到一九四〇年，康生已经对其他人的生活蒙上沉重的阴影，但是他渴望获得更多的权势。在接下来的几年里，他极其无情地扩展他的权势，因此他成为共产党内上下阶层干部心目中的恐怖象征。
康生在一九三九年强化了他对社会事务部的控制，在四年代的最初五年里身兼两个秘密警察机构的首脑，并且是毛泽东最喜爱的人物，这大大提高了他作为一位党领导人的威望。康生操心着安全和情报事务，在党校发表演讲，出席党的最高层会议，同毛泽东和江青交往，并有条不紊地运用斯大林的方法来对付延安的共产党员。
利用不断增长的独裁主义的倾向——已经受到“白色恐怖”、长征、抗日战争以及对国民党进攻的恐惧的鼓舞——康生使秘密警察成为什么是事实什么是虚构的最后仲裁人。四〇年代初期，理想的机会确实来了，当时毛泽东授权他监督“整风运动”。这场思想改造运动，塑造了共产党领袖的各种政治手段，并且从那时到现在，在不同程度上获得了成功。
随着毛泽东加强他对党的控制，暗中挖王明墙脚的运动因而加剧。王明则继续利用他那帮在苏联培训过的支持者和他在共产国际的关系，来向毛泽东作为党最高领导的地位进行挑战。有一次，单单一句话就能给康生用来反对他先前的庇护人王明。一九四〇年十二月下旬，毛泽东写了一篇名口《论政策》的文章，文中如此声称，“陈独秀（和）王明犯了右倾机会主义的路线错误。”中央委员会的大多数委员说服毛泽东重新修改那一节，不要使用“路线”这个词——这个删节减弱了陈独秀和王明是一贯错误的印象。康生来到毛泽东那儿，告诉他“不写路线这个词是个原则问题。”在毛泽东的耳边低声叙说他的看法，成为康生最喜爱的手段，这使他能够在没有其他领导人知道的情况下起作用，同时也使他自己成为毛泽东值得信赖的顾问。
一九四一年年底，毛泽东开始为一场涉及党的历史观的运动做准备，这场运动会扩大他自己对中国共产主义事业的贡献。那年九月，政治局讨论了长征的初期阶段在政治上和战略上所犯的错误，当时王明的追随者们已经控制了党的委员会，透过投票压倒了毛泽东和他的同盟者，制订了共产党的战略决策。政治局断定那时确实犯了严重的错误——这本身对于毛泽东来说是个胜利——并决定发起一个运动来纯化资深领导人的思想，以及纠正对于历史的“错误理解”。换句话说，即是将毛泽东个人关于党的历史观灌输给一般党员。“整风运动”于一九四二年二月一日正式展开，当时在党校每年一度的开幕仪式上．毛泽东在演讲中将它提了出来。
毛泽东和他的亲信们计划透过“整风运动”，将一种对毛泽东全心全意的忠诚灌输给全体党员。在“整风运动”的最初阶段，任何怀疑毛泽东地位的人，都承受到来自团体的沉重压力——并且随着这场运动愈演愈烈，拷打和监禁也跟着出笼。毛主义者的目的是要使王明和他的亲苏小集团、即二十八个布尔什维克丧失信誉。用中国共产主义晦涩难解的专门词汇来说，毛泽东的一方，“必须消除由于王明所犯的先是极左后是极右的错误，对党所造成的损害和危险”。毛泽东运用灵活的战略，将中国共产党和红军从布尔什维克的毁灭性政策中解救出来，因而受到歌颂和赞扬。除了赞扬毛泽东思想策略上的长处，还强调毛给马克思列宁主义传统带来了一种新的、中国式的哲学成就。不像王明依靠共产国际和苏联的威望，毛泽东诉诸于中国的民族主义意识和对外国人的畏惧与憎恨。
为了掩饰“整风运动”的党派动机和野蛮的工作方法，它被描述为马克思主义教育的一个过程。党员们必须学习和讨论精选的文件，然后参加无休止的批评和自我批评的会议，在会议上，所有党员都被要求披露什么时候他们曾经偏离过那些文章里阐明的思想标准，并且谴责少数需要帮助的同志。这个运动公开宣称的目的是改进党的“工作作风”，克服“对思想意识的误解”（一个党的政策突然转变的代码），并帮助较为年轻的干部“改造资产阶级思想”（即要求绝对的忠心）。这种对“整风运动”相对温和的解释，在西方依然得到广泛的认可，许多西方专家继续坚持，这场运动只不过是试图使有错误思想的中国共产党党员屈从于心理上的匪力，而不是清洗他们。套用研究“整风运动”的学者马克·谢尔登（Mark Selden）的话来说，其目的是对那些正在踌躇不决的干部进行改造，并使他们重新回到党的怀抱，“而不是把他们当作敌人，通过流放、集中营，甚至开除出党或者开除公职来消灭他们。”
