翌日（天正五年十二月十六日），秀吉几乎是领着手下所有的士兵返回安土。负责留守姬路城的小一郎秀长手上，除了从竹田跟他来的三百人之外，只剩不到一千名哥哥留下的杂兵。这也是羽柴部队在播磨所有的兵力，另外就是小一郎留在北方但马竹田城的七百名属下。要靠这样的兵力去防守和大敌毛利交界的广阔区域，任谁都难免胆怯。在接下攻打中国任务之前小一郎所担心的事情，竟然这么快就发生了。
为了制造城内士兵众多的假象，小一郎和小寺官兵卫商量，在姬路城四处插满旗帜，晚上则生起熊熊篝火。另一方面，他还不断派出使者或奸细，四处探查毛利或宇喜多家的动向，并且监视播磨豪族。因为若不能及时掌握敌人的动向或归附者生变的风声，便会危及自己的性命。
所幸天正五年底到天正六年初这段期间，毛利和宇喜多家都未采取甚么大规模的行动。不过，随着时间流逝，他掌握到一个重要的情报，那就是敌方已派出大量奸细潜入播磨各地。
这些暗中活动的奸细来自不同的敌人，有毛利家的说客、有丹波的波多野派来的使者，连亡命备后的足利将军的属下都带着“将军密令”偷偷潜入。小一郎积极地和归附织田家的豪族或农村武士合作，逮捕了几个人，搜出许多所谓的“将军密令”。其实这只是敌方大规模外交攻势的一部分，有许多播磨豪族表面装做毫不知情，但私底下早就接待了毛利派来的使者，也收下了将军的命令。小一郎拿到手的“将军密令”，充其量只是让他知道不少豪族脚踏两条船，以及毛利和足利在信中如何巧妙地戳到织田家的痛处。那些信是这样写的：
信长大人生性冷酷、为人浇薄，不敬神佛且残忍无比。现下他嘴上说得天花乱坠，但很快便会将尊下弃之如敝屣。
然后又说：
尤其这次派来播磨的羽柴秀吉，是个出身卑贱、没名没姓的莽汉，实在不足以让出身望族世家的阁下奉为主公。
信长之前的确作风残酷，欺骗手段屡见不鲜。尤其足利义昭曾在信长拥立下，上京取回将军宝座，事后又被弃如敝屣，赶出京都，这番话由他口中说出，更是说服力十足。此外，羽柴秀吉出身卑贱人尽皆知，本来也没甚么好说的，现在故意提出这件事，主要是为了煽起播磨豪族先前遭秀吉侮辱所产生的怒气。换言之，毛利家在行动之前，早就钜细靡遗地调查了所有的状况。
（真是大意不得呀……）
小一郎对毛利、足利所采取的外交攻击深感戒惧。但其实他们还有更难缠的对手，那就是本愿寺一向宗所派出的游说僧。
在大坂的石山本愿寺和织田大军决战的一向宗，派出使僧前往游说全国各地的所属寺院或信众，敦促他们起而反抗织田家。其中本愿寺的后盾毛利家和织田家的必争之地播磨，更是他们游说的重点区域。倘若能说动播磨诸侯离反，让毛利大军固守摄津不出，本愿寺的胜利几乎是指日可待。
本愿寺的反织田活动愈演愈烈，甚至宣称“袒护佛敌织田必下地狱，对抗织田必入西方极乐世界”，变成和开山祖师亲鸾主张的根本思想背道而驰的异端。换言之，本愿寺不堪织田信长的猛烈攻击，总寺院主动倡导异端，以鼓动信徒起而驰援。
播磨原本就是一向宗盛行的地区。当时，城市的居民大都信仰日莲宗，农民则多半信奉一向宗，因此农民出身的农村武士或豪族，很多都是一向宗徒。其中有些信仰虔诚的人，在本愿寺的指示下强烈反对织田家，甚至向自己所追随的大名施压。据说还有不少人当着主君的面说：
“倘若主公执意协助织田家，属下将不惜发动叛乱。”
原本毛利、足利的暗中游说就已经让他们心生动摇，又受到农村武士或农民团体的施压，许多大名、豪族皆惶然不知所措。再加上家中的派阀之争或家臣间的反目，各家的意见开始分歧。其中最典型的便是播磨势力最大的大名，三木的别所家。
