藤原家族是日本历史上最显赫的家族之一。
藤原家族的始祖是中臣镰足（614年—669年），他是当时日本的实际统治者。7世纪早期，苏我氏完全把持朝政。645年，中臣镰足和后来的天智天皇发动政变，杀死苏我氏的首领苏我入鹿。天智天皇登基后，任命中臣镰足为内大臣。他上任后采取了一系列的改革措施，这就是著名的大化革新。中臣镰足死时，天智天皇赐姓藤原。从此，中臣家族便以藤原为姓。
中臣镰足之子藤原不比等（659年—720年）是采用新姓的第一个人。由于父亲的威望，他在宫廷中取得了很高的地位。他的两个女儿都嫁给了天皇，开始与皇族结成裙带关系。（后文还有详细说明）
但是这时藤原家族只是地位显赫，直到9世纪下半叶，藤原家族才开始操纵政权。
下面所说的几个藤原家族的人物，是在历史上有重要作用的。事实上，藤原家族真正把持朝政的人有很多，就不一一例举了。
藤原良房（804年—872年）是在位天皇的岳父、皇太子的外公。857年任太政大臣。天皇死后，于858年扶立九岁的太子登基，即清和天皇。藤原良房亲任摄政，成为日本历史上第一个非皇族血统而担任此职的人。自他开始，藤原家族把持朝政达300余年。
藤原家族的权力和威望是依靠政治谋略取得的。
第一，藤原家族将他们的女儿嫁给天皇，这意味着藤原氏的姑娘成为皇后，藤原氏的外孙就是未来的天皇。结果，藤原家族的族长，无论在朝在野，都可以左右朝纲。
第二，藤原家族还利用佛教夺权。他们经常以虔信佛教的几位天皇出家修行为范例，劝说有独立思想的天皇不理政务，出世隐退。在其后的两个世纪中，这样的逊位竟达八次之多。
第三，藤原家族丝毫没有忽视为他们的政治权力奠定坚实的经济基础。他们以接受“职分田”、“位田”、“职封”、“位封”和临时赏赐的名义，获得大量土地、劳力和财富，这一方面使土地所有者大大减少甚至完全免除纳税的义务，另一方面又使藤原家族得以将国家钱粮饱入私囊。
这样一来，藤原家族虽然没有推翻或取代皇室，但是已经成为日本的实际统治者。不过，天皇到了法定亲政年龄，是必须结束摄政的，因此藤原良房的侄子藤原基经建立了关白制度。
藤原基经（836年—891年），872年成为藤原家族的首领，四年后任摄政。他为了进一步扩大权力，创立了“关白”官职。“关白”一词出自《汉书》，系“禀报”之意，在日本不久便变为官职之名。这样，藤原氏便开创了日本史上“关白政治”这一特殊政体，即以外戚身份在天皇年幼时作“摄政”、天皇成年后作“关白”的政体。“关白”一职比摄政和首相有着更大的权利，他是天皇的代言人，其地位仅次于天皇。摄政、关白制度在史书上也称摄关制度。
884年，藤原基经迫使阳成天皇退位。887年，非藤原家族皇妃所生的宇多天皇即位，当然不再启用藤原家族摄政，但刚即位的宇多天皇赋予他总揽国政全权，诏书说：“其万机巨细，己统百官，皆先关白太政大臣，然后奏下。”但后来，藤原家族的人实际上被宇多天皇限制了权势，直到藤原基经的儿子藤原时平重新确立起藤原家族的霸权。
最能体现藤原家族势力的人物是藤原道长（966年—1027年）。作为平安中期的摄政，藤原道长的权势极大。995年，他成为藤原家族的首领。1017年任太政大臣，一切朝政均由他的“政所”决定，从摄关家发出的命令作为“政所下文”、“殿下御教书”，取代了“宣旨”、“官符”，朝廷变成仅司礼仪的场所。而此时藤原氏庄园已占全国土地十几分之一，从而扩大了摄关政治的经济基础。
藤原道长有四个女儿被选为后妃，而后一条、后朱雀、后冷泉三位天皇都是他的外孙。他在三十余年的时间里享尽了荣华富贵，他的府邸比皇宫还要富丽堂皇。日本著名古典小说《源氏物语》和《荣华物语》所描写的正是藤原道长醉生梦死的生活。他有一首诗道出了他执政30多年得意的心情，其中一句是：“斯世即我世，我做我所思，皎皎十五月，圆盈无缺时。”
1027年藤原道长死后，藤原家族开始没落。
后来的藤原赖通（992年—1074年）曾任三代天皇的摄政，把持朝政52年，直至非藤原氏女儿所生的后三条天皇于1068年即位，藤原赖通被迫引退。到12世纪，在日本朝廷中终于肃清了藤原家族的势力。此后的日本便是源平二氏之争的天下。
