第一银河帝国正在毁灭。它历经数世纪逐渐腐败和倾颓的过程，仅有一个人全盘了解。
他就是第一帝国最后那位伟大的科学家，将人类行为科学减化到可以用数学方程式取代，使“心理史学”趋于完美的哈利·谢顿。人类的个体是无法预测的，而群体反应，谢顿发现，却能以统计学加以处理。群体越大，统计的预测也就越精确。谢顿所用来研测的群体大小，绝不少于整个银河系中，那数百万个世界所生存的人口总合。
谢顿的方程式告诉他，在第一帝国彻底毁灭，第二帝国由废墟中兴起前，人类尚需经历三万年悲惨与痛苦。然而，只要他能将现有的某些情况加以修正，则三万年毁灭过程，即可减至一千年。
为了保证这点，谢顿就建立了两处他称之为基地的科学家殖民地。他有意地将这两处殖民地分别建于“银河系两端”。主要致力于实体科学的“第一基地”，他是在公开的情况下建立的。而由那群专事研究发展心理史学与精神世界的科学家，所组成的“第二基地”，则是在没没无闻的情况下，建在银河系的另一端。
三万年既定毁灭岁月的头四百年，已经过去。由于“第二基地”始终鲜为人知，而普遍为人简称为“基地”的“第一基地”，也只不过像某个近于“银河外缘”空无中的小小社区而已。它因为构成人类活动往来的社会与经济潮流，不断变迁和前后矛盾，所以每隔一段时期，就要面临一次危机。它本身的自由，只能因循着某条既定的路线移动，而每当它对正移动方向，就有新发展的远景呈现。这也正是去世已久的哈利·谢顿，所早就规划好的。
第一基地借着它优异的科学，征服了它四周的野蛮星球。它面对那些宣告独立和逃离垂死帝国的军阀们，加以无情的打击。面对残破衰颓的帝国，以及它最后的强大君王和将军，它也照样给予打击，以加快第一帝国的毁减速度。
“谢顿计划”看似进行顺利，而且眼看“第二帝国”必能适时兴起——减少了两万九千年的垂死岁月。
然而，心理史学乃是一种统计科学。总难十拿九稳的不犯过错；事实上也的确发生过连哈利·谢顿都无法预见的意外。有个叫做“谬尔”的人，平白无故的冒了出来。他有着银河系所缺少的精神力量。他能把人们的七情六欲掐得适可而止，将他们的心灵定型，使得他最难缠的敌人，也终于臣服在他脚下甘为奴仆。所有的军队都不会、也不能和他对抗。“第一基地”就这么垮掉，而“谢顿计划”也似乎毁于一旦了。
唯一剩下的“第二基地”，由于谬尔出现得太过突然，事先无法准备，也岌岌可危，然而它还是能慢慢地设计出一套反攻的计划。它最大的防御本钱，就是它不为人知的地点。“谬尔大君”着实花了一番功夫去搜寻它的下落，以便达成他一统银河的心愿。而“第一基地”残留下来的忠贞之士，也冀望能得到它的协助。
可是二者都没有找到它。“谬尔”首先被一名叫贝塔。达蕾的女人迷上，而从此耽于逸乐的温柔之乡，再也无暇他顾。这也正好让第二基地得到了充分的时间，去组织起适当的行动，以使彻底摧毁“谬尔”。他们开始重新缓慢地推动“谢顿计划”。
可是，从某方面讲，第二基地所占的地利已经不复存在。因为第一基地已经晓得了第二基地确实存在的事实，他们不愿未来被那群精神学家看透他们的一切。第一基地的实体武力是强大绝伦的，第二基地存在的事实，不但危及他们的未来安全，也严重危害到第一基地重获银河霸权的统治愿望。
这个称之为“第二基地”的，在它伟大无比的“首席发言人”布里姆。巴威尔的领导下，的确可以办到一切。第一某础可以获准去赢得、去战胜、去打败第二基地；让第一基地认为它可以如此；使它在银河系中越来越强，而终至忽略掉第二基地的仍然存在。
自第一基地建立以来，到如今已过了四百九十八年。这时正值它的巅峰，然而却仍旧有一个人不能接受它表面所呈现的强大——