“南北之争”源自明朝。明朝末年，南方籍大臣和北方籍大臣党争十分严重，南方派系以江浙大臣为核心，北方派系则以山东籍高官为首。因南人多文采出众者，故崇祯一朝中南人占了上风。到清朝顺治年间，局面则完全反转了过来，以冯铨和刘正宗二人为例：
冯铨是顺天涿州人，刘正宗是山东安丘人，均是北方派系，曾备受南方大臣打压。明崇祯皇帝定逆案时，冯铨因曾依附谄事魏忠贤，被定为“魏忠贤党”，罪列第二，终崇祯一朝，未能得志。
“百代兴亡朝复暮，江风吹倒前朝树”。入清后，冯铨、刘正宗二人均凭手段当上了清廷的高官。冯铨善于揣摩执政者心意，摄政王多尔衮对其十分满意，令其入内院协理机务。刘正宗善写五言古诗，又写得一手好字，其书法号称“秀妙无伦”，因文章、诗词、歌赋出众，成为顺治皇帝的文墨挚友。顺治皇帝每得著名书画，必经刘正宗鉴别评定后才归御府收藏。顺治皇帝还常常将所得名人字画和自己作的字画及亲笔题字赐给刘正宗，御府图书题跋也多出自其手。
江山换了主人，大臣却还有不少是前朝旧臣，“南北各亲其亲，各友其友”，冯铨和刘正宗成为北方派系大臣的首脑人物，南北之争依旧在延续。不过清初的党争比明朝更要复杂，清廷不居中调和，反而借势利用，将其当作打压江南士人的工具。
冯铨及其党羽山东淄川人氏孙之獬是北京城最早剃发迎降的明臣，素为众人所不耻。以陈名夏、龚鼎孳为首的南方官员弹劾冯铨是前朝阉党余孽，曾在天启年间依附大宦官魏忠贤，这才得以爬到大学士之位。冯铨则反唇相讥，揭发龚鼎孳曾经投降过闯王李自成，“竟为北城御史”。
彼时摄政王多尔衮掌管朝政大权，当面问起龚鼎孳投降李自成一事是真是假，龚鼎孳竟然回答道：“岂止我龚鼎孳一人，何人不曾归顺？魏征亦曾归顺唐太宗。”气得多尔衮大骂说：“龚鼎孳自比魏征，而以李贼比唐太宗，可谓无耻！”
当时汉人高官如洪承畴等均是南方人，冯铨一度处在下风，但多尔衮权衡利弊后，公开支持了冯铨一派，不过也未贬斥南方籍大臣，表面上对南北两方的争斗采取了不偏不倚的态度，实则是支持冯铨。之所以如此，盖因满清以异族入主中原，对汉人士族十分警惕。多尔衮执政期间，一向对汉人大臣采取猜疑、压制的态度。南北党争中，南方大臣陈名夏、龚鼎孳均是声名远播的才子，而冯铨则名声很坏，多尔衮公然予以庇护，就是因为冯铨是最早剃发留辫的汉人大臣之一，远比陈名夏、龚鼎孳对满清更为忠心耿耿。
顺治七年（1650年），多尔衮死，清廷政治气候陡变。顺治皇帝亲政，立即一改多尔衮的政策，对笼络依靠汉人大臣表现出异乎寻常的热情。
顺治皇帝是满清入关后第一位统治中原的皇帝，他幼年即位，受到母亲孝庄太后的严格管教，而朝政大权长期为其叔摄政王多尔衮把持。顺治皇帝成了摆设不说，还不得不有意纵情于嬉戏游乐，以为韬晦之计，避免受到多尔衮的猜忌。在这样险恶政治环境下长大的顺治皇帝，心理极为扭曲压抑。多尔衮病死后，他终于取得了大权，立即表现出暴躁刻薄的性格，开始恣意妄为，完全凭自己的意志决定许多事情，全然不为大臣的意见所左右。
顺治九年（1652年）四月，顺治皇帝在一道谕旨中宣布，为防止诸王大臣因循怠玩，允许满汉官吏互相参劾对方的玩误之处。
次年六月二十七日，顺治又提出，内三院为机密重地，事务殷繁，应选举贤能之人任职，并特别指明每院应设汉官大学士二员。到顺治十一年（1654年），十七名大学士中只有两名满人，其余都是汉人大臣，直接参与了制定政策、发布政令等国家大事的处理。
顺治皇帝还突破了汉人大臣不得掌印的陈规。顺治十二年（1655年）八月，都察院署承政事固山额真卓罗奉命出征，顺治皇帝即命汉承政龚鼎孽掌管部院印信。之前，部院印务向来由满人大臣掌管，正官公出时，则由次官代理，从未有汉人掌管印信，以致龚鼎孽接到任命后吓得不轻，战战兢兢地上疏恳求撤去这一任命。但顺治皇帝未予接受，坚持要龚鼎孽接管印信。