毛泽东同他的捉刀人陈伯达一起，在“整风运动”期间起草了许多学习文章。然而，康生却被指派筹划和实施这场运动。一九四一年八月，在政治局认可这场整风运动的前一个月，康生被任命为“干部调查委员会”的主席，这是一个像社会事务部一样极有权势的机构，负责审查干部以保证他们符合所需要的政治标准。康生的任命标志着他已成为最有权势的中国共产党领导人之一。三个帮助康生管理这个委员会的副主席，也都具有非同小可的影响力：高岗，中国西北地区党组织的领袖；陈云，负责组织工作的政治局委员；还有彭真，华北的一位重要领导人，后来成为北京市长。
“干部调查委员会”的任命使康生直接参与了“整风运动”，并且在具体工作中同毛泽东站在一边。康生对“整风运动”的控制和他同毛泽东的关系在一九四二年七月变得更为明显，当时成立了一个“总研究会”来监督“整风运动”。毛泽东担任这个委员会的主席，但是委员会的权力一天天落到了它唯一的副主席康生的手里。康生还是这个委员会中一个最有影响的小组的组长，负责调整党的中央各机构，并决定谁可以为它们工作。就非正式的权力关系而言，或许当时康生权力之大仅次于毛泽东而已。在毛泽东的帮助下，他逐渐在延安占据了一些最重要的位置。彼得·伏拉基米洛夫贴切地将康圭描述为毛泽东的“爪牙”。
康生不但利用“整风运动”来攻击王明，而且他在一桩试图用水银毒死王明的传说中扮演了主要角色。王明在一九四二年生了重病，一位专给共产党领导人看病的医生金茂岳给他开了处方，使他的病情更形恶化。到一九四三年三月，王明的健康状况是如此糟糕，以至于他的生命似乎已危在旦夕，他的妻子孟庆树向一位前来延安的苏联代表团的俄国医生询问金茂岳所开的药方；俄国人告诉她整个治疗期间药的成分中有一种水银，可能同其他物质起化学反应，严重危害她的丈夫。
王明声称，受罪恶感驱使的金茂岳曾向他坦承接受组织部一名官员的命令，开一种有毒化合物的药方。在日记里记录下这桩事件的伏拉基米洛夫，断定是毛泽东和康生设想出毒死王明的秘密计划。
王明声称康生、毛泽东和其他人意图毒死他的说法，依然是个引起争论的话题。中国共产党的历史学家们根本拒绝考虑王明的指控。对比之下，苏联的中国问题专家们相信，确实有毒死王明的企图，并把这个事件看作是康生“异常残酷”的一个例子。一些西方专家们持怀疑态度，他们坚持说下令处死对手，是违背毛泽东性格的作为。然而在文化大革命期间，康生大肆地运用医学上的误诊——开错误药或者根本不给药——好使剃少奇主席和贺龙元帅那样的对手遭致可能的死亡。将毛泽东牵扯进这幅画面并无必要；任何试图杀死王明的计划可能都是由康生一个人发起的。没有人会觉得，这种手段与康生使人遭受痛苦的趣味有不相谐调之处。
这次事件依然处于神秘的氛围中，但是王明昀指控在党的委员会里激起了一阵使人困窘的争论。为了调查“金茂岳事件”而成立的一个三人小组的委员会断定，金茂岳试图毒死王明是根据资深的国民党特务头子陈立夫的命令。按照调查员的说法，陈立夫是透过国民党的红十字会主席给金茂岳传送指示的。金茂岳所做的“招供”也证实了调查员们的讲法，但是在四〇年代的延安，这样的招供很少是与真实相符的。金茂岳事件调查委员会的调查结果带有康生的手印，康生同刘少奇和李富春一起，是委员会的三人成员之一。调查员们判处金茂岳五年监禁，但是同时，又允许他依然可以自由活动和行医——对于为国民党情报机构工作而被判处有罪的共产党党员来说，这可是不折不扣的特权。一九四五年，当“整风运动”的过火行为得到纠正时，金茂岳推翻了他的招供，坚持说他草拟这个药方只是犯了一个错误，并非蓄意损害王明的健康。
王明依然病了大约三年时间，不能够参加延安的定期政治讨论，或者出席在一九四五年四月举行党的第七次全国代表大会。毛泽东最后同意他去苏联进行治疗。不论金茂岳是否故意开出含有水银的药方，对王明虚弱身体的损害，使他无法应付对毛泽东时机良好的进攻，王明的声望因而黯然失色。
