顺治十七年（1660年），紫禁城中的顺治皇帝偶然读到江南士人金圣叹的文章，忍不住称赞道：“此是古文高手，莫以时文眼看他。”
金圣叹听到消息时，正在好友韩住贯华堂中阅书，当即“感而泣下，因向北叩首”。还特意作诗道：“忽承帝里来知己，传道臣名达圣人。合殿近臣闻最切，九天温语朗如神。”又有“今日长安指日边”“香炉北上是经筵”之句，表达出一种天真的幻想，希望能得到顺治召见，在皇帝身边做个“经筵”大臣。此时金氏决计想不到，一场杀身之祸即将到来。
金氏原姓张，名采，字若采，明亡后改姓金，名人瑞，字圣叹，吴县（今江苏苏州）人。其人能文善诗，孤高率性，倜傥不羁。授徒讲学时，旁征博引，诸子释道，稗官野史，无所不包，议论大都发前人之未发，往往出语惊人，又好炫耀才学，极受当地士庶瞩目，有人目之为“才子”，亦有人视其为“狂生”。
金圣叹自幼学佛，喜与僧人结交，有联题佛经云：“流水今日；明月前身。”他擅长扶乩降灵，自称天台宗祖师智顗弟子的转世化身，托名“泐庵”法师，在江南名气很大，曾至叶绍袁、钱谦益、姚希孟、戴汝义等名人士大夫家中扶乩，不但写出优美感人的篇章，还往往说中事主心思，由此受到叶绍袁等人的崇信追捧，尊称其为“泐公”或“泐师”。钱谦益直言金圣叹真的像是受到某种神灵支配。
入清以后，金圣叹对清人屠杀江南百姓的暴行多有不满，遂绝意仕途，闭门著述。然及他听到顺治皇帝“金口”称赞其文章时，还是受宠若惊，感激涕零，于是出现了“向北叩首”的一幕。
金圣叹期待的皇帝恩召没有到来，反而先传来了顺治皇帝驾崩的消息。虽然满清平定江南已有十余年，但并不得人心，没有多少人真正为皇帝的过世感到悲伤。甚至还有人幸灾乐祸，如文坛盟主钱谦益在哀诏传到江南后，不顾国丧之礼，公然宴饮作乐，还特意在所作诗作《后秋兴之十》题注道：“辛丑二月初四日，夜宴述古堂，酒罢而作。”然较之旁人，金圣叹多了一份惋惜的伤痛，因为顺治皇帝本有可能成为他的“明主”。此时的金氏万万想不到，一场大狱即将兴起，而他亦将卷入其中。
清廷素怨江南多事，对苏州、松江等地格外征收重赋。当时苏州吴县县令任维初刚刚上任，即收到江苏巡抚朱国治令牌，称吴县积欠赋税严重，要求尽快上缴上年赋税银两。任维初遂改三六九日追比为日日追比，还专门在县衙堂上摆放了数十支大竹板，浸在尿桶中，打起人来，无不鲜血淋漓。不几天，就有一人死在板子下。
任维初虽以严刑催征钱粮，然荒年歉收，赋税又重，难以收齐。在这样的困难局面下，任维初竟然还起了贪心，将常平仓粮食取出，命衙役总管吴行之以高价转手卖给百姓，所得钱财尽数收入自己腰包。至于仓粮短少之数，则分摊给全县各户征收。此事不久即被人揭穿，一时间，民怨沸腾。
刚好这时顺治皇帝驾崩，二月初一，哀诏下到江南。地方官员按照惯例在苏州府院（今江苏苏州道前街会议中心）设置了灵堂、灵牌，江苏巡抚朱国治、道台王纪及府、县等大小官员均要在灵牌前哭灵三日。
二月初四，义愤填膺的吴县诸生（通过院试的秀才）决意当众控告任维初的罪行，遂相约到文庙哭庙，再去府院向江苏巡抚朱国治参告县令任维初。
生员倪用宾、薛尔张等人写好揭帖后，想多取得一些人的支持，便拿着揭帖去雅园（在因果巷与阊邱坊间）找在乡官宦顾予咸，请他指点。
