1945年8月10日，日本递交投降书。陈寅恪闻讯，庆幸之情自不待言，这一时期他作了好几首诗来表达他的兴奋之情。在《连日庆贺胜利以病目不能出女婴美延亦病相对成一绝》中，他以“大酺三日乐无穷”形容他的喜悦之情。但是，与傅斯年持酒上街，痛饮欢呼“国家出头了！”的欣喜若狂不同，陈寅恪的心情要复杂得多。在《乙酉八月十一日晨起闻日本乞降喜赋》一诗中，他表露了他的喜忧参半的心情：
降书夕到醒方知，何幸今生见此时。
闻讯杜陵欢至泣，还家贺监病弥哀。
国仇已雪南迁耻，家祭难忘北定诗。
念往忧来无限感，喜心题句又成悲。
陈寅恪的这种感慨在当时举国欢庆的形势下似乎显得不合时宜，但是联想当时中国的时局，特别是其自身的经历，又会发现他诗中的百般滋味实在是事出有因。人们不应忘记，抗战开始的那一年，作为近代同光体重要代表人物的陈三立（陈散原）老人，目击时艰，忧心如焚，不堪屈辱绝食而死的壮烈举止，诗中“家祭难忘北定诗”的话显然说明在听闻日本乞降的那一刻陈寅恪又想起了含辛茹苦抚养自己成人的老父，陈寅恪在诗文中自注“丁丑八月，先君卧病北平，弥留时犹问外传马厂之捷确否”云，是为显证。
回首过去的百年中国历史，是百年的屈辱史。自1840年鸦片战争开始，伴随着国外列强的日渐侵入，中国一步步陷入深渊。单就中日两国而言，1895年甲午战争中国惨败，李鸿章被迫于马关春帆楼签订了丧权辱国的《马关条约》，此后日本势力开始大肆渗入；而今日本引火自焚，屈膝投降，自然是大快人心。陈寅恪有诗《乙酉九月三日日本签订降约于江陵感赋》曰：“梦里匆匆两乙年，竟看东海变桑田。燃萁煮豆萁先烬，纵火焚林火自延。来日更忧新世局，众生谁忏旧因缘。石头城上降幡出，回首春帆一慨然。”又有《春帆楼》曰：“取快恩仇诚太浅，指言果报亦茫然。当年仪叟伤心处，依旧风光海接天。”前一首诗的两乙年，一者指马关条约签订的乙未年，一者指而今日本投降的乙酉年；后一首诗中的仪叟是李鸿章。当年李鸿章无奈的签订马关条约，返国后一病不起，呕血数升，伤心且死，而今旧地依然，伤心不再，海天相接的无限风光里镶嵌着的是中华民族百年抗争扬眉吐气的豪情和快意。
然而我们必须清楚，抗日战争的胜利，只是宣告着日本势力退出中国，并不表示中国已经摆脱了屈辱。1945年初，美英两国为诱使苏联在亚洲协助美英打击日本，在没有中国代表出席的情况下于苏联克里米亚半岛的雅尔达签订了秘密协议，即《雅尔达密约》，允许苏联恢复沙皇俄国时期在中国东北的利益，并默许外蒙古独立。而当时的重庆国民政府也于1945年8月14日同意战后外蒙古是否独立由其选民自决，这就意味着国民政府默认了外蒙古的独立。日本势力退出了中国，而苏联乘机又将其势力渗入中国，中国此时的形势与抗战时期又有什么实质上的区别？此外，不仅外患没有得到事实上的改变，国家内部也开始酝酿着分裂的迹象。战时，国共两党基于全面抗战的需要，实现了国共合作，共同抗击日寇。战争结束之后，内战的乌云又笼罩在中国的上空。内忧外患，依然压抑着始终忧国忧民的陈寅恪。再者，1945年春，陈寅恪双目失明，虽然经多方诊治，仍不能恢复，这使他伤心不已。抗战结束，他欣喜之余，已经不能亲眼看到庆祝胜利的盛况，对时局和自己的治学前景甚为感慨。这期间，他赋诗数首，表达他的忧虑和感慨，其中《乙酉八月听读张恨水著水浒新传感赋》写道：“谁结宣和海上盟，燕云得失涕纵横。