江南人杰地灵，素来为人文荟萃之地，才子名士层出不穷。明末清初之际，如号称“江左三大家”的钱谦益（号牧斋，娶秦淮名妓柳如是）、龚鼎孳（娶秦淮名妓顾眉）、吴伟业（号梅村，与秦淮名妓卞玉京有一段旷世情缘），复社公子侯方域（字朝宗，娶秦淮名妓李香君）、冒襄（字辟疆，娶秦淮名妓董小宛）、方以智、陈贞慧等，无一不是声动天下的名士。吴门诗人吴兆骞就出生在这样一个文风炽盛的地方。
吴兆骞，字汉槎，号季子，江苏吴江（今江苏吴江）人。少有俊才，成名很早，九岁时就写出了数千字的《胆赋》，十岁时写出《京都赋》，声震文坛。
才气纵横，又才名远播，养成了吴兆骞高傲狂放、愤世嫉俗的性情。他小时候在私塾读书，经常将同学的小帽子拿来当溺器小便。当先生责问时，他竟然回答说：“与其放在俗人头上，还不如拿来盛小便。”先生由此叹息道：“此子将来必以名大惹祸。”
吴兆骞却毫不以为然，非常自负地告诉好友汪钝道：“江东无我，卿当独秀。”非凡的自信和狂傲一览无遗。正因为他自少年时期起，便“为人简傲自负，不拘理法，不谐与俗”，因此乡里有不少人对他又嫉又恨。
吴兆骞曾随父亲宦游楚地四年，后因张献忠农民军起义烽火所及，奉母回到故乡。明朝灭亡后，吴兆骞遂归隐乡里，与江南士大夫互相唱和。大名士吴伟业对少年吴兆骞非常赏识，二人曾一同游历。
顺治六年（1649年），吴地成立了“慎交”“同声”二社，二社其实都是复社巨子陈子龙所创建畿社的分支。陈子龙抗清败亡后，畿社社事削弱，分出了“慎交”“同声”二社。吴兆骞与兄长吴兆宽、吴兆宫加入了慎交社。吴氏少年才俊，高谈雄辩，声望甚隆，被推举主持慎交社。当时名满江南的才子尤侗、计东、顾贞观等，亦加入了慎交社，成为社中重要人物。尤其是吴兆骞与顾贞观情投意合，二人结为生死之交。而后来吴兆骞罹难，顾贞观所表现出来的友情足以惊天地、泣鬼神。
由于各守门户，慎交、同声二社势同水火，积习很深。顺治十年（1653年），吴伟业即将出仕清廷，北赴京师前，他受钱谦益委托，出面调和社事。两社人马应吴伟业召集，在虎丘举行大会。九郡之人才齐聚虎丘广场，盛况空前。尤其是吴兆骞与吴伟业即席唱和，才华逼人，令吴伟业嗟叹不已，以为自己也不能及。一时间，吴下英俊都以结识吴兆骞为荣，时人将他和陈维崧、彭师度并称为“江左三凤”。吴伟业更是对宾客说：“江左三凤凰，阳羡有陈生，云间有彭郎，松林吴兆骞，才若云锦翔。”
虎丘大会后，吴兆骞才名轰动一时，甚至传入了京师，“诸前辈巨公，恨不识吴生也”。可惜命运无常，这位文采风流的江南才子竟然离奇地卷入了丁酉江南科场案，从此被抛进了苦难的深渊。
自隋朝实行“科举取士”以来，科举制度在中国已经施行了一千多年，对中国社会和文化产生了巨大影响，成为封建社会选拔人才的最主要渠道，也成为历代封建王朝维护其统治长治久安的重要基础。
科举经过历代变迁，到明朝时已经形成了完备的考试制度，共分四级：
院试是各地考生参加县府的考试，由省提督学政莅临主持，及格者称生员，俗称秀才。
乡试是省一级的考试，每三年举行一次，逢子、午、卯、酉年举行，称为“大比”。如果赶上皇帝喜庆，也会下诏加开，称为“恩科”。考期一般在秋季八月，所以又称“秋闱”。主考、副主考均由朝廷临时选派。乡试中举，称为乙榜，又称桂榜。取中者称为举人，俗称孝廉，或称登贤书。考得第一名者，称解元。
会试在乡试次年举行，是中央一级的考试，由阁部大臣主持，每逢辰、戌、丑、未年举行，又称“春闱”。取中者为贡士，第一名称“会元”。
殿试则是皇帝亲自主持，分三甲出榜：一甲三名，分别称状元、榜眼、探花，赐进士及第；二甲若干，赐进士出身；三甲若干名，赐同进士出身。二、三甲第一名一般称为“传胪”。殿试只用来定出名次，能参加的贡士通常都能成为进士，不会再有落第的情况，并从此官服加身，荣耀无比。
顺治十四年（1657年）正月二十一日，新年伊始，二十岁的顺治皇帝突然发布了一道谕旨，内容并非军国大事，而是限制八旗子弟参加科举考试。这道谕令刚好在大比之年伊始发布，显然有着特别的意义。
满清以武功定天下，素来崇尚“国语（意为满语）骑射”的国策。凡八旗子弟，上自皇帝，下到八旗幼童，从一出生就要开始进行“国语骑射”的教育和考核，直到花甲之年才得终止。但自清廷入关后，局面开始有所改变，八旗子弟发现一旦科举考中，既可以立即升用，得到优厚的俸禄，又可以免去从军之苦役，于是开始崇尚文学，热衷于科举。顺治皇帝对此十分忧虑，多次强调说：“我朝以武功开国，频命征讨不臣，所至克捷，皆恃骑射，今天下一统，勿以太平而忘武备，尚其益习弓马，务选精良。”但仍然不能阻止八旗子弟崇文怠武，以致顺治皇帝不得不以谕旨来强行限制。此则故事固然是出于满清“以武定国”的传统，却也说明了在金榜题名后风光荣耀和高官厚禄的诱惑下，科考给人带来的诱惑何等之大，就连八旗子弟也不能抗拒。
