延安成了中共中央所在地和陕甘宁边区的首府，共国两党实现合作抗日建国，蒋介石的国民政府承认陕甘宁边区作为国民政府管辖的一个特区。但是蒋介石并没有放弃吃掉共产党，取消边区，消灭革命力量的野心。陕甘宁边区四周国民党军驻扎得满满的，对边区形成包围态势。蒋介石将较同情共产党的东北军、西北军调离陕西，把他的嫡系胡宗南调来陕西布防边区南面，西边有马鸿逵，北面有二十二军和傅作义的军队，共约30万兵力，东面日军陈兵黄河东岸，虎视眈眈。中国共产党也清楚地认识到实现国共合作，巩固和发展统一战线，保卫中共中央和抗日民主策源地——陕甘宁边区的安全，并“造成抗日和民主的模范区”，没有强大的武装力量，没有枪杆子是不可设想的。正如毛泽东说：“枪杆子里面出政权”。“军人是国家政权的主要成分，谁想夺取国家政权，并想保持它，谁就应该有强大的军队。”高岗在边区工作中把毛泽东的这一英明论断落到实处。
1937年7月17日开始，国民党以蒋介石、张冲、邵力子为代表；中国共产党以周恩来、博古、林伯渠为代表，经过多次谈判均无结果。在上海吃紧的情况下，蒋介石被迫同意中共的条件，最后在庐山达成协议，将工农红军改为国民革命军第八路军，隶属国民党军委会。中共中央军委于8月25日发布命令，红军改编为八路军(后称十八集团军)，下辖三个师，即一一五师、一二0师(以陕北红军和一方面军部分改编的)、一二九师，共4万多人(一说3万多)，实际大于这个数字。红军改为国民革命军八路军时，一些人对更换着装、领章、帽徵等接受不了。高岗亲自给一些干部战士做工作。他说：“我们共产党和红军，要解放全中国是实质，是红军的目的，改个名堂，换个帽子，变不了我们的心是红的。为了打日本，救中国，改个番号，换个着装，有利于抗战，没有改变性质，别在感情上通不过去……”
红军主力改编时，将一部分地方武装改编为八路军和充实了主力，其中有些作为八路军留守处部队，一部分改编为保安部队。但是，八路军主力改编后，开往抗日前线作战，边区的留守处部队(一二九师的七七0团，一二0师的七一八团)和保安部队，数量少，装备差，素质低，而任务却很繁重，远不能承担后方保卫的任务。当时，国民党政府不给留守部队番号，也不委任领导，企图取消边区的武装力量。
1937年5月，陕甘宁特区成立，中央军委决定成立保安司令部，任命高岗为司令员。9月6日，陕甘宁边区政府成立，保安司令部正式对外宣布。高岗仍任保安司令部司令员、政治委员兼公安处长，谭希林为参谋长，吕振球为政治部主任，统领地方武装和保安部队。
从此，高岗担任着用枪杆子保卫党中央、保卫边区、保卫革命胜利果实和人民既得利益，保卫抗战大后方建设的重任。他根据毛泽东“重新编制保安部队，肃清汉奸和捣乱分子，造成抗日和民主的模范区”的指示和洛川会议决定“扩大红军”的精神，集中全力抓紧整顿和扩建保安部队，加紧培养训练，提高战斗力，以适应大部队开上前线后，加强巩固抗日根据地需要，着手发动群众，动员参军，扩大八路军留守处部队和保安部队，改造赤卫军组织。其间，收留一部国民党军一些散兵游勇和小股起义队伍，扩充红军。如高岗派慕生忠到绥德收编国民党吴堡一支暴动队伍，时自称“黑军”(内有各联保武装)遂改编为抗日游击队并委任领导。
他按照地方部队、游击队和警卫部队的战斗力和政治素质等情况，分别改编为保安基干大队、县保安大队和警卫队。首先组建起关中、庆环、三边、神府和延属等保安司令部(后称警备司令部)和10个基干保安大队，23个县均建立保安大队和若干警卫队以及加强骑兵团、教导营等部队，还整组起3万多人的一支基干自卫军。
保安部队肩负着肃清边区内土匪、汉奸，保卫党中央，保卫边区，保卫人民生命财产安全，并随时准备同日军作战的任务。他们除了独立作战以外，还承担配合八路军作战，为八路军留守部队输送干部和战士的任务。
1937年冬，为适应剿匪和抗战的需要，党中央将边区地方部队统一整编为8个警备团和骑兵团，以利指挥和扩大队伍。之后在绥德、佳县、吴堡、清涧等地设警备司令部。八路军留守处改为留守兵团司令部(对外仍称留守处)。留守部队扩编2500人，高岗从自卫军动员一些人参军外，大部分是保安部队输送的。同时，保安司令部决定：扩充保安队4000人，从11月开始到12月中旬完成任务。边区第二次党代会上又作出扩大3500名军队的决议。到1940年保安部队和留守部队达3万多人。这支部队参加战斗都与保卫家乡相联系，多数打仗在本地区，人情地形熟悉，便于发挥优势，战斗力较强。所以，保安部队是地方政权的直接依靠力量，为巩固政权，保卫抗日民主根据地模范区建设，维护社会秩序发挥了支柱的作用。
1938年1月28日，高岗向中央书记处报告了保安部门和部队整顿的情况。毛泽东听后指示：保安部队应受保安司令部统一指挥。在组建保安部队的同时，加强自卫军的建设，高岗亲自主持起草，经边区党委作出《关于改造赤卫军的决定》，指出将原来赤卫军改编为抗日自卫军。他还制定《陕甘宁边区抗日自卫军组织条例》，由边区政府和保安司令部联合发布命令，颁发了《条例》。条例明确规定，“抗日自卫军系边区内半军事性质的群众性抗日武装组织，同时是抗日的后备军。”配合保安部队或单独负责消灭汉奸、土匪，搜索零星土匪，捕捉侦探，担任警戒，设置盘查哨，侦察敌人，递送情报，进行抗战训练，战时担负有关军事工作。
自卫军组建以延安县为典型，5月间，举行了自卫军检阅，3000多名自卫军参加，高岗在检阅会上作了报告，宣布了《条例》和《决定》。
自卫军以班排连营建制，以营为最高单位。每个自卫军队员都自备一件武器。保安司令部给发一部分枪支等武器，到1938年底，参加自卫军的人数达22万之众。其中组建了3万人的模范自卫军和4万基干自卫军。全边区的村、乡、县都建立起自己的自卫军组织，并给前方部队和留守处部队输送了7000多名战士。之后，又组织起少先队28万人。参加自卫军和少先队的人数占全区总人口的四分之一，真正做到了全民皆兵，召之即来，来之能战。到抗战后的45年全区有3万人参军作战。
