大革命失败后，第一次国共合作破裂，白色恐怖笼罩全国。党的活动转入地下，转向武装斗争。
在陕北地区，盘踞在榆林的军阀井岳秀，也发动了疯狂的“清党”运动。1927年8月4日，井部包围了绥师，命令学校师生全部离校，焚烧了进步书刊，一时火光冲天，喊声一片，校长常汉三愤慨痛哭。学生们一个个被迫走出校门，受到严格的检查。绥师教员、中共绥德地委书记蔡楠轩和中共绥德地委宣传委员关中哲以及党员教员雷五斋、赵少西等被驱逐出境，校长常汉三被禁居绥德，三年不准任公职、任教，不准离开绥德。与此同时，延安驻军亦奉令封闭了延安省立四中，中共延安地委书记、四中校长田伯英被软禁在校，大部分教师被遣散回家；尔后由反动分子冯楚锡接任四中校长，对学校进行改组，党、团员多数被迫离校。在井岳秀部总部的驻地榆林，中共榆林地委负责人马云程、周家于、郭洪涛、杜聿德等七人被通缉，他们随即离开陕北。陕北的党、团组织大多数一时陷于无人主持的散乱状态，革命迅即转人低潮。
1927年9月以后，中共陕西省委陆续派人到陕北恢复和整顿组织。1928年4月，中共陕北特委成立。1931年1月，马明方任特委委员。恢复和发展党的组织，积聚革命力量。
1927年下半年至1933年，陕北党组织处于秘密工作时期。马明方为恢复和发展党的组织，积聚革命力量，做了大量工作。
1927年下半年，马明方任中共横山区委书记，在横山响水堡 以小学教员为掩护，恢复和整顿党的组织。当时，响水堡小学校长曹亚华、教员强雄飞等都是党员，街上也有些党员。他在响水堡积极开展了党的工作，在教师和学生中发展党员；同时在学生中进行革命宣传和思想教育工作。响水堡的党、团员和进步学生，后来大多数参加了陕北游击区和陕甘宁边区的工作。
1928年至1929年，马明方先后在绥德北区、东区、四十里铺工作，担任中共绥德县委委员、北区区委书记、巡视员等职。
1928年前半年，马明方是在杨家沟小学以教员作掩护工作的。校长马醒民，是杨家沟的大地主，教员和学生大部分是本村人，地富子弟多，和外村联系很不方便，半年后马明方就离开学校了。当时与马明方取得了工作联系的有李林威、魏锡九等，他们所地区的工作有进展，发展了一些农民党员。
1928年下半年，马明方没有社会职业作掩护，以中共绥德县巡视员身分，到各区巡视和帮助工作。8月，马明方和景仰山到德南区巡视工作时，在铁茄坪无定河畔开了区委会议，要求党员人群众，大胆开辟工作。当时南区区委书记崔田夫，雇农出身，作积极，在群众中有威信；区委领导成员崔田民、崔正冉等能密联系群众，所以南区铁茄坪一带，农民党员较多，群众工作基础好，党在群众中的影响很大。随后，马明方又去绥德城区、东区巡视工作，发现东区义合镇马家川一带工作较差，便指导党员积极在群众中开展工作。雷家沟、深沟里、义上坪一带工作较好，区委负责人刘汉武、霍维德等工作积极。这一带有一个小学校，冬天有冬书房作为党组织活动的场所，党员数量和党的工作有所发展。这半年来，马明方在巡视各区委工作时，向很多党员和群众进行了调查，对农村情况和党在农村的工作，有了较多较细的了解。他在实践中进一步认识到党的工作重点转移到农村的重要性。陕北农民是革命的主要力量，他们深受地主、官府的剥削压榨，生活极端贫困，有很高的革命积极性和勇敢的斗争精神，如果脱离农村、脱离农民，革命斗争是不能成功的。