这道谕旨的背后还透露出一点，那就是科举名额十分有限，满清皇帝希望将这些为数不多的名额留给汉人，以此笼络人心。正因为科举从来就是一座独木桥，参试的人数远远大于被录取的人数，时刻要面对僧多粥少的局面。在中国这样一个政治早熟的国家，科举自存在之日起，就与弄虚作假、营私舞弊联系到了一起。而统治者为了维护形象，选拔出真才实学的人才，也制定各种考场规则，全力采取措施确保考试的公正性和录取的公平性。这样，一方面是花样形式不断翻新的作弊手段；另一方面却是日益严格的考试纪律和严厉残酷的惩戒措施，由此形成中国历史上一道奇异的风景线。
丁酉乡试就是在这样的背景下拉开了序幕。少年天子顺治皇帝由于刚刚顺利册封红粉知己董鄂妃为皇贵妃，心情大好，突然决定有所作为，要对科举加以整饬。丁酉的前一科，顺治十一年（1654年）的甲午，人称“甲午一榜无不以关节得倖，于是阴躁者走北如鹜，各入成均，若倾江南而去之矣”，顺治皇帝有所察觉警惕，因而不但在选派主考官上格外费心，还事先对考官们告诫说：“考官阅卷有弊者，杀无赦！”语气十分严厉。然而，科场积弊由来已久，似乎谁也没有太把年轻皇帝的话当回事。
在各省乡试中，顺天闱为北方最重，江南闱则为南方最重，二省录取举人的名额也是高居前两位。顺天闱之所以排在第一，不过是“天子脚下”的首善之区，沾了京师和皇帝的光。而江南闱能排在第二，则全靠地域人文荟萃、真枪实弹的本事了。江南多名士，江南闱也素来被认为是国家选拔人才最关紧要的所在，因而所选派的考官，特别慎重。
当年，方猷、钱开宗被选为江南科场主、副考官。顺治皇帝寄予厚望，临行前特意召见，要方、钱二人敬慎秉公，并警告说倘所行不正，绝不轻恕。然科场积弊已深，之前的处罚又轻微有限，加上汉官素来有欺负满人不通翰墨之心，方猷、钱开宗并没有太将顺治皇帝的话放在心上。
到了江南科场南京后，主考官方猷、钱开宗自以为天高皇帝远，早就将顺治皇帝的提醒忘到了九霄云外，大肆徇私舞弊。榜发后，取中者颇多富贵人家子弟。士论大哗，愤愤不平者大有人在。有人写文章怒骂，将主考官骂得不亦乐乎。还有人写诗嘲讽道：“孔方主试合钱神，题目先论富与贫。金陵自古称金穴，白下于今中白丁。”
不过，影响最大的还是南京书肆刚刚刊刻发行的《万金记》一书，万是方猷的“方”字去一点，金字则为钱开宗的“钱”字的一半，“万金”二字即是影射方猷、钱开宗两主考的姓。书中揭露了主考官行贿通贿的情形，历历如绘，只是隐去了当事人姓名。
另外还有一出名叫《钧天乐》的杂剧，也是写科场故事，分上、下两本。上本写文才出众的沈子虚，应试落第，而不学无术的贾斯文等，却因财势而得中式。主考名叫胡图，是“糊涂”的谐音；三鼎甲名叫贾斯文、程不证、魏无知，谐音分别为“假斯文”“真不正”“鬼无知”。剧本中有一首《黄莺儿》词：“命意在题中，轻贫士，重富翁。诗云子曰全无用，切磋欠工，往来要通，其斯之谓方能中，告诸公，方人子贡（孔子弟子，以善于营财著称），原是货殖家风。”淋漓尽致地揭发了主考官纳贿作弊的行为。下本写天界考试真才，沈子虚遂中状元，并得夫妻团圆，表现了作者的幻想。
此剧刚好写成于江南闱发榜后，时人均疑影射科场，每每演出，“观者如堵墙，靡不咋舌骇叹”“吴中好事者传为美谈”。
方猷、钱开宗二人离开江南回京师，路过常州和苏州时，一路有人都随舟唾骂，甚至投掷砖石，吓得二人一路都躲在舱中。来时前呼后拥，无比风光；去时却是藏头缩尾，丝毫不敢抛头露面，可谓对比鲜明。
不巧的是，当年顺天科场亦有重大舞弊事件，被人揭发后，同考官李振邺等人被处极刑，且株连极广，顺治皇帝正处于盛怒之中。既然江南亦有种种舞弊传闻，朝中以刘正宗为首的北方籍大臣决定充分利用此大好机会，以达到“荼毒南士”的目的。
经过一番周密策划后，顺治十四年（1657年）十一月二十五日，工科给事中阴应节（山西洪洞人）上疏参奏道：“江南主考方猷等弊窦多端，发榜后，士子愤其不公，哭文庙、殴簾官，物议沸腾。”
阴应节还举出了此事中趁机滋弊、冒滥贤书的典型：少詹事方拱乾第五子方章钺因与方猷联宗，而被取为举人。
方章钺出身海内著名世家桐城（今安徽）方氏。方氏号称“江东华胄第一”，门中数代科第仕履繁盛，声名显赫。方章钺本人也是江南有名的才子，以他的文章才华，不中举才是咄咄怪事。但阴应节有意选中方章钺为箭靶弹劾，其实是将目标对准了方章钺的背后——其在朝为官的父亲方拱乾（时任詹事）和兄长方玄成（后因避康熙名玄烨改名方孝标，时任内弘文院侍读学士）、方亨咸（时任监察御史）、方膏茂几人。
方拱乾初名策若，字肃之，号坦庵。少年聪颖，七岁已经“能属诗文”，二十岁时，诗文为世人称许，与同乡姚孙森等五人并称为“六骏”。崇祯元年（1628年）中进士，授官庶常。后以翰林身份任东宫（太子）讲官。明朝灭亡后，方拱乾先是被攻入北京的李自成大顺军俘虏，受到酷刑折磨，后以行贿得免。清军入山海关，李自成弃北京退往山西，方拱乾乘乱南归。顺治十一年（1654年），因两江总督马国柱等人推荐，方拱乾被清廷起用，初为内翰林秘书院侍讲学士，后升詹事府右少詹事，兼内翰林国史院侍读学士。
