为名，将陈潭秋、毛泽民、徐梦秋（后叛变）、潘同（潘柏南，后叛变）、刘希平（刘西屏，后叛变）等负责人软禁于邱公馆，将林基路、李宗林、李云扬、胡鉴、马殊、白大方、于村、曹建培、陈清源、王谟、段进等软禁于三角地，将航空队全体人员软禁于督署后院，其他人员包括马明方、张子意、方志纯等软禁于八户梁。这时，被软禁的人员共123人（不包括孩子）。9月17 13以后，陆续由南疆回到迪化的高登榜、谷先南、谭庆荣、郑亦胜、许亮等也被软禁于三角地。
早在1942年6月，陈潭秋鉴于局势的险恶，就提出：必须做好必要的准备，以应付新的可能的事变。在陈潭秋的领导下，成立了总学习委员会，以陈潭秋为主任，张子意为副主任，徐梦秋、方志纯、马明方、谢良、吕黎平为委员，下分四个干事会，领导整风学习。陈潭秋被盛世才“请走”时，指定张子意为总负责人。但他在被软禁后仍通过各种方式，告诉大家要保持共产党员的革命气节，争取集体回延安，为以后狱中斗争指明了方向。
在被软禁期间，大家被分隔四处。八户梁由总学委会成员张子意、马明方、方志纯、谢良领导，张子意总负责；三角地成立了临时党支部，由林基路、李云扬、胡鉴负责；航空队由党支部正副书记吕黎平、方华负责；邱公馆由陈潭秋直接领导。在总学委会和党支部领导下，坚持有领导有组织的整风学习，进行气节教育。做好坐牢的准备。从理论上思想上武装大家的头脑，坚定大家的斗志。
1943年2月7日，盛世才将陈潭秋、毛泽民、徐梦秋、潘同、刘希平等6人投入第二监狱，将林基路、李宗林、高登榜、李云扬等17人投入第四监狱。4月11日，盛世才的警察局副局长曹天爵和特务头子李英奇，带领一连武装人员，到八户梁捕人，马明方义愤填膺，提出强烈抗议，高声喊道：“共产党、八路军坚持抗战有功，有什么罪？”话还没有说完，就被一群暴徒连打带踢，五花大绑，推上囚车，连同方志纯、刘护平等共35人投入第一监狱。
敌人以陈潭秋、毛泽民为重点，妄图逼他们承认参与了所谓“四一二暴动”，阴谋推翻政府；要他们脱离共产党，反对苏联；遭到陈潭秋、毛泽民的严词痛斥。敌人对他们施以种种残酷的刑罚，如站炭渣、抽鞭子、冰火刑、打手板等，但他们坚贞不屈，视死如归，表现了共产党员的崇高革命气节。林基路在审讯中受到针刺指尖、坐老虎凳、关黑牢等酷刑，但他始终坚持革命立场，毫不动摇，并用香头写成了共产党员的战斗诗篇《囚徒歌》，极大地鼓舞了狱中同志的斗志。1943年9月27日，陈潭秋、毛泽民、林基路三同志被敌人秘密杀害。
1943年10月和1944年2月，盛世才先后将第四、第一监狱的中共被押人员集中于第二监狱。此后，国民党朱绍良、吴忠信先后任新疆省主席，对中共人员的迫害虐待，愈益加剧。以张子意、马明方、方志纯为核心的党组织，总结了前一段斗争的经验教训，同敌人进行了更加机智而英勇的斗争。张子意提出“百子一条心”，“集体回延安”的战斗口号，把全体同志紧密地团结在党的周围，开展了三次大规模的反普遍审讯斗争。1944年底至1945年3月，重庆派来的所谓“清理积案审判团”进行第一次普遍审讯，企图策反中共人员。在审讯中，狱中同志愤怒揭露了敌人所谓“清理积案”的真面目，揭露了敌人残害陈潭秋、毛泽民、林基路的罪行，要求惩办凶手，抚恤家属，无罪开释。使敌人的阴谋未能得逞。
