1935年7月，朱理治以中央代表的名义到达陕北革命根据地。同月15日，在延川县永坪镇召开的会议上，撤销了西北工委和鄂豫陕省委，成立了以朱理治、郭洪涛为正、副书记的陕甘晋省委，改组了西北军事委员会，以聂洪钧为主席。不久，在西北根据地发生了严重的错误肃反。
随后，他们大造陕甘红军和根据地的领导者为“右派”、“反革命”、“西安来的人都有问题”的舆论，为其错误肃反路线张目开路。9月21日，“陕甘晋省委发出指示，决定建立政治保卫系统，颁布赤色戒严令，实行肃反。并派人分别到前方和陕甘边大肆逮捕干部”。“红二十六军营以上干部和地方上县以上的主要领导干部几乎无一幸免。”
这次错误肃反，使许多忠实于党的同志蒙受冤屈，并进而影响到红军发生很大的动摇和恐慌，使红军的力量受到削弱。删在这场灾难中200多人被冤杀，……南区党委组织部长杜宛，赤水县委书记金理科等6人被活埋，黄子文一家四人被捕押，二人被错杀。黄子文和习仲勋、蔡子伟等被关押在瓦窑堡，他的妻子李盛云和哥哥黄子祥的女儿黄培兰在正宁县被捕押，妻侄女李金芳在洛河川被捕押。黄培兰和李金芳是从西安学校毕业后，在子文夫妇革命影响启发下，北上参加革命工作的，她俩被“左倾”机会主义路线的执行者杀害时，都年仅17岁。
10月中旬，党中央、毛主席率领中央红军长征到达陕北。24日，毛主席针对错误肃反，发出“刀下留人，停止捕人”的指示。随即召开中央干部会，决定成立以董必武为书记的五人领导小组，处理审查肃反扩大化事件，并指派王首道、刘向三、贾拓夫去瓦窑堡释放被关押的同志。12月初，毛主席批评这次肃反事件是完全错误的，要求释放被冤屈的同志，恢复他们的工作。
黄子文获释后，被安排在瓦窑堡红军兵工厂工作。
1936年3月，后方红军政治部主任兼红军学校政委袁国平调黄子文到红军学校当政治教员。9月1日，红军学校随党中央由瓦窑堡迁到保安，黄子文又随同。不久，黄子文又随校到甘肃省环县曲子镇。此时，贺龙的教导团及红二方面军红军大学也迁至此地。在这里，红军学校、教导团、红军大学被合编为中央红军教导师。12月底，教导师迁至庆阳县城后，把教导一团的两个连改编为政治连，张文华为一连政治教员，黄子文为二连政治教员。学员中，南方人多，特别是上海学员对“黄”、“王”发言难以区别，讲话又快，把“黄子文”听成“王文”。有些陕籍学员开玩笑问：“你到底叫‘黄子文’，还是‘王文’？”子文笑道：“名字不过是区别张三、李四的代号，‘王文’简单好叫，就叫‘王文’吧！”从此，“王文”便成了黄子文的化名。
1937年7月，卢沟桥事变后，陇东特委成立，袁国平被任为特委书记。他将黄子文、张文华等20余人从教导师要来做地方工作，黄子文被任命为庆阳县抗敌后援会主任。
在庆阳，子文遇见了妻子李盛云。交谈中，得知李盛云北上后被党组织派到旬邑工作，在那儿碰见了两个侄女，后来李金芳被派到洛河川工作，黄培兰和她在一起。肃反中，她们都被逮捕、杀害。自己获释后，于3月份被调到庆阳抗敌后援会做妇女工作。
子文默默地听着，他没想到妻子会因他而受连累入狱，更没想到两个只有17岁的热血青年会被杀害。他长久不语，心里绞痛，泪水夺眶而出。1930年春，他在敌人严刑拷打下，没有因疼痛难熬而落泪；1934年，他被错误地开除党籍，也没有因冤屈而落泪。今天他落泪了。他对革命阵营中自己人整自已人感到可怕震惊，他对这次错误肃反所造成的恶果感到痛心。他不由想起了三国时期曹植那首有名的《七步诗》：
煮豆持作羹，漉豉以为汁。
萁在釜下燃，豆在釜中泣。
本自同根生，相煎何太急。
子文想到自己和妻子是毛主席从死亡线上救出来的，遂劝李盛云在工作中去磨炼意志，理解革命斗争的坎坷。