正当黄子文在陇东特委领导下，积极组织庆阳苏区的广大人民筹备物资支援抗日前线的八路军和地方游击队，全面展开各项后援工作之际，一支暗箭又向他射来……
1938年5月，位居陕甘边区党委书记的高岗，通知子文、张文华等去边区机关澄清与张慕陶牵连之事。子文感到自己与张慕陶是非分明，当前的大事是抗日救亡，不是搞内耗。他宁可为革命受苦受累多做实事，也不愿坐在那儿磨嘴皮。于是，他经陇东特委组织部长李铁轮批准，又返回家乡武字区。
当子文这次回到三原时，三原的革命形势已大为好转。中共三原中心县委早于1937年3月重新建立，周芝轩任书记，黄子祥任副书记。中共武字区委也于同年7月恢复，康德宽任书记。三原各界人士和广大群众的抗日救亡工作，已在中心县委、区委的领导下，轰轰烈烈地开展起来。他与县委派驻武字区的谈国帆及共产党员王瑞琪商议后，利用自己在瓦窑堡兵工厂学到的技术，自筹经费，在自己的旧窑里办起了地下兵工厂，为武装抗日修理枪枝，制造手榴弹。随后，又与区委委员郭立三、刘德植（即李岂阳）等，在长坳堡办了“女子义务学校”（对外叫“纺织厂”），招收武字区和富平县西原的青年妇女三、四十人，以纺纱织布为掩护，学习文化、时政和党的知识，为抗日救亡培养妇女干部。同年8月，被党组织送到旬邑职田镇鲁迅师范学校学习的李盛云毕业后回到武字区，被区委安排到“女子义务学校”任教师。李盛云与刘德植、陈玉秀一块，组织学员散发抗日传单，书写抗日标语，探听敌情。又让学员定期回到各自的村庄，发动组织广大妇女为抗日前线的战士做鞋袜，缝棉衣，支援前线。
置身群众中的黄子文如鱼归海，在抗日救亡工作中显得十分活跃。同年夏季，太原失守，日军直逼黄河东岸，窥视陕西和大西北。中共陕西省委及时发出了“保卫陕西，保卫西北”的号召，为了响应省委的号召，并付诸于行动，黄子文采取多种形式，积极宣传，组织群众，为保卫陕西，抗击日本侵略军做准备。当他得知区委宣传委员向纯渤曾住过“安吴青训班”后，便与其商议，并征得三原县委同意后，与向纯渤、刘德植一起去安吴堡，邀请培训班“抗战剧团”到武字区进行宣传演出，以活跃群众生活，激发群众抗日救亡的情绪。“抗战剧团”在武字区西岳庙演出期间，他亲自安排剧团人员的食宿和安全保卫工作，组织广大群众观看演出。自此以后，西岳庙便成了影响很大的抗日动员阵地和党的活动中心。设立在西岳庙小学的“教员联合会”，出墙报，教唱歌，演小戏，宣传抗战。
黄子文在创建渭北革命根据地时期组织的“渭北游击队”于1933年被省委改编为红四团后，由黄子祥、杨森率领北上了。现在组织起来的游击队队员，年纪轻，无斗争经验，不懂游击战术。黄子文针对这一现实，建议县委与安吴青训班联系，组织青年去安吴学习军事知识。中共三原中心县委采纳了这一建议，并动员所辖的临潼县交口和富平县选派青年一块去学习。黄子文在武字区动员了60余名青年农民，连同交口、富平选派的青年共90余人，于当年冬季到了安吴堡。安吴青训班将其编为“农民连”，由黄子文任连长，张戈任指导员。
青训班对“农民连”的教学任务，除党的基础知外，主要讲军事知识，如武器构造与拆装、地形地物的利用、夜间袭击及如何打埋伏等等。
1939年1月，国民党召开了五中全会，确定了消极抗日，积极反共的反动方针。国民党三原县党部和驻军，也开始了反共活动。中共三原中心县委遵照中共陕西省委“精干荫蔽”的方针，先后将一些领导干部送往边区，将一些暴露了身份的党员疏散外地。
1940年，在国民党陕西省政府施行联保制，设置侦察网，搜捕进步人士和共产党员的形势下，子文在武字区随时都有被捕的危险。武字区委书记刘光远将此事告知中心县委书记周芝轩时，周指示说：“黄子文这个人太红了，他到谁家，敌人就怀疑谁家是共产党，最好让他离开地方”。刘光远派交通员将黄子文送到边区陕西省委驻地。不久，中共陕西省委又送黄子文去延安马列学院学习，后又转入延安研究院学习，并深入农村进行调查研究工作。