一九四九年人民共和国成立之后，用政治罪行把人处死变得不再容易。毛泽东禁止处死政治犯。主席宣称，人不像葱，如果你把他们的脑袋砍掉，不会再长出来。斯大林有计划地处死党的上层干部、枪毙中央委员会甚至政治局成员的习惯，从未在中国流行过。中国共产党以土地改革和其他社会改造运动和名义，杀死了一些人，但是死者通常是地主、普通罪犯、嫖客、拉皮条者、国民党残余、次要的共产党工作人员——党的上层干部头颅尚存。
文革期间，许多激进分子，年轻而缺乏经验的积极分子为突然的成功而陶醉，意气风发地指责对手在意识形态上的错误，指责他们是“修正主义者”或“走资本主义道路者”。但是康生早就看到，许多干部这几年倒下，结果却再次起来；他知道，政治上异端邪说的指控很少是致命的。这些是“路线”问题，不是罪行；在中国永无休止的不断变动中，因为意识形态的错误而遭处罚的干部，可能有一天跃为部长或政治局成员，卷土重来。
康生过去常常指责对手犯有意识形态的错误，但是他在一生中也曾以更严重的指控来污蔑他的受害者，诸如“叛徒”、“敌特”和“卖国贼”。康生并不试图捕获由台湾、苏联和美国派遣的真正的间谍，或试图搜集有关外国政府的情报，他反面利用安全机构把中国变为一个恐怖的场所，他的竞争者被迫在其间坦白他们反国家的想象中的罪行。
康生对于通敌和告密的指控是如此严重，以致受害者不可能恢复名誉——尤其，他的指控自然导致非人的虐待，结果由于医疗疏忽或其他行政手段，受害者只有死路二条。康生并无法任意处决他的上层敌手，但是他以一种斯大林主义的精确形式施加影响：通过表面的官方调查来毁掉许多干部，这些调查似乎依靠真正的坦白和证据。
文革第一批受害者迅速消失在北京的舞台上。彭真被放逐到陕西；陆定一、罗瑞卿和杨尚昆在群众大会上受到嘲讽和谴责，然后秽送往监狱和劳改营。当中国共产党的上层领导相继失去恩宠时，这场清洗背后的策划者康生发现，要想获得他长期以来梦寐以求的权力，他就必须抹黑中国革命荣誉名册中一些最著名的名字。
彭真和其他文革初期的受害者倒台的两个月里，康生决定，他的计划和野心需要毁灭刘少奇——人民共和国主席、中国共产党副主席，一九五〇年年中以来毛泽东亲手挑选的接班人。刘少奇是一个极其危险的目标；康生知道，对他的任何攻击都不得不十分小心。除非能够得到毛泽东的明确支持，康生最好的赌注是隐藏他对刘少奇的仇恨，并且让他相信没有什么可以担忧的。
刘少奇生于一八九八年，与康生同岁；从二〇年代起就认识毛泽东，那时他们俩一起确立了社会主义青年运动的基础。一九二二年加入共产党之后，身为莫斯科学生的刘少奇返回中国，并且以他的方式工作，从下层劳工的组织者，上升为国民党控制的“白区”中共产党活动的最高领袖。一九四四年之前的二十年里，他领导着一个范围广泛的干部网络，包括许多最有才能的共产党员。与大部分由农民组成的共产党军队不同，刘少奇的周围是一些有文化、有知识的人，在中国共产党获得对大陆的控制之后，他们占据了许多重要的位置。
考虑到刘少奇的庞大权力，康生勤奋地培育与他的良好关系。一九五六年康生返回政治舞台之后，他不厌其烦地奉承刘少奇；六〇年代初期他们是非常接近的，刘少奇挑选康生来编辑《刘少奇文选》，这是康生自己提议的。迟至一九六六年五月那场剥夺彭真、杨尚昆和陆定一权力的政治局会议，康生仍然极其敬重刘少奇。确实，康生在那次会议上向他的同事们承认，他后悔在三十五年前以“谢康”的笔名，批评刘少奇的工会政策。康生抱歉地解释说，他“不知道刘少奇同志是白区毛泽东路线的代表。”
