受聘香港大学
1940年，欧洲战争局势紧张，滇越交通中断，飞机票价高昂，陈寅恪难以赴英，同时也无法返昆。唐筼身体抱恙不能远行，陈寅恪几陷于进退维谷之境。经济拮据，不能自给。时任中英文化协会领导人的杭立武及时与香港大学联系，加上时任香港大学中文系主任许地山的力荐，陈寅恪得以谋职港大，任香港大学的客座教授。这解决了全家在港的生计问题，使全家能暂时在香港居住，同时也利于陈寅恪学术研究的继续，于是他向西南联大请假一年，暂时留在香港讲授。
当时陈家住在九龙城的太子道，离着位于市区的香港大学较远，陈寅恪到港大上课需要车船倒换，来往上课，极其不易，当时他们一家在港的生活也是很艰难的。陈流求记录道：
值欧洲战起，地中海不能通航，父亲只有暂在香港大学任课，为客座教授。那时我们住在太子道，离九龙城不远，乘公共汽车到轮渡，渡海后再转电车到港大，单程需近两小时，条件是很艰苦的。
1941年春天，陈寅恪曾经由港飞往重庆出席中央研究院评议会。有诗《辛巳春由港飞渝用前韵》：
海鹤飞寻隔岁游，又披烟雾认神州。
江干柳色青仍好，梦里蓬瀛浅水流。
草长东南迷故国，云浮西北接高楼。
人间春尽头堪白，未到春归已白头。
这首诗似是在飞机上即兴依前韵所作。吴宓按：“此诗乃寅恪一九四五年一月在存仁医院病床口授宓者。三四句末对未工，抄写恐有误。又按，寅恪两次飞渝，皆为中央研究院开评议会。［此诗一九四一年作。第六句似指某大国也。］”出席会议后，陈寅恪飞回香港，继续在港大任职。
1941年8月4日，许地山逝世，陈寅恪深为悼念，为其作挽词，许地山的追悼会在9月21日举行，陈君葆说“挽联中以陈寅恪的一对为最亲切有味，可谓情文兼至”，挽联的内容如下：
人事极烦劳高斋延客萧寺属文心力暗殚浑未觉；
乱离相倚托娇女寄庑病妻求药年时回忆倍伤神。
陈寅恪曾经对别人提到，他当年研究佛道之学的时候，对于道教他只是取来作为史学研究的补充材料，对于佛教往往只是比较原文与诸译本字句间的异同。至于其中的微言大义，都没有发掘出来。后来，是通过读了许地山先生所写的佛道两教史的论文，文章中对于教义本体有精深的评述，这令陈寅恪深受启发和为之佩服，同时也有为以前研究方法的惭愧之意。
之后，陈寅恪继为中文系主任。在港大任教的时候，陈寅恪曾作公开学术演讲，曾经讲授韦庄《秦妇吟》一诗，虽然仅仅一首诗，他竟然绵延讲了两个月，每讲一点内容，往往旁征博引，深刻剖析，足可见他的博大精深处。此外，在香港大学还有过一次用英文作学术性的公开讲演，讲题是《武则天与佛教》。
是年12月8日，太平洋战争又起，社会秩序混乱，交通阻塞。日本人占领香港，学校停课，先生离开香港大学闲居半年。他一家生活十分艰难，将衣物换食物，生活物资极端缺乏。香港之战初起，重庆曾经派飞机到港抢救要人，但要人如许崇智、陈济棠以下都未接出，只接出一大家族，“箱笼累累，还有好些条狗。”消息传到昆明，几千学生大游行，口号是打倒孔某。陈寅恪一家自然是挤不上飞机，困居在港。日寇入港曾经觊觎陈寅恪所居之楼房，勒令他们搬迁，陈寅恪以日语斥之，避免了一次祸端。由于陈寅恪懂日文，日军对他还算客气。军部行文香港占领军司令，司令派宪兵队照顾陈家，送出好多袋面粉，但宪兵往屋里搬，陈寅恪、唐筼硬是往外拖，就是不吃敌人的面粉。他们甚至用官职利诱，面对这一切陈寅恪宠辱不惊，拒不接受，生活虽然艰难，但宁可以典当衣物来过活。陈隆恪也曾听闻，“日寇馈米二袋，拒不受”，并寄“正气狂吞贼”之句以慰勉乃弟。陈氏一家宁可挨饿而坚持气节，与散原老人为保持民族精神绝食而死，同样难能可贵。他们的高风亮节，令人钦佩，永留青史。