在康生主管“整风运动”以后不久，他更加努力地在延安清洗所谓的敌特。到一九四三年年底，“整风运动”已经进行了一年半，随着社会事务部以政治忠诚度的最终审判者出现，康生彻底把这场运动变成了一场政治迫害。康生争辩说：“我们发现了如此多的间谍，以致全体固志都必须时刻保持警惕……现在你们必须提高警惕性……帮助那些愿意向党坦白表示悔悟的人，并把他们从敌人第五纵队的陷阱里拯救出来。这是你们的神圣职责。”
一九四二年十二月，康生开始把“整风运动”转变成一场残酷的清洗，当时他在陕北公学——一所由社会事务部管理的训练学校，康生的许多助手和门徒都曾在里面上过学——逮捕了一名年轻的男学生。这名十九岁的学生张克勤曾经在甘肃省参加共产党的地下反抗组织。但是康生宣称张克勤是典型的间谍嫌疑犯，指控甘肃省党组织是“红旗党”一一这是他对于在进步的幌子下、或者在“红旗”下进行反共产党活动的团体的专门措辞。康生指出，张克勤的父亲曾在甘肃省会兰州被敌人逮捕过，认为他有“政治问题”。为了证实他对于张克勤是一名敌特的怀疑，康生引用张克勤表露对资深干部不同意见的纪录——尽管这种明显的举动几乎不可能是一个搞过秘密活动的人会去做的。
康生没有反对张克勤的真实证据。但是这并没有使他止步不前，他利用心理压力和肉体折磨的标准戏码来使张克勤屈服。张克勤几天内就支持不住了，承认他是一个国民党闻谍。康生立刻召于了公众大会，逼迫张克勤向大批听众重复他的招供。张克勤的蒙耻给康生制造了第一个“拯救”年轻“敌特”的事例——尽管那是具有康生特色的“拯救”。
张克勤案件开始了一场对可以被“拯救”的敌特的广泛搜查运动。康生宣称国民党的秘密特务不但已经渗透到延安每一个部门和组织里，而且也渗透到在圄民党统治区和日本占领区活动的地下共产党大小组织，并且已把它们变成了“红旗党”。康生对间谍的追捕聚集了庞大的力量，使一九四三年变成恐怖的一年。那年的四月一日，封锁着边区大门的国民党将军胡宗南，派了一位代表到延安。康生利用这位代表的访问，并以不让叛徒同这位国民党代表接触为借口，安全机构的特工在一夜之间拘留了两百多名可疑对象。一些较为清醒的同事提出质询，怀疑这么多的秘密特务竟然能够进入延安工作，于是康生答道：“我们可以在逮捕他们以后再谈论这个问题，等他们被关起来以后，我们就可以审问他们了。”
康生法网下更为著名的受害者是王实味，一位从一九三九年开始在延安广为人知的作家。尽管他早在二〇年代中期在北京大学读书时就参加了共产党，他还是使延安许多高级领导人感到恼怒。他是个真诚、严肃、热情的知识分子，除了文学和中国的复兴，其他都不感兴趣。“他从不抽烟、喝酒，或者看电影；他的唯一消遣就是散步。”他的妻子说道。王实昧在延安这个菁英统治圈内失去了忍耐力；他开始批评各式各样的组织的首脑，因为他们使自己得到比普通学生工人所能得到的更有营养的膳食和更好的衣服。他还反对由资深的领导人来选择整风委员会的成员、而不是通过民主选举的作法。
王实味一系列谈论和墙报以及一篇干一九四二年三月发表的著名杂文《野百合花》里，表述了他的异端观点。王实味的文章一出现，他和他对延安的批评就成为每一个人的话题；但是出名是很危险的。几星期之内，中央研究院——党的最高知识分子机构和社会科学院的前身——亦即王实味所茌部门，里面许多文学工作者，因为他追随“平均主义”思想而开始谴责他。
康生最初并没有参与对王实味的批判，但是在《野百合花》发表后不到一个月，中央研究院院长李言向康生汇报这个事件的发展情况，康生的反应使李言感到吃惊。康生了解王实味的所有情况，并警告李言要小心对待他：“王实味是一名托洛茨基分子，他在组织上是个积极分子；他还是个蓝衣社特务。他和其他人不一样。他的问题不是一个意识形态的问题。”
康生的表弟、也是他在上海大学时的同学李宇超，在一九四二年五月二十七日一次文学工作者的座谈会上，指控王实味信奉托洛茨墓主义；王实味承认他同中国托派中的许多文人关系友好，但是断然表示他从来不属于他们的组织。但他承认自己同意托洛茨基的某些看法：按照斯大林和他的代理人鲍罗廷的政策，共产主义革命在一九二七年四月失败了。在一个戒律森严、极权主义的社会里，王实味再一次做出了一个危险的挑衅。
