福州解放后，根据华东局的指示，福州市军事管制委员会于8月23日发布一号公告：韦国清担任军管会主任，叶飞、刘培善、方毅、梁国斌、朱绍清、陈美藻为委员。
同一天，福建省委书记张鼎丞宣布：韦国清担任中共福州市委书记兼市长。
叶飞和韦国清，一个是司令，一个是政委，都是十兵团的核心人物。韦国清要留下搞接管，不能随军指挥了。并肩作战的战友就要分别了，他怀着依依不舍的心情对叶飞说：“我不能与你共行，十兵团就全交给你了。任务繁重，解放漳、厦、金的担子很沉重啊！希望你多多保重！有什么困难，只要打个电话给我，我保证当好你的后勤部长，搞好支前工作。”
叶飞握着韦国清的手，说：“别说我了，你肩上的担子也不轻啊。你接的是一个烂摊子，面对千疮百孔的福州，你将有做不完的工作。等漳、厦、金地区解放了，我调一大批干部支持你！你先干着吧！”
叶飞告别了韦国清，挥师南下，日夜兼程。第十兵团司令部离开福州之前，开了个作战会。会上决定于9月中旬发起漳（州）厦（门）金（门）战役，彻底扫清南逃漳、厦、金地区之敌，解放福建全境。整个战役分两个阶段进行。第一阶段，歼灭以漳州为中心的金、厦外围之敌；第二阶段，攻击厦门、金门。其具体部署是：第三十一军攻取漳州，第二十九军一部攻占厦门以北沃头、集美等地，而后第三十一军会同第二十九军主力夺取厦门，第二十八军和第二十九军各一部攻取金门。
9月11日清晨，第十兵团的三个军浩浩荡荡向南挺进。福州至厦门的几条大路上，黑压压一片，到处都是解放军。他们一般以三路纵队并列或五路纵队并列前进，有时互相交叉前进。南国的9月，暑气逼人。解放军指战员们不顾天气的炎热和连日的疲劳，迈开大步，以每小时15里的速度日夜兼程。他们每过一个集镇，响过一阵枪声，便使敌人闻风而逃，战士们就紧追不舍。从9月11日晚至17日，短短的几天，他们先后解放了仙游、泉州、德化、永春、惠安、南安、安溪等地。刘永生领导的闽粤赣边纵队在十兵团的指挥下，解放了龙岩、永定。平潭岛、南日岛、湄州岛、虎狮岛等也被十兵团解放。至此，解放军形成了对漳州、厦门、金门的大包围趋势。
第十兵团司令部一到泉州，叶飞便打开了一张画满红线蓝线的作战地图，手中捏着一支红蓝铅笔，在地图上缓缓地移动着。他画了一条粗粗的红箭头，箭头直指漳州。副司令成钧看在眼里，笑着说：“从你的箭头上即可看出，你对解放漳、厦、金的决心有多大！”
“此话怎讲？”叶飞瞪眼望着他问。
成钧指着那粗粗的红箭头说：“你看看，这红箭头有多粗，你用的劲就有多大——地图都快被你的笔戳破了。”
叶飞刚露出笑容，还没回话，铅笔“咔嚓”一声，断成了两截。叶飞笑着说：“地图没被戳破，铅笔倒断了。”他苦笑着摸摸衣兜，哪里还有多余的铅笔呢？
成钧递过一把小刀。叶飞握着短短的半截铅笔，小心翼翼地削着，问道：“漳州的敌情如何？三十一军九十二师攻打漳州有把握吗？如兵力不够，现在调整还来得及。”
成钧说：“据监听科长任希文介绍和三十一军九十二师侦察分队报告，守漳州的国民党兵力没有变，还是六十八军三个师和九十六军一个师。”说到这里，成钧笑了起来，继续说，“漳州之敌虽然有相当于四个师的兵力，但分析起来，只是一棵腐烂了的空心树，经不起我们暴风雨般的袭击。”他解释说，“说起来是四个师，其实建制不全，兵力不足。他们的一个军相当于一个师，一个师相当于一个团或一个营，而且又很分散，分布在南安、同安、马巷、云霄、诏安这几处地方。”
陈庆先插话说：“最主要的是敌人士气不足，而且漳州外围没有什么坚固的工事。我看我们的决心不变。”
叶飞并不是想改变打漳州的决心，而是多年来养成的习惯——在战略上轻视敌人，战役、战术上把弱敌当强敌对待。漳州战斗发起之前，叶飞当然也是这么考虑的，想再次对敌人的兵力进行核实。于是，他抓着铅笔，在屋内来回踱步。他低头沉思了大约一支烟的工夫，突然大步走到地图前，对作战科长茅琛说：“既然‘顾客’情况没变，‘剃头匠’碰到了‘大胡子’，就要克服困难剃下去。你马上打电话通知三十一军周军长，打漳州计划不变，九十二师18日开始发起战斗，两天内拿下漳州。九十三师从南安出发，攻下同安城后，直插角尾镇，切断同安至漳州公路，堵住漳州逃敌。三十一军攻打漳州、同安、角尾时，二十九军向集美、沃头、刘伍店进攻，牵制厦门的敌人，不让厦门之敌增援漳州。二十八军正在打平潭岛，估计明后天结束。待他们战斗一结束，就命令他们向金门北岸石井、莲河一线集中，准备下一步攻打大嶝岛、金门岛。”
