武田信玄去世了。就在这一瞬间，织田信长的危机几乎就已随之而去。
不过，武田家对信玄之死秘而不宣，经过很长一段时间，这件事才广为人知，但信长却立刻就得到了消息。十天后的四月十一日，在信长写给上杉谦信的信函中，便已陈述了该如何趁早夹击失去信玄的武田家。不愧是信长，蒐集情报的能力果然高人一等。
然而他可不是那种眼见危机已过，便高兴地松了一口气的男人。当武田信玄这个头顶巨石挪开后，他立刻着手除掉那些碍眼的讨厌鬼，首要对象是足利义昭，接着是朝仓、浅井。信长先变本加厉地压迫义昭，诱使他第三度叛变。
武田上京化为泡影后，足利义昭的处境已显着转弱，但这个阴谋家仍不死心，期待中国的毛利能继武田而起，并于七月三日潜逃离开京都，在宇治的槙槇岛城举兵。信长搭乘丹羽长秀奉命制造的巨船急速赶往京城，十六日便已迅速包围了槙岛。这次木下秀吉、秀长兄弟亦率军相随。武田的重压消失，现在已经没有任何人能牵制织田军团的行动了。
织田大军的快速行动让足利义昭惊惶失措，送出儿子义寻为人质来乞和，但信长已无所顾忌，根本不理会他的请求，将义昭放逐至河内的若江。足利幕府至此才真正地崩解。
只是信长仍然卖了义昭一个恩情，就是遵从他的期望，将义昭引渡到毛利家。移居毛利家后，义昭仍保有将军的虚位，并继续策谋颠覆织田家。有一派说法主张，后来明智光秀在本能寺袭击信长的原因之一，就是受到义昭的唆使，因为在光秀写给毛利辉元的信函中，出现了“对足利将军忠勤”等字眼。如果真有此事，那么织田信长难得展现的一次恩情反而毁了他自己。战国时代就是这样一个弱肉强食，不是你死就是我亡的竞争社会。
在这个事件中，木下秀吉在军事上并未扮演甚么重要角色，但因为奉命将足利义昭奉送到堺市交给毛利家，使他有了极大的收获。这个任务意味着木下秀吉已正式成为负责与毛利家折冲的人。四年前出兵但马援助毛利家的种种付出，看似徒劳，如今却以这种方式获得了回报。而且此时毛利家派来接将军的使者中，有个名叫安国寺惠琼的僧人。透过这次的交涉和他相识，日后也为秀吉带来了极大的好处。
足利幕府就这样淡出了历史舞台，织田信长也继“外敌”之后，顺利地赶走了“内敌”。彷佛是为了庆贺这件事，信长将年号改为天正。四年前改元的时候，信长想用天正，义昭却坚持要用元龟，两人为此闹得很不愉快。信长或许是想藉着这次的改元，昭告百姓谁才是真正的“天下人”。
接着便轮到了朝仓、浅井，并且换木下秀吉当主角了。
“首先按照惯例，由小一郎去游说那些农村武士。”
秀吉完成护送足利义昭的任务返回横山城之后，劈头便说了这句话，也就是要像过去一样，从宣抚招降着手。
哥哥不但如此命令小一郎，自己也盯上了浅井家的重要人物——山本城的城主阿闭淡路守贞征。
这次的宣抚相当轻松。大家都知道天下情势已经转变，几乎是迫不及待地接受了木下兄弟的游说。阿闭贞征也花了不到三天，就在秀吉的仲介下归顺了信长。
其间，明智光秀等人攻下了近江高岛郡的木户、田中二城，细川藤孝、三渊藤英等人则轻而易举地拿下了三好三人众之一的岩成友通所盘据的淀城。
（原来时势所趋就是这么回事啊……）
这种一夕之间的变化，让小一郎不由深感戒惧。声势浩大的反织田同盟，竟然因为没有任何直接影响力的武田信玄和足利义昭的失败，就这样应声瓦解，战意尽失。
