东林党魁钱谦益以南明重臣身份举城投降时，曾告知清军统帅豫亲王多铎道：“吴地民风柔弱，飞檄可定，毋须再烦兵锋大举。”意思是江南民众不会激烈抵挡清军。
事实也如钱谦益所言，清军占领南京后，派出使者招抚江南各地，南直隶各府县大多纳土投降，各地乡绅还在城墙上大书“顺民”二字，清军由此顺利控制了江南。清廷以为大局已定，下令多铎等回师北京。偏偏在这个时候，摄政王多尔衮下了一道态度强硬的“剃发令”，下令所有汉人必须剃发：“文武军民一律剃发如满族式样，不从者治以军法。”
“剃发令”下达后，处处可见清军兵勇带着剃头匠，挑着担子巡行在城镇乡村，担子上挂着“留头不留发，留发不留头”的粉牌，见人便捉，再强行剃发，留金钱鼠尾辫。
中国以家族宗法为根本，因“身体发肤，受之父母，不敢毁伤，孝之始也”，“衣冠束发”是汉人的外在标志，延续了几千年。剃发令一出，触及了汉人士民的底线，“而中原之民，无不人人思挺螳臂，拒蛙斗”，风起云涌的抗争就此而起，原本已经降服的地区纷起反抗，江南大地顿时陷入血雨腥风之中。
清江阴知县方亨到任后，第一件事便是令书吏书写告示，令百姓剃发。书吏写到“留头不留发，留发不留头”一句时，义愤填膺，将笔扔到地上，道：“就死也罢！”当场辞官离去。消息很快传遍全城，人们群情激愤，均不肯剃头。
方亨大为恐慌，忙派人上报常州府，请求派兵来，“多杀树威”。信使出城时被民众截获，江阴百姓遂自发组织起来，将方亨逮捕，推原任典史阎应元为首，以“大明中兴”为旗号，正式反清。
阎应元入城后，盘点了全城户口人数，挑选年轻力壮的男子组成民兵，分派到四门守城。
清军很快得到消息，统帅多铎根本没有将江阴小城放在眼中，派出三百人马前去镇压，结果三百人被阎应元率领的军民尽数全歼。
多铎大为愤怒，再派明降将刘良佐进攻江阴。刘良佐原为江北四镇之一，曾被弘光皇帝封为广昌伯，清军南下时不战而降。他麾下有数万军队，尽是南明精锐，包围江阴县城后，却是屡攻不利。刘良佐亲自到城下劝降，阎应元掷地有声地道：“有降将军，无降典史！”
多铎见刘良佐久攻江阴不下，又派恭顺王孔有德“率所部兵协攻”，接着又派贝勒博洛和贝勒尼堪带领满洲兵携带红衣大炮助攻。阎应元率领军民在极度不利的状况下扼守危城，坚持了八十天后，终被清军红衣大炮轰塌城东北角，城墙崩塌，城池由此而破。阎应元负伤后投湖自杀，被清军及时从水中拖出，因不肯投降遇害。
清军出于报复目的，大肆屠城，两日后才“出榜安民”，此时，江阴城中百姓仅剩“大小五十三人”，将近七万军民死于清军的血腥屠杀中。然在江南各地望风披靡之时，阎应元以微末小吏的身份，凭借江阴百姓的支持，临危不惧，力战强敌近三月之久，实在是南明史上光彩夺目的一页。时人有对联赞扬江阴百姓的英勇牺牲精神：“八十日戴发效忠，表太祖十七朝人物；六万人同心死义，存大明三百里江山。”
在江阴百姓抗清同时，嘉定也因抗拒剃发而起兵。当地乡绅侯峒曾带领儿子侯玄演、侯玄洁，联合进士黄淳耀及其弟黄渊耀号召民众反清复明，于城上树立白旗，写着“嘉定恢剿义师”。
清吴淞总兵李成栋闻讯率五千精兵来攻。李成栋原是明将高杰部将，后投降清军，其人骁勇善战，部属也多为精锐。而侯峒曾等人率领的只是临时组织起来的农民，人数虽众，却没有作战经验，稍一交锋，便被击溃。李成栋又以红衣大炮轰城，很快就攻破嘉定，侯峒曾等人尽数遇害。
李成栋因亲弟死于攻城之中，野蛮报复，下令屠城。清军“家至户到，小街僻巷，无不穷搜，乱草丛棘，必用长枪乱搅”，连一草一木也不放过。亲历者朱子素有《嘉定屠城略》记录其事：“市民之中，悬梁者，投井者，投河者，血面者，断肢者，被砍未死手足犹动者，骨肉狼藉。”
大屠杀持续了整整一天，有三万多人遇害。之后，这支拖着大辫子的汉人军队，带着抢掠的约三百船财物，志得意满地离开了嘉定。
嘉定的劫难还没有结束。李成栋撤退后，幸存者开始陆续回到城中。诸人见到如此惨状，愈加仇恨清廷，遂在一名名叫朱瑛的义士领导下，重新集结了两千多人，杀死了清廷委派的官吏。新县令浦嶂侥幸逃脱后，奔去向李成栋求助，又引清兵杀回嘉定，见人就杀，再放火焚尸，嘉定又惨遭“二屠”。
二十天后，南明将军吴之番率部攻入嘉定，击溃了城中的清兵。不久，李成栋整军反扑，第三次破城，不仅将吴之番及其部属砍杀殆尽，还顺带屠杀了刚入嘉定避乱的两万民众。嘉定再度血流成河，是为历史上著名的“嘉定三屠”。
尽管江阴、嘉定等地的抗清均以惨败而告终，但这一系列的自发抗清运动多少牵制了清军的进军，从而给南明其他抵抗力量的组建赢得了时间，尽管这也不一定是明朝的转机，但至少人们怀抱了期望。