约瑟夫·赛利格曼死后，他的弟弟杰西·赛利格曼成了家族银行的新掌门。随着1869年苏伊士运河的开通，用运河连接两大洲的想法变成了现实。一个具有重大战略价值的构想随即出台——在加勒比海地区的巴拿马开凿一条巴拿马运河，把大西洋和太平洋连接在一起，将大大缩减从太平洋到美国东海岸的运输距离和时间。毫无疑问，这一设想具有重大战略价值。
杰西·赛利格曼就是项目的主要推手，他帮助筹建起法国巴拿马运河公司来具体运作此项目，赛利格曼银行负责公司的股票发行。当时的法国公司极其渴望用赛利格曼家族品牌进行融资，不惜一次性支付30万美元作为特殊的品牌使用费。巴拿马公司的承销团很快在美国建立起来，赛利格曼、左格索、摩根联手作美国股票发行的承销商。在法国负责销售的是赛利格曼的法国分支和巴黎银行。
最初估算建造运河的成本为1。14亿美元，股票发售总额将达到6亿美元，资金看起来绰绰有余。运河建成后归法国政府来管理。当然此事在美国国内引起了轩然大波，很多人批评该项目引进了欧洲的强权，控制了至关重要的水道，批判赛利格曼出卖美国利益。另一方面，美国多年以前就想在中美洲的尼加拉瓜修建运河连通两大洋。从地理位置来看，尼加拉瓜距离美国更近，如果通过尼加拉瓜湖建立连通水道，更合乎工程建设的实际考虑。在1873年经济危机之前，一直有美国公司在做前期的勘探工作，只不过危机使整个项目陷入了停顿。此时这两个项目方案不相上下，变成了重大的政治问题。
赛利格曼和摩根家族力挺巴拿马运河方案，美国部分媒体开始痛批他们把美国利益出卖给法国，另外有些人声称这是犹太人的一种阴谋。赛利格曼在纽约报纸上声称，这是一个私人项目，完全跟国家没有任何关系，而且公司的运作将会得到上好的回报，加之工程中的机器设备都将从美国购买，将确保美国的最大利益。随后，著名的法国英雄德·勒瑟普被隆重推出为修建苏伊士运河的负责人。由于是德，勒瑟普主持修建工程，巴拿马运河公司股票在法国销售完全没有碰到问题，在美国市场也卖得一帆风顺。最初的股票发售还被超额认购。
开挖工作即将开始，德·勒瑟普一开始决定修建一座与海平面同等高度的运河，这样就不必使用船闸，大约需要7年左右的时间。他和工程师们已经考察了当地的山区和峡谷，包括瀑布等等自然环境。1884年，尼加拉瓜政府和美国签订了运河条约，如果顺利建成，中美洲将会出现两条平行的运河。运河开挖之后，德·勒瑟普很快碰到诸多意想不到的困难，觉得不得不新建船闸，两边水位之间可能会有落差。在船闸问题上，他又挣扎了2年多时间，最后经过了9年的建设，花光了4亿美元的费用，足足是当初预算的4倍。但是运河工程连1/3都没有完成，整个项目陷人了严重的困境。法国英雄被解雇回家了，美国国会开始组织委员会调查，为什么美国投资人花了这么多钱，在运河上遭受了这么大损失，而像赛利格曼和摩根这样的银行家却通过股票承销赚了这么多钱。委员会经过调查，发现杰西·赛利格曼原本打算安排自己的老朋友、前美国总统格兰特担任运河委员会的主席，工资是年薪2。4万美元，但是格兰特拒绝了这个职位，于是杰西找到了哈耶斯总统的海军部长汤普森。汤普森辞去海军部长职务，接受了这个工作。
调查还发现，赛利格曼还跟众多机器设备商达成了各种协议和合同，这些都构成了国会调查中的利益冲突问题。在接受调查的时候，参议员询问杰西。赛利格曼，为什么汤普森这样的人会被选为运河委员会的主席：“他并不是一个伟大的金融家，对吗？”杰西回答说：“不，但他是一个伟大的政治家和律师。”参议员接着问：“你曾经把这个位置提供给格兰特将军，他是个伟大的战士和一个大众崇拜的偶像，但他不是一个伟大的律师或者金融家，或者伟大的政治家，对吗？”赛利格曼平静地回答：“格兰特将军是我的一个非常要好的朋友，我永远都会特别照顾我的朋友。”
汤普森作为海军部长，在约瑟夫去世后几天，给杰西写了一封信，赛利格曼希望将这封信加入调查的材料中。该信提到：“在我的官方任职期间，我有幸比较了解约瑟夫的个性，我与你们家族银行的第一次接触就是通过他，时间在1877年夏天，当时海军部正好在我的管理之下。彼时海军部的财务状况让人尴尬，主要是欠了贵家族银行几十万美元的债务，而且债务数量不断增加。当时海军部无力偿还整个债务，甚至清还其中大部分都是不可能的，此事已经给政府造成极大的困扰和尴尬，也对海军部的服务产生了相当严重的影响。当约瑟夫。赛利格曼了解到这个情况之后，他立刻建议把全部债务展期到下一个财年，并且允许（海军部）继续借债。他的提议非常具有爱国主义精神。我当时充满了感激，接受了他的提议，这样我们的海军部才度过了最为困难的时期。”
