1928年后，清华由罗家伦就校长职，高谈“纪律化”，象征着一个“新时代”的开始。新时代有新气象，但仍然不免“旧时代”的争权夺利。清华校长一职，就有三十人争夺。甚至于还有比“旧时代”更“青出于蓝”的表演。陈寅恪于庚午年（1930年）所作《阅报戏作二绝》，可表达对此“新形象”的观感：弦箭文章苦未休，权门奔走喘吴牛；自由共道文人笔，最是文人不自由。
石头记中刘姥姥，水浒传里王婆婆；他日为君作佳传，未知真与谁同科？陈寅恪很有幽默感。在陈哲三的《陈寅恪先生轶事及其著作》有这样的回忆:有天我们在座，先生说：“我有个联送给你们：南海圣人再传弟子，大清皇帝同学少年。”当然是说我们是梁启超、王国维的学生，是康有为的再传弟子，是溥仪的少年同学。大家哄堂大笑。更妙的是北伐成功。全国统一后，罗家伦接任清华，特意去看望陈寅恪，当时陈哲三等同学也在场。罗家伦送给陈寅恪一本书，是他编的《科学与玄学》，记述张君劢、丁文江辩论的一段文坛旧事。陈寅恪翻了翻便说：“志希，我送你一联何如？”罗家伦说：“甚好，我即刻去买上好的宣纸来。”陈寅恪说：“不用了，你听着：不通家法科学玄学，语无伦次中文西文。”罗家伦一摆手，大笑不止。陈寅恪又说：“我再送你一个匾额：儒将风流。你在北伐军中官拜少将，不是儒将吗？你讨了个漂亮的太太，正是风流。”上下联中将“家”、“伦”二字嵌入，精妙之极。陈寅恪才思敏捷，诙谐风趣，大率如此。其实他的一时戏作是有深意的。陈寅恪对于当时科学与玄学之争，中西文化论战，皆不以为然。他一生秉承的思想，是调和中西，中体西用。吴宓曾对此作过如是的评语，陈寅恪自己也如此承认。这幅即兴所作的对联，就是这种思想的表露。
国学研究院结束后，陈寅恪转任为清华大学中文、历史两系的合聘教授，并为两系的研究所开专题课。在中文系开授“佛经文学”、“世说新语”、“唐诗校释”等课程；在历史系开授“魏晋南北朝专题研究”、“隋唐五代史专题研究”等课程。他的教学和研究经常是相互配合的。从他开的课，可知他的研究方向已经从佛教史研究，扩大到整个中国中古的文史研究。同时，陈寅恪在课余，博览群籍，研究内容主要集中在唐代文史与佛经领域，讲授的内容也主要是与此有关的专题。就讲授的课程而论，陈寅恪革新了当时以及后来高级研究院校的研究领域和开设课程。可以看出他比汉、唐、宋以及明清有成就的著名学者们，向前进了一大步，为中国的学术文化研究开辟了新纪元。在这一期间，陈寅恪还使用敦煌所出的文书，著文多篇。在《陈垣敦煌劫余录序》中，陈寅恪说：“一时代之学术，必有其新材料与新问题。取用此材料，以研求问题，则为此时代学术之新潮流。治学之士，得预于此潮流者，谓之预流（借用佛教初果之名）。其未得预者，谓之未入流。此古今学术史之通义，非彼闭门造车之徒，所能同喻者也。敦煌学者，今日世界学术之新潮流也。”陈寅恪通解中外古今的学术文化，因而能有这样如立于喜马拉雅高峰俯瞰人类文化进展的长河的精深宏大议论。敦煌学已是今日世界的显学，陈寅恪是中国敦煌学开创者之一，还是提出“敦煌学”这一名称的第一人。这一名称的提出是有重要意义的，他明确了敦煌资料的研究是我们这一时代新的学术潮流，不只是整理考证一些资料而已。近几十年来，特别是从敦煌吐鲁番学会成立以来，我国敦煌学研究有了很大进展，陈寅恪所期望我们“勉作敦煌学之预流”，已逐渐成为现实，这是我们可以告慰于含恨逝去的一代儒宗陈寅恪先生的。