明末清初，桐城方氏享大名者，莫过于方拱乾父子。方拱乾有六子，依次为玄成（顺治六年进士）、亨咸（顺治四年进士）、育盛（顺治十一年中举）、膏茂（举人出身）、章钺、奕箴。方氏取名有一原则，即所谓的“文头武尾”——第一字以一点一画起笔，第二字以斜钩收尾。其时，方氏父子文名震动天下，长子方玄成更是成为顺治皇帝身边极见宠信的文学侍从之臣，深遭北方大臣忌恨。而方拱乾早前曾在“南太子案”中得罪过北方系首脑人物刘正宗，刘正宗恨之入骨，一直要找机会报复。
顺治皇帝当时正为顺天科场案而恼火，接到阴应节的奏疏后，霍然震怒，立即召来方玄成询问究竟。
往昔顺治皇帝对方玄成优渥眷顾，都是亲切地称呼其号“楼冈”，从不直呼其名，还经常说“方学士面冷，可作吏部尚书”，此刻却是翻脸无情，声色俱厉。
方玄成如实告诉皇帝说：他们方家出自安徽桐城，已历数世，而江南主考方猷是浙江人，从未同宗，他弟弟方章钺根本不在回避之列。事情显而易见，阴应节是诬奏之词。
顺治皇帝这才颜色稍缓，但又口气严厉地道：“此案既然要从严办理，方章钺亦不能例外。”
方玄成深知伴君如伴虎的道理，何况天子正在气头上，因而除了附和外，别的话再不敢多说。
之后，顺治皇帝派人暗中打听江南闱详情，试图自己弄清楚真相。受派出宫的太监竟找来了《万金记》和《钧天乐》的刊刻本，作为江南科场内有隐情的证据。顺治皇帝看过后，本来还对其中情节半信半疑，但听说《钧天乐》是尤侗所写后，立即转变了态度。
尤侗字展成，号西堂，江苏长洲（今江苏苏州）人。少有神童之誉。后加入吴兆骞主盟的慎交社，遍交江南名士。他的诗写得情真性灵，且在文体上有极大的开拓性和创造性，被吴伟业称为“骚坛盟主”，时人比之为李白。
尤侗有一篇写西厢《临去秋波那一转》的时文，深为顺治皇帝赏识。顺治皇帝曾多次向身边人称赞尤侗，说他是“真才子”“极善作文字”，还将尤侗极富文采的《讨蚤檄》一文展示给翰林院学士们说：“此奇文也。”
在这样的背景下，顺治皇帝完全相信《钧天乐》中所描述的科场弊端情形是事实。他因而下定了决心，一定要严办，一道上谕颁行江南：“据奏南闱情弊多端，物议沸腾，方猷等经朕面谕，尚敢如此，殊属可恶。方猷、钱开宗并同考试官，俱着革职，并中试举人方章钺、刑部差员役速拿来京，严行详审。本内所参事情及闱中一切弊窦，着郎廷佐（时任两江总督，两江即江南、江西两省）速行严查明白，将人犯拿解刑部。方拱乾着明白回奏。”
主考官方猷、钱开宗当时已经回到北京，立即被革职下狱，等待调查。同考官李上林、商显仁、叶楚槐、钱文灿等人是来自浙江各县的举人以及进士出身的知县，也同时被革职，导致相关县地的衙门为之一空。
两江总督郎廷佐接到圣旨后自然不敢怠慢，连同漕运总督亢得时，迅速展开了调查。又听说京城同考官李振邺等人已经因为顺天科场舞弊案掉了脑袋，更加惶恐不安，唯恐祸及己身。在这样的前提下，郎廷佐能查到事实真相还好，查不到事实真相势必找出几个替罪羊来。
詹事方拱乾无辜受此牵连，倒也没有惊慌，因为他自己很清楚，阴应节的奏疏不过是凭白诬陷之词，因此明白地声辩道：“臣籍江南，与主考方猷从未同宗，故臣子章钺不在回避之例，有丁亥、己酉、甲午三科齿录可据。”
方拱乾父子作为壮年新进的书生，不仅对党争的残酷性知之不深，对当时的时局也没有清醒的认识——
江南闱案发时，南方尚不稳定，沿海郑成功、张煌言等抗清势力依旧活跃，而江南士子与他们有着盘根错节、千丝万缕的联系。在这样的背景下，无论顺治皇帝之前是何等欣赏方拱乾、方玄成父子的文学才华，只要有更大的利益可图，一时的优遇瞬间就能化作尘土。正因为如此，尽管方拱乾有凭有据作了辩白，但其子方章钺还是立即被刑部逮捕，锁链加身，从江南踏上了前往京师受审的路途。
其实到了这个时候，人们应该已经可以看到，无论江南新进举人是不是真的作弊，部分人的结局必将是悲惨的。江南历来为财赋重区，“江南安，天下皆安；江南危，天下皆危”。尤其是清朝初年，天下甫定，皇帝需要严厉惩治、杀一儆百，一是警告那些敢与抗清势力有关联的江南人士，二是警示、驯服所有的汉族士子。刚好，北方大臣刘正宗发动的新一轮毒害南方士子的党争完全遂了他的心愿。
转眼到了顺治十五年（1658年），先是正月十五日顺治皇帝亲自主持顺天闱中举考生复试，取中一百八十二名，只有八人因文理不通被革去举人。正月二十四日，顺治皇帝最宠爱的董鄂妃所生皇四子病死，出生不足百日，连名字都还没有来得及取。眼见爱妃董鄂妃悲痛欲绝，皇帝的目光一下子变得呆滞了许多。