香港沦陷后，陈寅恪立即辞职闲居，日本当局持日金四十万元委任他办东方文学院，他坚决予以拒绝。1942年春，有人奉日方之命，专程请他到已被日军侵占的沦陷区上海授课。他又一次拒绝，随即出走香港，取道广州湾至桂林，出任广西大学教授，不久移居燕京大学任教。当时，面对民族危亡，国民党政府腐败无能，消极抗日积极反共，陈寅恪感到痛心，而桂林某些御用文人，竟发起向蒋介石献九鼎的无聊活动，劝他参加，他作《癸未春日感赋》：“九鼎铭辞争讼德，百年粗粝总伤贫”，以示讽刺，表示自己的无奈和愤慨。这一时期，在繁忙的教学中，他仍致力于学术研究，先后发表了不少著述。
1941年，陈寅恪在香港完成《唐代政治史略稿》一书，后来印行时改名字为《唐代政治史述论稿》。原稿序末署“辛巳元旦陈寅恪书于九龙英皇太子道三百六十九号寓庐”。书稿成时，太平洋战争爆发，第二年陈寅恪携稿子到桂林，钞改后交商务印行。钞改后的手写稿，本名《唐代政治史略稿》，写成后寄往上海。这些存下的稿子，是陈寅恪居港时候最完整的墨笔直行手稿。《唐代政治史述论稿》从民族升降，党派关系，外族盛衰及外患与内政关系三处落笔，深入剖析了一代政治，建立了以氏族门阀兴衰为背景，认识魏晋南北朝史的理论框架。这一理论框架的创新深刻影响了近现代学者，对日后这方面的研究起了引航灯的作用。比如关陇集团问题，大概是近现代史学界争论最久，卷入知名学者最多的问题之一，唐长孺《魏晋南北朝隋唐史三论》中进一步提出唐朝的南朝化，田余庆《东晋门阀政治》等名作，都是陈寅恪学术领域的不同程度地延伸。
杨遇夫（树达）先生1942年赠陈先生诗云，“朋交独畏陈夫子，万卷罗胸不肯忘”。陈寅恪研究领域极为广泛，并在中国比较语言学研究各个方面都深有造诣。他致力于汉、中古和六朝的历史，而他的著述表面上以微不足道的枝节为基础，但成果的影响却相当深远，堪称学术界真正的贡献。他在西方比较语言学方面受过的训练是一流的。他曾经学过梵文、藏文及蒙古文，尤其精于藏文。他不但能够同时使用中国和西方历史学家的方法和文献，并且善于在自己的研究领域中利用。由于历史研究的领域非常广泛，要结出最好的硕果，必须具备深厚的知识和批判的态度。在现代中国，历史研究真正的进展，是透过运用批判性的方法达致的，唯应用范围一般仍十分狭窄。近来，研究领域已有所扩展，但方法一般仍欠严密。欧洲正统比较语言学的影响，只是在最近的历史著述中才开始感觉得到。陈寅恪能够掌握其他人忽略的某些事实的真正意义，利用一些看来是微不足道的事实论证意义极为重大的事件。以前的中国历史学家，要么就是对细微的事实感兴趣，故他们的成绩不免支离破碎；要么就是对通史有兴趣，因此过于理论化和太具想像力。
陈寅恪对魏晋南北朝的民族问题，唐代的关陇集团与山东集团、庶族地主与士族地主的关系问题，隋唐制度之渊源等问题的研究，无不持之有故，言之成理，严谨精邃，自成一家。因此，从治学方法论的层面来说，陈寅恪的史学方法是对历史唯物主义方法论的重要补充。陈寅恪虽然未能运用历史唯物主义的立场、观点和方法进行研究，但他并不缺少历史主义的史识和朴素的辩证观点。他治史视野开阔，从大处着眼，小处着手，钩稽史料，抉幽阐微，因小见大，长于在别人不注意处发现问题，找出内在联系，揭示出带有规律性的重大历史现象，言人之所未言。
