孔子的时代，周天子的权威没落了，周人所尊崇的至上神——天的权势也没落了。先进的人们在考虑施政方针和个人行动的时候，只看现实的需要和可能，而不再顾忌上天的意旨了。孔子就属于这种人，在他看来一个人有没有道德修养，一个国家政治是不是清明等等都是由人决定的，跟天没有关系。他说：“仁远乎哉？我欲仁，斯仁至矣。”(《述而》)这是说一个人是否能达到仁的境界，不依赖外部因素，就看他有没有“欲仁”的坚强信念，如果有，一定会成为仁人。孔子又主张“为政在人”(《礼记·中庸》)，也就是说不在神。以卫国为例，卫灵公昏庸无道，但卫没有亡国，是不是神佑的结果？孔子认为不是，原因在卫国有几位贤大夫分管几个重要部门，就把卫国政局给支撑下来了。主张有神论的墨子批评道：“儒以天为不明，以鬼为不神。”(《墨子·公孟》)这就从另外一个方面说明，孔子否认天和鬼神对社会生活的支配作用。
但孔子并不是一个真正的无神论者，他从不否认神、鬼的存在。例如天就在他的心里占有崇高的地位，危险时，他要用天来鼓舞自己，宋大夫桓魋要杀他，他说：“上天给了我美德，桓魋能把我怎样！”(《宪问》)在诸侯不支持、众人不理睬的情况下，他说：“老天是了解我的！”(《宪问》)发誓时要提到天：“如果我做了亏心事，让天厌弃我！”(《雍也》)他还说：“得罪了老天，祷告是没有用的。”(《八佾》)应该说这些都反映了旧的宗教观念的残余。昔日全能的上天，对孔子来说只能是在必要的时候呼唤一下，由这个想象中的存在，慰藉、支持他这个孤独的行道者。
在至上神天的下面，还有各种各样的神鬼，传统观念认为它们都有福善祸淫的能力。孔子对它们的基本态度是“敬而远之”。弟子樊迟问什么是智？孔子答道：“务民之义，敬鬼神而远之，可谓知矣。”(《雍也》)聪明人集中力量做与民生有关的事，而不是去谄媚鬼神，对它们要敬而远之。这就是说，他对鬼神持怀疑和疏远的立场，既要摆脱旧宗教观念的束缚，又不肯与它决裂。所以凡是遇到这类问题，孔子都把它搁置起来。子路问如何事奉鬼神，他答道：“未能事人，焉能事鬼？”又问人死后是怎么一回事，他答道：“未知生焉知死？”(《先进》)教导子路努力了解人生，学会事奉人，把鬼神等问题放在一边。子贡问死人是有知还是无知？孔子说，说有知，我怕孝子厚葬父母，损害活人；说无知，我怕不孝子孙不葬父母，弃尸荒野。所以不能说。你如果真想知道答案，等你死时慢慢体会去吧。(见《说苑·辨物》)
殷周以来的宗教观念中有天命之说。所谓天命就是至上神的命令。孔子心目中的天已经不是活灵活现的神，能发布命令，摆布人类了，命当然就有了新的意义。他认为命是一种不可知、不可抗拒的外在力量，命能够带给人幸或不幸。他的一些谈到天的话，那个天其实也指的是命。伯牛是贤人，却得了恶疾，孔子去看望他，就说这是命：“亡之，命矣夫！斯人也而有斯疾也，斯人也而有斯疾也！”(《雍也》)好人得恶疾，不应该是上天的安排，这种不合情理的事只能归结为命。那么命运能对人生的哪些方面起作用呢？子夏说：“商(子夏姓卜名商)闻之矣：死生有命，富贵在天。”(《颜渊》)子夏听说并且当作正确道理讲出来的，应该是孔子所传授的。这就是说在孔子看来生死寿夭、富贵贫贱等等生活遭遇，是命、天(也是命)决定的。但命不能决定人的精神生活、道德生活。人在现实生活领域没有自主权，但他在道德生活中是有自主权的，他可以选择善或恶，可以通过艰苦努力达到很高的道德境界。在社会生活中，命也能对许多事情起作用，譬如说，道在一定时间的行与废便是命决定的。孔子说：“道之将行也与，命也；道之将废也与，命也。”(《宪问》)那么人在这种情况下，是否要听从命运安排，不去行道？不。子路说：“君子之仕也，行其义也。道之不行，已知之矣。”(《微子》)君子尽管已经知道道在现今行不通，但他还是应该尽其义务，也就是行道。孔子本人正是这样，他50岁之后用了14年的时间周游列国，游说诸侯，但遭到的是冷淡、白眼，在他已经知道他的道不能行时，仍然继续奔走，不怕挨饿受苦，不顾生命危险，坚持行道。从他个人说，这是从道德良心出发，尽自己应尽的义务，从社会方面说，他是相信道终究是可以大行于天下的，他个人的努力虽然一时见不到成效，但毕竟不会是徒劳的，对于道在未来的行时必定会起积极的作用。
总之，孔子承认有命，但却不是命定论者。在富贵寿考方面他无所求，一切听其自然，他显出的无所作为是不想争，而不是不敢争。在道德修养和行仁礼之道方面，他有强烈的追求，百折不挠，奋斗到底，虽说有命，但并不把它当作一回事。所以从这个角度说，命不是人屈从的对象，而是人抗争的对象。服从内在的道德良心，搏击外在的命的盲目力量，这是人生的真谛。