在康生的授意下，社会事务部把一些特工人员派进中央研究院，搜集有关王实昧的情报。到一九四三年四月一日王实味被逮捕的时候，指控他的罪名从“蓝衣社特务”转变成“托派分子”。他在枣园的监狱里一直关到一九四七年，当时面对国民党的进攻，所有的共产党团体都撤离了延安；王实味由社会事务部的警卫人员押送到山西省一个荒凉的小城新县，当地的社会事务部特工人员将王砍头处决。一般都认为王实味的死刑命令是康生下达的。
到一九四三年七月，康生实施的“突然打击”已经持续了好几个胃，并拘留了一千多个“敌特”。七月十五日，在一次中央党的机关干部会议上，康生作了题为《挽救失足者》的冗长报告。康生的演说集中体现了他养成的那种受压抑的歇斯底里的腔调，散发出令人恐惧的气息，这种气息像波浪般淹没了听众。他宣称他是在“一个非常时刻，一个军事动员的时期……在国民党……紧紧包围我们南部前线并等待着进攻命令的时候发言，”康生继续说道：
在这儿，在三个月以前，我们向每一个人通告，日本侵略者和国民党训练了大批的间谍和特务，想要消灭我们……所以，在四月十日以后，党中央再一次通过了一条宽大政策，并号召那些青年人重新作人，改过自新，摆脱特务们的陷阱。在最近三个月里，党员和非党员的努力鼓舞了许多失足者和受害者；使他们接受党的号召，挺身而出大声谴责日本鬼子和国民党，因为他们扼杀了中国的青年人。迄今为止有四百五十人向党作了交代并表示了悔改之意。
为什么共产党要如此费心地来拯救你们？简单地说，是因为党想要你们做一个中国人，而不是被骗去为敌人服务。你们当中那些迷失方向的人，要下定决心，要神志清醒地向党表示悔过，抛弃特务的外衣，扔掉第五纵队的制服，穿上中国人的衣服，大声揭露你们所蒙受的欺骗、侮辱和损害，坦承你们所犯下的罪行。共产党欢迎你们这些失足者重新成为中国人，反对日本，为国家服务……你们中谁曾经被日本侵略者和国民党强奸过和欺骗过、被吸收进第五级队，由于你们的幼稚和无知，由于你们企求名声和利益，害怕死亡，陷入了特务的陷阱……我们替你们担心，害怕你们会去自杀……当一个人向党交代的时候，我们马上消除有关他的证据，把他的名字从特务的行列中除去，我们感到欣慰，因为他成了一个有觉悟的人。共产党又拯救了一个人！……
最后，我警告那些不愿意坦白的人，我们保持宽大的政策，但是宽大是有限度的……我们警告那些顽固地拒绝醒悟的特务。觉醒吧，尽快地觉醒和转变。拯救年轻的失足者这件事情上，我们有一颗菩萨的心脏，但是为了镇压顽固的特务，我们也有铁一般的意志，如果他们……宁愿选择充当敌人的第五纵队，那时我们就将采取严厉的方法采消灭他们。
康生的演说掀起了追捕间谍和特务的高潮。大多数党员接受了“国民党特务”、“日本特务”、“内奸”、“叛徒”、“红旗党”、“cc派特务”和“蓝衣社”特务暗中破坏共产党各种机构的说法；许多人是以告发同志或者承认自己的“政治问题”，来预先阻止别人对他们的指控，以获得安全感。在“拯救”和“坦白”会上，惊恐和慌乱的青年人揭发了家庭或者朋友同国民党十分遥远的关系——这种追本溯源的关系在资深共产党人自己的生活中也是比比皆是——这种现象十分普遍。党员们被逮捕、审问和拷打，直至做出招供。恐怖使它本身永垂不朽：越多的干部自愿坦白，敌人颠覆的危险越真实，就越能证明逮捕和拷打其他受怀疑者是正当的。康生最后宣称，经过细心的安全工作查证，他计算到延安参加共产党的年轻干部中，宥百分之七十到八十在政治上是靠不住的。
有些单位里，几乎每一个人都被打成了敌特。在一所军事通讯学校的二百名学生里，有一百七十人被康生当作特务加以逮捕；一所师范学院里有八十八名学生参加“整风运动”，其中六十二人被拘留；在另一所培养教师的学校里，学生和职员中的百分之七十三都被逮捕。逮捕的浪潮也涌进了安全机关本身。隶属于当地政府的安全保卫单位的延安警卫团，百分之八十到九十的人被当作国民党特务加以逮捕。在两星期内，康生在陇东捕获了一个人数超过二百人的所谓间谍网。逮捕还触及党总部的干部，不过最高层几乎没有受害者；党书记处的六十名干部中只有十人被指控为“特务”。