1929年，马明方任北区区委书记，在四十里铺小学以教员身分作掩护进行工作。校长是一位农民，教员马绳武等都是党员，农村、街上、学校中都有党员、团员，党的工作主要是发展党员、团员，建立党、团组织，在学校师生和农村群众中进行宣传工作。当时北区建立起四个支部，党员发展到20多人，都是农民和雇工。
1929年陕北大旱，赤地千里，百姓吞糠咽菜，不能一饱。地里的野菜挖光了，榆树皮也几乎剥光了，百姓饿得没办法，成群结队逃荒讨饭，到处都有抬龙王楼子祈雨的人群。“黑龙大王老儿早铺云头，下普雨哟！”的呼叫声此起彼伏，有的党员自动地带领饥民结队成群吃大户、打税局、闯衙门，有的饥民问他们认识的党员：“平常你们宣传闹革命、闹翻身，现在怎么办？”当时党的县委书记周发源一心做生意，工作消极。党的县委常委兼团县委书记马文瑞，到米脂县参加陕北团代会时找党的特委委员刘志丹、白乐亭等研究如何拯救饥民问题。刘志丹提出：“发动饥民斗争，向地主和官府要粮。”马文瑞回绥德后，向党的县委传达了这个意见，决定通知全县党、团组织，发动群众按照确定的时间，齐集绥德县城向地主官府要粮，当即用鸡毛信传遍各区。马明方接到通知后，立即做了部署。由于他是小学教员，不便公开进城，便组织农民党员带领群众进城。到了约定的日子那天，四五千农民背着口袋，拿着镢头，浩浩荡荡地汇集绥德县城。驻军营长张建南看见群众声势浩大，下令关闭四门，士兵荷枪实弹，守在城墙上面，但饥饿愤怒的群众，不畏强暴，挤开城门蜂拥而入。张建南下令朝空鸣枪，仍然阻止不住潮水般的人群。当时，县长和士绅正在开会，闻讯张皇失措，用绳子拴在腰里缒城而逃。群众找不到县长，就在地主家里挖粮，但不知藏处，没有挖出粮食。于是齐拥到一个山西资本家制蛋粉的鸡蛋厂，动手打砸，抢吃蛋粉，这就是有名的“打蛋厂”斗争。张建南感到事态严重，派人同县长商量后，劝说群众出城，但群众坚持不给救济决不出城。他们迫不得已在南城搭起台子，给每人发放一块银元。当时进城的党员很多，绥德四师（此时已复校）的党、团员李光白、党永亮、许金河、白泰康、贺晋年、吴志渊、白如冰等也化装成农民在群众中做工作。有的同志提出，要把经济斗争提高为政治斗争。马文瑞召集各区进城的负责党员研究，认为时机尚不成熟，斗争应适可而止，于是动员群众陆续出城。这次饥民斗争，是陕北党组织领导的一次大规模的群众斗争，说明这个时期党在群众中的工作已经有了相当的基础；这场斗争的胜利，极大地鼓舞了群众，扩大了党的影响。
1930年，马明方任中共镇川区委书记（直属中共陕北特委领导）。1931年陕北特委决定，米脂、佳县和镇川两县一镇，合并成立党的中心县委，马明方任中心县委书记。此期间，他一直以镇川小学教员为掩护进行工作。镇川小学校长刘绍让，教员崔明道、李俊藻、刘述向、杜宏亮都是党员，工作开展得比较顺利，党员发展到60多人，团员发展到23人；在镇川堡、上盐湾和无定河以东的农村中，建立起几个支部；还建立起盐工工会、贫农团、互济会、妇女会等群众组织。党领导各群众组织秘密散发传单，张贴标语，发动群众开展了抗租、抗税、抗捐等斗争；并开始酝酿组织游击队和开展打土豪的斗争。党员和群众的积极活动，引起国民党特务的注意。1930年四五月间，榆林国民党特派员孙士英带兵到镇川，对镇川小学进行搜查，毁掉了图书馆的进步书籍，但党的组织没有遭受破坏，党的工作没有停顿，而且继续向前发展。