为了巩固自己的地位，前文中所说的中臣镰足之子藤原不比等，把自己的女儿藤原宫子嫁给了天武天皇，701年，宫子生下首皇子。
720年，藤原不比等病故，皇族势力重新抬头，天武天皇的孙子长屋王任右大臣，皇室与藤原家族形成对立的两派。724年，首皇子即位，即为圣武天皇（701年—756年，在位724年—749年）。但圣武天皇不是从天武天皇处继承皇位的，中间还有元正天皇，这是个女天皇，她是首皇子的姑姑。
在圣武天皇即位前的716年，藤原不比等把自己的小女儿光明子嫁给首皇子做皇妃，于是藤原不比等既是首皇子的外祖父，又是他的岳父。（这种“乱仑”的情况在日本皇家历史和藤原家族历史上很多。）
727年，光明子诞生皇子，随即立为太子。藤原不比等于是想立光明子为皇后，但当时，非皇族出身的人不能立为皇后，这种做法是有违祖制的，因此引起朝中大臣对藤原氏的非议和不满。反对藤原氏的势力聚集在长屋王周围，长屋王同藤原氏成了死对头。
不料，一年后，皇太子生病夭折，那时藤原不比等已经去世，他的二儿子藤原房前无中生有地诬蔑是长屋王咒死了小太子。729年，在藤原家族的精心安排下，诬告长屋王密谋造反。长屋王在悲愤之下，全家自杀身亡。长屋王一死，朝中无人敢于和藤原氏作对。藤原房前乘机立光明子为皇后，光明子的四个兄弟也都把持了要职。藤原不比等的这四个儿子形成藤原氏的南、北、京、式四家，以后轮流执掌了朝廷大政。不过，只有藤原房前的北家（也就是藤原房前这一宗）长年不衰，其余三家逐渐退出历史舞台（实际上，这也有藤原家的四家分支互相争斗、互相倾轧等因素）。
749年，圣武天皇宣布退位，出家为僧，法号“胜满”。752年，圣武天皇率文武百官出度东大寺卢舍那大佛开光典礼。754年，鉴真和尚东渡日本，在东大寺为他授戒。两年后圣武天皇病逝，光明皇后把他所藏的一万多件文物捐献给东大寺。
藤原氏趁此机会东山再起，光明子立自己的女儿为天皇，称孝谦天皇，光明子也就成为光明皇太后。后来，这个孝谦天皇让位给淳仁天皇，不过几年后发动政变，重新当了天皇，也就是称德天皇。因此，孝谦天皇和称德天皇是一个人，都是光明皇太后的女儿，也就是兼有皇家和藤原家血统的天皇。
淳仁天皇退位也与藤原家有极大的关系，事实上这一事件更像是藤原家的内讧。有兴趣的朋友可以找相关资料阅读，因为事件很复杂，在此不枝蔓了。
藤原不比等去世后，藤原氏并没有因此而没落，反而更加兴盛。原有的权势被一分为四，这被均分之后的四份权力被藤原不比等的四个儿子分别把持，这四人是：长子藤原武智麻吕、次子藤原房前、三子藤原宇合（他是日本第8次遣唐使的副使）与未子藤原麻吕，这四人被称为藤原四家，即南家、北家、式家、京家。
在最初，这为藤原家最终一揽朝政奠定了基础，是保证藤原家权势的好办法，毕竟，如果四家合心，可以形成联合。但是，没过多久，四家间便互相争斗，某一家式微的时候，其余的分支竟然趁机崛起。就这样，到了后来，只剩下北家一枝独秀。
实际上到了藤原基经创立摄政关白制度的时候，已经基本上是藤原北家的天下了，也就是说，此后的“五摄家”其实就是北家分家。
藤原忠通于1128年—1129年、1149年—1150年两次出任关白，在他之后，藤原家就出现了“分家改姓”的状况，藤原家（实际上是北家）分成了五家：一条、二条、九条、近卫、鹰司。历史上称“五摄家”。
这五家都是源出藤原氏，都有资格当关白。后来的关白和摄政之位就在这五摄家轮流交替，直到明治维新后摄关制度被废除为止，大致有150多代（详细数字统计不出，因各家史料互有矛盾，而且有些人做过两任关白，实在难以统计。本文只说个大概）。
在日本历史上，仅有两个不姓藤原而当上关白的人，他们就是丰臣秀吉与丰臣秀次，但是由于丰臣秀吉是认了近卫前久（1852年关白）当干爹，因此才有身份当关白，所以严格认定起来，丰臣秀吉也是以“藤原家养子”的身份才取得政治势力的。
在近代，藤原家族依然活跃在日本的政治、经济、军事舞台，据说，有很多政治人物或财阀都是藤原家后裔，但是，由于分家改姓，已经看不出他们的谱系了，在网络上，有很多朋友做过这方面的考证，感兴趣的朋友可以搜寻有关资料。