在大部队开赴前线的情况下，这支强大的地方人民武装力量，既是保卫边区安宁的主要支柱，又是我党独立自主、统一战线和巩固政权的基础，也是抗日武装力量的一个重要组成部分。
为了提高保安部队和自卫军的战斗力和政治素质，保安司令部加紧进行练兵习武，提出“任务重于生命，服从组织第一”的口号。采取官教兵、兵教官，互教互学的群众路线训练方法，经常整顿组织、政治教育和军事训练，不断提高军事素质和政治觉悟，加强了纪律性。在自卫军中重点培养了基干自卫军队，使之平时维持地方秩序，参加生产，战时配合部队打仗，有时完全脱产，随部队战斗，既是战斗队又是生产队。保安部队和这样一支强有力的地方“土八路”，经过整组训练，组织性、纪律性和战斗力不断提高，从抗战开始，到抗战胜利的艰苦岁月里，这支部队在配合主力部队，打击日寇，保卫边防，保卫河防，反击摩擦，保卫政权和剿匪肃特、维护地方治安等方面发挥了重大作用。保卫了大后方，支援了大前方。正如陈云说的“现在的陕甘宁边区，如果没有留守兵团和保安部队，我们也就不能在这里存在，早就被人家赶跑了。”他还说：边区的群众是有革命传统的，对党中央是全心全意拥护和支持的，有很高的政治觉悟和抗日热情。但是，“我们要注意群众的切身问题，帮助他们解决困难，这是发动群众的关键。”“群众切身利益解决不好，扩大军队就困难，甚至会影响军队的巩固。”
为了发展和巩固武装，在边区党代会和参议会上，高岗主持起草并拿到会上讨论通过了：关于根绝土匪、汉奸、扩大地方武装案、拥护八路军的决议，优待抗日军属案等法规文件，为发展和壮大武装部队提供了法规依据。
1942年5月中央军委决定在延安成立陕甘宁晋绥联防司令部，统一陕甘宁绥和晋西北两个区域的军队指挥。贺龙任司令员，高岗任副政委，代理政委(政委关向应养病)，徐向前任副司令兼参谋长，林枫任副政委。一二0师、留守兵团、晋西北新军、三五九旅、边区保安部、炮兵团等统归联司领导和指挥。保安部队编人正规部队，在边区的总兵力近4万人。6月又成立陕甘宁和晋西北两地区财政经济委员会，高岗任财委委员，主任林伯渠。中央规定联防司令部和财经委员会的职能：一、统一晋西北与陕甘宁绥两个区域的军事指挥和建设；二、统一两个区域的财政经济建设；三、统一两个区域的党政军民关系。
9月，陕甘宁边区军内着手精兵简政，统一军事指挥，中央军委决定八路军留守兵团和联防司令部合并，(对外只称留守兵团司令部)，由西北局统一领导。肖劲光任司令员，高岗任政治委员，张经武任副司令，方强任副政委，曹里怀任参谋长，莫文骅任政治部主任。毛泽东对留守兵团评价说：留守兵团在边区即抗日根据地发挥了重要作用。我们中央这些人“要靠留守兵团吃饭呐！”“鸟有窠，毛毛有摇篮，革命要有根据地。”他还对莫文骅说：“部队在边区，就要和高岗搞好关系。”
为了积蓄抗日反攻力量，留守兵团司令部管辖部队不断增加，1943年，中央军委调回边区有三五八旅、独立一旅、新四旅和抗大总校、七分校，部队人员新增加3.5万多人。10月，西北局、联防司令部召开高级将领和军事干部联席会议，毛泽东、朱德、高岗、林彪先后在会上作了报告。
1944年6月，又从前方调来教导一旅和教导二旅，统归联防司令部统一指挥。至1945年联防军发展到76000多人，成为边区强有力的部队。
陕甘宁晋绥地区部队实行统一指挥后，联防司令部抓紧部队的军事训练、政治教育，培养军事骨干，积极为反攻准备，迎接最后胜利。抗战胜利后，大批部队调往他地，接收新区。
八年抗战期间，八路军留守处和保安司令部在边区党委(后为中央局)的领导下，认真贯彻了毛泽东的建军路线，坚持用马列主义、毛泽东思想武装部队，以学习“朱德射击手”、“贺龙投弹手”、“高岗刺杀手”为主要内容，对部队进行实战训练，指导部队军事建设。1944年9月中旬，延安召开留守兵团学习模范和战斗英雄代表会议，高岗在西北局招待英模代表的会议上发表讲话。26日，高岗陪同毛泽东、贺龙、陈毅、林彪、聂荣臻等及美国军事观察组鲍瑞德等，在延安东关大操场观看留守部队模范代表投弹、刺杀、射击等七项军事技术表演，受到毛泽东和各位将领及美国观察组人员的赞扬。边区和其他根据地比较，战争相对少些。但是练兵习武，军事训练相对多些。高岗经常亲自到练兵场传授和指导投弹、刺杀、射击等技术。
边区军事走的一条由自卫军、民兵——地方部队——主力部队的逐步升级的道路，使部队不断壮大，战斗力不断提高，为保卫边区、保卫西北做出贡献。
高岗在陕甘宁边区武装建设上，从1927年大革命失败以来，殚精竭虑，付出了极大心血，是个“枪迷”，“兵贩子”驰名中国。在经费上给予保障，抗战时期军费占边区经费将近一半。
陕甘宁边区这块热土，不仅是培养干部的摇篮，也是人民军队走向全国，走向胜利的策源地。从1937年八路军由陕甘根据地出发，到1945年日本投降，我军开辟了华北、华东、华南敌后战场，包括陕甘宁母根据地在内，创造了20个抗日根据地，遍及全国19个省区，到处都有陕甘宁边区出去的党政军和经济领导、骨干，军队发展到120万。阎锡山惊呼道：“我们抗光了，八路军抗大了！”
1937年冬，日军侵占大同，在忻口战役中，阎锡山的军队一触即溃，11月太原失守，接着临汾等地沦陷，并形成向绥远、宁夏进攻态势。阎锡山慌忙逃到陕西宜川秋林躲避。高岗根据毛泽东指示，立即进行直接抗战准备动员。