1945年七八月问，敌人又由新疆警务处组织所谓“审判委员会”，进行第二次普遍审讯。他们污蔑谩骂共产党、八路军，逼令狱中同志写脱离共产党、八路军的声明，有的同志被打得遍体鳞伤。但狱中同志在党组织领导下，同敌人进行了坚决的斗争，严词驳斥了敌人对共产党、八路军的诬蔑造谣。敌人无可奈何地承认：“提共产党88名分别谈话，劝其投诚，然结果均执迷不悟”。
1945年11月下旬，中共人员在狱中又与敌人的第三次普遍审讯进行了顽强的较量。敌人来势汹汹，大肆诬蔑中共“破坏统一”“挑动内战”“破坏交通”“杀人放火”等等。审讯中作笔录，要受审人签名。在狱中党组织领导下，同志们作了充分准备，用大量的事实，驳斥了敌人的造谣诬蔑，使敌人无隙可乘，丧气而去。
狱中的同志还进行了三次绝食斗争。第一次是1943年10月进行的，绝食持续六天；第二次是1945年3月进行的，绝食持续七天；第三次是1945年8月进行的，也持续了七天。三次绝食斗争，都取得了基本的胜利。
女牢中的同志们，实行了党组织提出的“变监狱为战场”、“变监狱为学校”的口号，坚贞不屈，英勇斗争，抚育幼童，照顾老弱，表现了共产党员的高尚品格，给男牢的同志们很大的鼓舞。
马明方是总学委会领导成员之一，又是狱中斗争领导人之一，同敌人进行了坚决的斗争。
马明方先被关押在第一监狱，后转到第二监狱，和罗乃棠等同志关在一个号子里。这里是名副其实的人间地狱：监号里面又小又脏又潮湿，到处都是臭虫；监号外面是阴森森的高墙，看守像魔鬼似的来回走动着。他怀着对敌人极大的仇恨，默默地观察着动静，思考着斗争对策。他考虑的最重要的问题，是如何打通各狱各号同志间的联系，怎样使这一百多人形成一个战斗整体，团结对敌。转到第二监狱的第二天放风回来，马明方忽然看见一个小纸团从铁窗空隙中抛进来，他细心展开纸烟盒大小的小纸片，只见上面写着：“登榜已回，有何指示。”字是用香头写的。马明方靠近窗子向外看了看，看到两个人抬着倒完的马桶往号子里走去，从背影就认出后面那个高个子正是高登榜。在陕北土地革命时期，马明方就和高登榜一起工作和战斗。后来高登榜被派到新疆喀什工作，这时也被盛世才关押监狱。于是马明方写了一个小条：“加强联系，警惕！”第二次放风时，设法转给高登榜。
但是，打通各狱各号同志间的联系并不是很容易的，敌人把革命的同志分散关押，看守又严，甚至大声咳嗽一声，都要遭到毒打。敌人还派暗探，打人监号。但是，困难吓不倒共产党人。天长日久，许多巧妙的通讯联系方法创造出来了。他们在放风前，各自把联系的事写在纸上，搓成细卷，趁上厕所时，把纸卷放在做了特定记号的脚踏砖头或木板下面；在墙壁上挖洞传递消息或在墙壁上敲击密码；装病去养病室秘传暗号等方法，相互间逐渐建立起联系。马明方曾多次用手指缝夹着铅笔芯写小纸条在放风时传达意见。从入狱到1944年盛世才下台，各狱各号之间的联系完全打通了，各狱能够经常收到张子意、方志纯、马明方等同志的指示。在敌人的严密监视下，英勇的共产党员们又组织起来了。
马明方等同志在被软禁期间，还能看到一些书籍，当他们被关进监狱后，盛世才把书籍都没收了。在阴暗的铁窗里，同志们多么渴望了解狱外国际国内的形势变化啊！他们通过对有民族气节的人犯和看守做工作，把报纸偷偷地传进监号。当马明方收到秘密传来的报纸后，及时传出指示：“这是精神食粮，要珍惜报纸，坚持下去。”狱中的同志仔细传看，广为传播，最后把报纸撕成碎片，扔进马桶里倒掉。他们从报纸上经常了解到国际国内动态，斗争就更加有了明确的方向。