叶飞下达完作战命令，将目光落在成钧的脸上，征求他的意见，说：“你看看有什么不周到的，补充一下。”
成钧指着地图上漳州至厦门的公路说：“打漳州的枪声一响，必然会出现漳州敌人向厦门逃跑，或者厦门的敌人西援漳州的情况，这样，我们面对的敌人就会增加。因此，我建议担负机动任务的三十一军九十一师，插至灌口、角尾，协助九十三师阻击漳、厦之敌。如阻击任务不重，九十一师则去攻占嵩屿、烧山、京口岩山，夺取全半岛。”
叶飞点点头，说：“考虑得很周到。”他又转身对茅琛说，“就这么定了，你们作战科马上分头打电话，向下传达作战命令！”
命令传达后，从9月17日起，各部兵分多路向预定目标开进。原来宽宽的大路，由于兵多，一下子变得窄窄的，小路就更不用说了。大家拥挤着，急促的脚步声激起了片片喧嚷，惊飞了路边的兔子、麻雀。在向导的带路下，他们急急地向前奔跑。跑了一段路后，他们不再找向导了。这是为什么？原来，他们不用向导，是因为有了更好的“向导”——这就是国民党在逃跑时，一路丢下的无数罐头、纸烟盒、汽油桶、衣服、鞋子……这些都成了解放军战士们行进的“路标”，只要循着“路标”走，保准没错。
第三十一军和二十九军从出发地到目的地，有三四天路程，而且都是崎岖的山路。但他们在两天之内就赶到了目的地，脚步一停，便发起了战斗。19日下午，叶飞接到了解放漳州的报告。
漳州与厦门之间相隔约50公里，蜿蜒的龙江绕城而过，流向厦门方向与九龙江汇合。漳州四周地势平坦，土地肥沃，水稻、甘蔗年年丰收。漳州的水仙花闻名全国。国民党六十八军的三个师和九十六军的残部，分别配置在漳州及四周的长泰、南靖、龙海、华安等地，方圆二三百里。由于敌兵力高度分散，便于我军逐点歼灭。9月18日，三十一军九十二师从安溪官桥出发，向漳州的外围逼近，走到枫洋镇一分为三。左路九十二师二七六团奔袭漳州北边的长泰县城。守城部队两个连，共计300人，提前一天就风闻解放军抵达安溪的消息，本想脚底抹油——溜之大吉，无奈上级不同意，只得硬着头皮死守。19日拂晓，枪声大作，他们知道解放军攻城的战斗打响了，一个个被吓得缩在被窝里发抖。二七六团从进城到结束战斗，仅用了个把小时，而后南下漳州。中路二七四团由岩溪经灌口、长泰，前出至芝山，抵近漳州地区。右路的二七五团赶到南靖城边，发现守城的保安团弃城东逃，于是跟踪追击，追出了30里，全歼保安团500余人。他们留下一个连看管俘虏，大部分抢渡龙江，来到漳州城北。
接原计划，左、中、右三路人马会集后，再发起攻城战斗。可是，团长王亚明担心敌人逃跑，果断决定单独提前发起战斗。他们于10点钟发起攻城战斗，击溃敌人一个营，进入市区。老百姓对他们说，敌六十八军军部在半小时前就撤离了漳州，其八十一师正过桥向东逃跑。团长王亚明一听，瞪起眼睛，举枪一挥手，立即率部跟踪追击，在通往漳浦的木桥上，与八十一师后尾接上了火。解放军向敌群扔出无数手榴弹。敌人中弹后，发出一声声尖叫；汽车被迫击炮击中后，发出“嘭嘭嘭”的声响……加上敌军官的吆喝声，在木桥周围响成一片。八十一师被歼三分之一。幸存的敌人放火烧桥，向石码逃跑。二七五团岂肯罢休，他们冒着烈火，冲过桥，拼命追击。东逃的六十八军军部和八十一师乘上汽车逃跑。他们晚上到了石码，全部挤在码头上，一个个伸长了脖子望着厦门方向，可是江面没有一只船。他们你推我搡，骂声不绝。这时，王亚明的二七五团追上来了。许多国民党士兵被吓得纷纷跳入江中，拼命向厦门游去。可是，大多数士兵被淹死了，只有少数人死里逃生。六十八军参谋长张星伯不见军长刘汝珍的身影，猜想他一定是化装溜走了，不由露出一丝苦笑。前面是滔滔江水，后面是密密麻麻的解放大军，他知道自己已无回天之力，无可奈何地摇摇头，叹息一阵，便派人与解放军联络，放下了武器。
叶飞看完了三十一军九十二师的战斗报告，对政治部主任刘培善说：“真没想到，漳州之敌一触即溃。漳州胜利解放了！赶快给九十二师发报，祝贺他们，并嘉奖他们！”
