永禄十二年（一五六九）春，京都街头洋溢着活力与困惑。
京内到处都是织田家的将士和来自各地的工人。在勘解由小路室町真如堂的旧址，正在展开大规模的工程，兴建新任将军足利义昭的居城。
京城的新统治者织田信长，不时现身此处，亲自监督工程。织田家的将士只要得便，也都会来此监督或协助。因为长期纷乱而萧条的京畿，终于又开始恢复了活力。京城的百姓脸上带着微笑快速通过工地，还不时有人窃窃私语道：
“听说这次这个姓织田的，严格得不得了呢。”
因为消息已经传遍了京城，说这个大名只要看到手下的足轻调戏经过工地的女人，便格杀勿论。
的确，织田家军纪严明，城内治安也因此大获改善，让居民非常高兴且放心。但光是调戏女人就当场格杀，也未免太严苛了，京内的人不禁心怀恐惧，不知道何时信长的严苛会临到他们身上。
“信长大人真是个大忙人呀。”
在另外一群人中，也就是在宫中任职或出身贵族的上流社会之间，这样的说法也正甚嚣尘上。每当他们说这句话时，总是露出讥讽的微笑，假意地交换着同情的目光。因为此时日本的思想界深受佛教的影响，儒家崇尚勤俭的精神尚未普及，京都的人始终认为勤勉是缺乏文化的乡巴佬才有的习性。因此，当他们看到织田信长和他的属下成日马不停蹄地忙东忙西，便误以为这是“尾张的野蛮人”因为好不容易攻下京城，一时兴奋过度所致。
事实上，织田信长当时的行动力也着实让人瞠目。去年九月才刚成功入京，他又片刻不休地继续进攻摄津、大和与和泉，同时驱逐三好家的余党，又四处巡回发布命令，要求寺社或都市缴交矢钱。接着又撤废关卡，开始丈量划分在近江占领的土地，然后又推动数个重要的工程，包括修筑本圀寺的外围堤防等。一面作战，一面厉行重要的内政改革，还有余力促进京畿的繁荣，这样的表现真的只能以三头六臂来形容。
信长的这些举动使物资流通顺畅，刺激了京都的景气，让老百姓高兴得合不拢嘴，也让那些靠关卡的收入或遗漏未登录的土地获利的寺社和小豪族损失惨重。而那些被课徵矢钱的寺社和都市更是激烈反弹。
“别担心，他的热度很快就会退了。”
京都的贵族们如此窃窃私语，默不作声地等待着。然而，今年正月再度上京的信长，采取的行动竟然犹有过之。击退了自阿波卷土重来的三好三人众之后，他立即迫使足利义昭制定“室町幕府殿中掟”，要求将军发布任何命令都必须附上他的副状，毫不隐讳地把将军视为傀儡。
但另一方面，信长又着手兴建将军的居城二条城，不但从尾张、美浓、近江等地，甚至还大张旗鼓地从伊势、三河、山城、摄津、河内、大和、和泉、若狭、丹后、丹波、播磨等十四个地方招募工人。藉着替将军营造豪华外表的假象，以充分利用将军的权威——这就是信长心里打的算盘。
永禄十二年二月二十七日，将军居城举行破土典礼，不料第二天信长做出一件震惊京内人士的大事——烧毁了拒缴矢钱的摄津尼崎。信长唯一的目标就是“天下布武”，也就是树立强而有力的中央集权政府，因此完全无意尊重任何地方自治的传统。
在此之前，日本最大的工商都市堺市就已经对信长屈服了。去年，堺市派出十位代表去拒绝信长要他们缴交矢钱的命令，结果竟然在岐阜城遭到逮捕监禁，其中两人在逃狱时当场被斩。发生这种事，堺市的会合众当然不肯善罢甘休，于是决定协助三好三人众反攻，不但准许阿波大军利用当地的港口登陆，还提供他们军费和步枪。可是当三好三人众反攻失败后，市民的态度立刻有了一百八十度的大逆转，反信长派的红屋、能登屋等财阀豪商退居幕后，改由亲信长派的今井宗久、津田宗及等人得势，成为堺市的主要代表。堺市的豪商也因此清楚划分成两派，一派是主张接纳信长这个新兴实力派大名的政治商贾，一派则是只想专心从商不愿参与政治的自由商贾。