狱中的苦难生活和敌人的拷打审问，不断地折磨狱中的同志，但大家都抱定“头可断，血可流，斗志不可屈”的钢铁意志，接受严峻的考验。马明方以铮铮铁骨，同敌人进行了针锋相对地斗争，坚持对同志们进行革命气节的教育。有一次，一个叫索文遴（索维仁）的家伙把马明方提出过堂。索文遴拍着桌子狂叫：“你们八路军在大青山捣乱，断我交通线，你们是土匪，这是破坏抗战。”原来那几天《新疆日报》制造了大量内战消息，捏造共产党搞分裂，捏造八路军在平汉线进攻国民党军队，新四军也配合进攻；诬蔑共产党不要团结，挑动内战等。马明方怒不可遏，痛斥索文遴：“八路军在前线坚持抗战，你们不抗战却在这里残害八路军，究竟谁破坏抗战，谁是土匪？”索文遴恼羞成怒，让几个狱卒蜂拥而上，乱棍齐下，把马明方打得遍体鳞伤，满面流血。马明方后来的一位警卫员在一次清理马明方的文件时，翻出几张马明方在狱中的照片，有的光着身子，有的腰里裹着一片破麻袋，头发长得几寸长，人瘦得皮包骨头。他还看到马明方背上有一块宽一寸、长五寸的大伤疤。马明方说，那是在新疆监狱中，敌人用烧红的铁棍烙下的。他的铮铮硬骨，由此可见一斑。
监狱里有个别人经不起严峻考验而叛变，投敌，敌人利用他们在监号里拉拢人，在审讯时诱降。马明方敏锐地察觉出敌人的诡计。经常教育大家同叛徒作斗争。有一次，高登榜收到马明方传来的一张条子，上面写着：“有臭鱼，警惕！”“臭鱼”指的就是叛徒。只要“臭鱼”一露面，就立即被揭穿，到处是一片唾骂声。于是敌人不得不把叛徒从监号里弄走，“臭鱼”终于被挤走了。马明方对同志们说：“去掉了孽子、渣子是好事，我们的队伍更纯洁了。”
敌人可以把意志薄弱者拉走，但是，对于一个坚强的共产党员来说，什么也不能使他和党分离。马明方对党的热爱与忠诚，是任何狂风恶浪也动摇不了的。盛世才、朱绍良曾妄图用填表的方法瓦解共产党员的意志，敌人宣传说，只要在表格里的“信仰”、“志愿”两格中填上志愿回家，不再信仰共产主义，就立即释放，发给路费回家。马明方当着敌人的面挥笔而书：信仰：共产主义；志愿：回延安。敌人一看，惊奇得目瞪口呆。
共产党员林基路在狱中写的《囚徒歌》，由同监号的陈谷音含着眼泪谱了曲，在监号里唱起来。高登榜把《囚徒歌》抄传给马明方，马明方立即传出指示：“歌收到，鼓舞人心，广为传唱。”在那月黑风高之夜，刑讯拷打之时，在那艰难的岁月里，新疆监狱的“囚徒”们慷慨激昂地唱着这首用血写成的歌：
囚徒，新的囚徒，坚定信念，贞守立场。砍头枪毙，告老还乡：严刑拷打，便饭家常。囚徒，新的囚徒，坚定信念，贞守立场。掷我们的头颅，奠筑自由的金字塔；洒我们的鲜血，染成红旗，万载飘扬！
在三次绝食斗争中，马明方参加了斗争最激烈、折磨最残酷的第二次和第三次斗争（第一次绝食斗争是马明方等在第一监狱时，由第四监狱的同志进行的）。