花门久已留胡马，柳塞翻教拔汉旌。妖乱豫么同有罪，战和飞桧两无成。梦华一录难重读，莫遣遗民说汴京。”又有《玄菟》：“前朝玄菟阵云深，兴废循环梦可寻。秦月至今长夜照，汉兴从此又秋阴。当年覆辙当年恨，一寸残山一寸金。留得宣和头白老，锦江衰病独哀吟。”这两首伤时的作品，道不尽他对国家民族深深的忧虑之情。这显示出他对胜利之后的中国局势仍不明朗的预感，这种预感源于他的理性。他虽然“从来不谈政治，与政治决无连涉，和任何党派没有关系”，但这并不表示他对国家政局前途不关注。他做学问坚持的“独立之思想，自有之精神”同样可以应用到他的处事原则上，不为他人的言语所动，不为时局的得失左右。
陈寅恪到达南京时，他的妻女已经从成都飞抵南京，陈寅恪住俞大维官邸。就在陈寅恪流寓南京的短暂时间内，命运让两条原本长年平行的人生轨迹发生了交叉，留学归国同样也在南京的季羡林在俞馆拜访了自己在清华园时的老师陈寅恪。事实上，当陈寅恪尚在英国就医的时候，风闻其事的季羡林就匆忙地给自己的老师写过一封长信汇报自己在德国十年间的学习和科研情况，并寄呈了自己在哥廷根科学院院刊及其他一些刊物上发表的论文。他乡逢旧徒的欣喜，特别是季羡林在东方语言学方面的深湛造诣引起了陈寅恪对这位当年清华毕业生的关注，他很快就给季回复了一封长函，一方面告诉当年的学生自己的近况和行程，一方面讲要把他向北大校长胡适、代校长傅斯年、文学院长汤用彤等几位先生推荐，这让年轻的季羡林感到喜出望外。这一次他显然是专程来看老师的。师生相见论谈甚欢，两人都比较详细地讲述了阔别十余年来的自己所经历和见闻的种种，用季羡林的话说“先生十分高兴”，临行嘱其带上其德文论文去鸡鸣寺下的中研院拜见北大代校长傅斯年。后来季为北大聘任，并很快由副教授升格为正教授而且兼任东方语言文学系的主任。这里面固然和季自己的语言学造诣有关，我们想这还必然地与陈寅恪的褒扬性肯定大有其关系，谁都知道，在民国时期的学者圈里，陈寅恪的话在当时确实有一言九鼎的效力。
当然，陈寅恪他们在南京并未久留，1946年秋天，清华大学在北平复校。加上为了不耽误两个女儿流求和小彭在南京金陵女大附中的学业，他们带小女儿美延于当年经上海乘船北上，于1946年10月回到清华园。其长女流求曾作笔记：1946年春，（陈寅恪）由英伦乘轮船返回祖国。八年抗战虽已胜利，内战继起。父亲双眼完全失去复明的希望，父母心情很沉重。为了不耽误我和小彭妹高中课程，留我们继续在南京金陵女大附中复课，……结束了万里跋涉，回到北京清华大学。作为盲人教授，期望在同事和朋友们帮助下继续从事教学与研究工作。
经历了战乱、失明而重新回到北平的陈寅恪，颇有恍如隔世之感。但是他很快从伤感哀愁中走了出来，投入到他为之奋斗半生的学术研究中，他除了在清华授课外，还兼任燕京大学的导师。他将其书斋命名为“不见为净之室”，目虽盲，但做的学问却并不因目盲而显得“盲目”。这是因为他对书籍太熟悉了，而且，他的记忆力非常好，这使他在目盲之后仍然能继续他的学术研究。在成都任他助手的石泉曾回忆道：陈师记忆极好，我在成都任他的助手时，指示我代查资料，往往连版本、页数，以至行数都对，听陈师母说过，陈师幼年在湖南时，只有八、九岁，祖父陈宝箴会客，随侍在旁静听。