陈寅恪治史以中古史为先，他曾经不止一次说过：“上古去今太远，无文字记载，有之亦仅三言两语，语焉不详，无从印证。加之地下考古发掘不多，遽难据以定案。画人画鬼，见仁见智，曰朱曰墨，言人人殊，证据不足，孰能定之？中古以降则反是，文献足征，地面地下实物见证时有发见，足资考订，易于著笔，不难有所发明前进。至于近现代史，文献档册，汗牛充栋，虽皓首穷经，迄无终了之一日，加以地下地面历史遗物，日有新发现，史料过于繁多，几无所措手足。”由是可以看出，陈寅恪治史以中古史为易于见功力之微旨，非以上古与近现代史为不可专攻也。
1941年12月14日，校读《新唐书》第二卷，书后附自记。次年正月，陈寅恪仍然校读《新唐书》。这年冬天，在坊肆中购得商务国学基本丛书本宋李心传《建炎以来系年要录》十二册，排印字既小，且多双行注，字尤小，陈寅恪现在的眼疾已经厉害，做这些研究非常吃力。第十二册末的跋中提到，他是在无意中于书肆廉价卖到了这本书。不过几天世界大战起，在万国兵戈饥寒疾病之中，研读此书也有利于消磨时光，于是匆匆读了一遍。以前家藏的殿本及学校所藏的本子都要远胜于这个本子。以前陈寅恪读这本书的时候是在太平之世，而现在读的本子时值乱世，反而给人一种亲切熟悉的感觉，身逢乱世，能坐下来安静地读一本自己喜欢的书也许已经是很大的享受了，而对于那段时间长期辗转奔波的陈寅恪似乎更是难得和珍贵。
动荡岁月的纷乱，阻挡不住为学的热情，这一年，陈寅恪还著有《读东城老父传》、《读莺莺传》、《魏书司马睿传江东民族条释证及推论》诸文。
1942年春，陈寅恪一家仍然困居在香港。有《壬午元旦对盆花感赋》诗，末联：“劫灰满眼看愁绝，坐守寒灰更可哀”，由此可深刻的感知到陈寅恪当时困居香港的苦闷心情。这个时候，艰难的生活中却出现了另外的不尽人意的插曲。据陈流求笔记记录，这年春节过后不久，陈寅恪旧时的学生来访，说是奉命请他到当时沦陷区的上海或广州任教。陈寅恪对于日本人，身负国耻家仇，岂肯为侵略国家的敌人服务，他坚决地拒绝了。吴雨僧《答寅恪》诗自注有言：“闻香港日人以日金四十万圆强付寅恪办东方文化学院，寅恪力拒之，获免。”日本人三番两次的骚扰利诱，这个时候陈寅恪想到的是，香港不是久留的地方，应该想办法尽快逃脱，离开这个是非之地。
5月5日，有船到广州湾（即湛江），陈寅恪一家带了简单的行李乘坐海轮由香港取道广州湾准备返回内地。途中，遇到风浪，一叶扁舟，惊险万状，但为了归死故丘，毫不犹豫。好不容易到达湛江，住进了一个嘈杂拥挤的旅社，与内地取得联系后，又由旱路经过赤坎、廉江、郁林、贵县，在贵县换船到桂平，换拖轮到柳州，在1942年六月末抵达桂林市。
陈寅恪在桂林留一年多，并任教于广西大学。
驻足广西大学
陈寅恪一家成功逃离香港抵达桂林后，他的亲朋好友都非常高兴。其兄陈隆恪有《闻六弟携眷自香港脱险至桂林》一诗：
蝉雀相乘劫，恢恢食报才。
穷愁羁我在，辛苦识君来。
正气吞狂贼，余生息祸胎。
危邦占剥复，未许后人哀。
吴宓听到老友脱险，亦有《答寅恪》诗：
喜闻辛苦贼中回，天为神州惜此才。
心事早从诗句解，德名不与世尘灰。
这段逃难经历陈寅恪深有感慨，有《壬午五月发香港至广州湾舟中作用义山无题韵》、《予挈家自香港抵桂林已逾两月尚困居旅舍感而赋此》，又有《壬午桂林雁山七夕》诗。从吴宓日记中又有《夜读简斋自湘入桂诗感赋》诗：
我行都在简斋诗，今古相望转自疑。
只谓潭州烧小刃，岂知杨獠舞多姿。
还家梦破恹恹病，去国魂销故故迟。
谁挽建炎新世局，昏灯掩卷不胜悲。