与毛泽东一样，刘少奇的根基也在湖南，但是在其他方面，他与主席很少有相像之处。勤劳，不偏不倚，缺乏浪漫色彩，尽善尽美的官僚—一张国焘把刘少奇描绘成一个“性情随和”的人，他总是“避免妨碍他的同事”，他没有“强烈的个性，并不过分追求杈力……他不是斯大林那一类人。”一句话，刘少奇是一个乏味的人。毛泽东把他当作一个由官僚菁英统治的中国的先行官，而不像他自己和长征的同志们那样是有超凡魅力的革命领袖。刘少奇从不向毛泽东的命令挑截，但是他执行的圆滑态度使毛泽东不太愉快。
感觉到毛泽东与刘少奇之间的差异，康生一直密切观察毛泽东对他的副手不满意的任何信号。康生准备抓住最早的时机攻击刘少奇，但是小心地不使他的计划进一步暴露。一九六六年七月二十五日，毛泽东主持一次地区党委书记和文革小组的会议时，康生带来了一份党的文件副本——第九号简报，摘录了刘少奇对校园政治活动的一些命令，它们与毛泽东的命令相抵触。如果毛泽东流露出任何对刘少奇的敌意，康生准备拿出这份文件并当面批评刘少奇；如果没有，他将保持沉默。
刘少奇坐在毛泽东旁边，举止就像他们之间没有任何意见分歧。同时，康生仔细观察毛泽东是否流露任何细微的敌意。毛泽东开始讨论刘少奇的命令，也就是康生公文包里那份报告的内容。在他述说的时候，主席几次从旁边直视他的副手——康生认为这是毛泽东蔑视刘少奇的信号。他把手滑人他的公文包，拿出那份文件，但是他又改变了想法。时机过去了，毛泽东又转入其他话题。康生后来回忆说：“当时我拿着那份文件，想把它交给毛主席，但是我缺乏勇气，我思考了很长时间，还是把它放回公文包。我害怕有人会说我正在策划某些指控。第二天我向作者指出那份文件的危险性，我想说服他向主席陈述那份文件，但是没有结果。”
康生继续监视主席的态度，但是毛泽东对刘少奇的问题倮持沉默将近一周。然后在八月四日，毛泽东在中央委员会全体会议上说，“牛鬼蛇神”当权。毛泽东转向刘少奇，宣布国家主席在北京搞“专政”，刘少奇在当天下午作了自我批评，承认在毛泽东离开首都的时候犯了错误，并且保证他并不打算回避他应负的责任。三天以后，中央委员会成员看到一份崭新的戏剧性的大字报，题为《炮打司令部——我的一张大字报》。使猛烈攻击具有爆炸性效果的是“毛泽东”的署名。主席的大字报大约只有二百三十字，但是它提供了明确的证据，他全力支持对党的权力机构的清洗，从刘少奇开始。
康生的谨慎立刻消失了，更不必说他对国家主席谄媚的敬重了。几天之内，康生开始搜集证据，希望证明刘少奇主要的背叛罪行。当他发动这次讨伐时，康生充分认识到刘少奇与那些已经倒台的领导人的区别：连五月政治局会议上的受害者也没有这么高的地位。彭真，就其所有的影响而言，不过是地区性而不是全国性的人物，而刘少奇领导的干部和行政官员的网络覆盖着整个国家。康生知道，修正主义的指控在最初攻击羽少奇的时候是有用的，但是不能保证他永远逊位。因此，他寻求种种方式把刘少奇描绘成国家的敌人。
一九六六年八月十八日，在天安门广场声势浩大的红卫兵集会上，康生邀请天津南开大学的红卫兵代表团的首领们，在俯瞰广场的城楼的一间接待室里正式接见他们。天津曾是刘少奇领导华北共产党地下工作的基地。康生通知他的客人，他要委托他们一个重要任务，寻找党内“叛徒”的证据——他特别指出，其中有刘少奇。南开代表团喜出望外，他们从没想到有幸舍见中央文革小组顾问，而且在离开北京的时候接受由他委派的重要任务。康生对他们的反应很高兴，但是为了保证委派任务的敏感性不致令他们惊恐，他拿出自来水笔，写了一张条子：“请组织红卫兵调查渗透在各个单位和部门的。 叛徒。调查刘少奇和其他人被捕和叛变的问题。康生，八月十八日。”