1938年，日本军占领晋西北后，在飞机、大炮掩护下，企图渡河西犯。驻绥远日军伺机向伊盟进犯。河防吃紧，边区危险，为了保卫千里河防，保卫两千里边防，保卫抗日根据地，中央军委命令，边区保安司令部和留守兵团司令部合署，保安部队归留守兵团司令部统一指挥。合署后，执行超越地方性的作战计划，和留守部队一样参加对日作战，保卫边防、保卫河防，并为开赴前线的主力输送兵员和担负“培养和积蓄军事干部”的任务。
为保卫后方的安全，保安部队在留守部队和抗日自卫军的配合下，以强大攻势进行剿灭土匪战斗。先后消灭边区境内土匪四十多股(内彻底消灭36股，击溃10多股)，4000多人，其中毙伤300多人，缴获步、马枪1700多支，机枪10多挺，炮2门，子弹7万多发，还有战马及其他物资，武装了保安部队，边区境内匪患肃清。
1937年秋，三边地区土匪借日军在绥蒙进犯之机迭起。惯匪张廷芝和范玉山、薛子茂等匪徒，所到之处，抢劫财物，强奸妇女，给人民群众带来沉重灾难。张廷芝属国民党陆军八十四师高桂滋部下，不思抗日，复叛为匪，在青阳岔袭击红军一个营和骑兵团，然后流窜到三边捣乱。党中央和毛主席命边区保安司令高岗兼任剿匪司令，并命骑兵团从洛川开往三边剿匪。团长兼政委孔令甫带骑兵团经过几天急行军到达张家畔见到高岗，遂率部向定边、盐池进发，在官滩一带消灭了一股匪徒，残部逃人马鸿逵统治区的白土岗等地。之后，张廷芝匪部被我包围在西八蜡梁，土匪惊恐万状，把所带东西全部丢掉，拼命轻装突围，被我打死打伤一部分，未彻底消灭。部队跟踪追击到定边的劳湾村住宿，高岗对指战员讲，今天打的不解恨，大家不要气馁。要鼓足勇气，要有信心，一定能够消灭这股土匪，活捉土匪头子。第二天，高岗率部追击到定边堆子梁，白泥井，后在安边北面的仓房梁寨子把敌人包围住，围困了两天一夜，敌人挖洞乘夜逃跑时，受到我军沉重打击并追至靖边柠条梁，又将敌包围，骑兵团和警备团东西对进，四面合围，先后歼灭400多人，缴枪500余支，战马100多匹，这次对张廷芝匪部的重大打击，使其溃不成军，残部龟缩进安边城里，再不敢轻举妄动了。是年9月，高岗率部在志丹县对该县境的股匪王子义、李天才、金林等进行围歼，毙伤俘敌200多人，其余溃散残匪逃离边区。
10月底至11月初，高岗率部从安边地区对绥远的范玉山、薛子茂等流窜到三边的土匪接火追歼，一直追到横山县的冷窑则，活捉薛子茂夫妇，毙伤俘匪徒百余人，缴获弹药、枪支、战马，残部逃往榆林等地。
三边剿匪任务完成后，部队到定边休整，盐池、定边两县政府和各人民团体敲锣打鼓、抬着猪羊和衣物等慰劳部队，高岗司令代表全体指战员表示感谢并讲话。
高岗指挥剿灭土匪时，在三边、伊盟等地组建起自卫军近万人，基干自卫军近2000人，定边、靖边、盐池等县都建立了保安队，队员达280人，维护这一带地方治安。1938年春，高岗命保安队对黄龙地区、安定地区的股匪进行剿灭，取得胜利。
经过两年来反复剿灭，边区土匪绝迹。林伯渠在边区第一届参议会报告中说，现在我们可以说，边区内部的土匪已告肃清了。这不能不说是“一个伟大的胜利”。
在三边地区剿匪斗争取得胜利时，中央针对太原被日军侵占后，绥远更加紧急，内蒙地区人民动摇不定，有的地方在汉奸日特的活动下，蒙奸德王和日特策划成立“内蒙自治”傀儡政府，一些人已经倾日等情况，为稳定内蒙，镇定人心，发动“抗日保蒙”运动，1937年11月16日毛泽东致电高岗：
高岗同志：
(一)太原失守，绥远更加紧急，内蒙各旗蒙区，有的已动摇倾日，有的徘徊无主，日寇正利用德王及沙王企图造成内蒙傀儡政府。归绥包头 失守后，马占山等部，结集五原附近，如日伪再西进，恐难维持。目前形势仍需我们有一支骑兵北出蒙古，以便镇定人心，联络各旗，开展游击战争，保卫三边。
(二)因此决定你为八路军骑兵司令，率骑兵团及蒙汉支队北出东西乌审旗、鄂托旗一带，行动于三边以北及沙漠以南，其任务：
甲，以“蒙汉两民族团结一致抗日”、“保卫绥远”的口号去发起与奔走各旗王的联席会议，做到伊克昭盟各旗上层的抗日统一战线，团结抗日。……
乙，……发展独立自主的群众游击战争，来打击日寇的进攻。
(三)省委蒙民部最大部分工作人员必须跟你进入蒙地工作，定边只留一、二人，任招待联络之责。
(四)骑兵团及支队，经过数日整理动员及准备工作后，即可出动，如无皮衣可从北税局拨2000元购买皮衣。
毛(泽东)洛(甫)肖(劲光)
高岗接到毛泽东主席的电报，积极筹备北出蒙地，开展游击战争，联络上层，团结下层，打击敌人，“镇定人心”。但因情况不明和人畜的粮草和冬衣一时无法解决而未成行。
1938年1月中旬，中央决定成立陕甘宁边区联防军司令部，高岗任司令，他先后两次到榆林，和二十二军协商联防问题。20日，中央书记处给贺龙、关向应并朱德、彭德怀、任弼时关于蒙古混成旅和联防问题工作意见中指出：“内蒙工作及榆林一带友军联络工作，均由高岗同志到榆林负责主持。”高岗根据中央指示，到榆林磋商军事和设办事处等问题。这年春节高岗在榆林过的，他和高双成、邓宝珊就共同抗日，红白两军互不打仗和延安在榆林设办事处等问题谈判，达成共识和协议。高岗返回延安汇报后，中央决定将少数民族工作委员会(高岗离开定边后，少工委归三边特委领导)改为驻榆林办事处，由白坚、高增培、曹动之带领机关人员到榆林，高双成通知上峰不同意在榆林设共产党办事机构。白坚留下继续交涉，高、曹带工作人员(20多人)返回靖边县。