这期间，马明方还以中共陕北特委委员身分，到绥德西川一带巡视工作。他到过周家睑、苗家坪、三皇峁等地，那里党的组织和党的工作都有发展，群众工作也有了一定的基础，大革命失败后党的工作一度处于散涣、停顿、无人领导的状况，经过恢复整顿已经有所改变。此期间，由于盲动主义、立三路线的影响，城市中党的组织和军队中的党组织遭到敌人的破坏，力量有所削弱。但党在农村中受到的影响不大，农村中党的组织和党的工作都有较大的发展。陕北党组织在秘密工作的几年来所集聚的力量，为发动游击战争和开辟根据地创造了必要的条件。
正当各项工作向前发展的时候，马明方受到敌人的通缉。1931年3月，马明方回家时，被衙役捕捉，他奋力挣脱，头发被揪去了一撮，幸得村人救护，得以逃脱。村人李禄喜护送他渡过黄河。马明方到了太原后，同中共山西特委刘天章取得联系，向刘天章报告了他被捕逃脱的经过和他所知道的陕北的一些工作情况，要求山西特委将他被捕逃脱的情况报告陕北特委，并要求山西特委给他分配工作。刘天章要他暂等一等，待陕北特委来信后再决定他回陕北还是留在太原工作。他在太原住了30来天，山西特委分配他在太原市摊贩中开展互济会的工作。有一天，他回到所住的会馆，反动派正在会馆里搜捕共产党人。马明方回头走出大街口时，也被捕了。他趁空隙把小本子上记的简单的工作要点撕毁。同时被捕的人中只有个别人认得他，敌人传讯时，他谎称名叫赵得胜，山西碛口人，父亲在北平做生意，他是在去北平看望父亲，路过会馆门口时被捕的。这样竞骗过了敌人，将他释放。随后，中共山西特委任他为巡视员，派去晋北巡视工作。他在大同和附近的煤矿中工作了一段时间，便回到太原汇报工作。但太原的党组织已遭到很大的破坏，无法找到关系，所以又返回陕北，同中共陕北特委书记赵伯平取得联系，在特委专职做党的工作。1932年冬，赵伯平去西安向中共陕西省委汇报工作，马明方任中共陕北特委代理书记。此时增加马文瑞、王兆卿为特委委员。
陕北游击战争的开展和革命根据地的建立，是在井冈山道路指引下，逐步发展起来的。1933年7月，中共陕北特委笫四次扩大会议在佳县高起家抓召开，由马明方主持。这次会议对于开展陕北游击战争有重要的历史意义。
出席会议的人员除特委委员马明方、马文瑞、毕维周、王兆卿、常学恭（后叛变）、崔逢运、鲁学曾（鲁贲）外，还有各地代表崔田夫、崔田民、高朗亭、赵福祥、高长久、张岗、张达志、贾怀智等人。这次会议的主要议题是讨论开展陕北游击战争问题。马明方在政治报告中详尽地分析了陕北革命斗争的形势、敌我力量的对比，充分说明开展游击战争的必要性和重要性。报告中指出：陕北统治阶级残酷地压榨老百姓，苛捐杂税名目繁多，地租、高利贷剥削很重，老百姓已经到了无法生活下去的地步。统治阶级的政治压迫和经济剥削，引起陕北广大人民的强烈反抗。陕北地广人稀，山多沟深，而井岳秀军力单薄，除各县城和较大的一些镇子里驻有少数敌军外，广大农村没有驻军，有利于开展游击战争。陕北党组织有了一定的基础，联系着广大的群众，在群众中有威信，有号召力。陕北特委创建的游击队第一支队已坚持斗争一年多了，可作为武装斗争的骨干力量，又有陕甘边红二十六军的影响和有力的支援，只要党的领导正确，依靠群众，发动群众，开展游击战争是完全可能的。会议经过充分讨论，一致同意马明方的报告。会议决定：武装工农群众开展游击战争，建立工农红军；发动群众广泛开展抗粮、抗捐税、抗租债的群众运动；打土豪分田地，没收地主财物，分配给劳动农民，建立革命根据地；大力发展党、团组织，恢复和加强县、区党组织的建设，加强党在各方面的领导作用。同时决定：（一）扩大第一支队，创建安定（今子长县）游击区。（二）建立第二支队，创建绥（德）清（涧）游击区。（三）建立第三支队，创建神（木）府（谷）游击区。安定地区、绥清地区、神府地区党的力量较强，群众基础较好，首先在这三个地区开展游击战争，创建革命根据地，北起府谷，南接延安，便于打击敌人，扩大党的影响，互相呼应。会议决定，派毕维周任第一支队政委，王兆卿协助整顿一支队的工作，崔田夫、崔田民、高朗亭到绥清组建第二支队，马文瑞到神府组建第三支队。