南开大学的红卫兵没有发现刘少奇在天津背叛党的任何证据，但是他们确实找到了三〇年代初期一些高级干部被监禁的相关材料。那时，六十一名共产党员被国民党关在草岚子监狱，那是一座森严的四方混合建筑，周围是二十英尺高的涂灰泥砖墙，位于北京的中心北海公园的西面。一九三六年，日本人占领北京的可能性似乎日益增大，刘少奇从天津基地给陕西的共产党司令部发电报，提出应该设法营救被监禁的干部。刘少奇指出，如果他们落人日本人手中，就要遭到处决。
共产党领导层对刘少奇的提议作出反应，命令柯庆施与狱中同志建立秘密的联系，那时柯庆施是中共华北局组织部部长。柯庆施给监禁的共产党员送去一封密信，指示他们假装放弃激进的信仰，以换取国民党对他们的释放。监狱党组织的领导怀疑柯庆施的信息是国民党阴谋的一部分，他们对照其他文件检查笔迹，确定指示是真实的。他们把消息传给监狱里的同志们，几周内，共产党员们开始对国民党假装屈服。
到一九三六年末，所有被监禁的六十一人都赢得了自由，但是许多共产党员认为，他们逃跑的方法是极其特殊的。那时，共产党自夸，许多烈士死于监狱。对被捕过的共产党员采取怀疑态度，是为了防止他们被招募为国民党间谍，这祥一来有助于使他们对捕捉者失去信心。但是，草岚子监狱六十一名共产党员所遵循的方针，是刘少奇和陕西共产党司令部共同允许的。而且在延安整风运动的几年之后，康生本人也称许草岚子监狱的监禁者是可信任的。一九四四年他在中央党校演讲时，还赞扬他们在国民党手中勇敢地经受起严刑拷打。
随着文化大革命的开展，刘少奇极易遭受攻击；康生决定利用刘少奇在草岚子事件中的作用，指责他策划了这些过去被监禁者的所谓叛变行为，康生现在把他们称为“六十一人叛徒集团”。“红卫兵小将”揭露了他们罪行的想象证据，被康生召集到人民大会党，康生祝贺红卫兵揭露了“一个大叛徒集团。他们都是埋藏在党内的定时炸弹。”
利用草岚子事件，康生不仅指控刘少奇是国民党的代理人，而且暗示其中几个已经成为高级官员的同狱犯与刘少奇的密切关系——最著名的有副总理薄一波、组织部长安子文、以前在中央党校与康生抗争的杨献珍。康生在一九六六年九月十六日写给毛泽东与其他高级领导人的报告上说：“薄一波等六十一位同志有坚决的反共叛变行为，而刘少奇的决定使得这些人的反共叛党合法化了。”
即使对于康生来说，建立证据而使指控成立也并非易事。薄一波和六十位同志的监狱生活被视为共产党员在国民党的辱骂面前所显示的勇气的集中体现，已经受到广泛的赞扬。一九六六年十二月十八日，康生成立了专案组。与江青和公安部长谢富治一起，康生指示调查人员审查刘少奇历史的各个方面，尤其是草岚子那样的事件，可能会以中找到刘少奇叛变行为的证据。
专案组的第一个目标是洛甫，他是前任驻莫斯科大使和外交部副部长，一九五九年在庐山会议上被康生清除。那时他被解除外交部副部长的职务，再分配到北京的智囊班子，科学院经济研究所当助理研究员，这个工作他一直做到文革之前。作为二十八个布尔什维克之一王明的亲密盟友，洛甫在年代一直是党的总书记，因此参与了刘少奇提议营救草岚子监狱中六十一位共产党员的讨论。康生的专案组把洛甫投入监狱，毫不留情地审讯他，试图逼他承认，刘少奇使监禁者获释的计划，并没有得到党司令部的批准。然而洛甫拒绝合作；康生最终不得不放弃利用洛甫作为证人的想法。
康生对他的失败大发雷霆，他把专案组成员召集到办公室，告诉他们如何对囚犯的希望和恐惧产生影响，即使在即将释放的时候，也要以长期监禁或更糟的惩罚相威胁。他还指示他们把火力对准安子文，文革前的组织部长和“叛徒集团”的另一位成员。调查人员立即行动，向软禁的安子文许诺说：“如果你能写个证明刘少奇是大叛徒的材料，马上就可以去钓鱼台和中央首长谈话，车子就在门口等着。”安子文不为他们的允诺所动，问道：“这位中央首长是康生吗？”调查人员告诉他是的，但是安子文斩钉截铁地说：“我在中央组织部工作了二十一年，也没有听别人说过刘少奇是大叛徒。”