成钧的心情也特别高兴，他笑着说：“天助我也！漳州四面环水，原以为对我军进攻不利，谁知江水却助我一臂之力——六十八军就是被这滔滔江水挡住了逃路。”他不由哈哈笑出了声，“看来，渡海作战并不可怕嘛！我们渡海有困难，但是，一旦我们登陆，敌人就插翅难逃了。”
首长们正说着，值班参谋喊了一声“报告”，并递上九十三师的战斗详报。
叶飞抬抬手，说：“王参谋，请你代劳读一下，省得大家传阅了。”
王参谋奉命宣读。战斗详报写着：九十三师南下逼近同安时，已是黄昏。他们先派了两名侦察参谋化装成农民，从古宅出发，接近同安东门。这时，迎面走来两名巡逻兵。侦察参谋一时来不及躲避，于是两人交换了眼色。韩春玲主动上前，递给对方一人一支香烟，并假装问路：“请问老总，我俩是做生意的，不知马巷怎么走？”
一个大个子巡逻兵左手接过香烟，放在鼻子下闻了闻，说：“嗯，很香。”然后右手向东一指，说，“向东走10里路，再向北走3里，再向东走5里，就到马巷了。”
就在一个问路、一个指路的当口，另一个侦察参谋神不知鬼不觉地用手榴弹击昏了一个小个子巡逻兵。小个子啊哟一声叫，惊动了大个子。就在他扭头张望之际，韩春玲一个快动作，用绳子套住了他的脖子。天已黑了，他俩扛着两个俘虏，回到了师部。师部根据俘虏提供的情况，立即命令二七七团和二七八团向同安进攻。一时间，火光冲天，枪声大作。不到一小时，两个团就冲进了县城，占领了县政府，消灭了保安团。同安的战斗结束时，驻马巷的保安三团才闻声赶来增援，被二七七团挡在了西门外。保安三团发现情况，吓得扭头就走，想逃回马巷，可是已经迟了。二七七团将其紧紧咬住不放，二七八团迅速包围，形成二打一局面。保安三团哪里是对手，激战不久，便渐渐招架不住。狡猾的保安三团企图杀出一条血路，向集美逃跑。就在这时，我九十一师二七一团路经此处，立即加入了战斗，解放军兵力顿时占绝对优势，三个团合力全歼保安三团2000余人。
王参谋读完战斗详报，叶飞走近地图，问陈庆先：“二七九团现在处在什么位置上？有没有到达角尾？”
陈庆先回答说：“二七九团半夜绕过同安，在上午7点10分准时到达角尾镇，控制了漳州到厦门的水上通道。”
叶飞正要说什么，机要参谋又进来了，他递来的是一份中央军委的急电。叶飞低头便看，电报大意是，集美学校系爱国华侨领袖陈嘉庚先生所创办，我军在解放集美时，要尽力对其妥善保护，严防破坏。宁可多流血，也要避免使用火炮类武器。
叶飞看罢，立马对机要参谋下令：“你马上将中央军委的电报转给二十九军，要求他们进攻集美部队时坚决执行中央军委的指示，不讲价钱，不讲困难，既要解放集美，又要爱护集美的财物，尽量做到不伤一个百姓，不毁一间房子！”
负责进攻集美的二十九军，于9月17日晚从晋江南下，一路势如破竹，于18日上午攻占了沃头，19日攻占了刘五店。敌人一触即溃，四处逃散。20日拂晓，我军全歼了逃敌。
二十九军八十五师二五三团担负进攻集美的任务。军长胡炳云连打了三次电话，要求他们每一个指战员都要牢记军委和兵团首长的指示，尽力保护好集美的建筑群。
固守集美的国民党军一个团，恰恰是利用集美的建筑群与北面的高地，构成支撑点式的防御体系，阻挡解放军的进攻。二五三团指战员在接到上级指示时，已在集美学校旁的山坡上布满了强大的炮兵火力，这些火力足以彻底摧毁集美的敌人防御工事。因为突然接到上级命令，要保护集美学校，保护集美的财物，他们只得放弃炮火攻击，并禁止使用手榴弹，全凭步枪和血肉之躯，一步一步艰难地向城内攻击前进。
叶飞十分关注集美的战斗情况。9月22日，当听到二五三团已进入城内，正与守敌展开巷战时，他立刻抓起电话，要求他们不要急躁，采取政治攻势。
二五三团遵照叶飞的指示，使用了军事打击与政治攻势相结合的办法。23日拂晓，敌人终于支持不住，逃往厦门。上午8时，二五三团占领了全集美。八十五师司令部、政治部在集美镇贴出布告，布告全文如下：
集美学校为华侨民主人士陈嘉庚先生所创办的规模较大之学校，希望各部人员应尽量不要进驻学校，并坚决予以保护，严禁搬移或损坏该校一切教育用具及房屋、树木，切实遵照为要。
40多年来，这张布告一直由集美学校所珍藏着，被陈列在陈嘉庚先生纪念堂中，成为人民解放军严格遵守入城纪律，保护学校的历史见证。