处于极端压力之下的一群群受害者，承认曾为国民党，为日本人，或者既为国民党又为日本人工作。康生和他的亲信为每一个合作的人提供拯救的前景，但是那些不愿意合作的人，则受到心理上和肉体上的残酷折磨，包括他在一九三九年使用过的那套手段，即剥夺受害者的睡眠，然后用毒蛇来恐吓他们。其他一般的方法是“车轮战”、单独监禁、为招供提供酬金，和假处决。尤其突出的是贯穿“拯救”运动所利用的公众大会。这些会议经常具有一种恐怖的、戏剧般的特性：一把刺刀、一个绳套和一杯毒药放在嫌疑犯的面前，同时群众大声呐喊“坦白你的反革命罪行，否则立即灭亡！”或者“灭亡之路有三条。任选一条！”那些拒绝接受群众要求的人，便遭受最为痛苦的对待，甚至被处决。
诱出虚假的承认之际，康生知道真相被歪曲了，但是它似乎满足了他的某些坤动。他扫除异议，评论说如果“虚假的证据是罪犯想要说的，那么就让他们去说。”当一个十四岁的女孩坦白曾受特务的训练，勾引和诱捕党的干部的时候，康生利用她的声明宣称，他的反间谍工作已经“创造了”一种接近敌人的“新方法”。但是他也强调许多招供的不可靠性，警告说既然任何特定的个人真相是无法确定的，那就必须实施进一步的审讯。
尽管他应允过“拯救”，康生却不愿释放那些遭逮捕的人们，无论他们是否招供。当一名审讯官请示他嫌疑犯一旦承认了他的罪行，是否可以让他自由时，康生命令他告诉那名犯人，“你不彻底坦白，你不解释清楚，你的任务就没有完成。”他告诉另外一名审问官，“问一万个问题。使得他们任何时候都不可能回答完全。”
康生的“整风运动”将一种新的成分引进中国的政治生活：一种对诱行虚假招供的强调。在长达两千多年的时间里，中国的皇帝和大臣都懂得因为政治上的犯罪而处决对手，但是他们很少去搜寻捏造无根据的招供方法。在公元前二一一年，给中国带来政治上的统一的第一位皇帝秦始皇，活埋了数百名学者，因为他们的理论可能会威胁到他新建立的帝国，但是他并没有试图去强制他们承认有罪。中国的法律制度在传统上是采用拷打的方法来获取证据的，但大前提是，在强迫下产生的证据是真实的。在康生领导下的“整风运动”，象征着对这种惯例的严重破坏。康生将斯大林主义思想应用于延安，故意引用每一个极其不幸被打成嫌疑犯的人的虚假招供，这些招供使他那关于反革命分子和秘密特务的想人非非的世界，显得可信许多。
中国共产党在二〇年代末开始使用粗暴的方法来控制思媳，当时军事指挥官们在他们的部队中必须发扬团结一致和承担义务的精神。但是思想改造在延安达到了一个新的精致水平，数十年朝着这个方向发展。康生并不是负责把斯大林主义的技巧移植中国的唯一共产党人，但他是最重要的。他在莫斯科的工作赋予他一个观察苏联的无与伦比的机会，并且作为社会事务部部长和“整风运动”的主将，他被理想地安排在中国实施这些课程。
在“整风运动”中人们所付出的代价是非常高的。杰奎斯·伽利玛（Jacques Guillermaz），一位法国的中国问题专家估计，在运动期间，有四万到八万之间的党员被开除出党。许多人发了疯，与此同时其他人或者上吊，或者投河投井，都自杀了。更多的人则被监禁，一直关到一九四五年第七次党的代表大会召开，他们中的许多人才恢复正常的生活。尽管降临到大多数人头上的只是肉体上和心理上的折磨，但是死刑判决仍然实行到一九四七年。那年三月，当国民党军队进犯延安，迫使共产党撤退时，康生下令秘密处决了一百名左右自从“整风运动”以来一直关着的犯人。
对于“整风运动”的诸多受害者来说，尽管在一九四五年第七次党的代表大会后被释放且恢复了正常生活，却并不能保护他们自己永久免遭康生的迫害。在文化大革命期间，他找到了他们当中许多人，逮捕他们，重又以内奸和叛徒的罪名指控他们。“整风运动”期间的逮捕纪录就成为证明他们不忠的最佳证据——四〇年代的虚假指控，二十年以后竞成为一种个人不忠的“证据”，噩现江湖。
受到伤害的党领导人最后开始秘密反对康生和他的恐怖运动，但是除了最有权势的人之外，没有人敢对他的方法表示非议，并同毛泽东讨论它们。任弼时，一位有影响且独立思考的政治局委员，就在一九五〇年他逝世之前，试图让毛泽东注意康生滥权的作法，但终告失败。康生的另一个对手周恩来，当时正在战时陪都重庆，讥笑康生关于在国民党统治区的共产党机关都是“红旗党”的声明。