顾予咸字小阮，一字以虚，号松交，出自“江南第一读书人家”唯亭顾氏，顺治四年（1647年）中进士，历知宁晋（今属河北）、山阴（今属浙江）、江阴。任知县期间，曾以收买叛徒作耳目的办法，扑灭了抗清义军白衣义军，由此被清廷“举天下卓异第一”，后升任吏部考功司员外郎。这一次，顾氏是因病回家乡苏州休养，因其在当地名望很高，又在京师任职，所以生员自然而然地想到了他。
倪用宾、薛尔张等人去找顾予咸后，另一名生员丁澜则去找苏州府学教授程翼苍，索取文庙钥匙。
苏州顾予咸石刻像
程翼苍是顺治九年（1652年）壬辰科老进士，正与到访的金圣叹闲谈。丁澜进来后，金圣叹听说哭庙一事，连声道：“参得好，参得好。”程翼苍也对任维初不满，当即将文庙钥匙交给了丁澜。
丁澜取到钥匙后，与倪用宾会合，邀集了一百多人，齐至文庙，鸣钟击鼓，对着孔子的牌位放声痛哭。哭毕，诸生按照计划向苏州府院进发。沿路多有相随者，竟至千余人。
到了府台衙门，倪用宾等人进呈参帖，要求驱逐吴县县令任维初。江苏巡抚朱国治见生员聚集在衙门之外，群情激愤，且看热闹的民众越来越多，担心事情闹大，忙下令逮人。兵丁涌出，当场抓住了倪用宾、沈大来、顾伟业、张韩，来献琪、丁观生、朱时若、朱章培、周江、徐玠、叶琪十一人，余人四散而逃。
这十一人中，丁观生是生员丁澜堂兄，朱时若是沈大来妹婿，均是跟来看热闹的，属于无辜受累。其余九人，则是随同倪用宾的生员。
道台王纪负责审理此案。王纪听说生员初衷只是为揭发吴县县令任维初的罪行，遂招来吴县衙役总管吴行之，询问私卖仓粮情况。吴行之招出了实情，称卖粮一事受命于县令任维初。
王纪问任维初道：“为什么要在征收钱粮时粜卖仓粮？”
任维初竟堂而皇之地回答道：“犯官到县止二月，无从得银，而抚宪索馈甚急，故不得已而粜粮耳。”意思是，全因巡抚朱国治催粮催钱甚急，才不得不如此。
朱国治见任维初毫不避讳地牵扯出自己，忙出面庇护，为任维初开脱罪责，称卖粮是为清廷征集兵饷急用，并伪造了一系列文书、口供，掩饰了任维初盗卖官粮一事。
同日，苏州府学教授程翼苍听说自己的学生被官府拘拿，急忙写了参本，列出县令任维初催粮严酷、杖毙人命、私卖仓粮、中饱私囊等罪状，着人连夜送给巡抚朱国治。
程翼苍的本意，只是想营救生员，但他料不到的是，正是他这份参本，促使朱国治下定了要将众生员置于死地的决心。
二月初五，众官员哭灵完毕。朱国治召集众官员道：“本想从轻发落任县令一事，不料众生员鸣钟击鼓，震惊先帝之灵。而今又有陈教授参任县令，只得呈报朝廷惩处，诸位以为如何？”
众官员不敢有异议，朱国治遂以震惊先帝、聚众倡乱、情同谋反的罪名，将苏州诸生上告朝廷。
顺治十八年（1661年）二月十一日，朱国治奏疏抵达中枢。当时康熙皇帝年幼，由顾命大臣鳌拜辅政。适逢江苏金坛有义士反清，重镇镇江发生失窃机密案，清廷对哭庙案极为重视，立即派出满人大臣刑部侍郎叶尼、理事官英孥、春沙、海勒布前往江苏会审。
老谋深算的朱国治知道事情因吴县县令任维初而起，苏州民众尽知真相，担心在苏州会审将激起民变，遂刻意将会审地点安排在江宁。
四月初，倪用宾等十一人被吴县捕厅押送至江宁，一路吃尽了官差苦头。吴县县令任维初与苏州府学教授程翼苍，亦被传唤至江宁候审。
