西夏马队的铁蹄蹂躏了沙州，杀了河西节度使曹贤顺，消灭了长期占据这块土地的汉人势力，因此控制了河西全境。除了以前已有的夏、银、绥、宥、静五州之外，这次又吞并了灵、甘、凉、肃、瓜、沙等州，西夏现在成了一个名符其实的大国。西边于阗的回教徒停止东移，也是西夏在这次战役中取胜的一个幸运原因。回教徒始终未进入沙州境界。
李元昊攻下沙州后立即将他的部队分成左右两军，设立十二个监军司，分别负责加强各地的守备。元昊正式命国号为大夏，立兴庆为国都，自称皇帝，改年宝元元年(即1038年)。元昊派使臣给宋朝送去一封书信，声称若不应允，就与宋朝断绝国交。翌年，大宋朝廷削去元昊的赐姓官爵，下诏悬赏元昊的首级，并任命夏竦、范雍二将为西夏经略。元昊立国不久，就从保安郡开始，大举侵犯宋朝边关，其来势甚猛，三番五次地攻入关中一带。
朝中大臣因在抵抗西夏的对策上持不同意见，人事不和，故而一再更替。夏竦、范雍之后换了韩琦、范仲淹，而后又换成陈执中、王沿和龙籍。尽管如此，还是未能阻挡元昊的攻势。康定二年(即1041年)元昊大举入侵，直抵渭川。西夏马队在陕西、渭北一带纵横驰骋，泾、汾以东的宋军只能闭关自守，并不敢出城迎战。
西夏在甘州和瓜州屯集了大量的部队，并设置了监军司。河西走廊以西再无敌手，所以西夏可以将倾国之军都投入到与宋朝的战争中来，而在这种时候对居住在西夏的其它民族则采取了极其严厉的统治手段，尤其是对汉人，就像对待犯人一样。沙州的汉人在吐蕃统治时曾被迫穿着吐蕃的衣服，现在又被迫穿上西夏的服装，在外面走路时还要卑躬曲膝。
节度使曹氏家族的人全都下落不明。只知道曹贤顺已经战死，其他的人像是从这块土地上消失了一样，杳无音信。
有人说，曹家的一部分人逃到高昌或者于阗去了，但也并不确切。高昌和于阗的商人还是到河西来做生意，可从他们那里也打听不到任何消息。
沙州陷落后的第四年，在街头巷尾人们纷纷议论，说是贤顺的大舅子被抓到后杀了头，也不知是真还是假。无论如何，总算是有了一些关于曹氏家族的消息。
在西夏人的统治下，千佛洞长期废置。虽然元昊本人笃信佛教，西夏人中也颇多信佛者，但与宋朝之间的战争长年不止，所以也就无暇顾及佛事。
正当民间盛传贤顺的大舅子被捕杀头之时，一天，一个有着一百多头骆驼的商队，也不知从那里来到了鸣沙山大斜坡下的千佛洞。商队一到，就搭起了十几个帐蓬。最大的一个帐蓬的顶上还插着带有鼠将军标志的一杆旗帜。时近黄昏，沙漠中起了一阵强风，大旗在风中忽忽作响。入夜时又下起了雨，不久就成了滂沱之势。
深夜，商队冒着倾盆大雨，收拾起帐蓬，向鸣沙山脚下挖了无数石窟的一面断崖方向走去。人和骆驼被雨淋得浑身湿透。
在队长的命令下，这一行人在三界寺旁边的一块平地上停下来，将骆驼安置好后，驼夫们继续向前走。这时，在大雨中天空中响起了滚滚雷声，一时间，闪电照亮了鸣沙山山崖上大大小小的洞穴，洞口处发出阵阵青光。雨水从山崖上流下来，那些比较浅显的洞穴中的佛像在闪电的照耀下活灵活现，似乎呼之欲出。驼夫的队伍向千佛洞的北面走去，在巨大的山丘下人显得像蚂蚁一样渺小。
再一次闪电时，这三四十个人正排成一列，在一个三层洞穴前的山坡上攀登。
又过了好一阵子，第三次闪电时，他们已经到达三层石窟中最下面的一个洞穴口前。他们有的人手里拿着锹，有的人手里拿着锤子，还有些人扛着圆木。
“开始！”