客走后，谈过的话，别人都记不得了，陈师照述无遗。陈师母还说过，陈师从小看书，只消一遍，就能背诵，对新、旧《唐书》尤其熟。石泉曾在陈寅恪指导下做论文《中日甲午战前后的中国政局》，他回忆在写作论文过程中，从搜集史料到整理、鉴别与解释史料，形成观点，最后写成初稿，都经过陈寅恪的指点、问难与审查，每完成一小章或一大节，都要念给他听。陈寅恪记忆特别好，往往事隔多日后，听下一章的内容时仍然记得以前章节的内容，前后左右，纵横贯通地进行联系、分析，提出很有启发的意见。还有一点我们必须注意，那就是陈寅恪的坚毅，毕竟在目盲之后做学问与之前肯定大有不同。这其中，如果没有坚强的毅力，做学术研究不是那么容易的。但是陈寅恪做到了，而且其成就是有目共睹的。
在清华，在陈庆华、王永兴等人帮助下，他修订完毕之前在成都所草的《元白诗笺证稿》等书稿，还口授了《从史实论切韵》等多篇分量很重的学术文章，另外，有《丁亥元夕用东坡韵》、《丁亥春日清华园作》等多首诗作。除继续写文章外，他仍认真备课，严谨教学，指导学生。
教学之外，陈寅恪也开始享受一位师者应有的快乐。装点着陈寅恪快乐心情的紫藤花这一时期便曾在其心灵的深处留下无比美好的回忆。据当时已在北大任教的季羡林回忆：“有一年的春天，中山公园的藤萝开满了紫色的花朵，累累垂垂，紫气弥漫，招来了众多的游人和蜜蜂。我们一群弟子们，记得有周一良、王永兴、汪篯等，知道先生爱花。现在虽患目疾，迹近失明；但据先生自己说，有些东西还能影影绰绰看到一团影子。大片藤萝花的紫光，先生或还能看到。而且在那种兵荒马乱、物价飞涨、人命微浅、朝不保夕的情况下，我们想请先生散一散心，征询先生的意见，他怡然应允。我们真是大喜过望，在来今雨轩藤萝深处，找到一个茶桌，侍先生观赏紫藤。先生显然兴致极高。我们谈笑风生，尽欢而散。我想，这也许是先生在那样的年头里最愉快的时刻。”
《元白诗笺证稿》是陈寅恪最重要的作品之一，是他笺诗的最佳之作。它和陈寅恪晚年的巨著《柳如是别传》同是陈寅恪“以诗证史”“文史互证”的重要代表作品。虽然“以诗证史”“文史互证”这种范例并不是陈寅恪的首创，但他却提出了许多新的见解，使得“以诗证史”“文史互证”成为他治学最精华之所在，也是他对传统学术最杰出的贡献之一。“文史互证”将中国传统的训诂学、考据学方法和西方近代的史学、语言学、诠释学等方法融会贯通，它一方面从史学角度考证诗文，即用史家广博丰厚的历史文化知识，对古诗文中不易理解或易被浅解、误解的字、词、出典等，从历史的角度予以透辟的考订、辨误、解说，尤其要找出或注意诗中所含与当时历史事实有关的“今典”成分；其二即是以诗文为史料，用所谓的“历史的眼光”，通过发现其中时间、地域、人物等史料成分，分析诗中之古典与今典，并与史籍所载相参证，从而更全面地把握历史真相，对古人之思想、情感及其所处之时代社会达到真正同情之了解。在学术这一严格的领域里，要将文与史相互印证不是一件容易的事情，既需要有传统的考据学和史学根基，又要有近代西方史学方法，还要有传统诗学的修养。即使具备了这些条件，真正能够在这一领域做出成绩的就更有限了。就陈寅恪而言，他有很深的家学渊源，文史修养自不待言；又有多年的留学经历，对西方史学、西方汉学、佛学乃至梵学都有相当的研究。因此，陈寅恪敢于并做到了在史学领域里面运用其文学素养，以诗解史，诗史互证。