康生无法迫使安子文牵累刘少奇，因此他采取了不同的步骤。他指示专案组集中精力于二〇年代刘少奇曾落入反共警察之手的两个事件，去寻找刘少奇有两次机会背叛共产主义拳业的证据。在康生的指导下，调查人员找到了几个曾经和刘少奇一起被捕的共产党员，包括一九二七年在武汉和刘少奇一起工作的劳工领袖丁觉群，以及在一九二九年协助刘少奇组织沈阳纺织厂罢工的孟用潜。
康生的专案人员利用他们惯常的软硬兼施的手法，逼迫丁觉群和盂用潜指责刘少奇背叛党。丁觉群在武汉被捕之后，成为国民党的谍报员，但是在一九四九年未能逃往台湾，他在一份签名的供诃上承认，刘少奇向国民党当局提供了有关共产党劳工运动的情报。孟用潜在七天七夜的严刑拷打下屈服了，他证明刘少奇向少帅张学良的特务提供了情报，张学良那时是统治中国东北的年轻军阀。专案组下一步又找到了刘多筌，过去逮捕刘少奇和孟用潜的警察机构成员，逼迫他供述刘少奇与张学良曾达成一项“政治协议”。
康生对下台的刘少奇所罗织的罪名，使中国共产党中央委员会给他打上“叛徒、内奸、工贼”的标记，并且在一九六八年正式把他开除出党。在将近两年的监禁时期，刘少奇被剥夺了糖尿病和失眠症所需要的适当饮食和药物治疗，他成为一个废人。一九六九年当局对所谓即将发生的苏联进攻感到恐惧，发布了著名的“第一个号令”，把刘少奇和其他前任领导人邓小平、陈毅和王稼祥转移出首都，以免他们在战争中落人敌人之手。
刘少奇被转移到北京以南四百英里的开封监狱，但是他被摧毁的虚弱身体无法忍受旅途的劳累而染上肺炎。康生不允许医生照料他，一九六九年十一月二日，刘少奇死于开封。当这个消息传到北京时，康生与刘少奇专案组的其他人员在一次宴席上庆贺他们的成功。
刘少奇从没有被判处死刑．更不用说执行了，但是他落在康生手里无异于死刑。刘少奇被敌特机构逮捕的历史以及与一位出生美国的女子的婚姻。使他特别易受攻击；但是即使得到毛泽东的同意，仍然花去康生两年时间，才使这位国家领袖倒台并且杀死他。
从延安时期以来，专案组成为康生派秘密警察系统的一个组成部分。专案组的配备人员是有经验的公安干部，他们使用秘密警察的所有方法——秘密调查、证人审讯、监禁和严刑拷打——正如他们在文革时期清除共产党干部所做的那样。
在康生的监督下，专案组搜集那些旨在指控干部犯有反党和反对国家的严重罪行的综合性档案。利用威胁、严刑拷打、优待的许诺以使他人合作，是理所当然的事情。一位高级领导人的逮捕和调查无可避免地导致许多人的监禁、拷问和讹诈，因为专案组要搜寻证据，更频繁的是捏造证据。
康生很少直接参与迫害，他把这些事情留给在他监督之下的专案组。有两个例外是刘少奇和他的妻子王光美。江青妒忌王光美的魅力，在她的耸恿下，康生宣称这个女人是美国间谍，因为她出生在美国，而且会说英语。康生和江青指示专案组成员晓明（Xiao Ming，音译），在调查刘少奇的同时准备一份证明王光美是敌特的报告。晓明提交的那份评价王光美的报告语气保留，江青不得不要求专案组重写。晓明与康生一起讨论，康生谴责这位不幸的调查人员：“你的报告没用。你不理解江青和我说的意思。你没有把问题说清楚。”江青没有对安全事务的专门技术提出要求的权利，与她石同，康生暗示他知道王光美历史的内在真相。他告诉晓明：“不要为报告担忧，我会亲自写的。”康生著手撰写一份秘密报告，确认王光美不仅是个美国特务，而且还是日本人和国民党的间谍。一处置完王光美，康生就转向晓明，把他赶出专案组，并且逮捕他，在监狱里关了五年。
被红卫兵拘捕的大多数高干的命运，最终都由康生决定。他亲自监督十个专案组，调查共产党上层二百二十名被告的“罪行”——一千二百六十位高级干部中近百分之二十被带上革命法庭。