会议选举了党、团特委委员，健全了党、团领导机构。在选举前，已经酝酿选举马明方为党的特委书记，可是崔逢运说：中央驻北方代表指示，书记要选工人当。他提出绥德的一个木匠贺牛任书记，大家不同意，商议的结果大家选举崔田夫为书记。因为崔田夫是雇农，又是很老的党员，阶级觉悟高，革命意志强，勇于对敌斗争。会议选举马明方、马文瑞、常学恭、毕维周、王兆卿、崔逢运、鲁学曾、崔田民、张达志、高长久等10人为党的特委委员，马明方为特委组织部部长。
会后，马明方、马文瑞、常学恭到米脂县姜家新庄起草会议决议，其他委员分赴指定地点传达会议精神。毕维周、王兆卿和去第一支队为特委取活动经费的高禄孝去安定时途经镇川堡，住在镇川堡的米脂区委书记崔明道家里。米脂国民党驻军的一个特务董佩义，混入共产党，和共产党员高庆恩住在一个院里，侦察到党的一些活动情况，即带敌军首先逮捕了共产党员高庆恩、王守义。接着带领敌军去镇川堡抓崔明道。适逢毕维周、王兆卿、高禄孝在崔明道家里，于是这四个同志同时被捕。敌军在董佩义带领下又去姜家新庄捉拿马明方、马文瑞、常学恭，幸亏这个村子群众的觉悟高，姜好兴的母亲正在大门外放哨，看见国民党军队进村来了，就大呼：“白军来了！”马明方、马文瑞、常学恭闻声跳崖逃去，敌人扑了空。随后跟踪追捕，被群众指到另一条沟里去。马明方、马文瑞等脱险后，到镇川堡去找崔明道，从群众口中始得知崔明道等四个同志被捕，于是又分路转移到佳县南坬村。被捕的毕维周等六同志，在米脂城内遭到敌人严刑拷打，他们始终坚贞不屈，四天之后，被敌人杀害在十里铺无定河畔，这就是“米脂事件”。马文瑞后来写了一篇《无定河畔的六烈士》，寄托深切的哀悼。
“米脂事件”发生后，崔田夫、马明方、马文瑞、张达志、常学恭、高长久在佳县寨则沟开了特委紧急会议。会议分析了事变发生后的形势，认为虽然特委两位委员和四位同志遇害，但陕北党、团组织没有受到破坏，并在继续积极活动。一致表示：要以对敌人更大的仇恨坚持斗争，坚决实现扩大会议的各项决议。当即决定：派常学恭去北平汇报工作，其他委员仍分头到各地传达扩大会议精神，整顿组织，振奋党员革命精神，加强组织纪律和保密工作。这是又一次重要的会议，坚定了陕北党组织开展游击战争的决心和信心。会后马明方去安定帮助第一支队和地方工作。马明方还未到安定，得知一支队已失败，他又返回佳县。
扩大会议之前，崔正冉、王聚德搞到土匪的三支驳壳枪，开始了打土豪的活动。扩大会议之后，8月5日，崔田民根据特委决定，在清涧王家山宣布正式成立了陕北游击队第二支队，由高朗亭、崔正冉、王聚德负责，在绥德南区和清涧东区一带活动。10月4日，杀了绥德南区区长薛运统。次年1月21日，在清涧解家沟杀了土豪劣绅收款衙役九人，砍伤一人，人称杀了九个半，鼓舞了群众的斗志，扩大了党的影响。九十月间，根据特委指示，在神府地区成立了陕北游击队第三支队，队长王兆相，政委马万里，活动于神木南区一带。