是年5月，高岗二次到榆林同邓宝珊、高双成商谈统战和加强边防工作，因高岗曾在延安高双成部任过司书，有很多熟人，高岗到榆林后，受到邓、高的热烈欢迎，并同高双成等研究防御日军入侵陕北的问题。在这次访问中，高双成召集国民党驻榆林城内几千官兵于大操场，邀请高岗讲话。高双成握着高岗的手，并肩走进会场，对官兵说：“这就是同我们打过几年仗，现在和我们是朋友的高岗先生，欢迎给我们讲话。”高岗向全体官兵发表国共团结抗战，枪口对外的讲话。他首先分析了全国反法西斯战争形势和日军侵占东北、华北后大步西犯的危险态势。他强调：中国人民要紧密团结起来抗击日军，齐心协力，众志成城，一致御敌，把倭寇赶出中国。他讲了抗战的有利条件，中国人不可侮，最后胜利属于我们。日本帝国主义，亡我之心最终要失败的。他指出，当前我们借黄河屏障御敌西犯，我们团结一致，坚决抵抗，不让日倭践踏陕北一寸土地。他的讲话激发了官兵仇恨日本侵略者，坚持抗战到底的信心，为捍卫河防和保卫伊盟边防打下坚实基础。一直到抗战胜利为止，边区和榆林保持团结一致，配合作战，共同抗日。邓宝珊三赴延安，受到党中央、边区领导毛泽东、高岗等热烈欢迎，设宴招待。
高岗亲自陪同邓参观抗大、陕北公学、工农业展览，邀请出席劳模大会。高岗同邓多次会谈，商讨民主建国和抗战防务，取得共识，使邓每次怀着赞叹与欣慰之情离开延安。
1943年夏，国民党借第三国际解散之机发动第三次反共高潮，遂召陕蒙总司令邓宝珊去重庆，面授反共事宜，并指定他绕道宁夏、兰州到重庆。邓对指定路线极为反感，他说：“我偏要走延安这条路。”他决定取道延安后，高岗指示沿途地、县热烈欢迎。邓到边区境米脂县城，绥德地委派杨虎城之子杨拯民前去迎接入境。邓宝珊到绥德，地委书记习仲勋主持欢迎会，吴、清警备司令徐向前致欢迎词。6月中旬，邓到延安，边区组织千余名战士到郊外列队欢迎。当天，毛主席在杨家岭中央礼堂设宴为邓洗尘，高岗等作陪。中央和边区先后派周小舟、肖劲光、袁任远、杨明轩、曹力如、黄罗斌等到榆林多次协商边防抗战问题。当时在国民党军营房里，挂着蒋介石的画象。据胡景通回忆说：随周小舟的通讯员年龄不过14、5岁，高双成的副官指着蒋介石的像问：“你看蒋委员长好，还是毛主席好？”红小鬼说：“都是我们的抗战领袖。”副官又问“你们在延安生活很苦吧？”红小鬼说“我们精神很愉快。”在国共合作的抗战时期这个娃娃语言得体，双方无损。这充分说明在延安这座革命熔炉里锻炼出来的人，抗日统一战线深入人心，高尚的革命情操，使那位副官很钦佩。他对别人说：“这个小鬼回答问题，我们成年人也答不出来，共产党的教育真了不起。”
日本侵占了山西以后，向晋西北晋东南挺进，在黄河东岸摆了4个师团，企图西渡，突破西北大门，占领西北。边区军民在剿匪除奸，打击顽军进攻的同时，在陕甘宁边区所辖区域从宜川到神府一线近千里的河防地区各个主要渡口驻守几个团兵力，并成立神府和两延(延长、延川)河防司令部，严阵以待，抗击日军西犯。日本侵略军曾在河防阵地发动了几十次进攻，其中大的有20多次，每次出动兵力两千至一万之众。沿河军民响应高岗在1938年延安召开的留守兵团、保安部队领导联席会议上提出“不让日本鬼子侵占边区一寸土地”的号召，奋起反抗，击退了日军的进攻。1938年3月、5月，39年1月、6月、10月、11月，40年3月，我先后7次渡河同晋南日军作战，消灭大量日军，先后组织两万多人参加担架、修工事及近2万头牲畜运送粮草、物资，支援部队，粉碎了日军西犯的计划。
1939年6月，日军以一个师团的兵力向晋西北进犯，占领柳林、军渡等河东沿岸，虎视眈眈，并以大炮、飞机轰炸河西的宋家川等地区，沿河日夜侦察渡口，妄图渡河进攻边区，占领西安乃至西北。高岗命令地方武装部队和自卫军积极配合留守部队准备对日作战，组织大批人员和牲畜，渡河支援山西前线抗战。为缓减河西岸被突破的危险，还组织部队过河配合主力袭击柳林日军，胜利而归。
7月7日，延安军民举行抗战两周年纪念大会，高岗在会上发表纪念讲话，强调指出，要贯彻党中央“7·7”宣言，坚持抗战，反对投降，坚持团结、反对分裂，坚持进步，反对倒退，为克服国民党的投降反共逆流，争取时局好转奋斗！同时，朱德、彭德怀、高岗等联名向南京各负责人和全国各将领、战区负责人、各党派、各界同胞，发出通电，表明了八路军全体将士抗战的决心，揭露汪精卫等背叛民族，投降日本，反对共产党、八路军，分裂团结的罪行。边区党委发出《纪念抗战两周年告全边区民众书》，要求边区军民加紧保卫边区的战斗准备，粉碎投降妥协阴谋，打退日军新的进攻。
为准备应付突然事变，中央军委急调三五九旅由华北开赴绥德、米脂、佳县、清涧、吴堡等地区加强军事力量。高岗带副官吴瑞旺等一行5人，从延安出发，经宜川、延川、清涧、绥德、吴堡县等沿黄河西岸，视察了河防部署，视察部队驻守阵地。在河口、枣林坪、宋家川等地召开干部会议、军人会、民兵会和群众会，号召河防地区党政军民紧急动员起来，同心协力，一致抗战到底。不让日本鬼子过河侵占一寸土地，为保卫党中央、保卫陕甘宁边区，保卫大西北安全而不惜一切代价。他在视察中发现个别布防不当的，随时随地和地方党委、河防司令何长工、陈奇涵等驻军领导共同研究方案作出新的部署。到清涧野战医院和沿路看望慰问了从山西转移来的伤病员，向他们询问病伤情，了解膳食和医药治疗情况，勉慰他们安心养伤治病，并要求医护人员和伤病员住户，“要对伤病员护理好，要象一母同胞对待”。他说：“这些伤员是为消灭日本侵略军而受伤的，想尽办法搞好护理，搞好伙食，使伤病员早日恢复健康，重返前线，保卫河防不受侵犯。没有他们流血受伤，我们的河防就没有保障。”高岗视察，对当地驻军、群众鼓舞、教育很大，原来有个别住户不愿接护伤员，听了高岗讲话，抢着接护伤员，把好窑洞让给伤员住，好食品给伤员吃。沿河防军民众志成城，坚决阻击，在晋军民的配合下，佳县、府谷、吴堡、延川、延长等沿河防打退了日军的70多次的进攻，使千里河防，固若金汤，保卫了抗战总后方。褒扬革命烈士，弘扬革命精神，为反攻日军进行思想教育。在定边建立一座烈士纪念塔，高岗亲手题写了“革命烈士纪念塔”七个大字。1943年4月，高岗的亲密战友刘志丹灵柩从瓦窑堡运往志丹县。途经延安时，高岗等延安万人上街迎灵。23日在延安广场举行1万5千人的公祭大会，高岗出席公祭并报告志丹的生平史略，送了挽幛，挽词“患难共十年，尝胆卧薪，坚持革命为党国；永别七年，抗战御侮，继承遗志建边区”。随后，志丹灵柩运抵志丹县安葬。高岗、张秀山、刘景范等陪灵到志丹县。于5月2日在志丹县举行万人公祭大会，高岗再次介绍了志丹的生平。