六〇年代末期留下的纪录显示，身为十个专案组的总监，康生证明了三十三位“国家领导人”（政府部长级以上的官员）和二百一十位政府部长、省领导和军队指挥员是罪犯。加上那些作为证人或间谍而受牵累的干部名单，康生专案组的高层受害者总数达八百三十九人。在文化大革命期间，康生还没把审查人员头子的职责发挥得淋漓尽致之前，中国共产党的最高阶层已经受到了很大的破坏。
对于康生及其盟友来说，所有要消灭的人中，最难对付的是中国共产党的总书记邓小平，那时康生决定，他以前的这位同事必须离去。
在几年以前的中苏分裂中，康生和邓小平曾在一起密切合作，但是到了一九六六年十月，康生转而直率地批评邓小平。康生创造了“刘邓修正主义路线”这个术语，直接把邓小平与已经受到毛泽东攻击的刘少奇联系起来，然后他命令中央党校的红卫兵调查“刘邓问题”。红卫兵让邓小平参加了一次批斗大会，就像康生预定刘少奇结果的先兆；但是那时周恩来向毛泽东说情，毛泽东裁定邓小平无需经受任何残酷昀待遇，而且要保留他的位置。
由于毛泽东和周恩来给了邓小平一层保护膜，康生和激进派不得不寻找更有创造性的方式来诋毁他。一九六六年末和一九六七年初，康生再次攻击邓小平，但是提供的口实不过是邓小平“非常懒惰”，“不恰当地学习毛泽东著作，”是“赫鲁晓夫式的人物。”康生承认，反对邓小平那样的人物，这些指控是空虚无力的，他命令他在中央党校的代理人编辑邓小平“修正主义”著作选。消灭邓小平的困难又一次显示出来：对邓小平言行煞费苦心的搜寻通常只找出羽少奇“修正主义”言论的三分之一那么多。
在一九六七年三月的军委会议上，康生重新展开对邓小平的批爿，他宣称一九五六年第八次党代会上，邓小平发表了—篇反毛泽东的讲话。根据康生的说法，邓小平实际上宣布“苏共二十大有—个好的结果，它告诉我们实行个人崇拜所留下的严重后果。”康生强调，这种看法是“恶毒攻击和诽谤我们的伟大领袖毛主席，也是恶毒攻击马克思列宁主义和毛泽东思想。”
康生的指控迫使邓小平辞去总书记的职位，但是康生仍然无法为一种实实在在的渣权统治方式提供法律根据，这种滥用权力可能使邓小平的生命置于危险之中。在迫害羽少奇的时侯，康生出示证人起誓证实刘少奇是—个“叛徒”，背叛了共产党；但是邓小平的错误基本上是属于思想上的“路线”问题。由于邓小平从未给国民党逮捕过，康生无法指责他是个内奸。景终在一九六七年四月，康生提出足够的证据指控邓小平曾是“逃兵”。根据康生所叙述的真相，一九三一年邓与广西国民党将领白崇禧交手，他抛弃了由他指挥的一支队伍。根据康生的说法，邓小平先遮往香港，然后到达上海。那时，邓小平解释说，他是向中央总部汇报工作，但是康生断言，邓小平到达上海，把他的时间花在宴会、酒席和城市的奢华活动上面。康生的断言有足够的现实基础，使它们有几分可信性：事实上，一九三一年邓小平是在广西的一次军事挫折之后去上海的。即使如此，反邓小平的案例，要比康生制造的反刘少奇和其他许多受害者的任何东西都要软弱无力。邓小平可能离开过他的职位，但是他没有与敌人合作。甚至连康生也没有利用邓小平所谓的逃跑来指责他背叛了共产党的事业。
虽然邓小平丧失了影响力，但是康生和他的同志们没有提出更具毁灭性的指责，邓因而置身于红卫兵和专案组调查人员的掌握之外。几十年来，邓小平与毛泽东一起密切合作；他一直是由毛泽东领导的中国共产党农村派别的成员，参加过长征，在一九三五年的遵义会议上支持毛泽东，反对二十八个布尔什维克。五〇年代，邓小平与以城市为基础的干部合作，他们曾是刘少奇“白区”组织的一部分，但是他仍然与毛泽东保持着密切联系，一九五四年他协助毛泽东反对高岗，后来也支持毛泽东抵御苏联的批评。激进派说服毛泽东同意把邓小平赶出办公室，但是他不允许他们杀害、拷问或监禁邓小平。当中央领导人发布“第一个号令”时——这导致了一九六九年刘少奇转移到开封监狱——邓小平也被送往江酉省的一个小镇，在一个工厂当工人，或多或少不受干扰地度过了三年。尽管康生做了最大的努力，但是邓小平打算活着在以后的日子里再去战斗。