对于这个曾经靠着河渠、洋枪、财力和灵通的情报网，维持独立自治体制的商人之城来说，缴纳两万贯的矢钱，伤到的恐怕不是他们的荷包，而是他们的自尊心。虽然如此，这些谙于世故的商人们，依然替信长派来的诸位上使，如柴田胜家、佐久间信盛、森可成等人，举行了盛大的欢迎茶会。由大文字屋的宗观持有，名列天下三大酒器之一的“初花”，便是在此时赠送给信长的。
接下来，三月一日信长颁布了撰钱令，然后又在十六日订定追加条款，以一定的折价率来流通品质粗糙的“恶钱”。信长是考虑到，如果全面淘汰恶钱造成货币不足，将会降低流通率，形成货币流通障碍。这个形同货币制度大改革的撰钱令，是一个有利于普及货币经济，振兴工商业的经济政策，但也十分不易贯彻。大和地方便曾留下纪录，说主事者为了杀鸡儆猴，曾严惩违令者，斩断其手指。
织田信长上京以来，京都的情况急速改变，旧有习俗遭到无情的践踏，新的制度接二连三地订定，并且以严苛的手段逐步推行、扩展。信长的热度不但没有退，反而越烧越炙，干劲十足。事实上，织田信长从永禄十一年秋上京到十二年春天为止的行动，看起来的确十分莽撞急躁。京内有不少人都在背后交头接耳道：
“这样下去，织田家恐怕撑不久了。”
连织田家内部都有人在暗自担忧。不，连许多已经知道历史结局的现代史家，都认为这是信长失去耐性的表现。
然而，像信长这样一个为了攻陷美浓，愿意花费七年工夫死缠烂打、不断出兵的人，不可能会性急躁进，未经深思便莽撞地推动改革。信长的思绪始终冷静有序，此时如怒涛拍岸般的剧烈改革，当然也有合理的解释。信长清楚知道，与其一再推动小规模的改革，每次都导致不满与抗争，倒不如一鼓作气地大改革，这才是良策。既然这样，最好的时机当然莫过于现在，也就是尾张的织田家才刚刚接管上方的时刻。打铁要趁热，所以最好趁众人惊魂未定之际断然推行大改革。等到嫉妒信长成功的远国大名蜂拥而至的时候，别说改革了，恐怕动辄便会树立敌人呢。所以，信长在这个时期所推动的激烈改革，就是基于这种想法所实施的“刺激疗法”。
京畿的人长期处于权力斗争的漩涡，对于政治非常迟钝，唯一的政治伎俩便是阳奉阴违。他们脸上露出嘲讽的微笑，背地里讥笑信长和其部下的辛劳，但却绝不反抗。光是这样，不知怎么地就可以让事情窒碍难行，无法推动。
这些消极抵抗的京都贵族中，最主要的人物便是靠信长坐上将军宝座的足利义昭。由于背负着室町幕府这个旧壳，他很自然地被视为旧势力的代表，也成为他们团结的核心。
大和的寺院或山城的神社经常前来向义昭诉苦哭穷，恳求他支援。将军亲信的身边也经常有过去持有“座”的商人出入。这些人都是织田所推动的改革的受害者。当这种情况日益频繁以后，义昭和他的亲信也慢慢地产生了疑惧与自信。
疑惧的是，众人会质疑将军到底有多少斤两，够不够分量。自信的是，如果能集结各地的不满，也未必不能和信长对抗。
因为此时他们对织田家的武力评价并不高，还一直把织田信长和他手下的将领视做乡下的粗莽武士。
这两种情绪迅速凝聚，逐渐形成一股怒气和欲念。义昭和他的亲信本来就有强烈的投机性格，根本无法拒绝这种诱惑。不过，义昭并未蠢到立刻展开“打倒信长”的行动。相反地，他可以说是当时一流的策士，智计过人且深谋远虑。