4月24日，《解放日报》发表了高岗《向刘志丹同志学习》的“代论”文章，文章中说：“志丹同志被公认为西北党和西北人民的好领袖。他是陕甘苏区和红军的创造者。他深谙战争的艺术，特别擅长运动战和游击战争，是西北党的军事家。
“民国二十五年，志丹同志奉党中央命令，率部东征，北出佳吴，由神府渡河南下，击败了黄河两岸阻挡红军抗日前进道路的军队不下数十营团，威声大振，不幸于同年四月中旬，志丹同志在强攻三交坚固工事的战役中负伤阵亡。志丹同志之死，实是我西北党的重大损失。
“志丹同志在十余年奋斗史中，曾经数次失败，然而他一心为党为国，从不灰心。……不屈不挠，继续与反革命作无情的斗争。记得志丹在彬县曾遭军阀苏雨生逮捕，在反动的法庭上，志丹同志坚持革命气节，抵抗反革命的审判。……当我去探问时，他笑着说：‘坐监狱等于休息罢了。’在监狱中，他仍暗中策动同志继续革命工作。当反革命一度判决枪毙他的时候，他毫无畏惧，并委托同志说：‘你告诉高岗……我遭毒手，要死就死，绝不会连累任何同志，叫他自己小心。’
“志丹同志是西北党的领导人，他一贯地代表着西北党的正确路线。他曾经反对叛徒杜衡等的‘左’倾机会主义。大革命失败后，西北城市青年学生的革命斗争，曾经停留在喊口号，贴标语，闹学潮，游行示威等斗争形式上面，而不知深入农村组织武装力量，于是一批批的青年学生被反革命屠杀监禁。志丹同志当时批评这种斗争方式说：这等于蒙古人向喇嘛跪求布施。志丹同志之所以这样批评当时的斗争方式，因为他从多次失败与胜利的斗争中，逐渐体验到了枪杆子和农民结合起来这一真理。他认为：中国革命的成功要靠枪杆子。枪杆子要靠农民。……西北党内曾经有人反对志丹同志，说志丹同志这一主张是‘机会主义’，事实证明：志丹同志的方向是正确的。志丹同志的方向是西北人民的方向。而反对志丹同志这一方向的，恰恰就是真正的机会主义者。
“志丹同志临死时……他除遗给我们的革命财产——边区而外，自己只剩下一个破被袱，一身破大衣，一个纸烟盒子，六根纸烟和几份被翻得烂熟了的党内文件。志丹同志一生为党为革命奋斗，从不想到个人利益，他不计较职位的高低、工作的轻重。党派他做任何工作，无不赴汤蹈火以完成任务。他胸襟宽大，坦白自如，大公无私。遵守党的铁的纪律，是我们党坚强的布尔什维克干部。
“今天纪念志丹同志，我们要向志丹同志学习，学习志丹同志对党对革命的无限忠诚，学习他再接再励百折不悔的革命毅力；学习他眼睛向下，实事求是的工作作风；学习他同群众密切的联系；学习他的艰苦和遵守党纪的模范。”
“我们秉承志丹同志的遗志建设边区，坚持抗战，巩固与发展我们的革命事业。”为纪念革命烈士，高岗提议保安改志丹县，安定改为子长县后，在1944年1月1日他提议、经西北局、边区政府决定，将绥德分区西川办事处改设子洲县，以纪念烈士李子洲。
1939年前后，抗战进入相持阶段，特别山西被日军侵占后，边区军民以黄河为屏障顶住了日军西渡。国民党大批军队从前线撤退下来，向抗日总后方——陕甘宁边区发动进攻。由原来的保安队和旧政权制造“摩擦”变为正规军进攻，掀起第一次反共高潮。
当时，陕甘宁边区所辖范围内，一些地方存在着国共双重政权的特殊情况。原来一些地区国民党部队撤走了，旧政权和党部依然存在，还保留一些保安队。八路军留守部队和保安队进驻后，建立了抗日民主政府和抗敌后援会。旧的政权仍秉承国民党的旨意，到处制造“摩擦”，向我驻军进攻，压制群众的抗日运动，打击抗日力量，唆使地主势力颠覆民主政府，捣毁抗日组织，进行反攻倒算，收回分出的土地、财产，逼迫归还已废弃的旧债。日本汉奸武装，国民党特务和被打击的反革命分子、地主恶霸分子等纠集一起，流窜各地打家劫舍，奸淫掳掠，无恶不做。他们暗杀中共党政军工作人员，勾结伪保安队袭击八路军，围歼抗日自卫军，捣毁地方政权，大肆诬蔑中共和八路军，破坏两党两军的关系，挑拨我党政军和群众的关系。在旧政权的阴谋策动下，边区摩擦日益加剧。
1938年5月，国民党旬邑县长李笑然借故枪杀八路军工作人员，还反咬一口，向国民党西安行营谎报“八路军包围县城”，并私自调集伪保安队驱逐当地八路军。富县党部指导员范文龙放黑枪打死我看守所长。7月，国民党米脂县长刘学海和县党部指导员王道之，指使部下伪造陷害“八路军信件”，挑拨两党关系，破坏团结，改组抗敌后援会，下令驱赶八路军。清涧县长强迫取消青年救亡活动。吴堡县国民党保安队无故逮捕八路军残废人员。7月12日，新上任的旬邑县长张中堂，调集伪保安队七八百人，向八路军独立营发动进攻。包围殴打驻土桥镇的八路军的残废人员，并枪杀了9名残废人员。国民党安定县长田杰生非法捕捉八路军工作人员，阻挠抗敌后援会工作，绑架我安定县长薛兰斌，调动伪保安队400多人威胁我瓦窑堡驻军，延川县政府被伪保安队袭击。