考虑到异议者的意见，党在一九四三年八月十五日发布了一道关于“干部调查”的命令，试图限制暴力和威胁的使用。但是正在全速向前发展的康生式“拯救”运动，早已导致数以万计的党员承认同国民党有联系，于是，这种反敌特的需要对所有人来说就变得很明显了。不顾八月十五日的命令，在数星期以后召开的一个群众大会上，作为这场继续进行的政治迫害的一部分，二百八十名共产党员承认自己是间谍；另外一百九十人在同志们自发供述后，惟恐受到牵连，也做了坦白。
康生出示那张坦承自己是间谍和特务的名单，借以证明他的策略是正当的。除此之外，他可以诉诸毛泽东的权威，毛泽东早在一九四O年就已宣称，“我们必须坚决镇压那些顽固的内奸和反共分子，否则我们就不能保护抗日的革命武装。”在拯救运动的争论中，毛泽东发表声明：“不杀一人，不逮捕大多数，这是在这场反对特务的斗争中所必须遵守的政策。”然而甚至这些经过仔细选择的词句，也承认了对“反对特务的斗争”的需要；在这次关于中国的宣传运动的模棱两可的谈话中，毛浑东反对“逮捕大多数”的禁令，听在忠心耿耿的党员耳中，这是对拘留少数人的一种清晰的赞成。毛泽东给康生留下了充分的机会，来安排他自己的逮捕配额；他已经规定不应杀任何人，但是他的命令可能会被自由地加以解释。
毛泽东身为最高领导人的地位，因为康生的工作而得到进一步的巩固。根据不断普及的毛泽东的理论，“整风运动”赋予他一种共产主义学说专家的声望，这种声望有助于暗中动摇王明作为马克思主义权威的地位。同时，康生的行动也正在对王明的地位造成更直接的损害。在康生论敌特之危险性的演说和文章里，潜藏着国民党和日本人联合反对共产党的见解。这种主张向王明从莫斯科带回来的统一战线思想发出了挑战，并且作为竭力使王明丢丑的“情报”，作用也逐渐显露出来。与此同时，康生继续篡改自己担任王明副手、在上海莫斯科为王明服务的那段历史。
康生残酷的整风行动持续到一九四三年年底，但是关于他的工作方法的争论则持续了很长时间。像聂荣臻和叶剑英那样的将军联合周恩来和任弼时，一起批评康生的过度行为；王明的亲苏支持者中大多数出于报复心态，同声谴责康生，因为他背叛了他们的领导人，他以前的恩人。
第二次世界大战的进程本身也对康生不利。他使毛泽东确信苏联在德国军队的面前将会屈服，但是到一九四四年，随着苏联对德国的节节胜利，毛泽东不能再无视斯大林和苏联了。为了准备同伴随着日本的失败而紧跟来的国民党作斗争，他需要弥补同莫斯科之间的不和。毛泽东在他的私人随从中需要一个赞同苏联的人，而不是一个批评苏联的人；康生对苏联的敌意是众所周知的，因此毛泽杂必须在赞同康生和改善同斯大林及其他苏联领导人的关系之间进行选择。
恰恰就在毛泽东等人需要加强同苏联关系的那个时刻，他们发现自己面临了另一个国家的代表，这个强有力的国家足以在中国的舞台上扮演关键性的角色：那就是美国。康生同一九四四年夏天来到延安的美国人建立关系；事实可证，他像同俄国人交往时一样地狡猾。
随着抗日战争扩展至太平洋，重庆美国大使馆的外交官和华人说服蒋介石政府允许他们派遣“一支观察员队伍”去延安，这个从一九四〇年起就不对美国人开放的地方。美国人希望中国共产党对日本战争机器的情报能够加快这场战争的结束。到达延安的第一组美国人，即广为人知的“南方使团”，他们于一九四四年夏天抵达。美国陆军最著名的中国通之一巴瑞特（David Barrett），领导着“南方使团”的十八名成员：十六名军人加上两名大使馆的文职人员——谢伟思（John S.Service）和雷蒙德·P·兰登（Raymond P．Ludden）。
“南方使团”的成员对他们在延安遇到的人们有极好的评价。他们觉得中国共产党领导人对美国人“是开朗、坦率和友好的。”巴瑞特和他的同事们对“杰出的共产党士兵和政治家”的品质都留下了极为深刻的印象，他们被一位美国人看作是“朝气蓬勃、成熟、有实际经验的人——年轻、在身体上和智能上都极为强韧。”那位美国人把共产党人描绘成“无私地献身于崇高的主义，拥有伟大的品质和领导才能。他们并无意使自己成为难以接近掌权的核心集团。”
确实，中国共产党为美国访问者举行了他们渴望的欢迎仪式，同意美国人接近一些最高领导人，包括“最高领导人毛泽东和周恩来”，这两人为访问者展示了共产党纲领的要点：
（1）坚持统一战线。
（2）全民动员同日本作战。
