东汉官制的基本特点是：1、中央集权加强，朝政大权集中于尚书台，三公九卿成为摆设；2、地方形成州、郡、县三级制。下面一一说明。
一、上公
皇帝以下，中央设置三公九卿。但三公之上有上公，在新皇帝即位之时，则以太傅或太尉录尚书事，总揽政务。
西汉时，上公有太师、太傅、太保，而东汉则仅有太傅一人。汉光武帝刘秀曾以卓茂为太傅，封褒德侯，食邑二千户，赐几杖车马。此后，每当新皇帝即位，辄置太傅录尚书事，总揽朝政。东汉末，董卓曾在长安自尊为太师，位在太傅之上，但死后即除其官称。
太傅有属吏，据《汉官》记载有长史一人，秩千石，掾属二十四人，令史、御属二十二人。
二、三公
1．太尉（曾名大司马）
督理全国军事，也兼管民政。分领太常、卫尉、光三卿。
其属吏有长史一人，秩千石，总管各曹事务。诸曹掾、史、属二十四人。在诸曹中，西曹主府中官吏的任用；东曹主二千石的迁转和任用；户曹主管民户、祠祀、农桑；奏曹主管奏议；辞曹主管辞讼；法曹主管邮驿日程期限；尉曹主管卒徒转运事；贼曹主管盗贼；决曹主管刑法；兵曹主管兵事；金曹主管货币、盐铁；仓曹主管仓谷。此外，还有黄阁，主簿录省众事，为阁下诸吏之长。
又有令史及御属二十三人，阁下令史掌管仪仗执事；记室令史掌管上章表报书记；门令史主管府门。其余令史掌管各曹文书。
2．司徒（曾名大司徒）
掌人民事。掌教化，凡孝民孝悌、逊顺、谦俭、养生送死之事，则议其制，建其度。凡四方民事功课，岁尽则奏其殿最而行赏罚。若国家有大事，即与太尉、司空共同商议。分领太仆、鸿胪、廷尉三卿。
属吏有长史一人，秩千石。掾属三十一人，令史及御属三十一人。
3．司空（曾名大司空）
掌水土事。凡营城起邑，浚沟洫、修坟防之事，则议其利，建其功。凡四方水土功课，岁尽则奏其殿最而行赏罚。国有大事，则与太尉、司徒共商议。分领宗正、少府、司农三卿。
汉献帝建安十三年（208年），改司空为御史大夫，职如司空，不领侍御史。其属吏有长史一人、掾属二十九人、令史及御属四十二人。
三、九卿
西汉时，以太常、光禄勋、卫尉、太仆、大鸿胪、宗正、大司农、少府为九卿。东汉沿西汉旧制，也置九卿。九卿之长均加“卿”字，其秩皆中二千石。其所职掌，也与西汉略同，只是机构裁并，属官精简，有异于前。
此外，东汉的九卿，分别隶属于三公。太常、光禄勋、卫尉三卿，隶太尉所部；太仆、廷尉、大鸿胪三卿，隶司徒所部；宗正、大司农、少府三卿，隶司空所部。
1．太常（曾名奉常）
掌宗庙事，一般不参加具体的行政事务，是九卿之首。秩俸中二千石，银印青绶。
太常机构主要官吏：太常丞，秩俸千石，铜印黑绶，掌凡祭祀及行礼之事，总署曹事，典诸陵邑；太常掾，秩俸四百石，铜印黑绶，助太常丞；太史令，秩俸六百石，铜印黑绶，掌天时、星历；太史丞，秩俸四百石，铜印黑绶，辅佐太史令；侍诏，秩俸二百石，分掌星历，龟卜，请雨事；治历，主历法。
2．光禄勋（曾名郎中令）
原掌宫殿掖门户，同时也是皇帝的顾问参谋和宿卫侍从。秩俸中二千石，银印青绶。属官有五官中郎将、左中郎将、右中郎将、虎贲中郎将、羽林中郎将。东汉末还有东、北、西、南中郎将。署中各有中郎、议郎、侍郎、郎中，皆无定员，多至千人，主要是执戟宿卫宫殿。
主要属吏：车郎将，秩俸比千石；户郎将，秩俸比千石；骑郎将，秩俸比千石。此三郎将统称郎中三将，主宿卫扈从。左中郎将，秩俸比二千石；五官中郎将，秩俸比二千石；右中郎将，秩俸比二千石。此三郎将统称中郎将，主宿卫扈从。