民国二十一年（1932），清华中文系代理系主任刘文典请陈寅恪命招生试题：作文题《梦游清华园记》，外加对对子：一年级为“孙行者”、“少小离家老大回”，二三年级的学生有“莫等闲白了少年头”等，以此招致纷纷非议。陈寅恪既在《清华暑假周刊》第六期发表答记者问，又撰写《与刘叔雅论国文试题书》，详释其义。同年，在历史系开晋至唐文化史课，讲晋到唐这一历史时期的精神生活和物质环境的关系。讲精神生活包括思想、哲学、宗教、艺术、文学等；物质环境包括政治、经济、社会组织等。在讲论中，陈寅恪并不轻易讲“因果关系”，而是着重条件。并且称以往研究文化史有二失：旧派失之滞。旧派所作“中国文化史”，其材料采自二十二史儒林文苑等传及诸志，以及《文献通考》、《玉海》等类书。类书乃供科举对策搜集材料之用，作史没有必要全行采入。这类文化史不过抄抄而已。其缺点是只是死材料而没有解释。读后不能使人了解人民精神生活和社会制度的关系。新派失之诬。新派是留学生，所谓“以科学方法整理国故”者。新派书有解释，看上去似乎很有条理，然而甚是危险。他们以外国的社会科学理论解释中国的材料。此种理论，不过是假设的理论。而其所以成立的原因，是由研究西洋历史、政治、社会的材料，归纳而得的结论。因为人类活动本有其共同之处。所以“以科学方法整理国故”，是很有可能性的。不过也有时不适用，因为中国的材料有时在其范围之外。所以讲“大概似乎对”，讲到精细处则不够准确。而讲历史重在准确，不嫌琐细。本课程的学习方法，就是要看原书，要从原书的具体史实，经过认真细致，自由思想，批评态度。从这些记录，可见陈寅恪的治学态度和教学方法。
陈寅恪从37岁（1926）初任教清华，到48岁（1937年七七事变），大约十二年的时间，都住在清华园。这一段时间是他的一生中读书最勤、研究最力、收获最多的日子。主要是因为生活较为安定，图书资料较易获得，研究条件较佳的原因。自1930年起，陈寅恪虽然兼任“中央研究院”理事、历史语言研究所研究员，并且兼第一组主任、故宫博物院理事、清代档案委员会委员，但是不负实际事务的责任，然而在他研究工作中却得到了更多的方便。陈寅恪此时治学之勤，可以从他的长女流求的追忆中，略知一二：
从我记事起，我家就住在清华园南院，后移居新西院（按1935年后），距西校门不远。这时家中生活紧凑而有规律。父亲每天出门总是夹着个布包袱，包着书本。晚上照例伏案工作。父亲从不满足自己掌握的治学工具，每逢星期六上午，不分寒暑都进城到东交民巷找一位钢和泰的外籍教师，学习梵文。
此外，他又经常乘车从清华园到大高殿军机处看档案。许多机密文件都用满文书写，陈寅恪一边检阅，一边汉译，遇到疑难的单字和词句，就随手记录，以便查字典或请人代为解答。
在清华的十二年中，陈寅恪大约发表了五十余篇学术论文和序跋，后来在战时发表的书与文，其研究工作实际多是在此时就已经完成了的。随着研究成果的滋长，他的学术声名也日隆。日本以及欧洲的汉学家都公认他为博学而有见识的史学家。民国二十二年（1933），陈寅恪44岁。这一年，有覆钱稻孙书，是为答复日本学者白鸟库吉询问有关中亚史的问题。陈哲三在《陈寅恪轶事》文中叙述了蓝孟博的话：“民国二十二年，我在日本，有天在东洋文库吃饭，饭后大家闲谈，白鸟说：‘蓝君你认不认识陈教授？’我答：‘是不是援庵？’他说：‘不是，是陈寅恪先生。’我说；‘那是恩师。’白鸟一听，马上隔桌趋前伸过手来。白鸟在日本史学界，被捧得如太阳，如何对陈寅恪如此尊敬呢？他说了，他研究中亚问题，遇到困难，写信请教奥国学者，覆信说向柏林大学某教授请教，而柏林大学的覆信说应请教陈教授，当时钱稻孙度春假来日本，正在隔房，他说可以代为请教陈教授，钱的春假未完，陈教授的覆信已到，而问题也解决了。他说如无陈教授的帮助，可能至死不解。”可惜不知当日钱将此信原封交给白鸟库吉，还是使白鸟录副而自将原信留起，此信已经不知流落何方。如能获得原手迹，将可作为陈寅恪的一段重要文献。但从这个小故事，可以看出陈寅恪的国际声誉。
