祭天大典的欢呼声未歇，立国未稳的萧梁王朝即发生一系列极端事件，从而让萧衍关于“朽索六马”的譬如一语成谶。
其实，倒梁的势力几乎就在萧衍宣布建国的当天就开始了他们的行动。祭天大典结束后的当夜二更时分，神武门、东掖门突然同时燃起冲天大火，趁着羽林军救火的空隙，一批不明身份的骚乱者拿着武器一直朝萧衍的寝宫扑来。羽林军首领张弘策带领一支军队阻击着骚乱者的进攻，陈庆之、吕僧珍则带着另一批人死死守在萧衍的寝宫外。那边的动静越来越大，显然，羽林军的人数布置不足。混乱中，有人从背后朝张弘策刺了一刀，张弘策立即扑身倒地。骚乱者喊着口号，向这边扑来。吕僧珍让陈庆之一步不离皇上身边，自己带领几十个羽林军向那边增援去了。
刚刚躺下的萧衍一边穿衣，一边问：“发生什么事了？”
陈庆之说：“好象有刺客。”
萧衍推开窗户看了看外面的大火，问：“现在是什么时候？”
“三更刚过。”
“你立即登上谯楼，敲响四更之鼓。”
陈庆之放心不下萧衍，萧衍说：“趁着夜深人静时动手，刺客人数一定不是很多，等你把四更鼓敲响，他们自会退走。”
陈庆之明白了，交待十几名羽林军，让他们以死护驾，自己转身向谯楼跑去。萧衍不顾羽林军阻挡，来到前殿坐下，开始批阅奏折，就像什么事也没有发生一样。这时，从谯楼果然传来四更鼓声，这鼓声让骚乱者产生错觉，以为天就要亮了，于是便不敢恋战。鼓声以及神虎门大火也让宫城外的领军将军王茂意识到宫里出大事了，王茂带着一队人马火速赶进宫来。不等天亮，骚乱即被平息，被俘的骚乱者竟有百人之众。经连夜突审，骚乱者供出，他们是受萧宝卷死党孙文明指使，天黑前趁着为宫里运送柴禾的机会夹带武器混进宫来，又策动部分羽林军，在深夜举行暴动，意在刺杀萧衍。
这场骚乱，萧衍失去了他的亲属以及最好的军师张弘策。神虎门事件给了萧衍当头一棒，萧衍决定用鲜血来警告齐皇室成员。于是连夜下达了诛杀令。这次被圈入诛杀名单中的除了此前赦免的孙文明等人，还包括四名前皇室成员，他们是齐明帝六子萧宝寅，九子萧宝攸，十子萧宝嵩，十一子萧宝贞。
在诛杀这几名前皇室成员的同时，萧衍又下诏，特赦一批前皇室成员，其中有萧鸾长子萧宝兴。萧宝兴因有残疾，不仅逃过了诛杀，还被封巴陵郡（今湖南岳阳）王。萧衍并特许他有祭祀南齐王朝祖先的权力。萧衍在最高法院大理寺的一份报告上又作出批示：“请大理寺尽早出台一份关于安抚旧朝遗属及议定赎罪的条例，此条文可依照周、汉二代律条，凡身居官位而犯有鞭杖之罪者，可以出赎金而停止惩罚。中央各直属机关（台、省），各州刺史的主要负责人，士兵如果犯有鞭杖罪，其愿意用钱赎罪者，也可依此条例实施。”
趁此机会，萧衍特别召见了萧子恪、萧子显等十六位高、武时代的旧朝子弟，这十六人，都是才学过人者。在此前的组阁中，萧子恪担任零陵内史，而他的兄弟、年仅十三岁的萧子显因尚未达到任职年龄，武帝嘱他好好读书，将来报效朝廷一定会大有用处。萧衍对所在旧朝的亲属说：“今天在座的，都同姓一个萧字，虽然出了五服，但却是同宗同族的兄弟。想当年朕的父亲曾为辅佐你们父辈而出生入死，因此，我们也算得上是同甘共苦的一家人。当初明帝当政，高帝十九个儿子、武帝二十三个儿子全部被杀。