四月初八，会审正式开始，叶尼等四位钦差居中而坐，两江总督郎廷佐、江苏巡抚朱国治分坐两边。
郎廷佐与程翼苍有旧，有意为其开脱，一见到其人上堂，便问道：“你是吴县教官吗？”
程翼苍一怔，答道：“不是，是苏州府教官。”
郎廷佐立即道：“我以为是吴县教官呢，既是苏州府教官，这事跟你没有关系，快些出去。”
朱国治忙派人拦住程翼苍，告道：“总督大人只是叫你出去，四位钦差大人还没有发落，后日审讯，你还要再来，不得有误。”
四月初十第二次会审，程翼苍再次入堂。郎廷佐很是意外，问道：“你不是苏州府教官吗，我叫你回去，为何不回去？”
程翼苍不敢说是朱国治阻拦，只答道：“在此听候。”
郎廷佐多少有些会意过来，便笑着对钦差叶尼道：“天下竟有这种书呆子！”又转过头来，厉声呵斥道：“这是什么地方，要你在此听候吗？还不快走！”
朱国治心中不甘，却因位居总督郎廷佐之下，不便当众忤逆上级。叶尼等满人官员也不知究竟，程翼苍由此退出，随即返回苏州。
叶尼随后提审倪用宾等十一人，诸生均诉说到文庙鸣钟击鼓缘由，是要参告吴县县令任维初私卖仓粮。
因清廷点名要将哭庙、金坛谋反、镇江失窃机密三案同查，哭庙已与谋反性质等同，叶尼早已有先入为主之印象，立即一拍惊堂木，喝道：“要你们招供谋反事由，为何以任维初卖粮作答？”下令将十一人各杖三十，又动了夹棍酷刑。
生员们禁不住拷打，陆续招出薛尔张、姚刚、唐尧治、冯郅、杨世俊、王仲儒六名生员参与了哭庙。
叶尼闻言，立即发牌令至苏州府，命当地官府逮捕薛尔张等人，并解往江宁候审。
除此之外，苏州富豪朱嘉遇父子及吏部员外郎顾予咸亦受到牵连。朱嘉遇之子朱真亦是苏州府学生员，倪用宾等十一人被逮捕下狱后，朱嘉遇同情生员遭遇，曾与儿子朱真到大狱送酒菜给倪用宾等人，由此被巡抚朱国治盯上，被当作倪用宾同党，与薛尔张等人一并被逮捕。
生员哭庙之前，曾去雅园找过吏部员外郎顾予咸。朱国治查知后，倒也不敢轻易得罪顾氏，倒不是对方在朝中任职，而是顾予咸是江南第一批主动应试满清科举的士人，曾被“举天下卓异第一”，颇得朝廷宠幸。为了试探顾予咸态度，朱国治派道台王纪前去探访。闲谈中，顾予咸随口道：“哭庙一事，民心可见，任县令怕难任吴县父母官了。”
王纪回报给朱国治后，朱国治知道顾予咸站在生员一方，担心顾予咸出面干预，向朝廷揭发哭庙案真相，又欲向苏州大族立威，遂下令将仍有官职在身的顾氏也逮送江宁。
四月十三日，朱嘉遇父子及薛尔张等七名生员均被戴上枷械，由官差押解上路。
顾予咸有吏部员外郎官职，未受此待遇。他以为只是跟苏州府学教授程翼苍一样，临时传召作证人，也没太当回事。然到江宁城门时，官差忽然取出枷锁，将顾予咸双手绑了起来。
顾予咸大惊失色，道：“我没有被削职，为何缚我双手？”
官差答道：“这是抚宪大人命令，小的亦无奈。”
尾随的顾氏仆人见突然生变，急忙掉头返回苏州禀报。顾家人立时意识到事情的严重性，紧急商议后，急着人携带重金赶赴北京，联络在朝为官的顾予咸之弟，欲抢在定案之前搭救顾予咸。
薛尔张等人被解到江宁后，立即受到酷刑拷问，但薛尔张始终不肯招认。
顾予咸过堂时，才知道自己已被定为哭庙案主谋，是生员哭庙的幕后指使者，大惊失色，忙申辩自己无罪。但朱国治有靠哭庙案立功媚上之意，欲穷究猛治，叶尼等满臣亦持相同意见，顾予咸遂被下狱，与薛尔张等人关在一处。