陈寅恪原计划到四川李庄历史语言研究所，中英庚款会和广西大学既然相约讲学，就决定在桂林暂时休息，乃致书傅斯年辞去中研院专任研究职务，接受广西大学的聘任。任教广西大学的时候，陈家搬进背傍石山的广西大学宿舍中。据陈流求记录，当时敌机常来轰炸惊扰，经常逃警报。陈寅恪曾经冒着被轰炸的危险到粤边坪石当时的中山大学临时校址短期讲课，有“清谈与清谈误国”和“五胡问题及其他”两次学术讲演。陈寅恪到中山大学讲演是有一定原因的。老教育家金曾澄教授于1942年5月被当时的行政院任命为国立中山大学代理校长，他上任后，注意物色学有专长的著名学者来校任教。陈寅恪当时以教育部部聘教授身份任教于国立广西大学，金曾澄代校长只好用特殊的方式处理，用特约教授的名义聘他来校为国立中山大学研究院文科研究所讲学。于是便有了这两次著名的在中山大学的讲演，讲学的简况，当时的《国立中山大学日报》作了扼要的报道。
有了这段自港逃出的经历，陈寅恪虽然庆幸生还，但是“国门生人有新愁”。1943年春夏间仍然任教于广西大学，居住在桂林雁山别墅。陈寅恪有《癸未春日感赋》诗，给李庄史语所第一组诸友：
沧海生还又见春，岂知春与世俱新。
读书渐已师秦吏，钳市终须避楚人。
九鼎铭词争颂德，百年粗粝总伤贫。
周妻何肉尤吾累，大患分明有此身。
这首春日感赋，内含深意。首联是说时局好转，美国参战。次联藉汉时楚元王故事，喻士人不为世人所重视。穆生初受元王敬礼，因不嗜酒，王乃以醴，后王忘设醴，穆乃谢病去，且说：“醴之不设，王之意怠；不去，楚人将钳我于市。”第三联讽刺当局之虚矫，曾有请顾颉刚写九鼎铭词为元首祝寿一事，而不知道当时社会伤贫已甚，国家元气殆尽。末联之典出自《南史》：周颙、何胤崇佛法，但是周有妻子累，何有肉累，之所以不能摆脱世俗诸累，因为有身。老氏有言：“吾所以有大患者，为吾有身；及吾无身，吾有何患。”战事艰苦，物价飞涨，伤贫日甚，士人的生活穷困，此诗已经略见端倪。另一在桂林所作挽张荫麟二首之二，表达得更加清楚，隐约间我们还能感觉到那份深深的哀愤：
大贾便便腹满腴，可怜腰细是吾徒。
九儒列等真邻丐，五斗支粮更殒躯。
世变早知原尔尔，国危安用较区区。
闻君绝笔犹关此，怀古伤今并一吁。
陈寅恪任教广西大学一年多，他平日教人，言必信，行必果。奖掖后学，不遗余力。不但对古人不轻加訾议，即对当代人物亦不轻加品评。先生为人谦逊，虚怀若谷，而于学术问题上，是非分明，不以人废言，亦不以言废人。尊重历史事实，追求客观真理。著文立论，无一字无来历。每能因小见大，多发前人所未发之覆。博大精深，自辟蹊径。不特能阐事理之当然，且能解其所以然。
陈寅恪重点的治学方面落在历史领域，对于历史的研究，他提到，其中重要的就是要根据史籍或其他资料以证明史实，认识史实，对该史实而有新的理解，或新的看法，这就是史学与史识的表现。凡是前人对历史发展所流传下来的记载或者追述，我们如果要证明它为“有”，相对而言是比较容易的，因为只要能够发现一、二种别的记录，以作旁证，就可以证明它为“有”了；如果要证明它为“无”，则是比较难的。因为如果只是查了一、二种有关的文籍而不见其“有”，那是还不能说定的，因为资料是很难齐全的，现有的文籍虽然全部查过了，但是可能还有地下未发现或者即将发现的资料仍然可以证明其并非“无”。陈寅恪的话分量是很重的，对日后扎根在史学研究的学生产生了极大的影响。
黑色岁月里，稳定的时候是很稀罕的，平静的日子是一点不敢奢望的。是年八月的一天，他们一家又不得不从桂林启程北行，原因是1943年的夏天战火逼近湖南，长沙等地的形势日益紧张。在这种形势下，无奈的陈寅恪携全家再次登上艰难漫长的逃难旅程。先是搭乘货车由桂林出发，经过宜山、金城江进入贵州境内，过独山到都匀后，唐筼染上痢疾，勉强走到贵阳市后，病情加重，中途暂时停下休养，找到中西药品，慢慢调理，但是疗效很慢，大约经过一个多月，她的病情才慢慢好转。于是，又勉强地登上川黔公路，这一路，波折坎坷，陈寅恪又着急上火，路上也患病，1943年冬天的11、12月间才到达重庆暂时在观音岩俞大维家休养。
