在全国大部分地区，解放区和根据地干部的整合问题产生了不少困难，广州的问题最严重。毛泽东在1945年党的“七大”上说，中国南方的斗争比北方更困难，因为国民党的根基更牢固，南方的阶级关系更复杂。这点在1949年10月以后的广州一再被验证。
当年担任广州市委书记朱光秘书的李祯荪以他长期从事游击战的梅州为例说：“广州曾是国民党最初的首都和黄埔军校所在地，它对周边的辐射力很大，我们这些地方，比如梅州，国民党多、共产党多、华侨多、知识分子多，这四种关系彼此交叉，一些私人关系甚至超越党派和阶级，处理不好随时会带来很多麻烦。”“很多干部相信，挑选叶剑英担任广州地区负责人，是因为他是中央为数不多的广东人之一，过去在广州又有深厚基础，他有能力处理好这四种关系。”
解放初任广州军管会副秘书长的杨应彬回忆说，叶剑英南下时，曾对毛泽东讲过，广东是“水尾田”，庞大的南下队伍大军到了广东就不剩下什么了，但是广东自己有很大的水源，就是当地干部，因此接管广东要充分利用后者。
实际上叶剑英的反映不仅是在使用干部问题上向中央的进言，也是广东既成事实的客观现状。曾任广州市委书记的欧初回忆，在广州解放前，广东省三分之一的地方已经建立了民主政权，这些游击队在解放战争期间就与地方群众、士绅关系紧密，同当地人知根知底，因此在南下大军到达广东前，最现实的选择，就是就地任职，“我们许多干部都留在当地，像开平、台山的县长副县长，都是原来游击队支队的负责人。”
在广州，四大群体解放后被整合于一个大的接管工作组之中，这四大群体即北方南下工作队，广东游击武装，来自广州和香港的中共地下党员、青年团成员，以及留下工作的国民党官员。“但很难说，这些干部之间都能配合默契。”地方史研究者蒲向民介绍说，“随着1927年革命的惨痛失败，一小部分共产党留在广东从事地下工作，直到1949年，他们和中央几乎完全失去联系。尽管1949年前，一些广州人在香港和党联系上，曾生和他的东江游击队以及其他四支游击武装被完全纳入解放军编制，但广东游击运动的地方特点是不言而喻的。他们更关注的是地方，党的会议上使用的语言是方言——潮州话、广东话和最普遍的客家话。”
最初的整合来自于从中央至地方、自上而下的压力，南下干部们和其他背景的干部被要求相互间迅速熟识。“早在1950年，广州接管工作刚刚启动不久，学习普通话的运动就已经在这个城市的执政官员中全面展开，中央期望所有地方官员在几年内学会使用普通话。”蒲向民说。
不可否认，语言交流只是表面上的，它在1950年代还无法解决更为本质的分歧。在一个巨大的商业城市，中央利益和地方利益一定程度上的分歧难以避免。比如，基于个体利益的传统商业繁荣，对地方和民间财富有利，但它明显影响了中央对物资和资金的集中和控制。
另一方面，正如叶剑英所说，从东北组建的南下干部团，由经验丰富的老干部构成，这批人南下到广东时已经所剩无几，解决办法是从沿途解放城市临时补充吸收。第四野战军在1949年中期着手从天津的大、中学校里招募学生和各种专门技术人员，8月，这个完全以年轻人为主体的“南工团”在武汉进行了重新编队，以广东为目的地的一千多名队员从九江南下，10月初抵达赣州。但在一部分广州干部看来，这些比他们年轻得多的知识分子，是“坐火车下来的”，没有经过数十年山区艰苦斗争的考验，也并不了解当地情况。
建国之初，地方上有限资金的使用方向，成为中央和地方发生分歧的第一个方面。除了势在必行的“海珠桥”复建，在很长时间里，整个广州几乎没有什么像样的大型市政工程。“一个人的饭两个人吃”，这在1950年前后的北方城市已经奉行多时，这个背景下，各个地方城市都被要求勒紧裤腰带。省委机关大楼的建设几次提上议案都被推延，最后在反复确定预算后才动工，广东省委和它的前身华南分局机关，原先一直在小岛以西的一群平房办公。欧初回忆说：“后来随着行政人员增加，房子不敷使用，省委决定建一幢五层的办公楼。为了将建筑成本压在人民币100万元以下，陶铸带我与工程设计人员多次实地开会讨论，决定楼顶不用琉璃瓦，每层楼的高度降低一寸，同楼一至四楼地面只用水泥批荡而不铺瓷砖，五楼是常委会议室，地面只用普通方砖，压缩预算才达到了目标。”“大楼建成后，其实还是很紧张，这里容纳了当时广东省委几乎全部机关。我们几个正副秘书长，与其他干部一样，五六个人共挤一间办公室，五楼则成为广东最重要的决策场所。陶铸曾说，上到省委大楼五楼，‘厅长厅长，只听不讲’，批评厅长们到此通常只听传达，很少发言。”
相比之下，为了让城市尽快从战争结束的过渡状态中走出来，广州地方干部更乐于也有动力把钱先花在一些大型的公共建筑、开辟公园上，以体现一个新城市的新气象。“广州解放前城市的卫生状况很差，朱光上任后主抓了很多大的市政工程项目，希望把城市的外观搞上去。”李祯荪回忆说，“广州1950年开始在珠江南修了一批房子，用以把广州市6万多常年在船上生活的‘水上居民’移民上岸，这个用以改善珠江生态和船民生活的浩大工程实在是很不容易，它花费了广州政府很大一笔支出，要知道，当时的财政并不丰裕。”朱光的另一项举措，是针对广州每天产出、遍布城市角落的生活垃圾，李祯荪说，“在主张修建越秀山体育场之后，他还主持市政部门投了100万搞了一个有机肥料厂，希望利用一种新技术，把生活垃圾变成肥料，但因为技术上的难题没有解决，这个工程拖延了很长时间。”这个难产的市政项目最终因为中央的阻力而不了了之。
“在中央看来，这些地方工程注重表面，而不是增加产品产量。”蒲向民说，1954年中央公开批评广州新建的30万平方米的工程中，还不到10%用于生产性企业。于是，代表中央的广东省书记陶铸在当年就宣布两年内广州任何党政机关原则上不再修缮宿舍、住宅以及非生产性的公共建筑，任何单位的领导以这样的方式浪费款项都要受到惩罚。“陶铸在一次省委的会上也点了朱光的名，说他是个‘小资产阶级领导’。”李祯荪回忆说。