黑暗中一声令下，但是就在这一瞬间，空中响起了一个惊天动地的霹雳，电光剌破了四周的黑暗。有几个人吓得赶紧跪倒在地，还有一些人惊慌四散。只有一个人两手朝天，身体转了一圈，倒在石窟洞口前面。过了一会儿，这一切重又被黑暗吞没。
鸣沙山的这场大雨下了一整夜，直到黎明时分才停下来。数名驼夫在石窟前被雷霆击毙，而离石窟洞口最近处的那个人穿的衣服与别人有所不同。也许他是个队长吧，但从他焦黑的尸体上也无法分辨了。一个月后，从一位幸存的驼夫口中得知，他生前自称是尉迟王朝的后裔。
庆历三年(即1043年)正月，西夏与宋之间总算达成一时的和议。这时沙州已被西夏霸占六年之久了。宋与西夏交战多年，各自损兵折将，国库空虚，百业凋零，所以不得不罢兵讲和。这次讲和也经过了许多周折。元昊要求保持王号，而宋不肯答应。宋要求元昊称臣，对待宋朝的使节要用契丹国那样的礼仪，这样宋朝每年可以赐绢十万匹、茶三万斤。经过多次谈判，最后元昊表示愿意向宋朝称臣，条件是将岁赐的数目翻一番。元昊终究是个不图虚名，但求实利的人。
无论如何，既然已经达成讲和，双方也就暂时收兵休战。一旦停止了战争，恢复了太平，元昊就想起了弘扬释祖，大兴佛教这个还未完了的夙愿。他下令保护佛寺和僧侣，从各地的寺庙中寻找各类经典，集中到兴庆收藏。沙州一带每天都有十几头骆驼，驼着经书向东行走。就在达成讲和的那一年的夏天，三界寺又得以复兴，住进了很多僧人。千佛洞的修复工程也开始了。
住在三界寺里的僧侣中有汉人也有西夏人。五年后的秋天，千佛洞的修复工程完工，在千佛洞最大的一个洞穴里建成了一座大雄宝殿，并举行了盛大的佛祖金身供奉开光典礼。在这次盛典上，聚集了沙州十七寺的数百名比丘僧与比丘尼，还有为了亲临这一空前盛况，从河西各地赶来的百姓，当时真可谓人山人海，万众齐声赞颂我佛无量功德。
为了这次开光典礼，从兴庆派来一名官员范某，他看到北面的几个佛窟尚未修好，于是责成当地有关人员完成此事。
工程马上开始。这时从沙州城里来了一个和尚，他递交了一份文书，申请让他完成其中一个佛窟的修缮，有关费用可以收集民间布施，人力也可由他提供。他的申请最终得以批准，委托他负责一个佛窟的修缮工作。
三界寺的文档中记下了这位僧人的法名、所修洞窟的名字以及他请愿发心的原旨。当初，西夏入侵沙州，他与另外两个和尚曾在这个石窟里躲避一时，后来那两个和尚被流矢射中，不幸身亡，而自己活到今天，所以想用这种方式来祭奠早年同甘共苦的朋友。
宋庆历八年(即1048年)，元昊因夺太子妃而遭太子嫉恨，终被太子剌死，时年四十五岁。这一年正是他征服河西后的第十二年，也就是与宋之间媾和后的第六年。元昊直至死前，一直在国内称王。
西夏与宋之间的关系再次破裂。元昊死后二十年，宋朝进入神宗的年代。继仁宗、英宗之后，年少气盛的神宗即位之始就立志收复被西夏占领的失地。
河西持续了近三十年的太平之梦终于惊醒，再次进入战乱时代。就在这时，从于阗到沙州来了一个商人，他声称受于阗旧王族家人之托，给三界寺带来了捐赠的物品。这些物品都是于阗玉石和织绵之类，颇具价值。于阗王李圣天曾经在千佛洞开过佛窟，听说已荒废多年，所以他们还想托寺庙代为修葺。
同时，三界寺里的还有一个使役，也是受人之托，拿来了一件与于阗王族不同的东西。这是一个小包裹，打开一看才知道是一本书卷和一封信。信中写道：
“……缘分所至，在下因人之托，得获沙州节度使曹氏家谱一卷。日后一旦有便，万望后来之人将此家谱捐赠寺庙之中，并为曹氏一族祈祷冥福。曹氏在河西世代为官，虑及当局忌讳，此事不便张扬，而在李圣天所开佛窟中祭祀即可。李圣天之女乃曹家儿媳，多少也算有些亲情也……”