狱卒受命着意折辱顾氏，将一大铁索来回环绕在他颈上。顾予咸难以抬头，也不能躺下休息，只能倚墙而坐，备受黑狱煎熬之苦。
在朱国治的唆使下，叶尼又派人召回苏州府学教授程翼苍，要他交代参与哭庙的生员的名字。朱国治称当时参与哭庙者有千人之多，叶尼便责令程翼苍如实列出所有人的名单。
程翼苍负责掌管文庙钥匙，而今“哭庙案”莫名成为惊天大案，他作为交出钥匙者，自知难以脱身，惶恐难安之下，当即写出了几十名生员的名字。
两江总督郎廷佐得知后，急派心腹去见程翼苍，劝慰道：“你虽列出了几十人，仍然不满千人之数，何必徒然害人？”
这位郎廷佐字一柱，汉军镶黄旗人，自父亲郎熙载起，两代人均为满清效力，备受信任，郎廷佐之孙还娶了靖南王耿精忠爱女。正因为“性行纯良，才能敏练”，又是满清心腹，清廷才放心将江南这块动荡不平之地交给了郎廷佐管理。郎廷佐倒也不负所望，曾率领江宁军民力御郑成功大军于城外，并施以缓兵之计，最终力克强敌，焚毁郑氏敌舰五百余艘，擒斩无算，郑成功狼狈逃遁入海。
然郎廷佐与朱国治眼光完全不同，他深知要想江南安稳平静，必须赢得士人之心，之前的“江南丁酉科场案”及“郑成功通海案”已牵累无算，在江南士林中引发了极大的怨气，轩然大波尚未平息，实不必再兴风作浪。
出于清廷更长远的利益考虑，郎廷佐遂冒险派人提点程翼苍。程翼苍骤然醒悟，当即毁去原名单，只供出了向他领取钥匙的丁澜，并以当时在场的金圣叹为证人。叶尼、朱国治等人再三盘问，程翼苍只推说不知有他人参与哭庙。因郎廷佐出面维护，程翼苍又有诸多同年、门生在朝中为官，朱国治等人也不好过于强硬，只得就此作罢。程翼苍遂被放回，得以解脱。
程翼苍供出的丁澜、金圣叹立即被逮捕。官差赶到金家时，金圣叹正在上厕所，官差等不及，大声催促。
金圣叹叹道：“你亦公人，我亦恭人（古语称上厕所为出恭），何故相逼甚急？”
官差久闻金圣叹狂名，也不与他计较，只是不停催促。
四月二十七日，丁澜、金圣叹被押解到江宁。郎廷佐抢先提审，当面告道：“任县令一案，到此为止，不得胡乱攀招他人。”
次日，叶尼等人升堂会审，丁澜、金圣叹一上堂，便被各打了三十大板，又受夹棍之刑。
金圣叹莫名被牵扯进来，疼痛难忍之下，想到顺治皇帝曾盛赞自己的文章，便大呼“先帝”。
叶尼等满人大臣大怒，厉声斥道：“皇上（指康熙皇帝）刚刚登基，你便呼喊先帝，是诅咒当今圣上吗？”命人掌嘴。金圣叹被打得脸颊高肿，口齿流血，连话也说不出来。
不久，叶尼等人会同江苏巡抚朱国治审结哭庙案，以“大不敬”和“摇动人心倡乱”的罪名，判处倪用宾、金圣叹等十八人死刑，“不分首从，立决处斩”。妻子远戍边塞，奴仆及家资财物，全部抄没入官。
十八人中，包括最先被逮捕倪用宾等十一名生员，第二批被逮捕的薛尔张等五名生员（生员杨世俊判杖四十，流三千里），以及最后被逮捕的丁澜、金圣叹。因金圣叹名望最高，遂被构陷为揭帖《哭庙文》的撰写者，为领导诸生的首脑人物。
吏部员外郎顾予咸则被诬陷为这起哭庙案的幕后主谋，也被判处死刑，因是朝廷命官，拟处绞刑，家产没官。
莫名卷入的苏州富豪朱嘉遇杖三十，其子朱真杖三十，革除学籍。
至于另外两位官场上的人物，吴县县令任维初无任何过错，免责。衙役总管吴行之杖三十，革役。