这个时候蒋天枢与蓝孟博同在夏坝复旦，听到老师陈陈寅恪到达重庆，住在观音岩俞宅，两位约同往谒。蓝氏往购奶粉，仅得三罐。陈寅恪和夫人都还在病中，虽然稍微痊愈，但是仅仅能在床上倚靠着被子坐起来。当时，陈寅恪说道：“我就是缺乏这个，才会病成这样。”战时学者之清苦，令人心寒。
这一路走来真可谓身心俱疲，备尝艰辛。陈寅恪病情稍为好转之后，启程去了成都，抵达成都时，已在1943年的12月底，后任教于燕京大学。
这是一段辛苦波折的历程，顶着巨大压力的陈寅恪在1942年到1943年年间，依然写出了《朱延丰突厥通考序》、《姚薇元北朝胡姓考序》、《陈述辽史补注序》、《杨树达积微居小学金石论丛续稿序》、《邓广铭宋史职官志考证序》、《陶渊明之思想与清谈之关系》等文，这种治学的毅力和精神是令人佩服和感动的。
执教燕京大学
1943年冬天，成都燕京大学校长梅贻宝在学校的周会上说：“我校迁徙西南，设备简陋，不意请得海内著名学者陈寅恪先生前来执教。陈先生业已到校，即可开课。这是学校之福。”不久，教务处公布了陈寅恪所开课目，当时陈寅恪兼任历史和中文两系，所开课为《魏晋南北朝史》及《元白诗》。下半年陈寅恪又开《唐史》及《元白刘诗》。那个时候，燕京大学借一女子中学的旧址上课，地小房少，听陈寅恪讲课者为教室所不容，且先生住房亦狭隘。所以，第二年开设《唐史》及《元白刘诗》时候，改到城外华西大学广益学舍之大教室，以便所谓华西五大学学生，均可共同听课，陈寅恪亦迁至广益学舍居住。
陈寅恪先生在燕京大学教书，一直到抗战胜利。在抗战胜利的前二三年间，通货膨胀厉害，物价飞涨，生活极为艰苦。执教燕京大学的时候，陈家与李方桂教授家同住在陕西街燕大校本部宿舍，李家住楼下，陈家住楼上。那时物质条件很差，灯光昏暗，物价飞涨，间或还要躲警报，生活如此艰难，陈寅恪用唯一还有视力的左眼，仍然不断地从事着学术研究和著述。
1944年，陈寅恪仍然执教燕京大学，因为燕京大学上课地点改在华西大学文学院，所以又要搬家到华西坝广益宿舍居住。在华西坝期间，陈寅恪除了上课外，基本上完成《元白诗笺证稿》一书。此书意在阐述唐代社会史事，不是在说诗。陈寅恪凭藉其精深的旧学根底和深厚的史学素养，把史学和文学打成一片，以诗证史，以史证诗，融会贯通，在史学和文学研究中开创了一条新道路，他的《元白诗笺证稿》就是这方面的代表作。前面陈寅恪所作的《隋唐制度渊源略论稿》和《唐代政治史略稿》二书，一论唐代制度，一论唐代政治，此书则言唐代社会风俗。
陈寅恪刚到燕京大学不久，先开设“魏晋南北朝史”和“元、白诗”两门课，讲课的地点就在城内陕西街燕大校本部。到1944年秋季，又继续开“唐史”和“晋至唐史”专题研究两门课。这时，陈寅恪已经搬到城外华西坝华西大学的广益宿舍，住房条件有了改善，课堂也随之移往华西大学文学院。当时陈寅恪的右眼已盲，走路略感吃力。穿长袍马褂，手拿黑布包袱，包着书本、讲义，另手拿着一瓶冷开水，步入教室，入座即开课，了无闲言。陈寅恪一面讲，一面板书，不时喝水。由于他讲课内容精辟，极富启发性，当时慕名前来听讲者，不乏百数人，讲堂座无虚席，待立门窗两旁，几无容足之地。听讲的不仅是学生，华西坝其他大学也有不少教师来听课，当时学术界不少人私下里尊称陈寅恪为“教授之教授”。他在讲述曹魏之所以兴起与南北朝之所以分裂，以及唐初李渊起兵太原，隋何以亡，唐何以兴，源源本本，剖析入微，征引简要，论证确凿。陈寅恪的课程每一堂有每一堂的创获和新意，多发前人未发之覆。陈寅恪讲诗亦如讲史，即以诗证史，而非纯诗之讲解。不先读元白（后加刘禹锡）之诗，是听不懂陈寅恪所讲的。追忆他所讲的内容，既专且深，自然有诸多听不懂的地方，两课能坚持听讲到底者，不过二十人，其中大多数今已成为在文史研究方面学有专长的专家。