别所家的领主别所长治，于元龟元年以十二岁之龄当上领主，现在也不过才二十岁。这种年少继任家督的人，通常都有同族的长辈从旁辅佐，他当然也不例外。负责辅佐他的，是两位叔父：别所贺相和别所重栋。
问题是，这两个人感情不睦，各自招聚家臣形成派系，互相对抗。其中重栋很早便和亲织田家的小寺官兵卫来往，甚至把女儿嫁给官兵卫的儿子。贺相看到这种情况，心里当然很不是滋味，一直很想抓住机会挫挫重栋的锐气。
这时恰好发生羽柴秀吉蔑视别所家，说他们只要负责挥枪杀敌的事。别所贺相便联合了长井四郎左卫门、三宅治忠等人，挑拨家中众人反对织田和羽柴。况且毛利家又提出了极优厚的条件，表明“只要战胜，便立别所家为播磨的领袖”；足利将军义昭也答应要让别所家成为“播磨的守护”。别所家虽然自恃名门，实际上却是赤松家的旁支，始终难舍自卑，因此这样的许诺简直就是最好的诱饵。另一方面，辖下豪族和农村武士要求“勿协助佛敌信长”的压力也日有所增。这时羽柴秀吉竟然率领了大批士兵离开播磨。贺相等反织田派的人士得知此事，高兴得忍不住击掌叫好。
“织田家的势力也不过如此。四面都是强敌，根本没办法长期驻军在此。这样看来，拥有中国地方十国大军和播磨滩制海权的毛利家，反而比较占优势。”
贺相等人从情感、利害、安全等统御领地的各个层面切入，主张加入毛利、本愿寺等所组成的反织田同盟。
别所长治夹在两个叔父之间不知如何是好，结果别所家竟然采用了一种奇怪的折衷做法；或许应该说，贺相派和重栋派便开始各自行动，重栋照样协助羽柴家，贺相等人则着手准备与羽柴家作战。
别所贺相一行人闭居三木城，挖深沟渠、架设栅栏，并运入大量的兵粮。附近信奉一向宗的豪族和农村武士，也开始频繁地出入三木城，有些性急的人甚至扛着铠甲进来，打算固守不出。天正六年（一五七八）正月，待在姬路的小一郎秀长，很快便掌握到三木城情况有异的消息。他立刻差人通知待在安土的秀吉，并且派遣使者询问别所长治原因。当时别所的答覆是：
“对抗强敌毛利的战事，预料旷日废时难免，吾等领地不无可能遭受攻击。故吾等巩固三木城、积蓄兵粮备战，应是合宜之举。”
小一郎当然不会傻得相信这番说词，但别所的领地约有二十万石，兵力多达六千人，在手上士兵不到一千人的情况下，他也无力阻止别所家。另一方面，播磨诸家也都心生动摇，一向宗徒蜂起的消息更是不绝于耳。小寺官兵卫的主君御着的小寺家，以及官兵卫的岳家志方的栉桥家，也都打算唯别所家是从。更糟的是，进入二月以后，竟然又传来毛利大军即将东进的情报。
这时小一郎秀长的处境其实非常危险。姬路城位于播磨西部，三木城则位于东部，万一三木城叛变，小一郎便会陷入孤立无援的景况。不用说毛利大军整个自西边攻来，就算只派水师前来奇袭，小小的姬路城恐怕都不见得撑得住。更说不定光是一向宗徒策动的小暴乱，就可以攻下这个城了。
“我们干脆把上月城的尼子部队，以及秀长大人留在竹田城的人手全部集中到姬路来，合众人之力守住这个城吧。”
有人提出这样的建议，但被小一郎笑着否决了。
“不，别所大人并未决定背叛织田家，秀吉大人也会立刻率大军赶来。你们放心吧，秀吉大人一向行动迅速，绝不会落在慢吞吞的毛利家后面。”
小一郎的决定是正确的。在别所家方面，家中诸人依然意见分歧，还不至于主动前来攻击。一向宗徒也在观望别所家的决定，不敢轻举妄动。更重要的是，毛利家可能一直掌握不住播磨的动向，耗费了许多时间准备出兵。
万一这时小一郎惊慌失措，任意放弃攻下的城池，一定会影响织田家的威信，造成无法挽救的后果。然而，小一郎却展现出一个称职的留守将领必备的“等待的勇气”，熬过了这个危机。日后他也再三发挥这个本事，帮助哥哥成就了大业。