表面上看起来，自顺治皇帝掌权，汉官的地位显著提高了，但起初不过是少年皇帝刻意要表现得与他所痛恨的多尔衮不同，之后则是为了统治的需要。在年轻皇帝的骨子里，对汉人大臣的戒备和警惕并未比多尔衮减轻多少。顺治登上皇帝之位并不是必然，而是多方政治势力复杂斗争和相互妥协的结果。他幼年即位后，都是其叔多尔衮在殿堂上发号施令。其母孝庄太后有男人的雄才大略，为了避免儿子受到多尔衮猜忌，多次教育顺治皇帝要韬光养晦，这样环境下长大的皇帝，心理压抑，脾气暴躁，性好猜忌，后来一旦掌权，则任性得一发不可收。他喜欢汉人服饰，喜欢汉人文学，也大力提拔汉人文士，但这并不代表他就此信任汉人。
然汉人大臣自以为得到皇帝宠幸，看不透此节。南方籍大臣陈名夏设法勾结部分满人贵族，专权至令朝野侧目。由于陈名夏、龚鼎孽等人在朝中得势，冯铨、刘正宗等北方派系大臣自然没有好日子过了，尤其是冯铨，基本上是在南方大臣的不断参劾中度日，弹劾冯铨竟然成了南北党争的中心内容。北方派系大臣对此极不甘心，时刻想予以反击。而靠谄媚侍奉当权者起家的冯铨，在政治风向上的把握，其实要远远强于风头正劲的陈名夏等人。
顺治十一年（1654年），刘正宗突然发难，弹劾南方派系首脑人物陈名夏，起源便是一套明朝的衣冠——
顺治皇帝喜欢汉式服装，经常在宫中穿戴明朝皇冠、皇袍，并对镜沾沾自喜，认为比满服强多了。当年二月，顺治皇帝一时兴起，将明朝朝服公然从内廷拿到内院，向群臣展示。有大臣为了迎合皇帝，连声说好，顺治皇帝也是一脸笑容，看上去很是满意。
陈名夏一时感慨，对内翰林国史院大学士宁完我道：“只须留头发、复衣冠，天下即太平矣！”
宁完我在努尔哈赤时便已经归降满清，闻言立即勾结陈名夏政敌北方系大臣，与刘正宗同时发难，参劾陈名夏“结党怀奸，情事叵测”，主要罪状有“倡复冠服，涂改诏旨，结党行私，循情纳贿，纵子肆虐”等。其中最核心的是陈名夏把“留头发，复衣冠”作为“第一要紧事”，声言是“天下太平”的关键，是以宽衣博带为名，行变清朝为明朝、“计弱我国”之实。
彼时正值南明张名振率水师活动于长江下游和入海口，甚至一度进逼南京，江南局势十分紧张。宁完我、刘正宗如此一番弹劾，陈名夏立时便有了反清复明的重大嫌疑。顺治皇帝十分重视，命令内三院、九卿、科道、詹事等官在午门外会同对陈名夏逐条审问，从重定罪。陈名夏在受审中据理反驳，刑部右给事中刘余谟、御史陈秉彝在旁为之竭力辩护，双方争执不下。
在午门楼上暗中观察的顺治皇帝见此情景大为恼火，立即召见刘余谟、陈秉彝二人，大加训斥，并立即解职。最终，陈名夏被定罪，以弓弦绞杀于午门内的灵官寺，终年五十四岁。时人因而感慨说：“溧阳千磨百铄而不死，死之以弓弦。”
陈名夏被杀的引子是顺治皇帝喜欢明朝衣冠，被杀的原因是南方大臣党争失败，这不过是表面现象——
当时，南方战火纷纷，南明李定国正攻打广东，张名振活动于长江水域，沿海一带的郑成功也蠢蠢欲动，几方打算联合起来抗清作战，此即为前面提及的钱谦益所策划的“楸枰三局”。
在这样的局势下，陈名夏看到顺治皇帝喜欢明朝衣冠后，随口说了句“留头发，复衣冠，天下即太平”，便立即勾起了顺治皇帝深藏于心的警觉，杀机大现。实际上，陈名夏之死是顺治皇帝猜疑汉人大臣的一次公然展露。而在汉人大臣中，因南方陷落较晚，尤其是满清在江南遭到了激烈的抵抗，一手炮制了“扬州十日”“嘉定三屠”等诸多惨剧，深遭江南士民怀恨，因而较之北方大臣，满清朝廷对南方大臣更不放心。这就是为什么在清初多次南北党争中，北方派屹立不倒、南方派多遭惨败的根源。
搞垮陈名夏后，冯铨、刘正宗等北方大臣为了进一步铲除异己，纷纷出动，以陈名夏“亲戚”“党羽”的罪名弹劾了四十一名南方籍大臣，进一步火上浇油。一时间，南方大臣感觉大祸临头，人心惶惶。顺治皇帝为了稳定局势，不得不亲自出面警告冯铨，冯铨这才不敢再兴风作浪，这场大风波由此平息。
在此之前，顺治皇帝一再向天下人表白自己是以宽治政，还常常叹息昔日明太祖朱元璋诛戮大臣太为过分，但自陈名夏案发生后，他又得出了为政太宽“亦不可”的结论，并于五月以“任意结党营私”的罪名，将陈名夏的好友陈之遴发往盛京。不过顺治皇帝爱其才华，不久即复职。
陈名夏之死只是一个序幕，清廷从未对江南真正放心过，随后又有江南丁酉科场案，牵连了一大批江南名士。