中共同安县委和集美镇地下党组织为配合我军解放集美，做了许多工作：组织集美学校自卫队，防止敌人破坏；为我军提供敌方军事情报；组织发电厂职工在紧急关头切断连接敌阵地的铁丝网和地雷的电源，确保解放军的安全；组织人员帮助解放军解决部分军需供应等。
在集美战斗中，第二五三团付出了伤亡200余人的代价。为了纪念集美的解放，缅怀牺牲的烈士，集美人民建立了一座雄伟庄严的“解放集美纪念碑”，陈嘉庚先生特地请毛泽东主席书写了碑铭。1977年，集美区人民政府把分散在各处的第二五三团81位烈士的遗骸集中安葬在兑山村红树林，后又建造了一座烈士陵园，供人们瞻仰和祭奠。
三十一军解放漳州后，迅速东进，占领嵩屿、烧山、岩山。此时，刘永生指挥闽粤赣游击纵队，相继解放了平和、漳浦、云霄、诏安县城，解放了闽西南广大乡村。9月24日，十兵团完成了漳厦金第一阶段作战任务，歼敌15万余人，控制了以漳州为中心的闽南和闽西南地区的全部大陆。
泉州是历史悠久的文化名城，也是晋江地区的政治、经济、文化中心。泉州风景秀丽，经济繁荣。9月26日，叶飞率领十兵团机关进入泉州后，连街都没逛，就一头扎进了作战室，召开作战会议。叶飞主持会议，他说：“我们漳厦金战役的第一阶段打得非常漂亮，部队已进入晋江、南安、同安、龙海沿海一带，准备渡海作战。现在，当务之急就是要迅速确定第二阶段的作战方案。”他扫了一眼与会的干部，继续说，“第一阶段，我们是以解放漳州为中心，当时只有一个目标。通俗一点儿说，大家吃的是一桌菜，围着桌子，一人一筷，很快就吃光了。可是，第二阶段，我们是两个目标——解放厦门、金门两岛。摆在我们面前的是，究竟先打哪一个。”叶飞提出问题后，将眼光落在副参谋长陈铁君身上，抬抬手说，“为了解决这个问题，我们请陈副参谋长简要介绍一下厦门、金门的情况。”
陈铁君手持小木棒，指着地图，首先介绍厦门的情况。
厦门早为我国对外通商口岸，又是军港，经济较发达，地位很重要。面积约138平方公里，按自然地形分为南北两部分，东西长13公里，南北宽11公里。岛的南部多山，北部为丘陵，市区位于西南端。岛上公路成网，便于机动作战。西南紧挨鼓浪屿小岛，东面与大小金门隔海相望。岛的北、西、南三面距大陆2公里至35公里。北部是国民党军防御重点地区，除原有日军构筑的永久性工事外，敌又在易登陆的地段增修工事，其防御配系也较完善，并在滩头前沿设置雷区、铁丝网、鹿砦等障碍物。
厦门守敌为第八兵团第五十五军第七十四、第一八一、第二十九师与第五军第一六六师和第九十六军残部等，共3万余人，由东南军政长官公署副长官兼厦门分署主任汤恩伯统一指挥。兵力部署：汤恩伯率第八兵团指挥所位于厦门市区；第五十五军指挥所在金鸡山；第七十四师分布于岛北之江头、高崎、钟宅、寨上一线；第一八一师固守岛之东北部五通道、何厝、河边一线；第二十九师分布于鼓浪屿和市区；第一六六师分布于岛的东南部；特种部队及第九十六军残部分布于市区周围。
汤恩伯吹嘘厦门的防御固若金汤，守三五年没问题。但自我军三面逼近厦门岛后，守敌甚为恐慌，急忙撤退后方辎重，转移海空军基地，军以上指挥机构均移至舰上指挥。同时，下令部队赶修工事，加强防御，并以海、空军不断袭扰我沿海港口，袭击我船只，破坏我渡海作战的准备工作。
陈铁君介绍完厦门的地理环境和敌守备情况后，接着又介绍了金门的情况。
金门位于厦门岛以东，距大陆最近处约55海里。在厦门用望远镜看金门，岛上的一切建筑和活动情况一览无余、清晰可见。在胡里山炮台和角屿岛，不用望远镜也能把金门尽收眼底。金门大小岛屿14个，具有战略价值的岛屿为大金门、小金门、大担、二担岛和孤悬于金门岛正南的东碇岛。现在，金门的国民党军只有李良荣的第二十二兵团所属4个师8个团，总兵力2万余人。岛上防御系统简单，无坚固的工事。
陈铁君介绍完毕，放下木棒回到了座位。叶飞抬头问大家：“现在请你们考虑一下，看看我们的第二阶段目标放在哪里。当然，如果大家胃口好，也可以两桌菜一起吃。大家开始讨论！”