康生可以坚持由红卫兵批斗或由专案组调查人员拷问邓小平，但是没有毛泽东的同意，他不敢这样做。毛泽东可能无法及时把邓小平从红卫兵的残暴行为中拯救出来，但是康生知道，主席有权力追查和惩罚未经批准而错误对待邓小平那样重要人物的责任。康生在延安曾亲自监督对许多犯人的审讯和拷问，但是他也留心文化大革命对他造成的危险，通常在拘留中心和监狱的一定距离之外操纵。他继续允许使用残暴手段来对付受害者，但是小心地掩盖他的作用，正如他在彭德怀元帅一案中所做的那样。一九六七年七月，康生召集戚本禹，一位已晋升为政治菁英的红卫兵领袖。康生告诉戚本禹给北京航空学院红卫兵头领韩爱晶带个信，可以对彭德怀进行残酷斗争。彭德怀遭到毒打，肋骨骨折，严重受伤，但是康生的参与仍然是个秘密。这些年轻的激进主义者不会想到，他们对前国防部长看似自发的攻击其实是源自上层的授意。
在安排处决那些不像邓小平那样不可动的共产党菁英时，康生还是遵循官僚机构的正式手续。在六〇年代末他集中注意力搜寻叛徒和特务的时期，康生发现有两个关在北京监狱的人知道他在三〇年代出卖党内竞争者的某些实情。他们是王云程和卢福坦，曾在上海与康生一起工作，他们被国民党逮捕，后来被国民党安全机构招募。
与国民党的许多情报官员一样，王云程和卢福坦没有在一九四九年后逃离大陆，但是对于中国的新统治者说，他们对国民党秘密活动的广傅知识，使他们活着要比死去更有价值。
一九六八年十二月末，在听到专案组有关王云程的报告之后，康生指示调查人员立刻写一份报告，要求批准对王云程的处决。但是王云程没有被处死，几周以后，康生再一次催促尽早执行。官僚机构的惰性以及个别公安官员不愿承担杀死著名囚犯的责任，耽误了康生命令的执行。发怒的康生给他的下属写信：‘我反复告诉你们，这些人要对许多罪大恶板的事件负责，我还允许你们写一份报告，立刻处决他们。但是你们帕不这样做。”最后在一九六九年十月，王云程和卢福坦被秘密处决了。
康生还干预对吴晗的处理，吴晗的戏尉《海瑞罢官》被用来当作发动文化大革命的借口，这使他必死无疑。康生已经给吴晗打上试图为彭德怀翻案的“修正主义者“标记，为了更残暴地迫害他，康生需要迸一步败坏他的名誉。康生重揭对吴晗戏剧的最初争论，他坚持吴啥可能就是吴小嗣，吴小圃曾是个共产党员，三〇年代在上海向国民党叛变。康生的断言导致吴晗于一九六八年三月进了监狱。专案组开始不分昼夜地连续审讯，剥夺了这位剧作家的睡眠，频繁地拷打他。然而，吴晗显然不会坦白与叛徒吴小固有任何联系，专案组只好汇报了他们的失败。
愤怒的康生向调查人员喊道：“吴啥不是叛徒，就是特务！”康生出示四〇年代末国内战争时期吴啥与苏联外交官接触的记录，坚持吴晗曾是俄国特务。专案组把吴晗当作。敌特“留在监狱里遭受残酷的折磨，从而毁坏了他的健康；他在一九六九年十月十日死于北京监狱。吴晗的妻子袁震和女儿小彦也成为康生的间接受害者。袁震已经病得很严重，还是被送往一个劳改营，在鄢里她的健康继续恶化。一九六九年三月十七日，她被允许返回北京寻求医疗。那天晚上她去医院，但是由于她是吴晗的妻子，她受到医务人员的忽视，第二天早晨死于医院。她父母所遭遇的一切使小彦精神错乱。她把母亲的骨灰放在枕边；七个月后吴晗去世，于是小彦开始向当局要他的骨灰，她四处徘徊，并且咕哝着这样的话：“父亲没有死。”如果人死了，他们还能哭泣吗？”激进派领导人认为她威胁了他们的安全，命令把小彦拘留；很少人知道她后来怎么样了，除了她于一九七六年十一月二十三日死于监狱，那是她父亲去世七年之后。从文化大革命幸存下来的吴晗的直系家庭成员，只剩他儿子吴彰。