到了二月，朝廷大员陈之遴等人结交通贿大太监吴良辅（在协助顺治皇帝肃清多尔衮亲党势力的过程中起了重要作用）东窗事发。顺治皇帝鉴于明朝太监擅权亡国教训，曾设立铁牌，宣称太监如有犯法干政、窃权纳贿、嘱托内外衙门、交结满汉官员、越分擅奏处事、上言官吏贤否者，即行凌迟处死，绝不姑贷。陈之遴因此被立即革职，家产籍没，与父母、兄弟、妻子一起被流放盛京，之后死在戍所。
而吴良辅作为此案的核心人物，犯了太监干政的大忌，不但受到顺治皇帝庇护，没有被凌迟处死，还恩宠不衰，继续作威作福，后来更是作为心腹代替顺治皇帝出家为僧。由此可见，南方大臣陈之遴的倒台不过是一场有计划的阴谋，既是北方大臣刘正宗等人从中推波助澜，也有顺治皇帝本人的意愿在其中。陈之遴走了，朝廷再没有人能出面为南方士子说话。
就在这个时候，掌河南道御史上官（崇祯十六年进士，山西翼城人。《清史稿》中记为上官铉，实为误作）奏参江南同考官舒城县知县龚勋出考场后曾被考生羞辱，事情可疑。又上奏说：“江南新榜举人，啧有烦言，应照京闱事例，请皇上钦定试期，亲加覆试。”
顺治皇帝立即批准，打算复试江南举人。但此时参加江南乡试的举子大多已经回乡，于是各府县出动人马，到处拘索，扰攘四方，动静极大，很是费了一番功夫。这些已经金榜题名江南举子，“师生牵连就逮，或就立械，或于数千里外锒铛提锁”，刚刚还志得意满，转瞬天降横祸，“家业化为灰尘，妻子流离”。
这批命运多舛的举子中，就有之前提到的江南才子吴兆骞。他跟方章钺一样，参加了顺治十四年丁酉科江南闱乡试，并顺利中举。本来江南闱发榜后，满城风雨，关于主考官通同作弊的谣言满天飞，一些考生还趁机闹事，但吴兆骞本人自负才高，兼之顺利登榜，也没有太把这些流言当回事。倒是他的好友尤侗愤愤不平，写了一出《钧天乐》的杂剧，影响极大，连远在京城的顺治皇帝都找来《钧天乐》的刊刻本认认真真地读了。后来方章钺被刑部派员役逮往京师，吴兆骞一度忧心忡忡，但那也是出于对朋友的关切，完全没有想到自己也会卷入其中。因而，当如狼似虎的官差来逮捕他时，虽是复试的名义，他却不由得不惶惶然了。
由于顺治皇帝要亲自复试，江南举人都要被押往京师，吴兆骞也在被押送北上之列。此时正是初春季节，草长莺飞，尤其对从未到过北方的吴兆骞来说，是难得的经历。可惜，在刀棍之下，前途未卜，再美的风景也无心欣赏。
途中，吴兆骞写了一首诗：“自许文章堪报主，哪知罗网已摧肝。冤如精卫悲难尽，哀比啼鹃血未干。”语调委屈凄楚，怅恨报主无门。正是因为这首诗，吴兆骞的人格后来受到了怀疑。
江南举子到达京师时，两江总督郎廷佐的调查结果也出来了，一共举报了八名举子“显有情弊”，其中包括方章钺在内，不过并没有吴兆骞。顺治皇帝立即下命逮捕这八人。但有个名叫程度渊（出自著名的安徽徽州歙县槐塘程氏，程氏既是当地望族，也是富甲一方的盐商）的举子在逃，大概是确实有作弊事实，情知不妙，已经抢先逃走。
三月，顺治亲自在瀛台复试江南举人，皇帝亲出的考题就叫《瀛台赋》。瀛台位于西苑中海之中，明朝时称南台，清朝顺治时因其三面临水，如海中仙岛，改称瀛台。此处波光荡漾，垂柳依依，风光迷人。然而，参加复试的举子却一个个失魂落魄、战战兢兢。
也难怪如此，复试的环境极好，复试的氛围却极度压抑。清人李延年在《鹤微录》中描述说：“试官罗列侦视，堂下列武士，锒铛而外，黄铜夹棍，腰市之刀，悉森布焉。”而每名举子身边还各有两名护军监视，持刀相向，如临大敌。这哪里是复试的样子，分明是要兴师问罪，是以与试的举人无不吓得“栗栗危惧”。
瀛台复试结果，武进举人吴鸣珂成绩优异，被取为第一名（解元），准予参加当年的会试；汪溥勋等七十四人通过考试，仍准做举人，但不得参与本科会试；史继佚等二十四名，也算通过考试，准做举人，但“罚停会试两科”，要到六年以后才能再次参加会试；方域等十四人因文理不通被革去举人功名。诗名本已传遍京城的吴兆骞则再次声震京师，这次不是因为他的才华，而是因为他竟然在瀛台复试中交了一张白卷。
关于惊才绝艳的江南名士吴兆骞为何会交白卷，时人说法颇多。有人说吴兆骞恃才傲物，不满清廷所为，不愿意在刀棍威逼下为文，故意如此。还有人说吴兆骞并没有那份傲骨，他其实是真的被吓倒了，所谓“书生胆小当前破”，刀枪环顾下，惊魂不定，“战栗不能握笔”。无论如何，一张白卷，令吴兆骞被认定当初乡试时有请托作弊的嫌疑，迅即“享受”到与方章钺等八名被举报有作弊行为的举子同等待遇，被逮捕下狱，交给刑部审讯。
江南闱科场案的相关案犯，两名主考官方猷、钱开宗自然脱不了干系。尤其是二人在离开京师前，顺治皇帝亲自召见叮嘱，还弄出了这样满城风雨的事，死刑肯定是避免不了的。另外包括方章钺在内的七名举人（程度渊在逃），有两江总督郎廷佐的调查报告，当然也是难逃处罚。