叶飞的话音一落，大家便议论开了。有的说，汤恩伯在厦门的兵力比较强，又有永久性防御工事，是块硬骨头。而金门敌人是残兵败将，兵力只有2万，几乎没有什么坚固工事。本着先易后难的原则，还是先打金门。打下金门后，可以实施对厦门四面包围的战术。
有人立马反对，他们说，厦门敌人兵力虽然比金门强，但厦门距大陆近，最近处不到1海里，我们可以将敌人的一举一动都看清，使用小炮毫不费力就能击毁敌人的工事。况且，厦门守军十分恐惧，汤恩伯惧怕被歼，早已躲在舰上办公。据此分析，厦门敌人防守之心不坚、军心不稳、士无斗志。若先向厦门发起攻击，成功的把握很大。
会议出现两种意见。叶飞没有急着表态，而是侧身问陈庆先：“你的意见呢？你觉得是先打厦门还是先攻金门？”
陈庆先一直在听大家讨论，听到叶飞的问话，便发表了自己的看法：“厦门、金门两处敌人均立足未稳。我倒觉得，如果我们同时发起攻击，致使两地敌人同时挨打，不能互相支援，倒不失为一着好棋。再说，厦、金二岛一失，台湾顿失屏障，我们再攻台湾，也可能收到事半功倍的效果。”
“事半功倍！”叶飞念叨了一句，便托肘扶腮，陷入了沉思。大家听了陈庆先的话，也开始了新的思考。一时间，作战室内异常安静。大约过了一支烟的工夫，叶飞终于考虑成熟，抬头问大家：“你们觉得陈参谋长的意见如何？”
大家小声地议论了一会儿，然后表示，金、厦两地同时打的方案不错。
叶飞见大家没有异议，便拍板定案，说：“就这么定了！我们同时对金、厦两岛发起攻击，虽然在兵力上有一定的困难，可是，敌人两处受敌，困难更大。所以，我们向上级报告，建议采取同时攻占的方案！”
初步方案决定，由第二十八军攻取金门，第二十九军和第三十一军攻取厦门。
1949年10月1日，毛泽东和一大批开国元勋在天安门城楼上，宣布中华人民共和国成立。召开国庆大典之际，叶飞正在签发十兵团给三野司令部的电报，电文如下：
一、汤匪总部、五军军部率二零零师驻小金门、二十二兵团率四十、四十五、二零一师共三个师驻金门，汤前指及五十五军军部率二十九、七十四、一八一师与五军之一六六师及战车营驻厦门，该敌连日来在原有永久性筑城（前已呈报）基础上，积极修加副防御工事和地堡群。
二、由于泉漳地区工作基础不强，再加上语言不通，船工逃跑及躲避现象非常严重，现我正以最大力量加强对船工的领导和教育，并已开始训练水手。
三、据以上情况，我们以十天时间进行训练水手、动员教育船工及加紧对岛屿要塞战的战术和技术准备，预定本（10）月13日或15日对金厦发起攻击，具体时间和部署另电呈报。
根据以上情况，若10月中旬以一部兵力西出汕头，时间来不及，故于月底执行攻击汕头的任务。
10月11日，十兵团给三野的电报：
我二十八军二五一团、二十九军二五九团于10月9日6时发起对大嶝岛的攻击，20时顺利登陆突破，于10日晨迫敌退守双沪、阳塘。10日晚我继续攻击，22时全部结束战斗。我军歼敌二十五军四十师一一八团、一一九团大部，俘敌副团长以下1800人，毙伤700余人。
10月11日，野司给十兵团的电报（野司同意十兵团7日电对金厦作战部署）：
7日电同意，你们来电部署依战役战术要求，最好在来电同时攻歼金、厦两地之敌。但请你们考虑，根据金、厦两地敌我双方实力、敌之内部情况（刘汝明、王修身之关系如何）及我方准备程度（尤其是船只），如以五个师攻厦门（有把握），同时以两个师攻金门，是否完全有把握。如考虑条件比较成熟，则可同时发起攻击，否则是否以一部兵力（主要加强炮火封锁敌船以阻援与截逃）牵制金门之敌——此案比较稳当，但有使金门之敌逃跑之可能。究竟如何，请你们依实情办理，自行决定之。总之，以充分准备，有把握地发起战斗为宜。
叶飞接到野司复电，再三斟酌，分析野司电报精神。他认为，野司虽在电文的最后，要他们“依实情办理，自行决定”，但在前面，还是倾向于先取厦门。叶飞举棋不定，遂召集兵团领导干部们再次研究。
会议开始后，大家一致认为，厦门、金门战役与以往的各种大小战役所不同的是，这是一场渡海战役，必须要有足够的船只，这样才可运兵运粮——有兵无船等于无兵。他们初步统计，至10月上旬，二十九军只有运载三个团的船只，三十一军也只有运载三个团的船只，而二十八军只有运载一个团的船只。金门岛上敌人有八个团，若二十八军只上去一个团，此战怎么打？