（3）承认中央政府和最高统帅（蒋介石）的领导。
（4）国民党的民主化。
（5）在全中国建立言论和政治活动自由的制度（共产党领导人相信“共产主义”这个词会使人误解他们的纲领，他们正在考虑放弃它，并用它的中国名字“共产党”来谈论他们的党。）
“南方使团”的成员们相信，共产党不断提供给他们的都是极有价值的情报。共产党同意在华北建立几个气象站，这样就能帮助以昆明为基地的美国空军编队，突袭日本，进行轰炸。尽管共产党未能提供美国人原来希望他们能够提供的日本人的战斗序列，但是巴瑞特自信他已经完成了他的使命。
事实上，巴瑞特和他的小组的工作是很不完全的。“南方使团”的一个最初目的，是同中国共产党的情报系统发生联系，但是没有一个美国人在任何时候遇到过中国共产党的情报头子康生。如果美国人把他们的使命看作是探听共产党的秘密机构，那么共产党有完全不同的想法。对于他们来说，“南方使团”提供了一个操纵美国政策的机会，即假装满足他们的愿望和需要，使这些访问者产生错误的印象。
即使共产党将“南方使团”的成员同康生隔离开，他还是不能永远不露面。一九四四年十二月十四日，在中国官员的建议下，来自重庆美国大使馆的约翰·K·爱默生（John K.Emmerson），一位正在延安做短期访问昀日本事务专家，拜访了康生（在爱默生的纪录里是Kon Seng先生），讨论抗日战争，并随之引出其他的问题。与共产党担心允许局外人接近情报机构的想法相一致，康生被介绍为“中央执行委员会的委员”；他从未费心去告诉爱默生他的实际角色是什么。
在简短地讨论了抗日“政治战”以后（康生建议“改造过的战俘”可以从延安派遣到美国或者其他地方，以帮助准备对付日本的入侵），爱默生问康生，中国共产党是否已经“成功地解决了农民社会的问题”，统治大城市是否会有困难。康生告诉爱默生他很欣赏这个问题，他说这个问题对共产党具有极大的利害关系。至少有三种因素会帮助共产党管理城市地区，康生说道：他们已认识到这个问题的重要性；即使是现在，他们已经在训练市政管理方面的干部；许多共产党干部由于生活在城市里，从而已经获得管理城市的经验。总是具有文化和文学意识的康生，向爱默生提到一本由激进的作家兼学者郭沫若写的书，这本书“描绘了一个把在农村已经成功的策略，照搬到城市的革命英雄的失败过程。”
康生转向下一个问题：同国民党的关系。国民党和共产党之间的和解大概不可能实现，他告诉爱默生，因为“蒋介石拒绝放弃他的一党专政的原则。”但是康生声称内战未必、可能爆发，因为“共产党不要它，中国人民不要它，联合国也不要它。”
在中国的许多美国人不理解共产党同国民党合作的态度，康生对此表示关心。“即使蒋介石在军事委员会或执行委员会里提供位置给共产党，也将会遭到拒绝。”在这个基础上共同参与，他解释道，不会带来一个真正的联合政府。蒋介百正在指望美国抗击日本取得胜利。“他在等待，”康生预言道：“他不会放弃一党专政。”如果共产党在那些条件下加入蒋介石的联合政体，那么他们就会失去他们的“目标：一个民主化的中国。”
在清楚地说明了共产党所提出的目标以后，康生赞许地对爱默生说，“美国人是坦率的。”——说话时带着一副没有表情的脸，就好像他在说谎一样，声称坦率是“一种他喜欢的品质。”他向爱默生保证，他认为许多中国共产党人也都是坦率的，然后又补充说他希望美国的技术专家在战争以后能够来中国，帮助发展中国的工业，使它实现现代化。
受到康生的“坦率”的十足迷惑，爱默生向他提问同苏联的关系，指出“许多人都相信中国共产党是受苏联控制的。”康生用纯粹的毛主义者的措辞回答道：“马克思主义的特色之一（是）它必须同当地的、个别的环境相适应。在一个地方起作用的东西，绝不能够移植到另一个地方去，并期待它会有好处。”他继续说道，“中国共产党总是独自制订出自己的政策、纲领和归纳问题，不同外界协商，也不接受外界的指示。这甚至在共产国际解散之前就已经是事实了。”他陷入了事事称赞他的庇护人的习惯，康生继续说道，“毛主席经常告诫党的领导人，告诫他们必须发展适合人民和本地区的实践纲领；举例说吧，即使他们如此期望，在延安实现共产主义将还是不可能的。”