一年来，陕北地区开展游击战争已有一定基础，积累了一些经验。陕北已有一定数量党员、团员，组织起三支游击队，建立起安定、绥清、神府一带三块小的根据地，这是创造和发展陕北游击根据地的基础和骨干力量。尤其重要的是，当时以毛泽东为代表的正确路线和战略战术已传到陕北，对指导陕北游击战争和根据地的建立起着极大的作用。
1933年12月下旬，郭洪涛、李铁轮奉中央驻北方代表的指示，回到陕北。郭洪涛被北方代表指定担任特委组织部部长。在此前，11月17日，北方代表委任谢子长为驻西北军事特派员。
1934年1月，中共陕北特委在佳县南坬村（一说曹家坬村）召开了党团特委联席会议，参加会议的有崔田夫、马明方、郭洪涛、马文瑞、张达志、高长久、李铁轮等。会上，郭洪涛传达了中央驻北方代表的指示。北方代表听了不符合当时陕北革命斗争实际情况的汇报，认为陕北特委把第二支队的三枝枪调给第三支队是取消了绥清区的游击活动。一支队冒险攻坚，没有发动群众建立根据地。后又未采取分散活动，而是埋了枪支，散了队伍。北方代表据此批评陕北特委犯了富农路线错误和领导游击战争消极怠工的错误。马明方、马文瑞对这个批评进行了抵制。
实际情况是：1933年9月，特委决定将第二支队的三枝枪调给特委成立特务队，保卫特委；不久，特务队取消，将这三枝枪调给神府第三支队。第二支队的番号并没有取消，先后又搞到四枝枪，在绥清地区活动。安定第一支队的失败，是他们11月下旬从陕甘边回来后，打了几个败仗，队长、政委先后牺牲，一时群龙无首，埋了枪支，不久特委派人取出枪支，继续活动。谢子长回到安定后，迅速恢复了第一支队，扩大了游击区。所以不能说特委犯了什么路线错误。郭洪涛在后来也认为他传达北方代表的批评是错误的，并做了自我批评。
南坬村会议对陕北革命形势作了正确的分析，决定扩大和发展第一、二、三支队，新建绥、米、佳、吴边游击根据地。同时决定，健全党、团组织，在各地普遍成立赤卫队、少先队、贫农团、妇女会、儿童团等组织，广泛开展抗粮、抗税、抗租、抗债的群众斗争，坚决
会后，马明方到米脂组建米东县及这个县的党、团县委，马文瑞去三边做兵运工作，郭洪涛、高长久、李铁轮到吴堡找马佩勋等建立了陕北游击队第四支队，崔正冉等在绥德建立了第五支队。游击队和根据地都有了新的发展。
1934年4月5日（清明节），中共陕北特委在佳县神堂沟召开了党团特委联席会议，参加会议的有崔田夫、马明方、郭洪涛、高长久、张达志、崔田民、李铁轮等七人。会议决定：继续发展游击战争，扩大游击队，并提出为创造一师红军而斗争的奋斗目标；组织突击队，武装公开村庄，扩大游击根据地，把分割的各根据地连成一片，进而实行分配土地，建立苏维埃政权。又召开了一次游击队和游击区代表的联席会议，具体部署党团特委联席会议各项决议的实施。
为了加强对游击战争的领导，特委于7月8日在安定杨道峁成立了陕北游击队总指挥部，谢子长兼任总指挥，郭洪涛兼任政委，贺晋年任参谋长。总指挥部成立后，即带领第一、二、五支队，在数百名赤卫队配合下，一举攻进安定城，歼敌数十人，打开监狱，放出被捕的共产党员、游击队员和革命群众逾百人，扩大了政治影响，鼓舞了群众斗争情绪，进一步推动了陕北游击战争的发展。其时，马明方、李铁轮在佳吴积极开展工作。马明方、白如冰等在佳县王家坪一带隐蔽活动时，发现敌人一个暗探，他们用铁锹、木棍将其打死，保护了特委机关安全。