五月初一，任维初得意扬扬回到苏州复任，继续催逼钱粮，气焰不可一世。
同时，地方官府不等朝廷回复，便在巡抚朱国治指使下，开始逮捕顾予咸等人家人，抄没其家产。顾予咸妻、子均被逮捕下狱，家中值钱财物被官差劫掠一空。当晚又有三十余名盗贼越墙而入，将余剩之物掠去。本是苏州巨富的顾家，登时一贫如洗。
苏州富豪朱嘉遇本只判杖刑，家产不在抄没之列，然地方官员误将牌令上朱时若当作了朱嘉遇，急不可待带人前去抄家，所得金银珠宝不计其数。朱嘉遇一妻二妾及其子朱真妻子均遭逮捕下狱。后得知牌上朱姓是朱时若时，朱嘉遇眷属才被放回，然所损失财物是拿不回来了。
清廷收到叶尼、朱国治等人的联名奏章后，因哭庙案是要案，特意召开议政王大臣会议，商量处置事项。会议由议政王杰书主持。吏部员外郎顾予咸家人已用重金打通关节，读奏章者大声念道：“薛尔张将参任县令的帖子给顾予咸看，顾说：‘这是什么时候，你要讲告？’将揭帖丢到地上，甩手而去。”
议政王杰书听到这里，插话道：“既丢在地上，便无罪了。”
因杰书的这一句话，顾予咸得以死里逃生，但其他人就没有这么幸运了。
六月二十日，清廷文书到达江宁：准倪用宾、沈大来、顾伟业、王仲儒、薛尔张、姚刚、丁澜、金圣叹著处斩，妻子流放边疆，家产抄没入官；张韩、来献琪、丁观生、朱时若、朱章培、周江、徐玠、叶琪、唐尧治、冯郅俱处斩，免抄没家产；顾予咸无罪，免革职。其余依原奏章。
狱卒来到牢房，取下顾予咸颈上铁索后，顾氏颈中脓血横流，情状惨不忍睹。
朱国治本欲置顾予咸于死地，所以刻意指称其人为哭庙案主谋，想不到顾氏却扭转了局面，无罪释放，不禁拍案叫道：“此老奴竟有如此好手段！”
此时的朱国治正为替清廷立下“新功”而志得意满，他决计想不到，他得罪的不只是有“好手段”的顾予咸，还与所有苏州士民结下了深仇大恨，而这一点，也最终成为他的死因。
朝廷文书下达后，哭庙案便成为板上钉钉的铁案，只等秋后问斩金圣叹等人。十八名死囚反应不一，得知遇赦无望后，便各自写下遗书，托人带回家中。
金圣叹撕下衣襟，以手指蘸墨，在布上写道：“杀头，至痛也；籍没，至惨也；而圣叹以无意得之，不亦异乎？若朝廷有赦令，或可免耳。不然，死矣。”
七月初八，清廷忽然颁下圣旨，赦免了金坛谋反案中的一名死刑犯。江苏巡抚朱国治联想到顾氏家人施展手段营救顾予咸一事，生怕秋决之前，朝廷下诏赦免哭庙案人犯，留下后患，不由得忧心如焚，只想早些动手杀人。
七月十三日是立秋之日。清晨，两江总督郎廷佐出城相送叶尼等钦差回京。郎廷佐前脚刚走，朱国治后脚便命人从狱中提出金圣叹等十人，连同金坛、镇江及他案罪犯一百二十一人，押赴三山街法场。
当日是下午午时立秋，朱国治却等不及，巳时刚过，不顾离立秋还差一个时辰，即下令开斩。
临刑前，金圣叹看到人群中的家人，长叹道：“莲（怜）子心中苦；梨（离）儿腹内酸。”家人忍不住号啕大哭，围观者也为之心酸，潸然泪下。
金圣叹又索取纸笔，手书给妻子道：“字付大儿看，腌菜与黄豆同吃，大有胡桃滋味，此法一传，我无遗憾矣。”
金妻不明所以，然监斩官朱国治得知手书内容后，只冷笑道：“金圣叹死犹侮人。”
一声炮响，一代才子，就此人头落地。