当康生同约翰·爱默生会见时，他作为共产党秘密警察和情报机构首脑的地位还没有受到挑战。但是他在“整风运动”期间的残暴行径所激起的反对崽见继续缠着他。一九四五年年初，康生感到自己处于日益增大的压力之下。对他的残酷，他从未表示过丝毫的自责，并且牢牢执掌着已遭削弱的权力。
康生真正的危机是在一九四五年四月早该召开的第七次党的代表大会上暴发的。自一九二八年莫斯科的那次代表大会以来，首次召开这次代表大会；由于毛泽东的缘故一直延期，直封他确信能够击溃王明和他的留苏派势力。这次代表大会的主要目的，是为了让党正式承认毛泽东的最高领导地位，这份成功的果实部分来自于重写中国共产党的历史，来迎合毛泽东创造的神话。
代表当中没有人敢于询问毛泽东对党史的重新解释，但是出现了对其他问题的激烈争论。康生的对手们对他在“整风运动”中的所作所为怒气冲冲。康生在这次代表大会上讲了两个问题——党关于农民的路线问题和军事情报部的工作问题——但是没有提到这场出于“拯救”需要而进行的反敌特运动。几名代表对他的忽略提出了抗议；他们要求大会公开讨论这个问题。伏拉基米洛夫描绘了康生的反应：“他的样子活像是个受到冒犯的知识分子。富有表情地在眼镜后面抬起眉毛，姿势优美、文雅，紧抿着嘴唇……一副极为清白无罪、受到冒犯的样子！”为了挡开他的对手，康生争辩说他所做的一切都是为了贯彻“毛泽东路线”；这种辩解引起了那些早已愤怒的批评者更大的怒气，场内需要毛泽东本人出面干预，使他们平静下来。
康生最公开的对手之一是党的前任铁腕人物李立三，就在一九三七年离开莫斯科之前康生下令逮捕的人犯——他的告别阴谋的受害者，关于康生在莫斯科的活动，李立三知道很多事情，他试图揭露康生在苏联时对中国同志的口是心非和残酷。但是这次代表大会太专注于其他事务，而没有认真处理他的控诉。
康生还有毛泽东的支持，冲着他的所有反对意见，都不能阻挡他重新入选中央委员会和政治局。但是关于“拯救活动”的争论却一直盛行不衰。为了抒解来自高级干部逐渐增大的压力，党的中央领导于一九四五年年底将康生从社会事务部和军事情报部部长的职位上调离。他的副手李克农，代替他担任这两个部的首脑。
在他调离安全和间谍机构以后，康生实际上从党的中央机关流放了。这一次，他没能适应那个时代的时势。毛泽东还是共产主义运动的主帅，但是那时候他有许多其他的支持者，并且能够担负起剥夺康生的权力所造成的影响。一直陶醉于一种使他成为毛泽东的“阴影、意志、欲望”的亲密关系之中，康生如今尝到了失宠的滋味。他依然是主席的同伴之一，继续同他一起出现在公共场合上，但是毛泽东不再让康生控制那些组织，那些组织使他在过去六年多时间成为一个权势炙热、令人害怕的人物。
尽管康生失势了，但是他在安全和情报系统的影响数十年来却是日见明显。他在延安推广的方法和公安工作的形式，一直延续到文化大革命及以后的年代。他那种将间谍活动的问题融人日常政治生活中的倾向经常复发。康生被调去做其他工作，但是那些在他的庇护下升官的人，根本从未打算废除秘密警察制度；他在社会事务部的亲信和门徒，依然控制着这块黑喑的地方。许多由康生帮助创建的其他制度只作了小幅度的变动，依然保存了下来。
在新中国，还没有任何持续的努力把康生的方法视为过时加以抛弃。整个五〇年代，当时康生同安全和情报工作并没有直接的联系，但是几千个海内外的中国人同许多一九四九年以后继续留在大陆的外国人，被指控为“外国特务”，甚至更坏，是“国民党间谍”。其他数百万人只因为被划进不好的社会类别而遭到逮捕。
中华人民共和国至少有两千万居民被监禁或者送进劳改营，在一九四九年共产党接管大陆以后不久，按照新华社在一九八四年的一份报告，有两千万人被宣判为四类分子——地主、富农、反革命分子和“坏分子”——中的一类，并为了改造和“拯救”而遭监禁。之后由于邓小平和他的改革派盟友发动否定文化大革命的运动，最后一批七万九千五百零四人在一九七九年（康生死后四年）撤去了他们身上的四类分子称号。但是对于在共产党执政头十年的群众恐怖的受害者来说，两千万只是个最低数字。
延安的政治生活导致了康生在一九四五年的黯然失色，但是他已经把一种痛苦的、血淋淋的、永久的遗产赠给了中国的二十世纪。