（人心自然就会向强者靠拢的。）
这样一想，小一郎似乎开始能体会到哥哥为何不惜排除万难、赌上性命，也要出人头地了。人在走上坡的时候，在旁人的簇拥下几乎是一日千里、势不可当，可是一旦开始走下坡，很快就会遭到众人围剿。
不过秀吉可无暇陷入这种感伤，满脑子只想着要如何趁此大好时机围剿身处劣势的浅井长政。信长的步调更是远比秀吉还要积极。
织田信长在八月四日回到岐阜，八日接获阿闭贞征投诚的消息，立刻大叫了一声：“藤吉郎，出发喽。”命藤吉郎在半夜立即出兵。
这时浅井长政根本不知道阿闭归顺了信长，看到织田大军突然来龚已经够吃惊了，没想到竟然还看见阿闭站在先锋部队中，吓得差点没晕倒。朝仓义景接获小谷城告急的通知，率领仓促成军的两万士兵，于八月十日来到小谷城北方的大岳城。对一向行动迟缓的朝仓义景来说，这样的表现算是相当不容易了，但也因为如此，各方面的准备都有欠缺。所以当他们一遭到织田大军先发制人的攻击时，都还来不及整顿军容便已卷入了激战。
八月十二日到十三日，两军在宽广的山区展开混战，朝仓大军溃败而逃，织田则乘胜追击，一举攻入敦贺。长年的忍耐一举爆发，信长大军以凶猛的攻势穷追不舍。据说织田的家臣兼松正吉（又名金松又四郎）裸足力战，血染双足，信长看不过去，卸下挂在腰间的草鞋“足中”递给他。这双“足中”现存于名古屋市的丰清二公显彰馆，成为推估当日激烈战况的物证。
八月十七日，织田信长进入越前，继续逼攻朝仓义景。义景放弃根据地一乘谷逃至山田庄，二十日全族一同切腹自尽，名族朝仓家自此完全覆灭。
朝仓灭亡后，只剩下浅井长政的小谷城孤立无援地留在北近江。当织田信长攻打朝仓、灭其全族的那十天，浅井没有采取任何行动。矶野、宫部、阿闭等重要部属陆续反叛，过半的领地皆被占领，浅井家恐怕已没有足够力量来牵制织田大军了。接着武田退去、足利将军遭到放逐，一向仰仗的朝仓家又惨败，浅井的心情想必十分消沉吧。
织田信长于八月二十六日自越前返回虎御前山，二十七日黎明即对小谷城展开全面攻击，并且理所当然地派长期与此城对抗的木下秀吉担任先锋。
木下秀吉率领少数精兵自北边穿越烧尾丸攻打京极丸，木下军的主力则同时自山麓往上攻，眨眼间便顺利占领此城垒。这次的战略，和先前攻打稻叶山城所采取的策略几无二致。照这样看来，指挥正面攻击部队的，一定和当时一样，也是小一郎秀长。他虽然没有出奇的创意或大胆惊人的行动，但却具备卓越的执行能力，能够沉稳而确实地完成既定的决策。哥哥大胆突破和弟弟沉稳执行，这对兄弟所扮演的互补角色，终其一生皆未有改变。
攻陷东端的坚固城垒京极丸之后，秀吉一鼓作气继续攻打小丸，迫使浅井长政的父亲久政自杀。
翌日，即二十八日，织田军全军出动攻打残存的本丸，浅井长政自知寡不敌众，将妻子——也就是信长的妹妹阿市以及三个女儿放出城外，透过秀吉送抵信长身边，然后自戕而死，浅井家就此灭亡，前后只不过比朝仓家晚了八天。可是浅井长政所留下的血脉，之后仍对日本历史产生了深远的影响。他的三个女儿，长女后来成为秀吉的侧室淀君，次女嫁给京极高次，三女则成为德川家康的嗣子秀忠的正室，生下了第三代将军家光等人。