他拟定的第一个策略，是将织田信长纳入室町幕府的组织体系内。
同年（永禄十二年）三月，足利义昭曾邀请信长担任副将军，也曾劝诱他继任斯波家的家督，成为幕府的管领。但信长均加以婉拒，只接受了上有桐树和二引两的家徽。信长心知肚明，一旦他成为副将军或管领，就必须终身屈居于义昭之下，如果不服从将军的命令，便会被贴上“逆臣”的标签。不过，义昭并未就此罢休，甚至请求天皇派遣使者前往劝导信长担任副将军，但信长根本不予回应。
相对地，信长选择直接和朝廷来往，接二连三地致赠金钱和礼物给天皇。信长认为，既然要当家来，臣属没有政治野心的天皇，当然远比一直想握有大权的足利将军有利。
在此期间，信长仍按部就班地着手推行“崭新的政治”。其中一件工作，就是取得许可，在堺和近江的大津、草津设立代官。以废除关卡或实施乐市乐座所创造出的广大市场为基础而日益繁荣的工商业，一定会带来相当的财政收入。信长希望能拥有一个固定的机构，负责将这些收入吸纳进织田家，也就是中央政府。或许也可以说，信长是想藉此宣告，今后财政的基础不只建立在农业上，都市工商业也将有极大的贡献。
此外，在三月十八日，他还接见了南蛮宣教士路易斯·弗洛以斯，允许他传讲基督教。信长虽然极力压迫拥有领地和僧兵的固有宗教，但对当时不求世俗权益的基督教却十分宽大，也可以说信长本身就拥有近代的“信仰自由”观念。
会面时，弗洛以斯致赠信长一只闹钟，但信长以构造太过复杂，留在自己手上可能无法顺利走动为由，并未收下。可是，他却对弗洛以斯带来的黑人极感兴趣。他怀疑黑人全身涂了墨汁，还特别命下人端脸盆来替黑人清洗全身。信长敏锐的观察力和实事求是的精神，在这个插曲中表露无遗。
两天后的三月二十日，信长还命朝山日胜、弗洛以斯，以及修道士罗连苏当着他的面展开宗教论战。结果据说是弗洛以斯和罗连苏这一方获胜。信长之后仍经常邀请佛教各宗派展开宗教论战，这种做法证实了信长的确是一个笃信合理主义的无神论者，完全把宗教视为一种思想理论，既不畏惧神佛，更没把宗教的政治势力放在眼里。
然而，这一连串的事情看在守旧派的人眼里，反映出来的是“京都新领主”有多危险的讯号。对于这群依附旧有权威和传统特权，不懂得实事求是、寻求变通的人来说，信长的个性和做法，简直就是对他们的正面挑战。而反应机敏又善谋略的足利义昭，想必也已经洞悉了京都贵人的这种心态吧。
织田信长就在这种情况下，率领主力部队返回岐阜，义昭将军还装做一副若无其事的样子，一直送信长到粟田口。不过，这时他的心中一定充满了愤怒，因为他对这次信长派下来留守京都的人非常不满。先前由明智光秀等人担任的京都奉行和负责与将军交涉来往的人，已改由丹羽长秀、中川重政、村井贞胜、武井夕庵，以及那个连跳三级的暴发户木下藤吉郎秀吉来担任了。
从遗留下来的诸多文献上均有秀吉的署名即可证实，木下藤吉郎秀吉此时的确名列织田家的京都奉行之一。而且，四月二十一日信长返回岐阜以前的文件，大都是由丹羽长秀、明智光秀及村井贞胜等人连署，但之后的绝大多数文件，都只有秀吉一个人的签名。当然，当时的职权划分不够清楚，无法确实指出谁才是真正的奉行，因此由村井贞胜或细川藤孝连署的文件，之后也偶尔可见。但可以肯定的是，信长离京而去时，一定曾赋予木下藤吉郎极大的权限。
让一个六、七年前还只不过是一介组头的贫农子弟来治理京都的贵人，这样的人事安排恐怕正是信长精心研制的一帖猛药。