虎贲中郎将，秩俸比二千石；羽林中郎将，秩俸比二千石。此二将统称为虎贲羽林，主宿卫扈从。光禄大夫，秩俸比二千石；太中大夫，秩俸比一千石；中散大夫，秩俸六百石；谏议大夫，秩俸六百石。此四大夫掌故问应对，为皇帝谋事。议郎，秩俸六百石，为皇帝谋事。
3．卫尉
卫尉，职掌宫门卫屯兵，是皇帝的卫队长。秩俸中二千石，银印青绶。
主要属吏：卫尉丞，秩俸千石，卫尉卿助手；公车司令，秩俸六百石，掌殿司马门，夜缴宫中；宫殿掖门司马，秩俸比千石。
4．太仆
太仆掌车马，天子每出，负责安排前后的礼仪队伍。秩俸中二千石，银印青绶。
属吏：考工令，秩俸六百石，制作兵器，弓弩刀铠。
5．廷尉
廷尉主管刑法和监狱以及审判案件，秩俸中二千石。银印青绶。
属吏：廷尉丞；廷尉左监；廷尉右监；廷尉左平；廷尉右平；廷尉正。
6．大行
分管诸侯及外事。秦及汉初称典客，汉景帝中元六年（前144年）改名大行，太初元年（前104年）改名大鸿胪。为九卿之一，秩中二千石，银印青绶。
属吏：治礼丞；卒史；行人；翻译；主客。
7．宗正
宗正主管皇室的宗室事务，皇帝、诸侯王、外戚男女的姻亲嫡庶等关系都由宗正来记录。秩俸中二千石，银印青绶。
属吏：宗正丞，秩俸比千石；宗正员吏；公主家令；公主丞。
8．大司农
大司农主管全国的赋税钱财，是汉朝的中央政府财政部。凡国家财政开支，军国的用度，诸如田租，口赋，盐铁专卖，均输漕运，货币管理等都由大司农管理。秩俸中二千石，银印青绶。
属吏：大司农丞，秩俸千石，掌财政收支的统计财会事；大司农部丞，共有十三人，负责十三州事务；治粟都尉；太仓令。
9．少府
少府主管皇室的财钱和皇帝的衣食住行等各项事务以及山海池泽之税，是皇帝的私库。秩俸中二千石，银印青绶。
少府机构属吏：少府丞，秩俸比一千石，辅佐少府卿治事；符节令，秩俸六百石，率符节台，主符节事。
兰台属官：御史中丞，秩俸一千石，领殿中兰台，掌图书秘籍，受公卿奏事，纠举不法；侍御史，秩俸六百石，分五曹办事；御史员，秩俸六百石，留台治百官。
供皇帝服御诸令丞属官：织室令，主织；御府令，主天子衣服；水衡都尉，掌上林苑；上林令，主上林；六厩令，掌天子六厩。
黄门令丞属官：黄门令，掌侍左右，通报内外；中谒者，掌侍左右，通报内外。
四、尚书台
从表面上看，东汉中央职权似乎是三公、九卿在行使，但实际的权力掌握在尚书台手中，所谓“三公”只不过是傀儡，虽然分管了九卿，但都不能发号施令。《后汉书·仲长统传·法诫篇》：“光武皇帝，愠数世之失权，忿强臣之窃命，矫枉过直，政不任下，虽置三公，政归台阁（即尚书台），自此以来，三公之职，备员而已。”
故东汉中央官署与西汉之不同者，主要在于尚书台之设。尚书之官称创始于秦代，但当时只是少府属吏，主管传达诏令，当时皆以文人为之。至西汉武帝，改尚书为中书，以宦官任之。西汉成帝时，再恢复尚书旧名，仍以文人任职。但终西汉一朝，尚书在中央政府中地位不高，只不过是宫廷收发而已。
东汉立国，开国皇帝汉光武帝刘秀不信任三公，将国家大权全部集中到自己手中。为了处理政务需要，侍从左右的尚书便成为皇帝最好的助手，自此尚书权威日益高涨。
尚书台本质即皇帝的宫廷办公厅，执掌政务，事权极重，称之为“政归台阁”。所谓“台阁”，就是指宫廷办事处的意思。