剩下比较难办的是吴兆骞，他被逮捕下狱是因为在瀛台复试时交了白卷，按理该与另外十四名文理不通的考生一样，革去举人功名完事，不必再单独立案审讯。然而他当场交了白卷，大大激怒了更年轻也更气盛的顺治皇帝，要深究之前南京乡试时有没有通弊嫌疑。问题是这位吴兆骞是名满天下的才子，任谁都不会怀疑他会靠作弊中举。最初，人人都以为吴兆骞最多不过被除名，最后还是无罪释放，但偏偏有好事之徒在这个时候踩了他一脚。
之前曾经提及江南有慎交社和同声社门户恩怨之争，主持慎交社的吴兆骞曾与同声社重要成员王长发有隙，王长发见吴兆骞被逮，趁机落井下石，挟嫌诬告。这就是后来吴兆骞父吴晋锡所说的“不意仇人一纸谤书，遂使天下才人，忽罹奇祸，投荒万里，骨肉分离”，以及吴兆骞子吴桭臣所称的“讵知变起萧墙，以风影之谈，横被诬陷，致使家门倾覆，颠沛流离”。当时得宠的北方大臣刘正宗“与慎交水火”，也趁机在其中兴风作浪。不过，尽管有王长发的告状，有刘正宗的暗中支持，刑部审到最后，结论还是“审无情弊”，于是将吴兆骞与之前被告有通弊的七名举人关在一起，打算最后革除功名了事。
顺治十五年（1658年）十一月，距离江南乡试作弊案案发一年后，刑部将审实的结果上报顺治皇帝，奏请将正主考方猷斩首，副主考钱开宗处以绞刑，同考官叶楚槐等人流配尚阳堡，被告八名举人并吴兆骞革去举人功名。
不料顺治皇帝看到结果后大发雷霆，不但下旨将两位主考立即正法，而且将该场乡试所有同考官共十八人（其中卢铸鼎已死）均处绞刑，妻子家产抄没入官。已经死去的同考官卢铸鼎也没有放过，其妻子家产也籍没入官。同时将方章钺、吴兆骞等八人革去举人，责打四十大板后，流徙宁古塔，不但家产俱籍没，父母、兄弟、妻子也令流徙宁古塔。
对于在逃的举人程度渊，顺治皇帝也不能容忍有漏网之鱼，责成两江总督郎廷佐和漕运总督亢得时尽快抓捕程度渊，倘若抓不到，郎廷佐和亢得时二人就有受贿作弊、有意买放的嫌疑，必须受罚。
此谕一下，郎廷佐、亢得时后悔不该报上在逃的程度渊之名，但事已至此，只得出动兵马，全力缉捕了。程度渊后来被抓获，也一样被流放。
顺治皇帝突然一反常态，如此苛刻严厉，这其中自然有深刻的背景——
其时，抗清势力郑成功在厦门大练水军，活动频繁，隐隐有北上之意。而江南不少反清志士闻风而动，大有里应外合之势。这还只是外忧。
其内，红颜知己董鄂妃一病不起，尽管顺治皇帝多方抚慰，承诺一旦董鄂妃再生一子，一定立其为太子，但董鄂妃的病情还是一日一日地沉重。而最令顺治皇帝烦躁的还是宫中四处充满了幸灾乐祸且不怀好意的目光，包括他的母亲孝庄太后在内。
在内外交困的处境下，内心虚弱的顺治皇帝决意大开杀戒，拿江南科考案来立威。不仅相关案犯受到了严厉处罚，刑部尚书图海、白元谦，侍郎吴喇禅、杜立德等人也被顺治皇帝迁怒，被认为审理江南科考案玩忽职守，冠以“谳狱疏忽”的罪名，予以革职或降级的处分。
至此，这桩轰动一时的江南科场案，在涉及南北党争、江南社事之争、满清有意打压江南士子、兼之宫廷内部争斗的复杂背景下，最终以许多人的家破人亡落下了帷幕。
但风波还没有就此结束，南北闱科考案案发后，弹劾考官成为时髦的举动。刑科给事中朱绍凤弹劾河南正副主考黄鈊、丁澎用墨笔填改考生笔迹，违反了考场规定。礼部也发现山东同考官袁英等人违犯成例而提出纠举，有举报陕西考官唐赓尧批改试卷时也有违法行为。对这些官员，顺治皇帝只是给予了革职的处理，没有牵连其家属，更足以证明其在江南科场案中大举屠刀，是刻意针对江南士子。
顺治十六年（1659年）闰三月初三，吴兆骞、方章钺以及父亲方拱乾、兄长方玄成等一干人被同时押送起行，由此踏上了前往流放地宁古塔的艰难历程。
宁古塔比之前顺天科考案犯的流放地尚阳堡更远。尚阳堡（一作上阳堡）在今辽宁开原县东四十里，满语称为台尼堪（“尼堪”是满人对汉人的称谓）。宁古塔在今黑龙江宁安县内，清初其地尚未开化，行人皆视为畏途。罪犯徙居尚阳堡，犹有屋宇可居，至者尚得活命。而徙居宁古塔的罪犯，有的走至半路即为虎狼所食，或为野人所吃，得生者甚少。当时，只有谋逆大罪中的相关人犯才流徙宁古塔。可以说，被判流放宁古塔，就相当于被判了死刑。正因为如此，江南士林魁首吴伟业听说吴兆骞被流放宁古塔后，自知再无相见之日，写下了一首堪称绝唱的《悲歌赠吴季子》：
人生千里与万里，黯然销魂别而已；君独何为至于此？山非山兮水非水，生非生兮死非死！十三学经并学史，生在江南长纨绮，词赋翩翩众莫比，白璧青蝇见排诋。一朝束缚去，上书难自理，绝塞千里断行李，送吏泪不止。流人复何倚！彼尚愁不归，我行定已矣！八月龙沙雪花起，橐驼垂腰马没耳，白骨皑皑经战垒。黑河无船渡者几？前忧猛虎后苍兕，土穴偷生若蝼蚁。大鱼如山不见尾，张鬐为风沫为雨，日月倒行入海底，白昼相逢半人鬼。噫嘻乎悲哉！生男聪明慎莫喜，仓颉夜哭良有以，受患只从读书始！君不见，吴季子。
吴季子即吴兆骞。吴伟业为人谨小慎微，一向很少出言过激，但此诗不但对吴兆骞寄予了深切的同情，还饱含悲愤之情，寓意极深——可以说，吴伟业已经看清了清廷大兴科场案的真正用意。