信上所言之事是用汉文、西夏文和左书的回鹘文写成的，笔力遒劲，字迹工整。从用三种文字书写这封信来看，可以肯定不是西夏占领沙州以后的事，写信人是考虑到这封信将来不管落到谁的手中，都可以被人看懂。他在信尾处的落款是“大宋潭州府举人赵行德”。
三界寺依照于阗旧王族的拜托，尽快地修复了李圣天当年开挖的佛洞，并依照另外一位委托人的请求，在洞中设坛，将一卷曹氏家谱供奉其上，享受祭祀。正如赵行德在信中所嘱，寺庙未敢公开设坛祭祀曹氏家族。因此除了三界寺的住职僧之外，无人知晓坛上供奉的是曹氏家谱，也不知为何人祈祷。
曹氏家谱自一世祖曹议金开始，一共记录了曹氏八代宗主的姓名，以下分别是元德、元深、元忠、延敬、延禄、宗寿、贤顺，并且详细地记录了他们的生辰八字以及毕生的业绩。最后一代宗主曹贤顺为了抵抗西夏入侵，战死疆场，他的忌日是景佑二年十二月十三日。与其他宗主有所不同，在卷末还记下了贤顺之弟延惠的生平，“生前笃信佛教，西夏入侵之时，耻于逃避，遂独自留守城中，于大火中自焚身亡……方丈室内化尽十方，一窟之中宛然三界。檐飞五采，动户迎风……”后面的这一段文字读起来颇似祭诔。他的忌日也是景佑二年十二月十三日，与其兄相同。
曹氏家谱仅在洞中供奉一日，第二天就转移到庙里的藏经阁中去了，从此不得再见天日。
光阴荏苒，时代变迁，历史的长河流逝了几百年，沙州在这漫长的历史变迁中数易其名。宋时被西夏占领，失去了州名；尔后，在元代又再度称作沙州；至明代则为沙州卫；清朝乾隆年间改为敦煌县。所谓“敦煌”，是宏大昌盛之意。昔日两汉、隋唐年代，此地作为西域文化传入东方的必经之地，曾经一度灿烂辉煌，故而得此地名，两千年后这个值得炫耀的地名又得以恢复。
乾隆以后，随着敦煌这个地名的恢复，鸣沙山千佛洞也被改称为敦煌石窟。但是敦煌石窟并没有因为有了一个新的称呼而兴盛起来。敦煌县附近虽然有些人知道这些石窟，稍稍再远一点，就完全无人知晓了。这些石窟群就这样在历史的长河中默默无闻地湮没于沙漠之中。
本世纪初，有一位名叫王圆禄的穷道士来到鸣沙山，发现了埋没在沙尘中的石窟群，于是他就在把一个石窟打扫干净，并住了进去。自西夏入侵此地，到这时候已经过去了八百五十多年了。王道士躬腰驼背，全无一点风采，加上满脸的晦气，一副穷极聊倒的模样。一日，他在一个石窟中清扫浮尘时，偶然间在北面的洞壁上发现有一处地方比四周更加突出。他用一根木棍将突出处的泥土捣下来，却发现这一处壁面发出异样的声响。王道士又找来一根更粗的木棍，朝着那个地方用力地敲击。敲了两三下后竟将壁面敲破，原来是个洞穴。他向里面看了一眼，一片漆黑，什么也看不见。但他发现泥土落向里面，可知这个洞是空的。
王道士又拿来了一把铁锹，花了半天功夫，总算是把洞口的泥土都挖开了，但还是看不清洞内到底有些什么东西。他回到自己的洞窟，又拿来了蜡烛，借着烛光再朝洞中张望，他终于发现了洞中的秘密，这个洞里堆满了各种各样的经卷。
王道士赶紧将此事禀报敦煌县衙，但是等候多日，仍不见有任何回音。王道士没有办法，只好再次去县衙打听，敦煌县却只是让他代为妥善保管。
王道士看到有游客来参观千佛洞，于是他就将这些游客引到自己发现的洞中，向他们展示洞中大量的经卷，再添油加醋地向他们神吹一通自己发现这个藏经洞的过程，由此换得一点布施，倒也不愁温饱。