此期间，游击战争扩展到十余县。红色村庄像雨后春笋般地发展起来，到8月间，已经形成村村相连的四大块根据地。即：神、府边，绥、米、佳、吴边，绥、清、延川边和安定一带（包括横山、米西、绥西等地区）。
1934年6月，崔田夫去天津向中央驻北方代表汇报陕北工作时，马明方同崔田夫商定了汇报内容，提出统一陕甘边和陕北的领导，确定陕北红军的番号，给陕北派干部等重要建议，得到北方代表的同意，并派黄汉（黄翰）向陕北特委和陕甘边特委做了传达。
1934年夏，正当蒋介石调动几十万大军，对中央革命根据地进行第五次“围剿”的时候，陕北军阀井岳秀也开始对陕北革命根据地发动第一次“围剿”。谢子长率领红二十六军四十二师第三团与陕北游击队总指挥部直属第一、二、五支队于8月由陕甘边返回陕北，在陕北苏区广大群众和赤卫队的配合下，三战三捷，彻底粉碎了敌人的第一次“围剿”，红色区域迅速扩大，除神府苏区外，其余三块根据地已连成一片，纵横数百里，人口40万。
1934年8月底，中共陕北特委在清涧寺墕里召开了党团特委联席会议。会议通过了马明方起草的关于粉碎敌人第二次“围剿”的决议，决定将第一、二、三支队改编为红军第一、二、三团（后改编为红二十七军八十四师，杨琪任师长，张达志任政委），并决定建立各级革命委员会，实行分配土地。马明方分管政权建设工作，很快组成陕北省苏维埃筹备委员会，展开了政权建设工作。
1935年2月5日，中共陕甘边特委和中共陕北特委在赤源县周家硷（今属子长县）召开联席会议，刘志丹、高岗、马明方、郭洪涛等参加了会议。会议决定成立中共西北工作委员会和西北军事委员会，统一领导两个苏区和两支红军，马明方被选为西北工作委员会委员。这次会议为粉碎敌人第二次“围剿”在组织上、军事上做了充分准备，并为创建西北革命根据地奠定了坚实基础。1935年5月西北军委宣布成立前敌指挥部，刘志丹任总指挥，高岗任政委。在刘志丹指挥下，彻底粉碎了敌人的第二次“围剿”，解放了安定、延川、延长、安塞、靖边、保安等六座县城，两个苏区连成一片，面积3万平方公里，人口90万。
马明方没有参加前线军事指挥，但他同陕北苏区其他负责人一起领导各级党组织积极发展党员，组织赤卫队、游击小组等群众武装，配合主力作战；广泛发动和组织群众，带路送信，坚壁清野，站岗放哨，清查敌探奸细，监视敌人活动；组织担架运输，安置慰问伤病员等；在新开辟的地区，摧毁地主统治的乡村政权和旧秩序，建立贫农会，使革命根据地进一步扩大和巩固。
从1934年8月开始，到1935年1月，陕北先后建立了赤源、佳县、神木、清涧、吴堡、绥德、延川、秀延、延水等九个县的苏维埃政权（开始称革命委员会）。1935年1月25日，陕北第一次工农兵代表大会在赤源县白庙岔（今属安塞县）召开，出席大会的各县代表150多名，马明方在会议上作了报告，会议就建立和加强各级工农民主政权，实行土地分配，巩固和发展根据地等问题进行了讨论。大会选举产生了陕北省苏维埃执行委员会，马明方当选为陕北省苏维埃政府主席，崔田民、霍维德为副主席。陕北省苏维埃政府下设土地、粮食、财政、教育、劳动、内务、贸易、保卫等部门，后来又设立了巡视员。会议还通过了《工农民主政府组织法》《土地法》劳动法》《婚姻法》等法令。1月31日，举行了数千人参加的群众大会，热烈庆祝陕北省苏维埃政府的成立。