研究结果决定，还是采取先厦后金的方针。
大的方针确定后，叶飞仍不满足于已有的船只，继续号召部队掀起筹船和练兵热潮。为了筹集到足够的船只，各部花了很大精力，投入了大批人力。各军成立了由军参谋长负责的船管会，从各师团抽调熟悉水性的干部负责此项工作。他们紧紧依靠地方党委，依靠地方群众，经过艰苦细致的工作，二十九军、三十一军都征集到了大量的船只。叶飞常常到各部队检查筹船情况，要求各部队对船只倍加爱护。为了防止遭敌机的袭击，他要求部队在夜间演习结束后，立即将船只伪装好。海边风大，他要求大家将船拉到沙滩上，以防损坏。
在训练场上，叶飞要求训练符合实战要求，不搞花架子，仗怎么打，兵就怎么练，注重实效。他还提出，指挥员和基层干部及战士分开练。指挥员主要进行沙盘作业，重点练指挥、练战术；基层干部和战士主要练上船、划船航行、启渡编队、航渡中观察联络和保持队形、抵滩下船、徒涉海滩、破除障碍、攀登陡岸等课目。
国民党军侦察机对我军一切准备工作进行了细致地侦察，他们从飞机上看到闽江上大小舟帆齐集，尤其金门对面的同安、集美等地，行舟操练，灯火通明，大小船只不计其数，陆上则军运频繁。
这一信息被及时报到了蒋介石那里。蒋介石急得食不甘味，夜不能寝，忧心忡忡。特务头子毛森火上浇油，将汤恩伯贪生怕死，把指挥部搬到军舰上的事密报给蒋介石。蒋介石被气得雷霆大发。一阵狂风暴雨后，他冷静下来，不甘心坐以待毙，决定坐轮船到厦门，亲自督战。
蒋介石的厦门之行，行动诡秘，汤恩伯事前一无所知。只有毛森所带的几百人，站在码头边列队等候着蒋介石父子。当汤恩伯接到耳目的报告时，蒋介石父子已离开了码头。汤恩伯风风火火地赶去拜见蒋介石时，蒋介石拉下面孔，厉声问道：“听说你的指挥部已移到了军舰上，这可是真的？但我不希望这是真的。”
汤恩伯闻听此言，立即明白——有人告了黑状。他眼珠一转，对策就有了。他的对策是什么呢？他想，反正老头子已经知道了，抵赖是不行的。我现在已经是死猪不怕开水烫，我不开口，随你怎么批。主意拿定，他低下了头，一声不吭。
蒋介石等了一会儿，见他低下头不吭声，顿时怒火中烧，大声训斥道：“你在其位，不谋其政，导致有其将必有其兵！前些时日，共军还没向上海发起攻击，你就将指挥部往军舰上一搬。士兵们见你贪生怕死，能有信心守上海吗？现在，我叫你守厦门，你又故技重演，玩起了这一套鬼把戏。你还有半点军人气节吗？怪不得有人说你无德无才，师长都当不好！算我看错了你，总以为这些人是对你有妒忌心。古人云：路遥知马力，日久见人心。今天，我总算知道自己看错了人。你的确无德无能，根本就不能指挥打仗，你是个贪生怕死的懦夫！”
蒋介石就这样骂了两个小时。汤恩伯又气又羞，被骂了个狗血淋头，冷汗直冒。一旁的蒋经国心疼父亲，见老头子口干舌燥，气喘吁吁，怕他气坏了身子，便劝道：“父亲，汤将军一声不吭地听你骂了几个小时，说明他已知错。我们还是抓紧时间巡视前线阵地吧，如有薄弱之处，还可亡羊补牢啊！”
蒋介石对汤恩伯是一种恨铁不成钢的心理，见汤恩伯耷拉着脑袋一言不发，又听大公子从中调解，便止住了骂声，在汤恩伯、毛森和蒋经国的陪同下，坐车巡视各阵地。他们来到厦门的制高点万寿山，汤指着远处阵地介绍说：“厦门西、南、北三面临大陆，最近的只相隔1海里。岛东南多山，沿岸多沙滩和断崖。北半岛为丘陵，地势开阔，沿岸多淤泥和峭壁。我兵团重点在北面开阔地，具体部署：以齐装满员的七十四师守北面，以一八一师守东西面的通道，一六六师守东南面的石胃头，二十九师一个团和要塞守备总队、六十八军共守市面，二十九军两个团守鼓浪屿。”
蒋介石手指北面，说：“这边开阔地最危险，是共军攻击的目标，工事构筑情况如何啊？”
汤立正答道：“这边每隔100米就有一个钢筋水泥的地堡，前沿滩头设有雷区、铁丝网、鹿砦、外壕等。一到晚上，所有的滩头都在探照灯的照射下一片通明。”他保证说，“共军纵有天大的本事，也难越我雷池一步！”
蒋介石满意地点点头，随之又问：“你们估计厦门能守多久啊？”
“厦门工事称得上固若金汤，我认为守个三五年不成问题。”汤恩伯忘记了刚才的羞辱，扬扬自得地回答。
毛森在一边说：“委座，厦门安如磐石，守三五年的确不成问题。”