1907年3月，英国探险家斯泰因来到敦煌。他参观了千佛洞，来到了王道士的洞窟。斯泰因将洞中的经卷一一拿出。王道士看到这个英国人居然敢于进入自己都不曾涉足的洞穴之中，甚感惊讶。
斯泰因对这些经卷小心翼翼，逐一展开，仔细研读。他将洞内将近三分之一的经卷都取了出来，所以费了不少时日。英国人与王道士商量，他愿意给他一大笔钱来换取他的这些经卷。王道士这时才知道自己找到的这些经卷是古籍，他为这些书籍能够换到如此之多的钱而感慨万端。
英国人想换取全部的经卷，但是王道士担心官府日后追究，执意不肯依允。最后英国人只买走了六千卷，但装箱之后，雇了四十头骆驼，才将这些经卷从千佛洞运走。
1908年3月，又有一个外国人来到这个石窟，这次是法国人贝利奥。他想得到王道士洞中剩下的经卷。王道士见县衙始终没有回音，他左思右想，不知如何处置是好。最后他出于对当地官府的责任，还是不愿意全部出让。
贝利奥将剩下的经卷的一半，大约有五千多本，买了下来，并于当年5月，雇了十辆车运走了。
贝利奥走后，王道士也暂时离开了藏经洞。由于藏经的数量的减少，游客也无心观赏了，甚至有人对此事起了责难之意。
以后的数年中，日本和俄国的探险家又来找过王道士。王道士对手中剩下的宝物越来越少深感惋惜，同时又迫于贫困，还是不得不拿它来换钱度日。他心里一直在想，为什么这些外国人都跑到这里来买这些旧书呢？
俄国人走了之后，又过了一年，从北京来了一些军人。他们把洞里剩下的经卷全都用马驮走了。这些军人来时王道士躲了起来。他打听到这些军人都走了时，又到藏经洞来了一趟，但是洞里连一片纸都没剩下，一空如洗。王道士点了一盏灯火，走进洞内。周围的洞壁上只在北面画有壁画，这时也都可以看得到了。画上画的僧侣穿着朱色的衣服，站在他们对面的女人的裙裾是青色的，王道士面对这些精美的壁画，看得目瞪口呆。
王道士从洞里出来，坐在石窟口前的一块石头上。千佛洞前茂盛的树木在清风的吹拂中轻轻地摇动。柔和的阳光下，四周静悄悄的。王道士懒洋洋地看着这些风景，心里在想，这个洞里藏的古籍还不知道是多么贵重的物品呢？如果不是这样，那为什么那些老毛子会一个接一个地跑到这里来买呢？自己眼拙，看不出其中的价值。报告给县衙，他们也搞不清楚。看到外国人拿走了那么多以后，连北京的军爷也坐不住了。自己肯定干了一件蠢事，与人家做了一桩最不划算的买卖。王道士想到自己让一个千载难逢的发财机会从眼皮下白白溜了过去，沮丧得不得了，呆呆地坐在那里不愿起来。
事实上，藏经洞里的宝物比王道士想像的具有更加巨大的价值。这种巨大的价值就连将经卷运走后向学术界做了介绍的斯泰因和贝利奥在当时都并不了解。
这些经书的种类繁多，全部共有四万卷，包括公元三、四世纪时的贝叶梵文佛典，用古突厥文、突厥文、藏文、西夏文等文字写成的佛经，世界上最古老的手抄经文，甚至还有大藏经中都未曾收集到的佛典。出土的藏经中还有禅定传灯史的贵重资料，各种极具价值的地方志，摩尼教和景教的教义传史书。特别是其中大量的梵文和藏文典籍等，对于当今古代语言文字的研究有着开创新纪元的重大作用。另外，其中包含的各类史料也在很大程度上改变了以住的东洋史学和中国史学的研究。
可以毫不夸张地说，敦煌石窟出土经卷不仅对东洋史学，对世界文化史上的所有领域而言，也都是灿烂辉煌的瑰宝。要想判明它们对这些领域的改变将起到的重大作用，还需要后人付出更多的时间。