金圣叹在文学批评上成就巨大，前无古人，后无来者。他本计划批“六才子书”——《庄子》《离骚》《史记》“杜诗”《水浒传》《西厢记》——然只完成了《水浒传》《西厢记》的全批，“杜诗”的一部分，便因“哭庙案”而无端殒命，时年五十四岁。他曾感叹时势云：“真读书人天下少，不如意事古今多。”终于一语成谶。
金圣叹批《西厢记》
金妻本该在流放之列，因身患重疾，又经旁人大力营救，免除了牢狱之苦。金圣叹长子金雍（字释弓）时已成人成家，已按判逮捕下狱，不日流放宁古塔。女儿金法筵时年十一岁，也跟其母一样，逃过一劫。然金家家产均被抄没，金妻及金女女流之辈，无力为金圣叹置办后事。最后还是吴江才子沈永启出面，将金圣叹遗骸运回苏州，安葬在五峰山博士坞。
七月十四日，金雍等被判流刑的八家家眷身带械具，镣铐叮当地踏上了流放之路，被解往宁古塔为奴。亲人离别，痛哭哀号声，声传数里之外，闻者均心酸落泪。时人有诗记道：
中丞杀士有余嗔，罗织犹能毒缙绅。
开府罢官贪吏死，辟疆园裹自垂纶。
丁澜侠骨世无伦，哭庙焉能遂杀身？
纵酒著书金圣叹，才名千古不埋沦。
至此，喧嚣一时的“哭庙案”最终以诸多人头落地降下了帷幕。
这一年，为顺治十八年（1661年），正好是顺治驾崩、康熙御朝的新旧交替之机。
康熙二十年（1681年），由于“三藩之乱”已平，康熙皇帝御太和门受贺，宣捷中外。又加上太皇太后、皇太后徽号，颁发恩诏，并准许辽东流人赎归。大才子吴兆骞便是在这样的背景下以认修内务府工程的方式返回中原，金圣叹之子金雍亦用类似的方式，同年返归。
此时的金雍已年过五旬，白发苍苍，回到苏州时，母亲刚刚过世不久。其妹金法筵有《家兄归自辽左感赋》云：
廿载遐荒客，飘零今始归。
相看疑顿释，欲语泪先挥。
郁塞千秋恨，蹉跎万事非。
不如辽左月，犹得照慈帏。
再说江苏巡抚朱国治的结局。哭庙案不久，朱国治母亲去世。中国传统，父母去世，官员要在家丁忧守丧三年。但朱国治是汉军正黄旗人，清制：隶旗下者例不丁忧，守丧二十七日，即出视事。朱国治按制守丧二十七日后，上奏请进止，无非不想再在已引发公愤的江南任职，想另调他职。
朱氏其人在江苏巡抚任上时，一手炮制了“奏销案”“哭庙案”，人称“朱白地”。这位朱白地不但得罪了江南士民，就连两江总督郎廷佐等官员亦深怨其人。朱氏丧母刚好是个大好的机会，于是，对朱国治不满者趁机活动，清廷竟由此下了一道诏书，命朱国治归家，为母亲守丧三年，又另派韩世琦（号心康）接任江苏巡抚。
朱国治大失所望，料想已彻底失宠于朝廷，又自知在吴地不得人心，生怕失势消息传开后，吴人会对自己不利，于是不等新任巡抚韩世琦到任交接，便仓促离位，乘轻舟遁去。
有心人又趁机上书弹劾朱国治。朝议以大臣擅离汛地，拟降五级，而严旨切责，将朱国治革职为民。
康熙十年（1671年），又有有心人向康熙皇帝力荐朱国治，推其补云南巡抚。两年后，吴三桂起兵叛乱，杀朱国治祭旗。朱氏身体被吴三桂将士分而食之，尸骨无存。后人有诗叹道：
祸深逢掖岂无因，节钺江南密网陈。
窃得官储输莫狂，还君印绶杀君身。
至于吴县县令任维初，只比金圣叹等无辜遇害者多活了数月。新任江苏巡抚韩世琦到任后，即了解“哭庙案”的真相，虽不敢忤逆朝廷，公然为金圣叹等人鸣冤翻案，却也对任维初品性极为反感，不久即另寻过错将任维初逮捕，亦斩首于南京三山街。后人有诗道：