陈寅恪研究唐诗已经有相当长的时间，他早就注意到唐诗中大量的运用“比兴”手法，而中唐时元稹、白居易二人的运用尤其明显，创作出了一些现实性较强的作品。他认为唐代诗人通过诗歌所反映出的生活层面及思想十分丰富，因此，唐诗可以和唐史互相佐证。从30年代开始，陈寅恪就已开始其唐诗研究。1935年，他作《李德裕贬死年月及归葬传说辨证》一文，以李商隐的诗句“万里风波一叶舟”一句考证出李德裕的归葬日期为唐宣宗大中六年夏季。之后的《韦庄秦妇吟校笺》中，通过对韦庄《秦妇吟》的诠释，证明唐朝崔致远《桂苑笔耕集》中记载的可靠性，并进而说明唐末黄巢起义时东南地区的战乱给人民生活带来苦难。
《元白诗笺证稿》初稿在陈寅恪还在成都时就已经完成，但直到1950年才由当时的岭南大学刊行。在《元白诗笺注稿》中，陈寅恪将他一直倡导的把诗歌和历史融于一体的研究方法始终贯穿于他的文史互证研究之中。陈寅恪曾经说过：“今之读（白）居易诗，而不读唐诗者，其了解之程度，殊不能无疑。”他之所以这样说，是因为他已经洞察到白居易诗中的写实特点。他以白居易《新乐府》中的《卖炭翁》为例来解释他的以诗证史。白居易曾在《卖炭翁》序文中指出其主旨是“苦营市也”，陈寅恪引用韩愈《顺宗实录》记载的“旧事，宫中有要市外物，令官吏为主。与人为市，随给其直。贞元末，以宦者为使，抑买人物，稍不如本估。”他首先考证世传的《顺宗实录》是韩愈的原本，因此韩愈对当时的记录是准确的，是能够与白居易诗相印证的。因此，他做出结论：“退之（即韩愈）之史即乐天（即白居易）诗之注脚也。”之后，他又将《旧唐书》等史书的记载和白居易的诗歌相对照，考证出唐代中期关于营市的史实。
他还将元稹与白居易的作品加以比较，元白二人有许多题目相同或者相似的诗作。如元稹有《琵琶歌》，白居易有《琵琶行》，两诗中的描写有类似之处。陈寅恪经过认真的对比做出结论：“今取两诗比较分析，其因袭、变革之词句意旨，固历历可睹也。后来作者能否超越，所不敢知，而乐天当日实已超越微之所作，更为无可疑者。至乐天诗中凝滞之字句，不易解释，或莫知适从者，亦可因比较研究，而取决一是。斯又此种研究方法之副收获品矣。”通过二人作品的比较，不仅能发现二人有因袭和变革之处，更在此基础上证明白诗是见到元诗之后有感而发而作，虽是有感而作，但白诗的水平却远在元诗之上，原因在于白诗表达的主旨远远超过元诗。他在《元白诗笺注稿》第二章中曾专就白居易《琵琶行》一诗加以评论：“而诗云：‘我闻琵琶已叹息，又闻此语重唧唧。同是天涯沦落人，相逢何必曾相识’。则既专为此长安故倡女感今伤昔而作，又连绾己身迁谪失路之怀。直将混合作此诗之人与此诗所咏之人，二者为一体。真所谓能所双亡，主宾俱化，专一而更专一，感慨复加感慨。岂微之泛泛之作，所能企及者乎？”元白二人不同的感情投入导致二人诗的旨趣的显著差异。通过二人诗歌的比较，陈寅恪不仅能看出白诗水平高于元诗，是“唐代诗中之巨制，吾国文学史上之盛业也。”还能看出二人人品的差异，白居易敏于时势忧国忧民显然要强过元稹的安于享乐。诗文成为陈寅恪研究唐朝社会的一个门径。此外，他还将元稹在其《莺莺传》中对自己始乱终弃而并不愧疚之事的描写，反映了当时社会轻视地位低下的女人的风气加以印证。