康生的许多诡计反映了深植于中国历史中的各种斗争模式，但是同时，他破坏了中国最基本的价值：依恋于故友关系的重要性（尽管在与毛泽东结盟的岁月中，他利用了这种价值）。当文化大革命愈演愈烈的时候，一天晚上，康生邀请老友刘晓与他一起吃饭。二〇年代中期在上海大学，康生与刘晓首次相遇，多年来一直保持密切的往来。在饭桌旁闲聊了一会儿之后，康生突然改变了话题：“有一个双重特务，起先是国民党特务，后来是苏联特务。你认为是否应该逮捕他？”
在酒的影响之下，康生浸无边际地闲谈着，刘晓皱起了眉头。但是康生开始谈到潘汉年，他在一九五五年作为叛徒被清洗，那时他是上海市副市长。康生提及潘汉年，引起了刘晓的猜疑，因为潘汉年这位上海的前秘密警察侦探，与康生和刘晓有长期的联系。
“赵容（与康生其他上海时期的老相识一样，刘晓仍然以他那时所使用的名字称呼他），你是否对某个姓刘的人感兴趣？你说的是不是我？”
康生笑了：“不，我并不认为是你。”
刘晓不再谈这件事，但是晚饭后，在登上指定送他回家的汽车时，他被戴上手铐，而且被送进监狱。他留在那里，有三个月没有受到任何审问。
刘晓是一位地位很高的外交官，他曾在莫斯科当过大使，并且仍然与外交部保持联系。刘晓被捕的时候，陈毅元帅是外交部长，当陈毅听到刘晓和康生吃完晚饭后失踪的消息，他便打电话给康生，询问刘晓的情况怎么样了。康生简短地答道：“刘晓已经坦白他是双重特务。他现在正在写材料揭发以前华东局和上海市的问题。”他以威胁的口吻补充说：“我不知道还有谁是他的同伙。”陈毅明白康生的议论是指向他的，他曾是华东局和上海市的首脑。陈毅大怒，对着电话喊道：“康生，你要抓就抓我一个人好了！”
没有人站出来进行直接的挑战，康生只是向毛泽东简单地汇报说，陈毅正在干预一起调查中的间谍活动案件。陈毅无法保护刘晓，刘在监狱里度过了好多年。陈毅逃脱了降临到刘少奇和其他许多老战士身上的命运，但也确实感到了日益增加的压力，他最终失去了外交部长的职位。
康生对内蒙古有特殊的兴趣，那是一大块新月状的狭长地带，几个世纪之前，它曾是独立的蒙古王国的一部分。一九六八年四月，康生和江青接见了控制这个地区一个红卫兵首领的代表圃。听了代表圃汇报内蒙古的有关情况之后，康生把话题转到内蒙古人民党，这个活动于四〇年代、早已不复存在的政治组织。在苏联的影喻下，人民党试图在中国与俄罗斯控制外蒙古之间创建一个独立的蒙古缓冲国。
“内蒙古人民党至今还在地下活动，”康生警告他的来访着，并且进一步给他们下命令，“开始时揪的面可宽一些。不要怕，要下决心，继续揪下去，要揪到底，不能姑息！”
因此，康生给了红卫兵借口去开展一场毫无保留的恐怖运动，以反对所谓与内蒙古人民党有联系的任何人。这场运动导致了重大伤亡。估计有三十四万六千个内蒙古人被当作这个地下党的成员而遭受迫害；一万六千二百二十二人死亡，其中有些人是以最野蛮的方式折磨致死的。当一位被怀疑的女青年拒绝承认她属于这个被禁止的党时，红卫兵审讯者把她衣服剥光，用一根木头楔子塞进她的子宫里。她被折磨至死。红卫兵对男性嫌疑犯也不宽容，一位不愿坦白的青年在长时间的拷打之后，甚至被他们割去生殖器，他不久后就死去了。一位二十岁的嫌疑犯被皮鞭抽打得遍体鳞伤，又在他的伤口上放置通红的火炭，后来红卫兵把一桶冷水浇在他身上，但是等他清醒时他仍然不予合作，最后他们把他吊在闪着火苗的火堆上，活活将他烧死。