特别是武汉被日军侵占，正在趾高气扬时的日军在台儿庄战役受到打击后，基本停止了向国民党战场的战略性的进攻，日军将其65％的军事力量和95％的伪军力量转移到解放区战场。其时，汪精卫被日诱出重庆，在南京成立伪政府，实行民族欺骗政策。国民政府反共活动逐步升级，蒋介石继续按他的“日本人是癣疥之患，共产党是心腹之患”的政策，秘密颁布了《异党问题处置办法》等文件。国民党五中全会上通过了“溶共、限共、防共、反共”的决议，成立了“防共委员会”，制定了一系列的反共具体政策，把他的政策重点变成消极抗战，积极反共。反共摩擦日趋严重。在陕甘宁边区由旧政权制造的摩擦转向正规军进攻。胡宗南的20万部队更是有恃无恐，拥兵恃重，借口西安事变前，关中一带是东北军驻防区域，应再归国民党军队驻守。1938年至1939年，在关中地区发动武装进攻20多起，拘捕我党政人员26人，暗杀23人，驱出19人。同时阻挠我征粮和其他事件时有发生，共计达130多起。国民党不仅到处制造“摩擦”，发动军事进攻、封锁，而且在一些县设立县党部，扩建保安队。在陕北设绥德、富县警备区，绥德成立专员公署并派专员，专门和共产党、八路军作对，严重地干扰破坏边区的安宁，影响团结抗战方针的贯彻。12月25日，朱德、高岗等对国民党军在边区制造摩擦，挑起事端的行径通电全国，反对枪口对内，进攻边区。通电揭露了敌人在宁县、镇原、富县、靖边、安定等制造摩擦的事实，呼吁停止对边区的进攻，取消《限制异党活动办法》。月底，高岗向中央书记处汇报反摩擦的情况。
绥蒙地区顽固派到处制造“摩擦”，我工委负责人受王明投降路线的影响，放弃了独立自主原则，把后套地区搞的很乱。高岗主持召开区党委会，专题研究绥蒙的反摩擦斗争，决定派杨一木等加强伊盟领导。他找杨谈话，“中央决定你去伊盟工委工作，公开身份是国民革命军十八集团军上校联络参谋，南京委任状下来，你就去绥蒙工作，先抓一下军事活动和统战工作。”伊盟工委负责人赵通儒列席会议。原来抗敌后援会(实际是工委机关)挂毛泽东画像和蒋介石画像，后来被自卫军头头纪松令把毛泽东的像摘掉了，高岗知道后很恼火，当面批评赵通儒：“你这个人是聋子，瞎子，你到处跑什么？毛主席的像被人拿掉你不管，你要有点斗争劲，革命就是斗争。实行统战，结果连纪松令也不敢惹，这是政治问题。”“越兆仁(自卫军司令)到底怎么样？下面的大队长是听我们的，还是听人家的？你是把枪杆子交给他们了……”赵吱吱唔唔回答不清。高岗对杨一木交待说：“后套那里问题比较多，有些组织烂掉了，有些人有问题，你先去管一管军事工作和统战工作，然后集中力量把伊盟的工作抓起来。在伊盟地区，我们要对国民党顽固派，政治上要摩擦来反摩擦去，军事上积极防御。”
面对妥协、分裂、倒退的逆流，为了保卫边区安宁，支援抗战，边区保安司令部和留守兵团司令部，根据毛泽东的“人不犯我，我不犯人，人若犯我，我必犯人”和“有理、有利、有节”的对敌斗争方针，对国民党的旧政权制造“摩擦”和军事进攻，给予狠狠打击，粉碎了敌人的阴谋。1940年7月21日，边区召开各分区(亦称警备区)司令员和参谋长军事会议，高岗在会上作了报告。指出同国民党顽固派的斗争是抗日民族统一战线内部的斗争，坚决执行毛主席的“十六”字方针，既要注意政策和策略，也不能绑住我们的手足。他强调指出：抗日统一战线期间，同国民党顽固派的斗争，必须紧紧把握“自卫原则、胜利原则、休战原则”等重大政策和策略问题，发展进步势力，争取中间势力，孤立顽固势力。“斗争是团结的手段，团结是斗争的目的”。
会议认真讨论了高岗的报告，交流了各分区开展反“摩擦”斗争的经验，把“有理、有利、有节”的斗争引向深入。24日下午，高岗带领分区司令员，骑马到杨家岭向毛泽东主席汇报会议情况，毛主席老早就在门口等候，和大家一一握手问候。他说：“同志们辛苦了。”又一一问了司令员的姓名，盘问了各分区反“摩擦”斗争的情况，并讲了话，为大家进一步指明了斗争方向和策略。
边区党委和保安司令部、留守兵团，根据党中央、中央军委和毛主席关于处理同国民党的关系的有关指示精神，坚持独立自主，既统一，又独立，既不破裂统一战线，又不束缚自己的手脚的原则，采取一系列既分寸适度又措施得力，“政治上要摩擦来反摩擦去”，团结抗战，保卫边区，取得胜利，赢得了广大军民的赞誉。他们说：“共产党、八路军、保安队，真正为人民谋福利。”
可是，国民党顽固派特别是那些制造“摩擦”的“专家”们，对土匪的绝迹，深感到失去了一支“别动队”，削弱了他们对付边区的力量，进尔赤膀上阵，指挥正规军出去制造事端。1939年10月15日，边区保安司令部和留守部队召开政治工作会议，高岗在会上作政治报告，毛泽东到会作指示，要求在反摩擦斗争中，要坚持政治原则，实行灵活的政策和策略。11月，国民党的五中全会，进一步确定以“军事限共为主，政治限共为辅”的方针，企图进攻延安。国民党派中央军封锁边区。过去的一些摩擦规模小，有的通过协商谈判解决。在1939年冬至40年春，国民党九十七师在陇东对驻防的八路军形成包围势态，一六五师侵入八路军驻防庆阳之白马铺、赤城镇一带，实行军事压迫，支持旧政权和伪保安队有计划的在共产党、八路军驻防地区的活动，接着发动军事进攻。1939年12月，该师五七八团配合庆阳保安队突然袭击八路军驻宁县的二营，合水县县长率县保安队袭击八路军三五八旅直属队，配合进攻宁县，九十七师步兵炮兵千余人配合几县的保安队，围攻八路军驻镇原县城内的三营，进占县城，并公开宣布要进攻边区，消灭八路军。在环县等地，抢劫烧杀，增兵彬县、旬邑等县。随后又占了正宁、淳化县城，先后袭击占领了陕甘宁边区八路军驻防的五座县城。
边区军民在区党委领导和保安司令部、留守兵团的指挥下，对进犯的国民党军进行了还击。同时，为避免两军内耗，团结抗战，朱德、高岗等联名通电全国，抗议顽固派进攻陕甘宁边区，要求全国军政领袖主持公道，惩办肇事魁首，取缔反共邪说，制止反共军事行动，并且在边区四周布防了自卫军事力量，防御国民党军队大规模的进攻，命王震率三五九旅进驻绥德，赶走了反共“专家”何绍南。