按照顺治皇帝的谕旨，吴兆骞的父母、兄弟、妻子都该受到牵连，被一同流放。但朝中尚有不少人同情吴兆骞的遭遇，设法为他开脱，因而他的父母和两个哥哥都得以留在关内，其妻葛采真也被允许暂缓出关。这也算不幸中的大幸。而方章钺一家数十口人（方章钺出塞时，幼弟方奕箴因年少免于出塞，三哥方育盛与四哥方膏茂是于次年夏始抵宁古塔），均受到牵连，一同被流放。
吴兆骞因“审无情弊”遭此大罪，可谓“前无古人，后无来者”。平白遭此大祸的他心情奇差，这可以从他《出关》一诗中窥出一斑。
边楼回首削嶙峋，筚篥喧喧驿骑尘。
敢望余生还故国，独怜多难累衰亲。
云阴不散黄龙雪，柳色初开紫塞春。
姜女石前频驻马，傍关犹是汉家人。
一行人三月出发，当年七月十一日才抵达极北苦寒之宁古塔。有种说法，此地即为昔日宋徽宗、宋钦宗被囚禁的五国城。这里没有房屋庐舍，当地人都是掘地为屋居住。且天气极为严寒，寒风如刀，一直要到五月，地面才解冻可锄，须立即种下蔬菜，六月、七月便要采食，不然一到白露即枯，到寒露时节，根都要烂腐。
刚到宁古塔之时，吴兆骞身无分文，生活异常艰辛。他经常独坐柴门，用斧子敲击冰块，然后用冰水煮稗子而食。幸好得到狱友方拱乾的关照，“解衣推食，得免饥寒”。吴兆骞由此与方拱乾父子成为患难之交，经常“商榷图史，酬唱诗歌”，“谈诗论史，每至夜分”。这些所谓的流人写下了大量诗歌，成为黑龙江地区最早的诗集之一。
就在吴兆骞、方章钺被押往宁古塔之时，南方时局发生了重大变化。顺治十六年（1659年）六月，郑成功称招讨大元帅，率十七万水路大军在崇明岛登陆，开始北伐。郑军一路势如破竹，接连攻克镇江、瓜洲，接连取得定海关战役、瓜洲战役、镇江战役的胜利，直抵南京城下。另一路人马张煌言部亦收复芜湖一带十数府县，一时江南震动。然胜利在望之时，郑成功中清军缓兵之计，意外遭到清军突袭，致使郑军大败，损兵折将，不得不全军退回厦门。
郑成功败出江南后，江南士民再一次受到满清的荼毒。清廷出动人马，在扬州、镇江、苏州、绍兴等地大肆逮捕曾经拥护和支持郑成功的人，数千人受到了牵连。这就是清初历史上十分有名的“通海案”。被逮捕的江南士绅，情节严重的被斩首，如清苏松常镇提督马进宝曾多次与郑成功私通信息，被处死。又如浙江慈溪儒士魏耕在郑成功退出江南、张煌言孤军无援而陷入仓皇失措时，亲到张煌言军中劝其再接再厉、不要气馁，也被清廷杀害；情节轻的，也被发配宁古塔为流人。
可叹的是，正是这些流人一手创建的“流人文化”代表了清朝的关东文化。宁古塔是满清入关前后黑龙江一带的政治和经济中心，但文化贫乏落后，到顺治十二年（1655年）时，此地汉人稀少，也很少能看到书籍。后来满清大量发配汉人到此为奴，流人们带来了大量书籍和中原文化，一度沉寂而荒凉的宁古塔变得活跃起来。在流人中，文学成就最高的公推为吴兆骞。他的《秋笳集》《归来草堂尺牍》等，在流人文化中占有主要地位。
流人们还留下了大量珍贵文献。吴兆骞到宁古塔不久，便与方拱乾联袂同游“东京城”（渤海国上京龙泉府遗址）。吴兆骞曾写《天东小纪》一文，方拱乾则写有《游东京旧址》等诗，记述宁古塔风物、古迹以及所闻所见，成为宝贵的史料。方拱乾后来根据其在宁古塔的见闻，写成《宁古塔志》（又名《绝域纪略》）一书。其中分流传、天时、土地、宫室、树畜、风俗、饮食等部分，是黑龙江第一部风物志。
顺治十七年（1660年）八月十九日，正值满清在江南大兴“海狱”之时，董鄂妃病死。顺治皇帝痛不欲生，开始沉迷于释道。当年九月，他请僧人茆溪森为其净发，决心披缁山林。孝庄太后屡劝不止，以烧死茆溪森为威胁，才迫使顺治皇帝打消了出家的念头。一场闹剧就此收场。但顺治皇帝出家之心依然不死，又改派亲信太监吴良辅代替自己出家。
三个月后，顺治十八年（1661年）正月初七，顺治皇帝因染上天花病死于养心殿。因事出突然，民间多怀疑皇帝并没有死，而是到五台山出了家。时年八岁的皇三子玄烨即位，是为康熙皇帝，并颁诏大赦天下。
大赦令下后，被流放的盐商之子程度渊由于在京师认捐钟鼓楼，获准返回了江南。方拱乾也设法筹集了一笔钱，认修京师前门城楼工程，于是一家人就此赎归赦还。
方家人走后，吴兆骞的生活更加孤苦艰难。他感慨自己的身世，写下“寄羁臣之幽愤，写逐客之飘零”之句，由此更加思念江南的故乡，殊不知道江南已经今非昔比，物是人非。鳌拜等满清顾命大臣崇尚武治，对江南士民的态度较之顺治皇帝更为激烈。
先是顺治十八年（1661年）春，庄廷鑨私著明史案发。庄廷鑨，浙江乌程（今湖州市）南浔镇人，出身一个巨富而知书的家庭。入清以后，庄廷鑨趁明天启朝大学士朱国桢一门败落之际，以银千两将朱国桢生前所撰明史稿本购得，并广聘名士，增补天启、崇祯两朝史事，辑成《明史辑略》，未及刻印而庄廷鑨就于顺治十二年病故。其父庄允城费时五年，于顺治十七年冬将书刻成，刊行于世。
