1934年春，陕甘边第三路游击队指挥部在陕西的鄢县、中部县（今黄陵县）、宜君、耀县、旬邑、淳化和甘肃的正宁、宁县一带开展游击战争，创建苏区。5月，陕甘边特委和革命委员会为加强政权建设，派黄子文为陕甘边革命委员会驻三路地区办事处主任，代行政府职能。9月，中共陕甘边南区委员会和陕甘边南区革命委员会，在中部县（今黄陵县）小石岩成立。张邦英任中共南区委员会书记，黄子文任南区革命委员会主席。
南区，山大林深，地势险要，人口稀少，敌人的统治势力很薄弱，十分有利于苏区的创建和扩大。黄子文与张邦英等同志携手并肩，组织领导南区革命根据地开展各项工作。他们在领导好邸西、郝甘两个县级革命委员会的同时，积极开展其它地区的政权建设。同年冬季，黄子文等指导湫头、三嘉、长舌头的当地干部，建立了这三个地方的区级政权。同时，在新宁县设立了办事处，由南区革命委员会副主席刘永培兼任办事处主任。1935年春，南区革命委员会正宁县办事处成立，黄子文等派郭迁藩任办事处主任，派南区革命委员会财政委员封正宝租杜宛协助，筹建正宁县苏维埃政府。2月，第三路游击队总指挥张仲良派宋飞到赤淳地区开展革命工作，黄子文与封正宝积极协助并予以指导。同月底，在赤淳西区成立了赤淳县苏维埃政府，宋飞任主席。黄子文将有建政工作经验的封正宝留下，任组织部长，协助宋飞开展工作。
同年3月，正当黄子文、张邦英等领导南区党委、革命委员会积极开展各地建党建政工作之际，蒋介石调集陕西井岳秀、杨虎城部、甘肃马鸿宾部、河南高桂滋部，向陕甘边南梁革命根据地进行第二次“围剿”。陕甘边南区党委、革命委员会机关因马鸿宾部围攻而遭破坏，张邦英、黄子文及机关干部与敌人展开了游击战争。
4月，陕甘边区苏维埃政府主席习仲勋委派政治秘书长张文华寻找红一团和淳耀游击队，组织反“围剿”斗争。张文华、张仲良研究，决定将淳耀游击队编入红一团，由黄子文任团长，张文华任政委。后因张文华腿部扭伤，部队由黄子文、张仲良率领向礼泉和彬县出击。在礼泉泾河畔的北平镇，子文巧用“引蛇出洞”之计——让张仲良率部队埋伏于通往叱干的大路两边，又派两名河南籍战士以卖枪作路费为诱饵，托路边小卖部店主找买主，引诱叱干镇民团，将其一举歼灭，获长短枪30余支，弹药若干。这次胜利，一扫战士们失利后的消极情绪，增强了反“围剿”的信心。
接着，黄子文和张仲良又率队北上，配合中宜游击队袭击了柳林西峪民团。随后，红一团北上与杨森的骑兵会合，协同转战，歼灭敌军。由于主力红军和各路游击队密切配合，广大人民群众大力支持，终于粉碎了国民党反动派的“围剿”，壮大了革命武装，扩大了革命根据地。