“萧宝卷当政，更是杀人如麻，朕的大哥萧懿以及朕的另两位兄弟都被萧宝卷所杀，就是你们，能有今天，也算幸运。朕自去年襄阳起兵，既为废昏立明，也为萧姓家族雪洗心耻。在朕取得建康后，有人建议朕按照惯例将你们斩尽杀绝。的确，朕要是那样做了，天下不会有人对萧衍说半个不字。朕之所以没有这样做，是因为知道，欲得天下，光凭借武力是不够的，得靠天命。你们兄弟如没有天命，朕又何必费力去杀你们，如果有天命，非朕所能诛杀。东晋以来，禅代之际，相互屠杀之风盛行，殊不知屠杀后国祚又岂能长久？以杀制杀，只能使怨怨相报，无有尽期。从今往后，朕与你们仍是同宗兄弟，朕希望大家能坦诚相待，共生共荣。”
天监元年公元502年六月，萧衍发布诏书，令停止各郡县为后宫和东宫贡献珍贵的土特产，只允许各州和建康最近处的会稽郡可根据本地的具体情况制定贡品种类，如果不是当地出产，也不必远征上贡，以免劳民伤财。接着，他又发布一系列关于在用人方面的诏书：凡小县的县令如果有能力，就升到大县任县令，大县的县令有能力，可破格升任郡里做太守。正所谓“大臣用大人，小臣用小人”。
七月，梁武帝一连发布几道诏命，号召振兴纲纪，加强文治，并对诉讼、司法、用官制度以及倡导俭朴等一系列前朝弊政作出大幅改革，在朝中引起极大震动。尤其是在俭朴方面，梁武帝决定从自己做起，即日起，开始缩减自己的日用开支。如果不是招待贵重来宾，决不上酒水，非要饮酒，也决不超过三盅。平时饮食，以素菜为主，宫中人员不论男女，一律不准穿高广大服，即使皇后，也不准涂脂抹粉。
建康局势刚刚稳定，萧衍又收到大臣王亮等十二人递交的一份奏章，此奏章以向萧衍建议新朝当以孝治为治国之本的名义，直陈了萧衍在孝亲问题上的种种不当。譬如他当年在父死后守丧上未能遵从严格的祖制，频繁担任各种官职；称帝后在追荐亡亲上又先兄后父等等，分明就是一封向新帝的讨檄文本。不久，他为纪念新林战役而建设的法王寺工程刚刚动工，就遭到一些人的批评。萧衍知道，这个王亮，是越来越拿他不当皇帝了。
八月，萧宝卷遗妃吴淑媛在东宫为萧衍顺利生下一子。这名婴儿的提前降生让外界对他的真正来历发出多种猜疑，但萧衍对这位皇子的降生还是感到满心的欢喜。他为他的次子取名“综”。十一月，萧衍宣布立长子萧统为太子。紧接着是他的三十九岁生日。尽管他自己并不主张做寿，但毕竟是萧梁立国后皇上的第一个生日，大臣们还是在明堂为他热热闹闹地举办了一次生日庆典。这天清晨，文武百官在寿昌阁向萧衍贺寿。萧衍注意到，所有的大臣们都到了，独独尚书令王亮称病未到。
如果说当初萧衍对王亮不肯在表示拥戴的效忠信上签字的气节还有些欣赏，但现在，王亮的一再挑衅，就足以让他恼火了。偏偏几天后又传来前萧宝卷王朝的又一位儒臣因拒不合作而绝食身亡的消息，这是继颜见远绝食身亡后的又一次以绝食的方式抗议新政的事件，从而在建康引起舆论大哗。那天的早朝上，萧衍在太极殿公开发起牢骚说：“萧宝卷朝廷腐朽没落，遭天谴人愤，朕建立南梁帝国，实在是顺天应人，这些士大夫们为什么就不能理解？”对于这些士大夫们的迂腐，萧衍实在是忍无可忍了。不久，萧衍宣布一项新的诏书：削去王亮一切爵位，将其贬为布衣。