陈寅恪当时将元白诗并讲是有自己的深意的。当时比较研究之法已有所滥觞，陈寅恪对此有独具的看法，以语言为例，他在《与刘叔雅论国文试题书》中，即指出各种语言有其特殊之文法，比较研究之法，非在同系语言如梵语、波斯语等中进行，不能得其功。“故欲详知确证一种语言之特殊现象及其性质如何，非综合分析，互相比较以研究之，不能为功。而所与互相比较研究者，又必须属于同系中大同而小异之语言。”所以陈寅恪对马建忠之仿印欧语系而建立中国文法之作不以为然，斥之为：“《文通》，《文通》，何其不通如是耶？”语言如此，文学更然。陈寅恪说：“即以今日中国文学系之中外文学比较一类课程言，亦只能就白乐天等在中国及日本之文学上，或佛教故事在印度及中国文学上之影响及演变问题，互相比较研究，方符合比较研究之真谛。盖此种研究方法，必须具有历史演变及系统异同之观念。否则，古今中外，人无龙鬼，无一不可取以相与比较，荷马可比屈原，空子可比歌德，穿凿附会，怪诞百出，莫可追诘，更无所谓研究之可言矣。”（《与刘叔雅论国文试题书》）这种议论，在今天看来，应该已经成为定律，但是退回五六十年前，则不能不说是一种卓见。即使在今天，胡乱比较之妄人也还有之。元稹、白居易处在同一个时代，同为元和体的创始人，两人多有同一题目之作，所作又互相影响，先生并讲元白诗，恰当至极。
多事之秋，在辗转逃难的路上，陈寅恪在不同的大学里留下了坚实的脚印，每到一处讲学，他都努力做好自己“教书匠”的本职，给曾经上过他课的学生留下了极其深刻的印象。陈寅恪一直认为讲课必须有新意，使学生每听一堂课都有听一堂课的收获，这样自己的课才没有白讲，学生增长了知识，才是为人师最大的成绩。如果所要讲课的内容已经写成文章发表，或者著书出版了，人人都可以买到看到，这样陈寅恪就不会再花时间开这门课了。他反对照本宣科的读讲义，认为这是在浪费听讲者的时间，他一再主张讲课必须讲出自己的创意和见解，给人以启发。例如，陈寅恪发表了不少关于魏晋南北朝的文章：《桃花源记旁证》、《东晋南北朝之吴语》、《陶渊明之思想与清谈之关系》等等，这样他就不再开魏晋南北朝的课了；又如出版了《隋唐制度渊源略论稿》和《唐代政治史述论稿》两书后，就不再开隋唐史一课了；当油印出版了《元白诗笺证稿》一书，也就不再开元诗一课了。此特点为陈寅恪先生毕生教书育人的一大特立独行之处，为很多学者大儒所不及。为人仪表，师风泽传，影响了一代代人，遍天下的桃李，也是陈寅恪先生一生最大的收获和喜悦。
因为生活艰苦，营养很差，左眼视网膜剥离加重。1944年冬天，陈寅恪在课堂上对学生说：“我最近跌了一跤，唯一的左眼也不行了，说不定会瞎。”事过不久，在1945年春天的一个早上，陈寅恪突然发现两眼一片漆黑，唯一可以依靠的左眼忽然看不到东西了，随后住进成都燕大校址对面的存仁医院，进行治疗，住在三楼73室。陈寅恪平日食量极少，主食但吃面包一二片，副食亦仅啖瘦肉一二片而已。既病，食量大减，靠打针和服维生素b来补充营养。须知当时打一针的费用昂贵，维生素b价格亦不菲，而且不容易购得。唐筼为买一药，四处奔波，实在是煞费苦心，尽力支撑。虽然偶尔亲戚好友解囊相助，也只是应付一时，而长年累月，膳食药费，开支日益紧张，艰辛备尝。陈寅恪住院期间，虽然辍讲，但是他还是热情地欢迎大家与他一起讨论学术问题。他带的研究生经常就病榻前请益。此外，国内外学者途经成都时候，亦必躬谒面教，质疑问难者颇不乏人。对来访者提出之问题，不论用英、德、法语还是汉语，陈寅恪多先闭目沉思，然后作答，纵使答话只有只言片语，也是深入辟里，给人启发，令人信服。