陕北省苏维埃政府在马明方领导下，开展了根据地的各项建设工作。各级苏维埃政府发动群众，积极参军参战，支援前线，打土豪、分田地、发展生产、兴办教育等。陕北省苏维埃政府的成立，标志着陕北革命向前发展了一大步。马明方经常到各地指导工作。他到秀延县检查工作时，正遇县革命委员会副主席强晓初在场院召开乡苏维埃代表大会，他站在一棵树下仔细观察，强晓初当时不认识他，问他姓名之后，方知是马明方（其时他化名李明方）。强问他这个会开得怎样，他说，很好。他对省苏维埃政府的其他负责同志讲，有个青年娃娃主持大会，开得很好。后来强被调任陕北省苏维埃政府巡视员。
马明方平易近人，工作踏实，下去巡视、检查工作的同志和下面来的同志，向他汇报工作时，他问得非常仔细并给以具体指导。有时睡在一个炕上，谈到半夜。他没有一点架子，同大家同吃同住同工作，给干部很大的教育和帮助。当时，陕北省苏维埃政府还办了县、区干部训练班，魏怀礼、强晓初、谢怀德等都在训练班学习过；各县苏维埃政府也都办了短期训练班，训练区、乡级干部。马明方曾给训练班讲过党的建设、苏维埃工作等课程。这些训练班为苏区培养了大批县、区、乡干部，对建设和巩固苏维埃政权，发展革命斗争，起了重要的作用。
陕北的土地分配是1934年9月正式开始的。为了取得土改的经验，郭洪涛等到清涧袁家沟搞了土改试点。袁家沟分配土地的主要政策和做法是：
（1）没收地主、富农的土地；
（2）中农土地不动；
（3）红属、贫雇农分好地；
（4）参加革命的富农和拥护苏维埃政权的富农分给同农民一样的土地，其他富农分坏地；
（5）参加革命的地主和拥护苏维埃政权的地主分给同农民一样的土地，其他地主不分地；
（6）单身汉分双份地（考虑以后成家）。
这些政策措施，特委同志一致同意，并编成教材，组织训练班，培训干部。这些干部经过培训以后，派往各地进行土地分配工作。马明方也到一些地区巡视指导土地分配工作。
在分配土地中，有的地方动了中农的土地，采取打乱平分的办法；有的地方不加区别给富农一律分远地坏地，给地主一律不分地；有些地方将地主、富农、商人、农民的契约全烧了，有的地方侵犯了工商业。马明方发现这些错误做法，随时报告特委，加以纠正。
尽管在土地分配中发生过某些“左”的偏差，但这是陕北第一次大规模的土地改革，彻底摧毁了地主阶级封建剥削制度。广大贫雇农分到了土地，革命热情更高。绝大多数中农的土地未动，而且由于取消了一切苛捐杂税，推翻了封建统治的超经济剥削和政治压迫，因而他们对革命也是真诚拥护的。苏维埃政权更加巩固，革命斗争更加向前发展。
1935年12月，经过长征到达陕北的中共中央在瓦窑堡召开了政治局会议，确立了抗日民族统一战线的策略路线，颁布了一系列调整阶级关系的新政策。1935年12月6日，中共中央发布了《关于改变对富农策略的决定》，规定富农土地不动；1936年7月，中央发布了关于土地政策的新规定，规定地主与农民一样分地，留够生产资料和生活资料。中共陕北省委和陕北省苏维埃政府坚决执行了中央的各项决定，在一切尚未分配土地的地方，按照新的规定分配土地；在已经土改的地区，凡未给地主分地的，也进行了必要的调剂；并对回到陕北的逃亡地主，做了适当的安置。
中共中央和中央红军到达陕北后，面临着一个重大的问题，就是部队和机关人员的供应问题。中央政府西北办事处财政部长林伯渠曾找马明方商谈如何解决供应问题。马明方、霍维德、艾楚南等根据中共陕北省委的指示，把没收地主、土豪的银元和物资上缴中央，动员妇女织了许多毛衣、毛袜和缝制许多军鞋给部队穿，动员群众拿出粮食给部队吃，组织商人到山西等地买回大批布匹和棉花，做成军装供部队穿，终于渡过最初的困难。