国民党绥德行政督察专员兼绥德县长何绍南是一个制造反共摩擦的专家，反共的老手。纠集13个县保安中队企图袭击当地八路军，并肆意诬蔑三五九旅是同日军打仗败下阵的“溃军”。强令限制群众不给八路军三五九旅卖菜卖粮，不准给借房子住，妄图撵走三五九旅。王震旅长根据高岗的指示，深入发动群众，揭露何绍南在绥德编保甲，制造摩擦，欺压群众，私自倒贩大烟、白银、贪污公款数十万元的罪行。高岗、林伯渠、肖劲光致电国民党当局，控诉何绍南破坏统一战线，侵吞公、民粮款，在河防吃紧时擅离职守等罪行。要求惩办何绍南，并委任王震为专员，收回绥德、佳县、吴堡、米脂、清涧等五县行政隶属边区，以利保卫河防，何绍南感到无法立足，1940年春，带保安队狼狈溜走。
接着留守兵团和保安司令部致电西安驻天水行营主任程潜，要求令国民党陕西省政府立即撤销淳化、旬邑、延安、甘泉、延长、延川、清涧、吴堡、绥德、米脂、佳县、靖边、安定等13县的县长，如不撤退，边区将有权护送出境。随后，边区党委对“统战区”的旧政权人员根据不同情况，分别进行处理，对于多次制造摩擦的反共分子逮捕；对于一般的予以“放行”出境；对于主张抗日，维护统一战线的个别人热情接待或留用。从而，使边区结束了双重政权的局面，委任了自己的县长，建立了抗日民主政府，统一行政领导，进一步推进了抗日民主运动蓬勃发展，巩固了边区。国民党发动的第一次反共高潮被击破。
国民党政府把陕甘宁边区当作眼中钉肉中刺，作为它贯彻“必先安内”政策的重点，无时不在企图消灭、取消它。从第一次反共高潮开始，就到处修堡驻军，制造摩擦，军事进攻，阴谋破产后，仍不甘心失败，于1940年冬季至41年春发动了第二次反共高潮。胡宗南在西北配合南方国民党制造“皖南事变”，积极策动西北地区的反共活动，摩擦事件有增无减。在陕甘宁边区之西、南、北，三面修筑了长达几百里、内外纵深五道碉堡封锁线，以40万军队层层包围，断绝我边区与外界来往，不断进攻边区抗日根据地，进行武装挑衅，制造摩擦事件，把反共高潮推向了顶点。仅40年7月到10月，对边区发动了武装进攻20多起，抢劫、抓人、暗杀人70来起。边区留守兵团和保安司令部命令各部队进行英勇反击，打退了敌人在陇东、三边的多次进攻，赶跑了阎家寨、望宁堡的敌人，拔掉边区的钉子。1941年7、8月间，国民党认为十一旅反共不力，胡宗南令张廷芝、张廷祥兄弟俩将十一旅吃掉，就地扩入保安十三团和绥蒙游击师，配合陈长捷部何文鼎二十六师进驻三边，打开进攻延安的通道。张家父子兄弟，为消灭十一旅，重演三道川的“美人计”故伎，将张廷芝的养女张小芹(对外讲是亲闺女)，主动提亲许配刘保堂(十一旅长)的少爷，张廷芝约定一天以定亲和庆祝升师长为幌子，把十一旅在安边的各级头头都请到张家赴宴，其中有刘保堂、陈国宾、曹又参等20多人，张廷祥(保安十三团长)趁大家吃菜喝酒热闹非凡之机开枪打死刘保堂。枪响后，张事先部署的兵丁一齐出动，将十一旅的官员悉数绑起来，就地关押，并下令保安部队攻打城内的十一旅驻军，驻军群龙无首，士兵委员会自觉发起抵抗。
十一旅中共地下党员即派人快马加鞭到三边分区报告，分区请示西北局书记高岗即指示：警三旅全力协助十一旅救出曹又参等十一旅领导，趁势铲除张廷芝恶霸团伙。由于十一旅士兵委员会立即行动和三边警三旅的配合，吓得张廷芝等匪徒逃跑出城，张兰亭和张廷芝父子逃往榆林时，被追击的部队抓住，张廷芝以财物贿通追击部队的头头被放走。张雨亭和张廷祥父子被刘保堂的弟弟抓住押回公审处决了。胡宗南利用土匪头子张廷芝妄图吃掉十一旅，打通进攻延安的突破口的阴谋失败后，10月，驻伊盟的国民党二十六师何文鼎跃跃欲试，气势汹汹准备南下，企图进攻三边。中央军委和西北局决定调王震部驻扎三边前线，迎击陈(长捷)何(文鼎)部的进犯。毛泽东说：“王胡子在绥德已打出威风，派你去三边最合适。你把摩擦专员何绍南吓跑了，威名大得很咧！”高岗根据毛泽东“何来必打，不能做做样子”的指令，对王震说：“三边是边区的门户，盐池是边区的财源，只要打，绝不能让何文鼎占到便宜。”王震部队到定边和地方部队组成6千人的野战兵团，吓得何文鼎部被迫缩回去，未敢轻举妄动。至此，粉碎了敌人发动的第二次反共高潮。1943年6月，共产国际宣告解散，蒋介石借机指使特务到处叫嚷，“马列主义已破产”、“共产党解散”、“取消陕甘宁边区”、“消灭八路军”，并密令胡宗南向边区进犯，在洛川召开军事会议，高谈“攘外必先安内，对共产党势在必剿”方针老调，悍然掀起了第三次反共高潮，急调驻河防的军队和原来部署封锁边区的军队16个师进驻洛川，宜君、耀县、三原、旬邑、淳化、彬县、平凉、固原等地，分九路妄图闪击边区，夺取延安。战略上仿照南方第五次“围剿”中央红军的伎俩，采取所谓“铁滚式三层阵地新战法”，对边区加紧军事、交通、经济的封锁，构成“彻底吃掉”的态势。到处拉民夫，拆民房，修碉堡，步步为营，压缩边区。东由黄河边的宜川，瓦子街、英旺镇、洛川、交道镇、隆坊镇、七里镇，西起宁夏和甘肃的正宁县、宁县、西峰镇，南面的黄陵、宜君、铜川、耀县、淳化、旬邑、彬县等绵亘几省，长达700多华里的地方，部署了五、六十万军队，修筑碉堡100多座和堑壕无数，内外几层，犬牙交错，妄图迫使边区“放下武装”，交出政权，或者闪击边区，打下延安，消灭抗日民主“模范区域”。从5月到8月，对边区扰乱100多次，攻占村庄，抢劫人民的牲畜、财物和现款1100万元，强奸妇女19人。抓走工作人员和群众20多人，杀害10人，打残13人。到处制造事端，散布谣言“共军要打出去”，“什么革命不革命？辛亥革命不是成功了吧？还革谁的命。”
“敌中有我”。胡宗南的机要秘书熊向辉(中共地下党员)把胡闪击边区的部署密告我西安办事处周子健。延安获息后，立即紧急行动起来，调整军事部署，加大舆论力度，针对蒋介石的“没有国民党就没有中国”的叫嚣，我提出“没有共产党就没有新中国”的口号，针锋相对，给予敌人坚决回击。