另一个引起康生注意的地区是南部的云南省，它在泰国和缅甸的边界北面，那里仍然是国民党特务机关残余分子活动的舞台。共产党胜利之后，蒋介石的一些军队逃往缅甸和泰国，他们在称作金三角的地区建直起鸦片种植的王国，并且利用它作为袭击中国南部的基地。一九六八年一月，当康生把矛头指向云南省的时候，那里十分有限的反共活动对北京当局没有构成任何威胁，但是这并没有阻止康生。
康生炮轰赵健民，这位云南省委的头领当时住在北京西面长安街上的京西宾馆。京西宾馆长期以来是各省领导在京住宿的地方，这是个军队宾馆，高高的围墙后面是用砖石建造的大型建筑，严禁外人闻人。文化大革命期间，这个宾馆的一些客人发现，它忽然变为康生及其心腹对他们进行初步审讯的场所。赵健民就是其中之一。
康生首先指责赵健民支持炮派，这是云南一个已失去声誉的红卫兵组织。“赵健民，你支持炮派，出了许多坏点子，是不是？”
“我投有支持炮派的错误行动。”
“你不要骗莸。刘少奇才驻我们，叛徒、特务才骗我们。
我问你，你在白区工作，是哪一年被捕的？”
“一九三六年。”
“你在监狱里是怎么自首的？”
“我设有自首过。”
“你还骗大家！你是个叛徒。
“我不是！”
“我再重复—遍，你是个叛徒！”
“事实不是！我保留意见。”
“好，你保留意见。”康生宣布，“你写个条子。你的行动不是偶然的。—个叛徒混剜我们党里来，想乘文化大革命的机会把边疆搞乱。我看到了国民党特务组织搞的—个计姑。我凭四十多年的革命经验，有这个敏感，我一眼就看出，你不是善类，你对我们有刻骨的阶级仇恨。”
“党中央可以审查。”
“一定要审查你。你是这样疯狂，你这是疯狂地向无产阶级司令部进攻！你还要求中央审查吗？”
“我要求。”
“你写个要求中央审查的条子。”
赵健民写条子以表示他的清白，并且要求党中央调查这件事情。赵健民写完之后，康生命令他忠诚的副手，公安部长谢富洽逮捕赵健民。他被抓进监狱，在那里关了八年。
对赵健民的指控之一是他与“国民党云南特务组”有联系，他在南部省份的干部同仁因而遭到广泛调查。没有证据说明赵健民与任何国民竟的活动有联系，但是康生还是利用所谓国民党在云南的活动，来为他广泛的政治迫害辩护。支持他并且煽动这次讨伐的是谢富治，他曾是前云南省委书记，有个人的宿怨要报。康生的行动陷害了数万人，导致一万四千人死亡。
文化大革命期间，康生是指导数千起迫害的大审问官。他所监督的专案组把触角伸向大陆的每个角落，毫不留情地追寻证人和间谍，被威胁和拷打的人无法计数。康生协助倒建的迫害系统是自身延续的：每个新的受害者都使一个党羽网络受到彻底调查，而每次新的调查都使更多人受到审查和惩罚。
康生很少发放正式的死亡许可证，但是许多人的死亡是由他发起的运动所直接导致的。那个时代的混乱状态，使我们现在不可能计算出文革时期直接归咎于康生的准确死亡人数，但是从文件资料中可以发瑰，一九六六年和一九七〇年之间的死亡人数超过三万。
正如统计数字所揭示的康生罪行程度是不完全的，它们也不能传达他野蛮的观念。在追捕他的敌人时，他把中国变为一个几乎丧失了任何人类同情心的残暴世界。
一九七八年在谴责康生的一次会议上，胡耀邦这样描述康生的淫威：
“在他们去世之前，许多同志的身心都遭受到极大的痛苦。有的受折磨致死，有的自杀，有的被暗杀，有的毒死，有的饿死，有的被关在精神病院，有的在医院里睁着眼睛等死。”
康生尽力隐瞒他在谋杀和严刑统治中的作用，这种统治是由他煽动并且带到大陆的每个角落。但是他那残暴的欲望从不能完全地隐藏起来。在中国城市的大街小巷中，康生使人遭受痛苦的爱好是如此臭名昭著，以致使他挣得一个人们只能私下称呼的头衔“阎罗王”——古代中国人给印度恶魔阎摩取的名字。