1935年11月下旬，林伯渠、毛泽民和马明方等在瓦窑堡召开了陕北各县、区的财政工作联席会议，编制了政府的财政预算，统一了财政，建立和健全了财政制度和机构。1936年5月24日，陕北省委、省苏维埃政府发出紧急动员收集粮食的号召，决定进一步向群众借粮2000石，买粮2500石，6月底以前完成。同时发动群众送粮慰劳红军，各机关开展节粮运动，以保证红军供应。
1936年1月15日，中央政府西北办事处公布了《西北苏维埃选举法》。陕北省苏维埃政府指示各县按照选举办法，选出陕北省苏维埃代表。3月10日至15日，陕北省苏维埃第二次代表大会在瓦窑堡举行，会议代表339人，吴亮平、王观澜、邓振询、郭洪涛先后致词，马明方作了报告。大会选举马明方、霍维德、艾楚南等49人为省苏维埃执行委员。在16日举行的第一次执委会上，推举13人组成主席团，马明方任省苏维埃政府主席，霍维德任副主席。
在红军东征和西征时，马明方号召各级苏维埃政府在各级党委领导下动员大批人力物力，全力支援革命战争；同时号召各地广泛开展游击战争，巩固和扩大根据地，争取国民党东北军和西北军联合抗日。1936年7月，马明方在中共中央办的《党的工作》第三期上发表《游击区域内的苏维埃工作》一文，文中指出：（一）主力红军向西行动之后，党中央明显的给我们指出，陕北的主要任务是支持着顽强的游击战争。在这些地区，第一位的重要工作是积极领导游击战争，号召广大群众参加游击队，扩大原来的游击队，创造新的更多的游击队和击小组，使游击队和游击小组如蛛网般普遍地发展起来，在敌人的前方侧方后方去行动、袭击，以至消灭进攻我们的敌人。决定游击战争胜利的重要的，是全体赤卫军和全苏区群众的总武装与总动员，使群众的武装动员和游击队的行动打成一片。（二）苏维埃应在边界和工作薄弱的地区，加强侦探网的布置。要将得力的可靠的同志打进民团、保甲、白军部队做间谍。对于豪绅地主和对苏维埃表示不满意的可疑分子，应监视和侦察他们的行动。（三）争取广大的白军士兵与官长是保证游击战争胜利发展的重要工作。白军长官士兵一般地存在着抗日与同情我们的情绪，苏区的每个男女在接近白军士兵长官时，应当注意做争取他们的工作，利用各种机会建立白军中上层和下层关系，争取一切可能，与敌人建立互不侵犯，共同抗日等协议。（四）在土地革命未解决的地区，必须利用一切可能，进行分配土地的斗争，使群众从封建地主剥削之下解放出来，而能更坚决为着自己的利益而斗争。我们的同志在任何艰苦的环境下应当以百折不挠的精神为着巩固和扩大我们的抗日根据地，创建国防政府与抗日联军，为争取中华民族的解放与领土完整而奋斗到底！马明方的这篇文章，其实是陕北省苏维埃的动员令，对当时陕北革命斗争起了重要指导作用。
1936年冬，中共陕北省委书记郭洪涛调任中共中央组织部副部长，马明方被中央任命为中共陕北省委书记。
1937年2月，中共中央决定成立中共陕甘宁特区委员会，任命郭洪涛为书记，马明方为委员。5月2日至14日，全国党代表会议在延安举行，正式代表226人，列席代表74人，马明方为正式代表，并被选入主席团。15日，中共陕甘宁特区第一次代表大会在延安举行，马明方当选为特区党委委员。中共陕北省委随后撤销。
1937年9月6日，陕甘宁边区政府成立，马明方先后任边区政府主席团委员兼内务部代部长、民政厅厅长。后因积劳成疾，经中央批准于1938年4月去苏联治病。