是年12月18日，存仁医院大夫对陈寅恪进行手术治疗，手术前后，燕京大学老师同学们非常关心，很多同学轮流照顾，但身体、生活条件太差，加上当时医疗条件的限制，手术后仍旧没有恢复视力。反而为他日后赴英治疗留下了隐患，因为这次手术导致视网膜皱在一起，到英国医治，也没有办法弄平。人言时势造英雄，但那样的时势却在一步步地扼杀贤才，时代的苍凉带来多少无奈的伤悲。
1945年的除夕，陈寅恪从存仁医院回家，外面的爆竹声声更加衬托出了陈寅恪内心的伤痛与对眼睛不愈前途未卜的忧心。作为一名学者，从事学问研究，不能用眼睛读书，前路何去何从，心中的苦闷只有在诗中去寻求一种发泄和寄托：
天其废我是耶非，叹息苌弘强欲违。
著述自惭甘毁弃，妻儿何托任寒饥。
西浮瀛海言空许，北望幽燕骨待归。
弹指八年多少恨，蔡威唯有血沾衣。
以书为生的学者，双目失明，著述立作的理想难续，牛津讲学的意愿化为乌有，身边的妻子女儿如何照顾，老父的遗骨待葬，恨愁交加，对人生多舛的无限感叹溢于诗表。一年之计在于春，可是这年的春天，陈寅恪的眼睛变坏，春天的大好时光还没有来得及好好欣赏，一年的所有计划都在不可意料中被打击得凌乱不堪。以往美丽的东西也不再可以用眼睛来细细地审视了，化作了回忆，只能努力用心来寻找那份原来属于自己的美丽。没有春天可见，独自对着繁枝茂叶怆神，在病中，往往倍添思念先人故居的感情，这个时候，陈寅恪内心的悲凉和无奈无以言表。
1945年5月17日，是陈寅恪56岁生日，悲恨交集，内心痛苦之情可由他所作的三绝察知：
去年病目实已死，虽号为人与鬼通。
可笑家人作生日，宛如设祭奠亡翁。
鬼乡人世两伤情，万古书虫有叹声。
泪眼已枯心已碎，莫将文字误他生。
女痴妻病自堪怜，况更流离历岁年。
愿得时清目复朗，扶携同泛峡江船。
陈寅恪哀感自己的人生不幸遭遇的时候，仍然不忘记国事。1943年冬，刚到达成都的时候，深刻感到太平盛世难以见到，胜利的日子不知道何时到来，难以让百姓过上平静祥和的生活。那时的日寇在中国的侵略气焰仍然嚣张，兵尘漫漫，导致社会秩序混乱，物价飞涨，“日食万钱难下箸，月支双俸尚忧贫”。1945年，盟军攻陷德国柏林，胜利的曙光姗姗来迟，倭寇已经穷蹙，迎来了“破碎山河迎胜利”之感。中国的抗日胜利，更是喜不自胜，国耻家恨经历了艰难曲折，伤痛累累的八年后终于有了个完满的句号。陈寅恪作了《乙酉八月十一日晨起闻日本乞降喜赋》：
降书夕到醒方知，何幸今生见此时。
闻讯杜陵欢至泣，还家贺监病弥衰。
国仇已雪南迁耻，家祭难忘北定时。
念往忧来无限感，喜心题句又成悲。
这首诗虽然读来简单平易，却是寄意深远，饱含胜利到来时复杂的喜悲交织的深情。其中，陈寅恪所引杜甫、陆游的典故妥帖确切。内心复杂的感情以一种婉转的方式表达了出来。历经磨难终于感受到了胜利的喜悦，历史性的再次感知“剑外忽传收蓟北，初闻涕泪满衣裳”的情境。欢庆胜利的时候，不觉想起这近十年来的辗转艰辛，情何以堪，于是喜极而泣，这种复杂的感情，又掺杂进了对国家的前途，对自己的命运的忧虑，心情不禁转喜成悲。