7月9日，延安三万人举行了紧急动员大会，高岗在大会上讲话，揭露国民党破坏团结抗战的行径，号召全区人民紧急行动起来，制止内战。他指出：边区已经成了全国实行三民主义的模范区域，边区人民在抗战中过着民主自由与丰衣足食的生活，比较大后方的惨淡情况何止高百倍。是全国人民同声称道的模范建设，我们将誓死保卫这块地方。保卫抗日民主根据地而战。朱德、高岗等联名再次向全国发出了通电，呼吁团结抗战，反对内战。会场口号声此起彼落，响成一片。“响应高岗同志的号召！”“保卫边区！”“保卫西北！”“保卫共产党！”“保卫全中国！”
边区政府委员、蒙古族领袖那素，抱病到国民党驻延安办事处质问，抗议国民党调河防部队进攻边区的罪行。7月23日，《解放日报》发表回民救国会呼吁制止内战的电文，赞扬边区党政军对回民生活、生产、贸易、住宅、教育诸方面关怀和帮助的事迹，说明边区人民达到真正解放。电文指出：“共产党与边区的共存，增强了全国各族人民的团结，增强了全中华民族争取自由解放的无限信心，谁要进攻它，取消它，谁就必会遭到全中国人民的坚决反对与各族的共同唾弃。”
电文说：伊斯兰的辉煌教义是团结御侮，对内和平。我们恪遵穆圣遗训：“爱护国家，应如鸟爱其巢。”边区就是我们少数民族的家乡，是抗战建国的柱石，如边区遭受任何攻击，我们也必定发挥伊斯兰的光辉传统，“凡侵犯尔等者，尔等其如彼之侵犯而侵犯之！”坚决予粉碎的打击！
边区军民响应大会号召，立刻全体总动员起来，誓死保卫边区，各部队迅速开到前线，准备以自卫战给狂妄野心者进攻以打击。边区人民对保卫边区表现了极大热忱，对顽固派极大义愤。备粮送草，惟恐战士饿肚子，马吃不饱。甘泉县三天做一千多双军鞋。妇女们说：“我们响应高司令号召，为部队炒好米，炒好面，做好鞋，只要把顽固派挡住，我们多出物多吃苦不要紧，顽固分子来了，咱们妇女可不得了。”军队开到哪里，哪里慰劳形成热潮。连国民党区的人民同样拥护八路军。敌三十五师开到洛川时，群众把青年妇女送到解放区。她们说：“八路军是好人，不强奸妇女。”人民自卫武装普遍动员起来，吸收了一批打猎的神枪手。张村驿自卫军抓来几十个国民党兵。甘泉县四区自卫军里有40个神枪手，向县上保证包打一个团。有的自卫军保证：“敌人来一连消灭一连，来一营消灭一营。”全区各地层层召开自卫战动员会，几十岁的老人和常不出门的闺女都焦急地说：咱到会“听一听”，“看怎么办？”。少数民族代表上台讲话，表决心，自卫反击情绪激烈，空前未有。他们说：“咱边区共产党、八路军辛辛苦苦领导老百姓开荒生产，安置移民，大家有吃有穿，顽固派看见不顺眼，想来发洋财，进攻边区，咱们要和他拼个死活，老百姓人多势重一齐来，不要你躲我避，和八路军一起保卫咱家乡。”“没有边区就没有自己的家，就没丰衣足食的生活，只要有边区就有了一切。”
经过全边区军民的紧急动员，坚决反对，在西坡店、大库连、方里镇等地给予已经进犯之敌沉重打击。同时，抓住事实充分揭露了国民党顽固派，挑动内战阴谋，呼吁全国人民起来制止这种破坏“团结抗战”的罪行，各解放区的人民积极表示愿为边区的后盾，得到全国人民的拥护和美、英、法的同情。
在边区军民有了充分的准备，加上国内外人民的强大舆论反对下，蒋介石迫于形势，“闪击”边区的阴谋败露，勉强接受了谈判。边区人民又一次粉碎了国民党顽固派发动的反共高潮。
从1939年到1943年秋的五年之内，国民党政府发动的三次大规模的反共高潮中，制造“摩擦”1000多起(内武装进攻270多次，抢劫450多次，暗杀和捕捉我人员300多人)，分裂边区的团结抗战，在严重威胁边区安全的逆境下，高岗在党中央、毛主席的领导下，带领边区党政军民，“坚持抗战，反对投降，坚持团结，反对分裂，坚持进步，反对倒退”，发展经济，支援前线，在异常困难的情况下，有力地打退了敌人三次进攻，克服了当时的严重危机，巩固了抗日民主根据地。边区群众编顺口溜道：
八路军是好汉子，头上戴个毡帽子，
打起仗来猛汉子，怕的敌人尿裤子。
在这五年的斗争中，高岗坚决执行党中央、毛主席关于反对摩擦、粉碎反共高潮的方针，巧妙地运用策略，本着长期抗战大局为重，坚持了阶级斗争服从抗日的民族斗争，对国民党作了一些有条件的让步、妥协，争取了广大民众的拥护和支持，实行“既统一、又斗争”，在斗争中求统一、求团结的策略，既得了民心，又行使了独立自主权利，在既不牺牲无产阶级的根本利益，又保护了人民既得利益的原则下，放手发动群众，进行抗日救国运动，争取人民的民主和自由，发展新民主主义的政治、经济和文化，壮大人民武装力量，加强了民主政治模范区域建设，取得打退了反共高潮和统一战线、反摩擦斗争的胜利。他用枪杆子创造边区，又用枪杆子保卫共产党，保卫边区，保卫政府。延安被誉为“抗日的灯塔”。正如毛泽东指出的：枪杆子“可以造党……造干部、造学校、造文化、造民众运动。延安的一切就是枪杆子造出来的。”(《战争与战略问题》)
边区政府民政厅长刘景范在总结粉碎反共高潮的原因时说：“边区党在党中央毛泽东同志直接领导下，在边区创造者高岗同志领导下，党的政策是正确的。”抗日以来，边区党实行三三制，各阶层人民更加团结。农业上实行“利民政策”，机关生产，精兵简政，减轻人民负担，群众积极性提高，生活改善，变工队、生产班子、“唐将”班子遍布各地，劳动英雄一批一批涌现，群众的“光景一年比一年好。”而国统区人民一天天走向饥饿死亡之路，不帮人民发展生产，还要钱，要人(拉丁)、要命(不当特务的杀)。在解放区和国统区的显明对比之下，群众认识更清楚，更加拥护共产党，保卫边区的积极性更高。
在党中央、毛主席的领导下，高岗带领全边区军民，用枪杆子保卫党中央，保卫边区，保卫西北，赢得党和西北军民信任和爱戴。1945年9月下旬，党中央决定加强陕甘宁边区北线工作，拿下榆林、横山为自卫战争拓宽回旋余地，任命高岗为陕甘宁晋绥联防司令部司令员兼政委，王世泰为副司令，张仲良为副政委。