《元白诗笺注稿》出版后，在当时的学术界引起了重大的反响。大致说来，持不同态度的主要有三类：一类是唐史学家，他们评价甚高，着眼于新材料中发现的新史识。一类是文史学者，他们一方面批评陈寅恪有“过求甚解之处”，另一方面也有较高评价，但更多着眼于文史沟通的新研究方法。再一类则是文学研究专家，他们则有些怀疑这种研究，担心“史实”对于“诗意”的伤害。但是他们一般都很少说破这一层，那就是这部书标志着以诗证史的诗学研究新范式的成熟。
1946年，蒋介石悍然发动内战，国家和人民重新陷入水深火热之中，生活质量急剧下降。随着内战的加剧，生活的艰辛程度也日益严重。寒冷和陈氏夫妇的心脏病给他们的生活造成了很大的麻烦。蒋天枢先生在《陈寅恪先生编年事略》中曾记：
（1947年）是岁寒甚。清华各院本装有水汀，经费绌，无力供暖气，需住户自理。先生生活窘苦，不能生炉火。斥去所藏巴利文藏经及东方语文各书，如蒙古文蒙古图志、突厥文字典等等，卖与北京大学东方语文系，用以购煤。闻仅一室装火炉而已。
关于陈寅恪卖书买煤度严寒一事，季羡林先生以亲历者的身份曾经专门做过详细的介绍，《回忆陈寅恪先生》中写忆道：
还有一件事，也给我留下了毕生难忘的回忆。在解放前夕，政府经济实已经完全崩溃。从法币改为银圆券，又从银圆券改为金圆券，越改越乱，到了后来，到粮食店买几斤粮食，携带的这币那券的重量有时要超过粮食本身，学术界的泰斗、德高望重、被著名的史学家郑天挺先生称之为“教授的教授”的陈寅恪先生也不能例外。到了冬天，他连买煤取暖的钱都没有，我把这情况告诉了已经回国的北大校长胡适之先生。胡先生最尊重最爱护确有成就的知识分子。当年他介绍王静庵先生到清华国学研究院去任教，一时传为佳话。寅恪先生在《王观堂先生挽词》中有几句诗：“鲁连黄鹞绩溪胡，独为神州惜大儒。学院遂闻传绝业，园林差喜适幽居。”讲的就是这一件事。现在却轮到适之先生再一次“独为神州惜大儒”了，而这个“大儒”不是别人，竟是寅恪先生本人。适之先生想赠寅恪先生一笔数目颇大的美元。但是，寅恪先生却拒不接受。最后寅恪先生决定用卖掉藏书的办法来取得适之先生的美元。于是适之先生……让我到清华陈先生家装了一车西文关于佛教和中亚古代语言的极为珍贵的书。陈先生只有收二千美元。这个数目在当时虽不算少，然而同书比起来，还是微不足道的。在这一批书中，仅一部《圣彼得堡梵德大词典》市价就远远超过这个数目了。这一批书实际上带有捐赠的性质。
此时的陈寅恪，是国内第一流学者，学界泰斗，并且已被选为中央研究院第一任院士。第一流的学者尚且窘迫至此，更不消说一般百姓了。时某报曾载一首诗：“铮铮国士名，矻矻寒窗苦。生事困樵薪，珍袭归书贾。燎原战火燃，断续炊烟舞。何异又焚书，风教委尘土。”此诗当时附序为“陈寅恪教授卖书买煤，为之意苦者久之。”这一年，陈寅恪58岁。是时，内战仍在继续，和平无望。陈寅恪对蒋介石发动内战很不满，他在《南朝》一诗中以“徐妃半面足风流”形容国民党。徐妃虽风流自赏，其实江河已有瓯脱之势，则其“风流”亦不过半面而已。这暗示他对国民党政权难以持久的预感。当北京学生的反蒋民主运动蓬勃展开时，他毅然在高等院校教授志愿学生运动的呼吁书上签名支持。除此之外，他拒绝接受“美援”面粉，尽管当时他的处境已经十分窘迫。