设尚书令一人，秩千石；尚书仆射一人，秩六百石；尚书六人，秩六百石，分为六曹：三公曹、吏曹、民曹、二千石、南主客曹、北主客曹。
又设左右丞二人，秩四百石；侍郎三十六人，每曹六人，秩四百石，掌文书起草；令史十八人，每曹三人，秩二百石；后增剧曹三人，合为二十一人。
五、除九卿外的其他要员
除三公、九卿、尚书台以外，东汉又有各级将军，也是中央要员，《后汉书·百官志一》云：比公者四：第一大将军，次骠骑将军，次车骑将军，次卫将军，又有前后左右将军。
大将军位在三公之上，骠骑将军、车骑将军、卫将军在三公之下。前、后、左、右将军，位在上卿之下，不常置，东汉中期以后，太后临朝称制，外戚执政，常假借兵权以自重。于是，大将军便成为中央的主要官员了，并与太傅三公合称为五府。
一、州郡
东汉划天下为十二州，每州置刺史一人，其首都所属之州，设司隶校尉一人。《后汉书·百官志》云：“外十二州，每州刺史一人，六百石……成帝更为州牧，秩二千石。建武十八年（42年），复为刺史，十二人，各主一州，其一州属司隶校尉。”
东汉地方官之权力比西汉要大得多，例如司隶校尉，不仅部领三辅、三河、弘农七郡，主察举非法，而且“无所不纠，唯不察三公”。司隶校尉能出席中央的“廷议”，且座位位在九卿之上，见《后汉书·宣秉传》云：“光武特诏御史中丞（宣秉）与司隶校尉、尚书令会同并专席而坐，故京师号曰‘三独坐’。”
司隶校尉属吏有从事史十二人；都官从事，主察举百官犯法；功曹从事，主州部选署官吏及一应事务；别驾从事，凡校尉巡察州部时，则奉引，并录众事；簿曹从事，主财谷簿书。如有军事，则置兵曹从事，掌兵事。此外，每郡国各设郡国从事一人，主督促文书，察举非法。皆由州自行辟除，通为百石。
又有假左二十五人，主簿录阁下事，省文书。门亭长掌州正门。门功曹书佐掌选用。《孝经》师主监试经。《月令》师主时节祠祀。律令师主平法律。簿曹书佐主簿书。每郡国各有典郡书佐一人，各主一郡文书，以郡吏补用，每年换一次。
司隶校尉所部之外的十二州，建武十八年（42年）改州牧为刺史。刺史常以每年八月巡察所部郡国，录囚徒，课殿最。西汉的刺史，本是中央派遣的一种视察官，他们的任务是周行郡国，刺探政情，年终回京复奏，原非固定的行政官吏。但到东汉时，刺史已有一定的治所和自己的衙门，每年遣吏向司徒府汇报。西汉旧制，州牧奏二千石长吏不称职者，皆先下三公，三公遣掾史案验，然后黜退。东汉光武不任三公，权归刺史，有所劾奏，便加黜退，刺史权威愈重。其属吏皆有从事史，假佐，人员与司隶略同，但无都官从事，以功曹从事为治中从事。灵帝中平五年（188年），又改刺史为州牧。自此以后，刺史就由中央派遣的视察官，一变而为地方行政官。东汉的地方行政，也由郡县的二级制，一变而为州、郡、县三级制了。
二、郡国
东汉有郡国一百零五个，除司隶所部七郡外，有王国二十七个，列郡七十一个。其中豫州部郡国六，冀州部九，兖州部八，徐州部五，并州部九，幽州部十一，青州部六，荆州部七，扬州部六，益州部十二，凉州部十二，交州部九。
《后汉书·百官五》云：“皇子封王，其郡为国，每置傅一人，相一人，皆二千石……相如太守，有长史，如郡丞。还有中尉一人，皆二千石，职如郡都尉，主盗贼，郎中令一人，仆一人，皆千石。郎中令是掌王、大夫及郎中等宿卫官，还有仆一人，仆主车及驭。又有治书，六百石，如尚书。谒者，四百石，随王所使。又有礼乐长、卫士长、医工长、永苍长、祠祀长，皆比四百石。”《百官志》又云：“列侯所食县为侯国……功大者食县，小者食乡、亭。”