在清华，陈寅恪更是名教授。除了本校历史和中文系的学生听讲外，还有校外旁听生，“慕名而来，满载而归”。当时在燕京读书的周一良回忆道：“我从燕京到清华旁听（实际是偷听，因为不需办任何手续）陈先生的课，感到与以往所听的中外历史课大不相同，犹如目前猛放异彩，佩服不已。那时一起去听课的，有在当时的中央研究院历史研究所工作的余逊、俞大纲（都已经逝世）。我们这几个青年都很喜欢京剧，下课以后，常常讨论说：真过瘾！好像又听了一场杨小楼的拿手戏！”罗香林也回忆道：“陈师对学生的爱护，真是无微不至，不但在学术上的个别引导，使学生个个都走向专门研究，能渐渐有新的发现的境地，就是对学生的日常生活，乃至于毕业后的就业情形，也非常关心。”
从学生们的回忆，可以知道陈寅恪既是认真而受欢迎的教师，也是书斋中的学者。他不喜欢管实际事物，也很少抛头露面谈政治。但这并不是说，他不关心国事。从若干短文和诗篇中，可以窥知他有着满腔爱国情怀。他的爱国心乃是植根于历史和文化，并不是爱一党一派。他既不是慷慨激昂的政客，也不是学术与政治之间的风头人物，因而在嚣嚷的20世纪30年代，陈寅恪就显得十分沉寂。
民国二十年（1931年9月），清华改制为大学，又恰逢建校20周年。陈寅恪借此机会对当时的学术现状，做了语重心长的批评和建议。他最感忧虑的是，中国学术之未能独立。不仅仅是自然科学和西洋学术领域依赖于外国，即使是本国政治、社会、财政、经济的情况，也莫不“乞灵于外人之调查统计”。至于本国文史之学，史料虽多，但仍然没有系统和方法。陈寅恪认为当时大学中，未必有人“能授本国通史，或一代专史，而胜任愉快者”。史学研究更远不能与东邻日本相比，不禁有“国可亡，而史不可灭”之惧。至于本国语文，一味以新文学创作为宗旨，而不求通解及剖析本民族所承受的文化内容。各学科的研究资料，由于缺乏制度、设备与政策，不是流散，就是秘藏。即使是公家博物馆和图书馆，也因种种限制，难以提供研究的便利。而此时国家还没有一正规的印刷厂，难以使国宝珍藏普及流布。
显然，陈寅恪关心中国学术独立，思虑百年大计，希望全国瞩望的清华，能首先担负起民族精神所寄托的学术文化独立之职责。此种关切，决非一时兴起所致。早在1929年，在陈寅恪《北大学院己巳级史学系毕业生赠言》一诗中，便已早见端倪：
群趋东邻受国史，神州士夫羞欲死。
田巴鲁仲两无成，要待诸君洗斯耻。
添赋迂儒自圣狂，读书不肯为人忙。
平生所学宁堪赠，独此区区是秘方。
可是，陈寅恪对清华的期望，以及个人的志趣与抱负被日渐恶化的时局所打断。当时国家内忧外患，大多数人只顾及眼前的困难，无暇考虑百年大计。尤其是“九一八事变”后，日本侵占东北三省，群情尤为激昂，陈寅恪曾有诗云：“钟阜徒闻蒋骨青，也无人对泣新亭；南朝旧史皆平话，说与赵家庄里听。”讥讽当时人沉湎不悟，不记取历史教训。陈寅恪受到时局的震动，自不待言。但“空文自古无长策”；正是“欲著辨亡还搁笔，众生颠倒向谁陈？”书生救亡无力的无奈心情，自不限陈寅恪一人。惟有“酒共愁添哭是歌，悲秋意苦奈秋何”，并借吟咏以感伤国事世局。
“九一八事变”后，又有西安事变，时局更加动荡不安。西安事变的结果，虽然停止了内战，但中日之战却迫在眉睫。日本的侵略军正虎视眈眈，待机而发。到卢沟桥事变爆发，北平沦陷，陈寅恪不得不结束平静的清华园学者生活，踏上苦难的流亡征途，转徙于西南天地之间。