“嗯！”蒋介石一边点头，一边哼了一声，转到其他地方察看去了。傍晚，由汤恩伯、毛森陪同蒋介石吃晚饭，两人拘谨得不敢伸筷子，只吃了个半饱。他们刚丢下饭碗，厦门对岸的集美方向就打来了几十发炮弹。蒋经国忙劝蒋介石：“父亲，可能是解放军要攻厦门了，您还是赶快离开为好。”
蒋介石虽然心里一阵惊慌，可是，他不忘保持领袖风度，表面上依然显得冷静如常，摆摆手，说：“不要紧张，不要紧张。”
汤恩伯和毛森也劝他说：“委座，您就放心地回台北去吧，这里就交给我们。”
蒋介石连声说：“好好好，我是要回台北的，那儿有很多事等着我处理呢。”
晚上，蒋介石父子登上华联轮，返回了台北。
蒋介石离开厦门的第三天，厦门战斗打响了。敌人主力在厦门，驻守鼓浪屿的只有一个师约5000人的兵力。叶飞决定先佯攻鼓浪屿，给敌人造成错觉，调动厦门的敌人增援鼓浪屿，然后将我军主攻方向放在厦门岛北部的高崎。
鼓浪屿是厦门西南的一个椭圆形小岛屿，全岛面积约171平方公里，与厦门仅隔着700米宽的鹭江，素有“海上花园”之称。岛上居民喜欢弹钢琴，所以，又有“琴岛”之称。鸦片战争后，洋人在此修造了许多教堂、别墅、露天游泳池、领事馆、疗养院等建筑。加之岛上树木葱郁，四季常青，亭台楼阁比比皆是，所以，常年游人不断。
自汤部退到鼓浪屿后，这座“海上花园”便成了一艘阴森恐怖的战舰。汤恩伯将鼓浪屿作为整个厦门防御的主要固守点之一，命令第二十九师防守鼓浪屿。二十九师在岛的四周修筑了密密麻麻的碉堡和地堡。他们在容易登陆的滩头地段，用石头和汽油桶筑成1丈多高的圆式阵地，像北方的城墙；在阵地里面筑了钢骨水泥二层碉堡和一层暗堡，堡与堡之间相隔800米，环岛而筑；在几个山顶上摆了十几门迫击炮和山炮，修了战防炮阵地和隐蔽部。蜘蛛网似的交通壕、铁丝网，从山顶修到山下。滩头上有鹿砦、铁丝网和电网；四周靠近岸边的水面上，每隔20米摆着一条小船，船上装满了汽油和炸药，碰上一点火星，就会引起一场爆炸和燃烧，整个滩头刹那间就会成为一片火海。
汤恩伯曾经对蒋介石夸下海口，拍着胸脯保证说：“厦门工事固若金汤，共军三年五载别想碰一下。鼓浪屿比厦门更坚固，已成了一座炸药库。即使共军再多，只要一登上岛，也只能是飞蛾扑火，自取灭亡。”
叶飞十分重视鼓浪屿一仗。他当面向周志坚交代任务时说：“攻克鼓浪屿一战，关系到整个战役的全局。拿下这个小岛，不仅可以牵制厦门之敌，还等于是在厦门敌人的背后插上了一把尖刀——既可以迅速封锁鹭江和控制厦门港，断敌退路，又可以牵制敌人的预备队，阻止敌人北上增援，减轻我军攻克厦门的压力。你们军首战鼓浪屿，只能成功，不许失败！”
周志坚严肃而认真地说：“我有信心！最坏的打算，就是将鼓浪屿打成第二个月浦。月浦能拿下来，鼓浪屿也一定能拿下！”
叶飞问道：“你准备用哪些部队攻占鼓浪屿？”
周志坚说：“我准备用九十一师的‘济南第二团’和九十三师的七团去啃这块硬骨头。”
“济南第二团”是一支善于攻坚的过硬部队。1948年9月，他们在济南城头连续苦战八昼夜，攻破了三道城墙，最早冲进了内城，被中央军委授予“济南第二团”光荣称号。
叶飞对周志坚的安排很满意，点点头，继续说：“据侦察，敌人在鼓浪屿设有工事，碉堡十分坚固。可以预计，这将是一场残酷的恶仗。你要动员部队，作好打恶仗的思想准备。”
周志坚说：“我要他们个个记住，船自为战，人自为战，个个是突击队员，要英勇抢滩，争取一举成功，歼灭敌人。”
“好！”叶飞握着周志坚的手说，“祝你们成功！”
10月15日15时40分，第三十一军首先对鼓浪屿实施炮击。炮弹落地，引爆了一些装汽油、炸药的小船，摧毁了一部分工事。18时，夕阳余晖下的鼓浪屿和大海连成一片，呈现出一片血红色。由二七一团、二七七团组成的第一梯队两个营的船队，分别从海沧和沙坛起渡，向鼓浪屿的西南部进发。一出江口，他们就遇到了大风，逆风行驶，队形顿时大乱。有的船桅杆被大风折断；有的帆篷被刮破，撕开了个大口子；有的船掉了队；有的船下沉。厦门及鼓浪屿的敌人拼命地向船队开炮。战士和船工相互配合，冒着炮火，奋勇向前。