1945年3月，狱方将同志们通过第一次绝食斗争得到的一些成果，如阅读书报、开小牢门、生火取暖等全部取消，动辄严刑拷打，分散关押，用吃掺砂子的馒头等残忍手段对同志们进行摧残。马明方所在的第二监狱的同志，派出三名代表向狱方提出了五条要求，即：（一）无条件释放，集体送回延安；（二）归还被抢走的书籍；（三）准许看报纸；（四）改善生活待遇，改善伙食；（五）不准分散、不准锁门，保证院内自由。狱方不仅不答应同志们提出的要求，而且毒打三名代表并分别关入黑牢。于是全体同志即从3月15日开始绝食，并不断敲打牢门，高呼口号，唱《国际歌》，以示抗议。敌人被迫放出三名代表，并接受了一些条件，打击了敌人的反动气焰。这次持续七天的绝食斗争充分显示了“百子一条心”的威力，敌人不得不承认“长此羁押，恐非善果”。
1945年8月8日，苏联对日宣战。日本关东军在苏联红军的强大攻势下节节败退，国际形势发生了重大变化。狱中党组织抓住这个有利机会，再一次组织领导进行集体绝食斗争。马明方仍然主张把“无条件全体释放，集体送回延安”作为绝食斗争的第一条。大家在绝食书上还写上了交还全部抢走的书籍、不准分散、不许锁号门等条件。
绝食的头三天，所有端进牢房的饭菜，全部原封不动地端了回去。第四天，三餐换了三样饭菜：面条、鸡蛋、大米饭、烧牛肉、饺子。然而，仍然是没有一人动一筷一匙。监狱长侯维城气急败坏，将同志们一个一个拉出去，硬往肛门里灌辣椒水和牛奶。马明方也被敌人拉出去，要给灌辣椒水。他滚动着身子，使敌人无法灌进。敌人强行给他灌食，他咬紧牙关，把敌人端来的饭打翻在地。使敌人无法灌进一点一滴。敌人更加恼怒，抡起鞭子打他，边打边问：“你吃不吃？”“不吃！就是不吃！”马明方坚定地答道。敌人又以命令的口气说：“你自己不吃，让大家吃！”马明方说：“我不能代表别人，我们绝食是政治斗争。你们把我们关押起来，我们犯了什么罪？”敌人灌辣椒水的毒计，激起了狱中同志更大的反抗，同志们在监号里撑着饥饿的身子，愤怒地敲击着铁窗。侯维城无可奈何。被迫停止了强行灌食和灌辣椒水的罪恶行径。
在英勇的共产党员面前，敌人黔驴技穷，无计可施，只得表示：除了回延安一条侯维城不能做主以外，其余各项条件均可答应。在讨论是否复食时，有的同志不同意复食，主张继续坚持下去，马明方说：“绝食是政治斗争，斗争为了胜利，不是为了死人，为了保存力量，基本胜利就可以复食了。”狱中领导同志考虑到要把一百多名共产党员全部释放送回延安，在当时确实不是监狱长侯维城所能办到的。因此，在敌人答应了其他条件的情况下，胜利结束了坚持七天绝食斗争。
当一批共产党员在新疆被软禁、关押的时候，中共中央曾进行多次营救。1943年1月13日，中共中央从联共（布）来电中得到在新疆的同志被软禁的消息，次日即电告在重庆的周恩来设法营救。1944年6月5日，林伯渠代表中共中央向国民党政府提出《意见书》，要求“释放各地被捕人员，例如……新疆的徐杰（即陈潭秋）、徐梦秋、毛泽民、杨之华、潘同等”。1945年9月9日重庆谈判时，中国共产党严正提出将释放爱国政治犯列入谈判条款，并明确指出中共中央委员陈潭秋、候补中央委员马明方等依然被监禁着，督促国民党当局必须释放。国民党当局不得已于1946年初颁发行政院训令，命令全国各地释放政治犯：“此项人犯无论已判未判，准由各机关查明释放具报”。但这仅是一纸空文，包括新疆在内，全国各地均未执行。
1946年3月，张治中被任命为国民党政府军事委员会委员长西北行营主任兼新疆省主席。在张治中赴任前，周恩来、邓颖超亲赴张寓，当面嘱托说，我党有一批同志在新疆被盛世才逮捕，去后务请予以释放，并设法送回延安。念及他们长期狱中生活，条件艰苦，亦请改善一下。张治中当即应允。