巧将漕粟售金银，枉法坑儒十八人。
天道好还君不悟，笪桥流血溅江滨。
再说韩世琦到任后的几桩故事。韩世琦是汉军正红旗人，曾任顺天巡抚，是清廷心腹。他上任江苏巡抚后，先杀了吴县县令任维初，再拨调官银，改筑苏州城墙，高二丈八尺，女墙高八尺（今所见苏州砖头城墙大多为清初韩世琦所建），言行、态度大大有别于前任朱国治，由此颇得人心。
当时有赤脚张三率渔民义军“白头兵”活动在苏州、松江一带，屡次打败清兵，与地主、富户为敌，声势十余年不衰。清地方官吏对此十分头疼，却因张三行踪神出鬼没，而莫之奈何，遂将张三活动的太湖流域视为最可怕的危险地带。韩世琦到任后，欲发重兵围剿张三。苏州乡绅朱允恭主动请缨，以老交情诱捕张三，不费一兵一卒，替韩世琦除去了心腹大患。换作朱国治在任，断无士绅肯为其出力冒险。
韩世琦到任江南不久，即收到平西王吴三桂的亲笔书信，称女婿王永宁（《履园丛话》记为王永康）是苏州人氏，刚在云南成亲，现下要返回苏州，请韩世琦为爱婿爱女置办一处住宅。
王永宁幼年丧父，由邻居抚养长大，三十多岁还不能自立，亦未成家。有一天，一位老亲戚来看王永宁，告诉他一桩大事：王父与吴三桂同为军校，不但是至交好友，还曾结为儿女亲家。后来吴三桂飞黄腾达，直至一飞冲天，王父则早早病死，死前来不及将婚约告诉儿子。
王永宁做梦也想不到还有这样的美事，忙谢了老亲戚，向左右邻居借了些盘缠路费，动身赶往云南求见吴三桂。
虽然经历了一番波折，王永宁最终还是如愿以偿，见到了大名鼎鼎的平西王。吴三桂回忆了很久，终于想起确实有这么回事。他在大节上反复无常，对这桩婚事倒也没有反悔，立即授王永宁三品官衔，选了一个女儿嫁给他。穷光棍转身变成了亲王女婿，贵不可言。
在昆明住了一段时间后，王永宁便想回苏州老家。为了满足女婿衣锦还乡、光宗耀祖的美梦，吴三桂特意写信给刚刚上任江苏巡抚的韩世琦，命他事先打点好一切。
彼时南方未定，南明永历政权实力仍不容小觑，清廷需要利用吴三桂来平定西南，韩世琦亦不遗余力地讨好吴三桂，出资买下拙政园，送给了王永宁。
拙政园是江南古典园林的代表作品，始建于明正德四年（1509年），由罢官还乡的御史王献臣以大弘寺址拓建为园。“拙政”取晋代潘岳《闲居赋》中“灌园鬻蔬，以供朝夕之膳……此亦拙者之为政也”意。中亘积水，浚治成池，弥漫处“望若湖泊”。园多隙地，缀为花圃、竹丛、果园、桃林，建筑物则稀疏错落，共有堂、楼、亭、轩等三十一景，形成一个以水为主、疏朗平淡，近乎自然风景的园林，“广袤二百余亩，茂树曲池，胜甲吴下”。
王献臣死后，其子一夜豪赌，将拙政园输给了同郡徐少泉。此后，徐氏在拙政园居住长达百余年之久，后徐氏子孙亦衰落，园渐荒废。
明崇祯四年（1631年），刑部侍郎王心一购得拙政园东部十余亩荒地，悉心经营，布置丘壑，于崇祯八年（1635年）落成，名“归田园居”。园中部及西部则屡屡易主。
顺治四年（1647年），刚从黄毓祺案中脱身的钱谦益、柳如是夫妇入住拙政园。钱谦益增建曲房，作为柳如是妆楼。
顺治五年（1648年），徐少泉第五代传人不堪清军将领骚扰，将拙政园以二千金廉价卖给大学士陈之遴。陈之遴得园后重加修葺，备极奢丽。然陈氏长年在京为官，后又被谪辽东，客死于谪所，从始至终都未踏进拙政园一步。