船工张锦娘带着自家的三条船和全家五口人，运送解放军。开船20分钟后，船被炮弹击中，她的丈夫及两个儿子光荣牺牲了，她自己多处负伤。战士们极力劝她进舱休息。她将他们推开，坚定地说：“不要管我，我只要还有一口气，就要想办法把你们送上鼓浪屿！”话音刚落，张锦娘头部中弹，顿时血流如注，闭上了眼睛。
战士们被她的精神所激励，含泪划船。这时，率领第一梯队的团长王兴芳身负重伤，也光荣牺牲了。
21时30分，突击船队陆续驶进鼓浪屿，但只有少数几条船抵达目的地，大部分被敌炮火击沉或被风吹散。登上鼓浪屿的只有七个排兵力，而且，他们一上滩头，就遭到敌人密集的火力阻击，牺牲大半。
23时，九十一师组织的第二梯队三个营开始起渡，可是也因风大浪大，未能成功。
叶飞得知这些情况后，打电话给周志坚，要他暂停攻击，总结经验教训。第一批登上鼓浪屿的战士，在后无援兵的情况下，打得相当英勇顽强，几乎全部牺牲。战后，人民为纪念这些烈士，将他们当年战斗的一座小山命名为“英雄烈士山”。
笔者在鼓浪屿采访时，听当年担任主攻的二七一团教导员宫焕玉说：“我们突击队登上鼓浪屿后，敌人的探照灯将鼓浪屿照得如同白昼。敌人以坦克、机枪疯狂扫射，我们一个个都成了敌人的活靶子。突击队冒着弹雨，一拨一拨地向敌人的地堡、坦克冲去，团里几个领导都牺牲了。我们几乎是以全部战死的代价，将厦门敌人的注意力吸引了过来。”
鼓浪屿战斗打响后，汤恩伯果然中计，急忙从厦门调了一个师的兵力，增援鼓浪屿。
厦门的一个师兵力一走，我军强攻厦门的战斗打响了。晚上7时，叶飞命令三十一军和二十九军的5个主力团，分乘250艘木船，从鳌冠、郭厝起渡。8时许，船队抵达厦门北半岛，搁浅在离岛约千米的淤泥滩上。战士们下船抢滩时，被敌人发现，立即进入强攻。我军连续爆破，砍断了铁丝网后，摧毁了一个个敌据点，至16日6时，占领了敌人吹嘘为“海上堡垒”的高崎。他们占领了高崎机场，另一支队伍又攻克了神山，在北半岛建立了稳固的登陆场。
16日中午，叶飞得知突击队在十多公里宽的正面上，全线突破厦门北部一线防御。午后，突击队又插到小岛腰部的仙洞山、松柏山一带高地。叶飞亲自用报话机命令登陆部队乘胜向市区追击、向厦门港追击，活捉汤恩伯。
敌第八兵团司令刘汝明慌忙调集机动部队，到榆柏山拦阻。登陆部队击退了敌人的五次反扑。刘汝明见阻击不成，又派来六辆十轮大卡车，运送厦门警备司令部特务营前来拦阻。解放军在山口将六辆大卡车炸毁。刘汝明这才慌了神，吓得向海边逃跑。
自鼓浪屿战斗打响后，汤恩伯便慌成一团。他怕鼓浪屿丢失，更怕厦门被攻破，紧张得手忙脚乱，顾此失彼，一会儿去鼓浪屿督战，一会儿到厦门督战。直到16日中午，他才拍着脑门，恍然大悟，明白解放军的主攻方向不是鼓浪屿，而是厦门北面。但为时已晚，解放军已占领了各制高点。汤恩伯每半小时向蒋介石发一份战报。16日傍晚，蒋介石估计厦门难保，对汤恩伯的怨恨达到了顶点。他派出20架飞机，欲将解放军连同汤恩伯一起炸死，以解心头之恨。但由于解放军放了烟幕弹，致使敌机无法辨认目标，飞机在厦门上空一阵狂轰滥炸后，也不管炸到了没有，轰鸣着飞回去交差了。老蒋怕汤恩伯死不了，命令厦门码头的军舰迅速离开，以免汤恩伯乘军舰逃跑。17日上午9时，五星红旗插上了厦门的各处高地。汤恩伯在海滩上抱着报话机，整整呼叫了2个小时，也无人理睬。最后，还是刘汝明找了一只小汽艇，汤、刘及五十五军军长曹福林才从死里逃生，到了金门。
17日上午，厦门岛的战斗枪声停止了，三十一军九十一师二七三团二营在鼓浪屿再次登陆。此时，鼓浪屿敌人已获悉厦门失守的消息，知道大势已去，抵抗无用，纷纷下海东逃至金门。二营紧追不放，使得没来得及逃跑的1400余名国民党军全部成了他们的俘虏。
厦门战役仅持续两天时间，便顺利地画上了句号，我军共歼灭国民党军27万余人，其中俘虏25万余人。
叶飞登上厦门岛时，战士们正在打扫战场。大部分俘虏被集中在厦门大学旁边的海滨。战士们乐呵呵地担着一捆捆枪支，去厦门大学教室集中处理。第十兵团的指战员大部分是苏北、山东人，从没见过海。他们渡海作战，还没来得及欣赏大海，此时纷纷在海滩的浅水处捡海螺，拾贝壳。叶飞碰到周志坚和胡炳云，用十分满意的口吻说：“仗打胜了，厦门解放了！二十九军、三十一军在厦门战役中立了大功啊！”