张治中到新疆后，即令屈武到狱中探望，了解情况。屈武和杨之华见了面，把周恩来和张治中的谈话概要告诉杨。随后，张治中电告蒋介石：盛世才时期逮捕了中共一百多人，领导人已被处决，剩下的多为老弱病残一般人员，为了贯彻《双十协定》，表示和平建国诚意，请准予释放。电文几经往返，蒋介石直至5月才复电同意。
四年多铁窗生活，终于盼到了这一天。狱中同志怀着兴奋喜悦的心情进行回延安的准备。党组织及时教导大家说，从迪化到延安6000多里，沿途充满艰难险阻，途中有被国民党特务再次扣留或杀害的可能，务要提高警惕。党组织同时规定了严格的纪律，以免节外生枝，影响回延安。在分配车辆时，妇幼病残人员与青壮年分别搭配，互相照顾，并指定杨之华、高登榜、吉合负责联系和生活事宜，全力保证安全顺利返回延安。
张治中于6月5日发表遵照行政院关于释放政治犯训令给各专、县的电令；6日，在《新疆日报》发表释放中共在押人员的消息；10日令新疆警备总司令部交通处少将处长刘亚哲负责护送。当日，中共人员分乘10辆大卡车从迪化出发。张治中同时电告甘肃省主席谷正伦、第一战区司令长官胡宗南、陕西省主席祝绍周，说明经蒋介石批准释放这批中共人员，请沿途接待放行。6月20日在陕西彬县宿营时，刘亚哲忽接胡宗南电令，要他们直去咸阳“招待所”（关押共产党人的集中营），不准去西安。刘心知有异，一面电告张治中，一面告诉了杨之华、高登榜。杨、高即报告党组织。适航空队谢奇光病危，杨、高要求即到西安急救。刘亚哲借机带领车队，连夜闯过咸阳，直抵西安，高登榜、曹建培当即与八路军办事处周子健取得联系，将出狱人员全部接到八路军办事处，并通过西安的几家报纸发表了新疆释放人员已抵西安的消息。胡宗南对刘亚哲未将这批人送进咸阳“招待所”十分不满，声言政治部要审查，不得放行。刘急电张治中，张治中随即电告胡宗南放行，同时致电蒋介石请令胡放行。八路军西安办事处亦电告延安中共中央，朱德总司令随即电请胡宗南放行。7月3日，刘亚哲接胡宗南令，内称：“奉侍字××号令，准派刘处长亚哲护送新疆释放的中共人员到边区吉家村。克日出发”。7月9日，车队到达吉家村，受到八路军代表的热烈欢迎，随即改乘边区的车，于7月11日下午抵达延安，结束了6000里的跋涉，历尽艰难险阻，终于回到党的怀抱。
他们在延安受到毛泽东主席、朱德总司令和中央其他领导同志及边区广大军民极其亲切热烈的欢迎。毛泽东亲赴住地，同大家一一握手，连声说：“同志们，辛苦了。”“你们的归来，就是胜利！”
返延全体同志总结了四年来监狱生活和斗争，经党组织研究。由方志纯署名，写出《在新疆监狱中反法西斯斗争经过报告》，报送中央组织部；航空队党支部写出《在新疆学习与生活情况给中央的报告》，报送总政治部。
从新疆出狱131人，途中病逝2人，返回延安129人。以上事实充分说明：从新疆监狱无条件释放、集体回延安的中共全体人员都是经过斗争考验的好同志。正如《解放日报》刊登的欢迎文章中所说：“活着的坚贞不屈，死了的视死如归！”谁能料想到：20年后，马明方等这样一批好同志在“文化大革命”中又受到林彪、江青反革命集团那样卑劣的陷害和残酷地折磨呢？！