由于书中有诋毁贬斥满清的文字，如称清太祖为建州都督，直呼努尔哈赤；再如自天命至崇德皆不书其年号，相反于南明隆武、永历则大书特书等，因而书刊行后，不断遭好事之徒的恐吓，借以勒索钱财。
当时归安县知县吴之荣罢官居家，欲通过索诈而偿还八万两赃款以复官。事情不成后，他便指使前任浙江粮道李廷枢向湖州知府陈永命告发此事。不料，陈永命早已接受了庄允城数千金的贿赂，拒不审理。吴之荣恼羞成怒下，将购得的初刊本呈交法司。
清廷得悉消息后，遂兴大狱。凡刊刻、参校、藏书、售书者，以及失职之官吏，均株连治罪。此案牵连极广，直至康熙二年（1663年）才最后了结。
一波未平，一波又起。顺治十八年（1661年）六月初三日，江南“奏销案”起。
满清南下时，在江南遭到过激烈的抵抗，是以对江南之地征收的赋税格外重，以苏州、松江等府为最。即使是鱼米之乡，也经不起苛捐杂税的反复折腾，因此往往是旧赋未清，而新赋已近。仅两江总督郎廷佐上任后，在校阅赋籍时，发现江南自顺治八年至十三年积欠钱粮已经多达四百余万。但清朝廷因战事频仍，财政窘急，多次严催征积欠之令。
江苏巡抚朱国治为了逃避责任，造了一份名册，上面列着苏州、松江、常州、镇江四府和溧阳县绅钤之“抗粮”不交者一万三千五百余人，衙役人等二百五十四名，要求朝廷按名单严提究拟。
清廷看到名册后，批示道：“绅钤抗粮，殊为可恶。”经刑部察议后，决定现任官降二级调用，士绅黜革，衙役照章治罪。
于是，四府一县之士绅被黜籍者达万余人，被逮者也有三千人，得免者寥寥无几。整个江南为之震动。顺治十六年（1659年）的进士第三名（探花）叶方霭，仅因欠银一厘即被黜免，因此民间有“探花不值一文钱”的说法。
但久居关外的吴兆骞并不知道这些。他久戍思归，也渴望能够像方家人一样用钱赎归，但一来赎归要等机会，二来他被流放前，家产已经全被抄没，彻底破产，要筹到巨钱，实在是难事。幸好到了康熙二年（1663年），吴妻葛采真和妹妹吴文柔从苏州千里迢迢赶到关外探亲，带来极大的安慰。葛采真来时“携来二三婢仆，并小有资斧”，吴兆骞的生活这才稍有改善。
次年，葛采真生下一子，取名吴桭臣。有了自己的孩子后，吴兆骞得到了启示，他开始了授徒生涯，专教那些流人子弟读书写字，并与后来发配到宁古塔的张缙彦等人结成“七子之会”，吟诗作对，互相唱和，穷困愁苦的生活“亦饶有佳况”。
吴兆骞在宁古塔的名气越来越大，不少当地少数民族子弟也赶来向他求学。当地人懂得了读书的好处后，开始以文人为贵，对流放的监生、生员统称为“官人”；见到流人，凡骑马者必下马，行路的则滚道边，不荷戈的老人则匍匐在地，等流人过去才起身行走，表现出相当的尊重。
康熙十三年（1674年）秋，清巴海将军聘请吴兆骞为书记兼教席（家庭教师），负责教其两子读书。吴兆骞虽是奴隶身份，巴海却“待师之礼甚隆，馆金三十两”，且“每赠裘御寒”。因为巴海的关系，吴兆骞跟当地满人官员副都统安珠湖，参领萨布素、穆参领、阿佐领等都交上了朋友。
朝鲜节度使李云龙曾经因兵事路过宁古塔，听说吴兆骞的才名后，请他代写《高丽王京赋》。吴兆骞欣然执笔，数千言一挥而就。李云龙大为震撼，回国后四处传扬吴兆骞的才华，因而“其国颇以汉槎（吴兆骞）为重”。
但吴兆骞依旧一如往昔地思念故乡，他无力自救，只能在冰天雪地的宁古塔空自徘徊感叹。
并不是所有人都忘记了他，吴兆骞的生死之交顾贞观就是其中一个。最为难得的是，顾贞观时时刻刻都没有放弃将老友救出生天的计划，并为之付诸行动，费尽心思。
顾贞观本是个风流倜傥、热衷交游的名士，但江南科场案发后不久，他即辞亲远游，来到京师北京。他非常清楚，要想将吴兆骞救出来，只有在京城结交攀附权贵。康熙元年（1662年），顾贞观以一句“落叶满天声似雨，关卿何事不成眠”的诗名满京城，得尚书龚鼎孳和大学士魏裔介引荐，任内阁中书舍人，后掌国史馆典籍。为了营救吴兆骞，顾贞观遍求满朝权贵，并得到了翰林院编修徐乾学（顾炎武外甥）和宋德宜等人的大力相助。但清廷对待江南士子态度素来严峻激烈，单凭这些汉人大臣的力量，还是不足以营救吴兆骞。
康熙十五年（1676年），顾贞观刻意到权相明珠家课馆，得与明珠之子纳兰性德（原名成德，避讳改性德，字容若）相识，成为至交好友。顾贞观恳请纳兰性德为援救吴兆骞出一援手。尽管纳兰性德也很仰慕吴兆骞的才气，但他深知吴兆骞被流徙一事不仅仅是有作弊嫌疑那么简单，涉及朝廷党争和满清对江南士子等诸多背景，其中之复杂，远非顾贞观所能想象，而他素来“不干预政事”，因此没有答应。
当时，顾贞观寓居在北京的千佛寺，大雪纷飞之时，他突然想到了远在天边的吴兆骞，不知道好友平安否？感慨之下，他挥笔写下了二首《金缕曲》：
金缕曲其一
季子平安否？便归来、平生万事，那堪回首！