虽然眼睛病情不断加重，生活也日益窘迫，但陈寅恪仍然没有放下他钟爱的学术研究。1945年陈寅恪动手术无效后，出院回家。此后不久，石泉开始兼任他的助手，每天上午到陈寅恪家中，首先是念报。陈寅恪听得很认真，往往还插几句精辟的评论。读报之后，经常要问：外面有何消息？特别注意当时的学生民主运动。读报之余，石泉还经常为陈寅恪做一些查阅材料、校对文稿、代拟代写信件等工作。所有这些都要全文读一遍给陈寅恪听，陈寅恪的记忆力特别好，听一遍后，事隔多日还能记得，往往联系前后诸事，提出见解和要求。照办之后，再读给陈寅恪听，直到满意为止。
斯时斯地的苦与难，反而更加激发起了投入学术的热忱，凭借顽强的毅力，陈寅恪这段时期依然有不俗的成绩。1944年到1945年陈寅恪先生的著述有：《以杜诗证唐史所谓杂种胡之义》、《梁译大乘起信论伪智恺序中之真史料》、《长恨歌笺证》、《元微之悼亡诗笺证稿》、《白乐天之先祖及后世》、《白乐天之思想行为与佛道之关系》、《论元白诗之分类》、《元和体诗》、《白乐天与刘梦得之诗》、《白香山琵琶行笺证》、《元微之古体乐府笺证》、《读吴起昌撰梁启超传书后》等文。
陈寅恪做学问并不主张“两耳不闻天下事，一心只读圣贤书”的方式。陈寅恪曾经谈到当时的学生运动，他说：“我班上的好学生大都是共产党。我怎么知道的呢？抗战前那一两年，上我的课的学生中有些人学得很好。后来有一天我去上课，他们忽然都不见了，我一打听，才知道他们是因为国民党要抓他们，都躲起来了。我由此感到共产党将要成功，因为好学生都到那里去了。”在二次大战后期，盟军方面曾经酝酿着要定日本天皇为战犯。陈寅恪听到这个消息后，立刻说：“这事绝对做不得。日本军人效忠天皇，视之为神。如果我们处置天皇，日本军人将拼死抗争，盟军则要付出大得多的代价才能最后胜利。如果保留天皇，由他下令议和，日本军人虽然反对，也不敢违抗，就会跑到皇宫门前切腹自杀。这样，盟军付出的代价就会小得多，而且日本投降也会较容易。因此，希望盟军不要做那样的蠢事。”后来，事态的发展果然不出陈寅恪的意料。陈寅恪一贯注意观察世界潮流，关心祖国的前途，有强烈的正义感，看问题客观、敏锐，具有高瞻远瞩的历史眼光。正是这种正义感和历史责任感督促着陈寅恪在教书和治学的路上抛开艰难险阻，一步步坚实的走了过来。
关于治学与政治的关系，陈寅恪先生有言：“古今中外，哪里有做学问能完全脱离政治之事？但两者之间，自然有区别，不能混为一谈。如果做学问是为了去迎合政治，那不是真正在做学问。因为做学问与政治不同，毕竟有它自己的独立性。”据王钟翰先生记载陈寅恪先生一事，当时蒋介石喜欢以唐太宗李世民自比，他听说陈寅恪为当代海内外隋唐史名家，曾托人以重金请先生写一部唐太宗传。陈寅恪当时患病，生活十分艰辛，得到这笔钱无疑会解决燃眉之急，但对奉命写书的事情，陈寅恪毅然拒绝。此事十分清楚地说明，陈寅恪先生是言传身教相一致的最好典范。
陈寅恪治学态度十分谨严，既有开拓性的学术眼光与气魄，又有深邃敏锐的洞察力，他善于从极普通的史料中挖掘出自己的东西来，发现一些新问题。陈寅恪的考证极精，但又绝非烦琐考证，所考问题，都是小中见大，牵涉到重大社会、文化、政治、经济方面的问题。陈寅恪常说，他最欣赏法国学者写文章的风格，证据够用了，就不多举了，不多罗嗦。英国人的文章也不错。他最厌烦繁复冗长、堆砌材料的文章。陈寅恪掌握的史料虽然极丰富，但为文绝不广征博引以自炫，而只引用最必要的材料，因此行文十分简洁。他的治学态度、眼光与方法，从多方面启迪、教育了后来人。