萧梁立国未稳，国内局势零乱如麻，萧衍暂时顾不上萧宝卷留给他的那几位国色天香，每天批阅奏折到三更才歇。为了稳定新生的帝国，萧衍计划对各大军区进行一次大换防。他把他的计划同范云商量，却遭到范云的强烈反对。范云认为，帝国初建，人心不稳，此时急于换防，只会造成人为的恐慌，更有可能激化已经存在的矛盾。范云认为，对于新生的帝国来说，目前最需要的就是稳定，稳定是压倒一切的要务。但萧衍却认为，如其让虎伏在暗处伺机伤人，不如将虎引出山林，再一顿乱棒将其扑杀来得干脆。
范云知道，萧衍目前最不放心的就是江州刺史陈伯之。陈伯之为人首鼠两端，那一次萧衍义军打到江州，陈伯之迫于压力率城投降；而当义军打到建康城下时，陈伯之又做起了小动作，结果被萧衍用计稳住了。陈伯之身边的几个谋士一个比一个刁钻，一个比一个奸滑，江州处于长江要塞、吴楚咽喉之地，江州一旦出事，那就不是一件小事。萧衍部分接受了范云的意见，放弃了大换防的计划，却把目标锁定在陈伯之一人身上。
四月，一份新的任命下达江州，此次被派去江州的两名官员，一个文职，一个武职，都是在江州的要害部门。萧衍此举，明显是要触动陈伯之的神经，起到引虎出林的目的。
萧衍在江州掺沙子，当然地激怒了江州刺史陈伯之。他知道，刚刚上台的萧衍要对他下手了。陈伯之问计于身边的谋士，那几个谋士便趁机说，朝廷凭什么要撤换您的人，凭什么要在江州安插他萧衍的亲信？这不明摆着要架空您吗？
陈伯之来气了，说：“他萧衍要架空我，我偏不尿他这一壶。”
那几个谋士要的就是陈伯之的这种情绪，于是进一步说，萧梁朝廷刚刚建立就遇到百年不遇的洪涝灾害，这是苍天对他的惩罚。现在建康城里国库空虚，粮食储备几乎为零。大人您没注意到这几天火星靠近南斗的位置吗？这多少年才出现一次的天象说明，又是一个改朝换代的时候到了，大人可不要错过这样难得的机会啊。
陈伯之犹豫着，说：“我再向朝廷申诉一次，如果萧衍他执意要掺沙子，我就举旗造他娘的反。”
然而不等陈伯之的“申诉”到达京城，朝廷对于江州的第二批任职名单到了。陈伯之恼火透了，这不明显要架空我吗？这不明显逼老子造反吗？陈伯之的那两个字刚刚叫出口，他的那几个谋士立即附和，声声说好。江州是一个大州，陈伯之手里三万人马。凭着这三万人马，陈伯之说不定真能改朝换代，真能做萧衍之后的又一代帝王。
陈伯之说干就干，他让他的一个儿子留守九江，他决定先吃掉靠得最近的南昌守将郑伯伦。郑伯伦是一员硬将，又受萧衍委派，其实就有暗地监视陈伯之的意思。陈伯之与郑伯伦打了一个多月，丝毫也没有占到便宜。这时，领军将军王茂带着两万人从建康一路赶来。陈伯之斗不过郑伯伦，知道自己更不是王茂的对手。现在，对于他来说，最要紧的是保存实力，他只能三十六计走为上了。趁着月黑风高，陈伯之带着他的两个儿子陈虎牙陈龙牙渡过长江，逃往北魏。
江州的陈伯之谋反刚刚平息，从遥远的益州成都又传来刺史刘季连谋反的消息。萧衍来不及调查刘季连起义的原因，立即派他的另一位建国功臣邓元起火速前往成都，剿杀叛臣刘季连。