这个条子写得及时而有力，拯救了处于舆论困境中的赛利格曼。最终国会调查没有发现赛利格曼等人有什么错误行为，但此事对赛利格曼家族的声誉和华尔街的形象造成了严重的负面影响。于是国会决定立刻开始修建尼加拉瓜运河。
正在双方对运河走哪条线进行激烈争吵的时候，赛利格曼找到了国会的内线朋友，其中包括马克议纳参议员——研究确定运河线路委员会的领导者。赛利格曼请求马克汉纳参议员提议国会暂时先不要做决定，直到他们这个调查委员会的报告提交。参议员答应了，国会也同意再等一等。但是结果令赛利格曼大失所望，委员会调查的结论是完全倾向选用尼加拉瓜线路。绝望之中，赛利格曼家族在巴黎找到了一个名叫菲利普，邦内弗瑞拉（Philiper Bnnau- Varilla）的人来进行游说活动。
菲利普从10岁时就梦想在巴拿马开凿运河，当听到德·勒瑟普在苏伊士开挖运河成功之后，他的想法愈加强烈了。当赛利格曼找到他，菲利普毫不犹豫地同意接受这个工作。此人后来到了美国，开始到处进行密集演讲。可惜菲利普在美国几个月的游说还是不管用，国会最后仍然一致投票支持走尼加拉瓜线路。在赛利格曼的大力支持之下，菲利普进入了最后关键性的游说活动，试图扭转参议院的决定。 菲利普几乎是近于疯狂地游说巴拿马线路的优势，举行了多场激情洋溢的演讲。这种激情实在过分夸张，以致让法国驻美使馆认为菲利普已经疯掉了，紧急通知菲利普在巴黎的兄弟。他的兄弟急急忙忙从巴黎赶到美国，发现菲利普完全无法平静下来，在巨额金钱的刺激之下，菲利普已经进入了偏执状态。
正在这个紧急而微妙的时刻，一个戏剧性的变化出现了，圣文森火山爆发了。圣文森火山在西印度群岛，火山爆发使数千人丧命。在此之前两天，一个号称是死火山的皮利火山也爆发了，死亡3000多人。尼加拉瓜有火山，巴拿马却没有。菲利普突然灵光闪现，像被注入了大剂量的兴奋剂，马上冲向邮局，在邮票专卖店里，找到了一枚5比索的尼加拉瓜邮票，这枚邮票上正是一个浓烟滚滚的火山喷发景象。菲利普如获至宝，立刻买了90张火山喷发的邮票，把它们贴到信纸卜，然后把这90张邮票寄给了每个参议员。他随信指出，邮票上的画面就是尼加拉瓜地区有火山喷发的历史证据。此时正是参议院最后投票表决的前三天。赛利格曼和菲利普在焦急等待之中度日如年。参议院最终投票以8票之差倾向了巴拿马线路，赛利格曼欢欣雀跃。菲利普立刻买了更多的火山邮票，寄给了所有众议员，很快众议院也开始调整原先的立场。
赛利格曼和菲利普还没来得及庆祝，又面临着一个更严重的新问题。巴拿马当时是哥伦比亚的一个省，哥伦比亚政府已经改变主意，不愿提供运河通道。菲利普马上对哥伦比亚施加压力，使用了大量金钱游说哥伦比亚政府官员，但是哥伦比亚议会还是否决了运河条约。如果哥伦比亚不批准巴拿马建运河的话，赛利格曼就白忙活一场．一切努力都打了水漂，包括救命稻草火山邮票。
近乎绝望的菲利普找到赛利格曼哀叹；“我们全输掉了，什么也没有剩下，除非让巴拿马脱离哥伦比亚，但那将意味着一场革命。”杰西。赛利格曼反问菲利普，需要花多少钱才能制造一场革命。菲利普明白了赛利格曼的意图，立即召集一帮巴拿马的分裂主义分子讨论革命的计划，并着手核算革命的成本。巴拿马分裂分子坚持认为，他们需要至少600万美元来支付给当地的游击队。菲利普赶紧向赛利格曼汇报，600万美元是爆发革命的最低成本。赛利格曼觉得报价高得离谱，给了个底价，10万美元，而且必须是一场彻底的革命。巴拿马分裂分子爽快地接受了这个条款。
菲利普得到巴拿马分裂分子承诺后，飞快地跑回赛利格曼的办公室，就在银行合伙人的办公桌上，起草了巴拿马独立宣言和巴拿马宪法。然后他搭上了华盛顿的一趟火车，去见老罗斯福总统，正如他在回忆录中所说：“我告诉罗斯福总统，要求他答应我一个条件，当革命爆发的时候，美国的战舰会出现在巴拿马附近，以保护美国人的生命和利益。这个美国利益里面也包括赛利格曼的利益。总统只是看了看我没有说任何话，当然，美国总统不可能给我这样一个许诺，特别是对一个像我这样的外国人。但是他看了我一眼，这对我来说已经足够了。”换句话说，老罗斯福总统已经默许了这件事情。
1903年革命爆发时，美国的战舰纳西威尔号确实赶到了巴拿马监视着革命的进展情况。纳西威尔号战舰的出现可以被视为美国方面对巴拿马分裂分予的道德支持，而且在一定程度上起到了威胁哥伦比亚政府放下武器，让巴拿马独立的作用。这一时刻标志着赛利格曼的伟大胜利。赛利格曼家族为了感激他们的功臣和朋友，给菲利普安排了一个很有意思的工作。菲利普·邦内弗瑞拉作为一个法国公民，被任命为第一任巴拿马共和国驻美国的大使。
此时的国际银行家们，已经有能力制造一场重大革命、国家分裂或者战争，来实现他们自身的利益。巴拿马也就这么奇妙地独立了，事实上，赛利格曼家族才称得上是真正的“巴拿马之父”。