陈之遴既败，拙政园亦没为官产，被圈封为宁海将军府，次第为王、严两镇将所有，后又改为兵备道（安姓）行馆。吴三桂写信给韩世琦后，清廷为讨好吴氏，先将拙政园发还陈氏，再由韩世琦出面代买，如此便顺理成章地将官产又变回了私宅。
王永宁携妻子回到苏州后，嫌拙政园不够气派，下令翻新重建。在此以前，拙政园园主虽屡有变动，但大都仍保持了园林原貌，独独到了王永宁这里，大兴土木，易置丘壑，面貌大改。如园内建斑竹厅、娘娘厅，为王永宁夫妇居处。又有楠木厅，列柱百余，石础径三四尺，高齐人腰，柱础所刻皆升龙，又有白玉龙凤鼓墩，穷极侈丽。
王永宁常在园中举办宴会，令家姬演剧，时人有“素娥几队出银屏”“十斛珍珠满地倾”之句。
王永宁夫人人称“吴小姐”，倚仗其父吴三桂势力，骄横跋扈。她见苏州河多船多，便派人强占码头，自行收取费用，发一笔横财。地方官府根本不敢出面，任其作为。吴小姐春日出游，前面有大队人马开道。一次过桥时，桥上游人来不及回避，吴小姐手下便直接将众游人推落河中，导致十余人溺死。有御史据实弹劾，清廷不想得罪吴三桂，只将奏本留中不发。
后吴三桂起兵反清，王永宁事先已有所知，惧而先死，吴小姐被逮捕下狱，家产籍没。王永宁增建的雕龙柱础及楠木柱石等尽输京师，拙政园由此破败。至康熙十八年（1679年），拙政园改为苏松常道新署，参议祖泽深将园修葺一新，增置堂三楹。
康熙二十三年（1684年），康熙帝玄烨南巡，曾慕名来到拙政园，然园“廿年来数易主，虽增葺壮丽，无复昔时山林雅致矣”。
对比于哭庙案诸生员无辜被杀，及王永宁一夜暴富及嚣张，便可见政局的微妙：清廷一面用残酷手段镇压异己，打压江南不平之气，宁可错杀枉杀，也不放过；另一面又要借助吴三桂来对付明朝残余势力，是以处处姑息，终至养虎遗患。
“哭庙案”与“通海案”“奏销案”合称“江南三大案”，“哭庙案”与“郑成功通海案”相提并论，足见清廷对这起案子的定性。
因“哭庙案”牵涉入狱又幸免于难的顾予咸曾在《雅园居士自叙》一文道：哭庙虽是苏州习俗，但换了新朝，清廷对此“未之前闻，张皇摭拾”，故兴起大狱。
这显然有为清廷开脱的嫌疑，其中却反映出一点，顾予咸也很清楚：“兴起大狱”的根源并不是朱国治、任维初，而是朝廷。清廷先后制造一系列大案，意在以高压手段打压江南士子，“哭庙案”不过是其中一起而已。跟前面提及的南北党争一样，朱国治、任维初只是由头和工具。尤其朱国治，充当了清廷的刽子手，价值利用完了，便被彻底摒弃，清廷还能由此挽回形象及人心。
尽管公认的罪魁祸首也没有太好的结局，然因“哭庙案”而笼罩在江南士人心头的阴影多年后仍不能散去——
满清刻意罗织罪名，导致江南才子金圣叹殒命于屠刀之下，就连最早主动为满清效力的顾予咸亦接连罹祸，旧巢覆破，新枝难栖。悲愤与惶恐，幻灭与失落，复杂的心绪交相环绕。
康熙皇帝为心智极高之人杰，登基后便充分意识到江南士人离心力的重大威胁。但他没有像以往执政者那样以高压来解决，而是采用了更高明的方式——
开“博学鸿词科”；选派文学才华杰出的大臣出任江苏巡抚；又以汉人心腹安插在江南，借诗酒流连，广泛结交江南文人。
于是便有了曹氏三代累任江宁织造六十年之久，于是便有了曹寅《楝亭图》，亦由此诞生了文学名著《红楼梦》。