侯国置相一人，如县令长，不臣于侯，但须纳租于侯，以户数为限。食封千户以上者，置家丞、庶子各一人，不满千户者，不置家丞。县侯、乡侯、亭侯之封，为东汉所创设，但东汉侯王不过徒拥虚号，权力已远远不如西汉了。其所属封国的政治，皆由中央所派之傅相主持，而所谓王侯傅相其实就是中央派遣的地方官。
列郡，每郡置太守一人，二千石。因东汉建都洛阳，河南郡为京畿所在地，故称河南尹。其地位高于太守。河南尹奉朝请如九卿，秩中二千石。
每郡置丞一人，掌治民。郡在边地的，又有长史一人，掌兵马，皆六百石。又有郡司马，在长史之下（都尉下也有司马，二者不可混同）。
王国之相、列卿太守皆掌治民，进贤能，除奸猾，春行所属县，劝民农桑，赈救贫乏。秋冬遣文无害吏（公平正直，无所枉害），审讯囚犯，使罪当其法，无所冤滥。对属官课其殿最。
西汉有郡都尉，比二千石，治郡兵，备盗贼，据《后汉书·百官志》载：“建武六年（30年），省诸郡都尉，并职太守。”东汉以郡都尉并于太守，可见东汉太守不仅听郡政，并且典郡兵了，所以东汉的太守又称“郡将”。
在边郡，往往置都尉或属国都尉，且有分县，掌治其民，比于小郡。如和帝永元元年（89年），置西河，上郡属国都尉。十五年（103年）又置辽东西部都尉。安帝以西羌数犯三辅，复置右扶风都尉、京兆虎牙都尉。
郡太守置诸曹掾、史。有功曹史，主选署功劳（即掌任用迁转与记录功过）；有五官掾署，理功曹及诸曹事；有五部督邮书掾，以监督所属各县；有门亭长一人，主府门；有主记室史，主录事和发出通知。阁下和诸曹各有书佐、幹，主文书。
三、县邑道
郡国之下为县，皇后、公主食邑为邑，在少数民族聚居之地为道（“道”在西汉已有）。
大县置令一人，千石，其次置长，四百石，小者置长，三百石。侯国的相，其官阶如县令或县长，皆掌治其民，劝善惩恶，理讼狱，禁盗贼。秋冬各计其户口垦田、钱谷出入、盗贼多少，然后向所属的郡国汇报。
在县令、长之下，置县丞一人；县尉，大县二人，小县一人。丞主文书，典管仓狱，尉主盗贼，秩四百石至二百石，是为长吏。百石以下，有斗食佐史之秩，是为少吏。诸曹掾、史，大致如郡掾。皆有主簿、功曹、狱掾，有县三老，掌教化。
县以下为乡，大率十里为乡。乡置有秩、啬夫、三老游徼。凡大乡，由郡任命有秩一人，秩百石。小乡，由县任命啬夫一人。皆主一乡之事，了解民间善恶，定其徭役先后。了解民间贫富，定其赋税多少。三老掌教化，凡忠孝节义，足为法式者，皆旌表其门，以倡导从善去恶。游徼掌巡察，禁止奸盗。又有乡佐，主收赋税。
乡之下为亭，亭置亭长，主求捕盗贼。尉、游徼、亭长皆习五兵，即弓弩、戟、盾、刀剑、甲铠。
亭之下为里，里置里魁，掌一里百家。里之下为什，什有什长，主十家事。什之下有伍，伍有伍长，主五家以相检察；民有善恶，以告监官。伍之下就是最基层的人民群众。
边郡有障塞尉，守卫边塞，以防外敌侵犯。近塞县皆置尉，百里一人，士史、尉史各二人，巡行边塞。
凡县出盐多的，置盐官，主收盐税。出铁多者，置铁官，主鼓铸，手工业者多的，置工官，主工税，有水池渔利多者，置水官，主平水收鱼税。随事置吏，不在县吏名额之内。