行路悠悠谁慰藉？母老家贫子幼。记不起、从前杯酒。
魑魅搏人应见惯，总输他，覆雨翻云手。冰与雪、周旋久。
泪痕莫滴牛衣透。数天涯、依然骨肉，几家能够？
比似红颜多命薄，更不如今还有。只绝塞、苦寒难受。
廿载包胥承一诺，盼乌头马角终相救。置此札、兄怀袖。
金缕曲其二
我亦飘零久。十年来、深恩负尽，死生师友。
宿昔齐名非忝窃，试看杜陵消瘦，曾不减、夜郎僝僽。
薄命长辞知己别，问人生到此凄凉否？千万恨、为君剖。
兄生辛未吾丁丑，共此时、冰霜摧折，早衰薄柳。
诗赋从今须少作，留取心魂相守。但愿得、河清人寿。
归日急翻行戍稿，把空名料理传身后。言不尽、频观首。
文采风流，尤其词中饱含深情，感人肺腑。纳兰性德读了这两首词后，大为感动，当场声泪俱下，破例开口道：“古来怀念朋友、抒写友情的诗文中，以李陵与苏武的《河梁生别诗》和向秀怀念亡友嵇康的《思旧赋》最为真挚深切。你的这两首词情真意切，丝毫不让前贤，可与古人鼎足而三。我答应你，一定鼎力营救吴兆骞，并当成我自己的事一样办，但你要给我十年的时间。”
纳兰性德之父明珠当时权倾朝野，他本人又在康熙皇帝身边当一等侍卫，深得宠幸，但一开口竟然是以十年为期限，可见营救吴兆骞绝非易事。顾贞观则认为十年时间太长，说：“人寿能有几何，十年太长，请以五年为期。”
纳兰性德稍作思考后，还是慨然允诺，并和了一首《金缕曲》送给顾贞观，以表明自己营救吴兆骞当义不容辞：“绝塞生还吴季子，算眼前外皆闲事。”顾贞观也很为纳兰性德的仗义感动，后来在写给吴兆骞的信中称赞其为人“知己之感，令人洒泪，此岂汉人中所可得者”。
于是纳兰性德出面，求父亲明珠出力。明珠开始没有表态，让纳兰性德次日邀请顾贞观到内斋来。第二天，顾贞观如约来到。明珠有意斟了一大杯酒，对他说：“吴素负才名，又与先生莫逆，老夫愿一效绵薄。但先生素不饮酒，今日能为君友饮乎？”
顾贞观毫不犹豫，端起酒杯一饮而尽。
明珠又说：“先生南人，不肯效吾旗俗请安。今日更能为君友请安者，老夫必有以报命。”
顾贞观立即上前下跪请安，不稍逡巡。明珠这样饱经世故的老官僚都被顾贞观的朋友之义深深打动了，动容道：“老夫聊相戏耳，不图先生血性热肠一至于此，请放怀以待。”
尽管有了明珠的权势，却还是困难重重。康熙十七年（1678年）正月，康熙皇帝派遣使臣正黄旗都统、内大臣武默讷和一等侍卫对秦为使臣，前往长白山致祭。纳兰性德抢先派人将消息告知吴兆骞，并作了周密的安排。吴兆骞写下了数千言的《长白山赋》，通过武默讷和对秦献给了康熙皇帝。此赋“词极瑰丽”，且铺张扬厉，对长白山极尽渲染。
长白山素来被视为满清的发祥之地，年轻的康熙皇帝读到此赋后，大加赞赏，马上询问作者的情况，得知吴兆骞的情由后，当即就有赦免之意。然而，又有“尼之者”从中阻挠，未能成功。皇帝有意赦免，照样有“尼之者”，由此可见当初江南科场案涉及的背景是何等复杂。
在这样的情况下，纳兰性德与顾贞观商议后，决定走方拱乾赎归的老路，筹集资金，为吴兆骞认修内务府工程，醵金赎吴。当时措赎金最踊跃者为徐乾学。愿意为吴兆骞捐钱者不在少数，辇下名流都以不参与为憾。经过各方奔走，多方斡旋，吴兆骞最终以纳两千金被赎归。
康熙二十年（1681年）七月，还乡诏书终于下到了吴兆骞手中，纳兰性德终于实现了五年为期的承诺。此时，吴兆骞在宁古塔已经度过了二十多个春秋。
当年九月二十日，吴兆骞从宁古塔起程，十一月回到京师，与顾贞观等好友相见后，“执手痛哭，真如再生”。吴兆骞回到北京当日，许多人写诗纪念。益都冯相国有诗道：“吴郎才调胜诸昆，多难方知狱吏尊。”可惜此时吴伟业已去世十年，山东诗人王士禛叹息说：“太息梅村今宿草，不留老眼待君还。”
吴兆骞回到京师后，留在明珠府邸中，为纳兰性德之弟揆叙、揆芳授读，以报答纳兰性德相救之恩。尽管在关外多年，吴兆骞孤傲放诞之性情不改，不久因小事与顾贞观有些嫌隙，顾贞观也不作辩解。明珠知道后，特意将吴兆骞叫到内斋。只见内斋左楹上写着：“顾某为吴某饮酒处。”右楹写着曰：“顾某为吴某屈膝处。”吴兆骞得知情由后大为惭愧，找到顾贞观，声泪俱下地说：“生死肉骨之恩，而以口舌之争辜之，兆骞非人类矣。”二人友谊从此更加亲密。
不久后，吴兆骞返回阔别近三十年的苏州故里，离开时还是黑发青年，回来时已经是白首老翁，怎能不叫人感慨！其时，吴父、吴兄均已经去世，只有老母李氏尚在。吴兆骞即构屋三楹，读书其中。友人汪退谷题其居为“归来草堂”。
长期在关外生活，吴兆骞已不适应江南的水土气候，一回到故乡，就大病数月，手足肿痛，腹疾时发，苦于下泄。后来不得不到京师治病，最后病死于京师旅邸中，时年五十四岁。因家境贫困潦倒，后事由纳兰性德代为料理。
至此，江南丁酉科场案中最传奇的人物吴兆骞最终以凄凉的结局谢世，江南丁酉科场案的最后一点余声终于结束，但其影响远远不止于顺治、康熙两朝。