乾清门在清代兼为处理政务的场所，特别是康熙朝的“御门听政”主要在这里。乾清门给历史留下最深刻的记忆是“御门听政”。许多重要决策是在乾清门“御门听政”时做出的。康熙大帝的勤政，五十五年，寒暑无间，坚持不懈，一以贯之，难能可贵，值得史鉴。
乾清门坐北朝南，东西五间，三陛三出（三道、三层台级），各九级（蹬）。长八丈二尺，宽连廊共四丈三尺，山柱高三丈一尺，单层屋檐，歇山顶，黄琉璃瓦。围饰以石栏杆，前列两尊金狮。
乾清门外东西两侧各有一排低矮狭窄的房屋：东侧南向有房屋十二间，主要是六部九卿——吏、户、礼、兵、刑、工部和都察院、理藩院、通政司等临时办公的场所；西侧南向也有房屋十二间，主要是军机处及其他相关机构的场所。乾清门南向两侧的机构，是随着乾清门功能变化而变化的。明初在奉天门（太和门）御门听政，那些相应的内阁机构，分布在奉天门（太和门）外两侧。清朝——特别是顺、康、雍、乾等朝，主要在乾清门御门听政，所以相应的内阁机构随之分布在乾清门的两侧。
御门听政是明清皇帝处理军政要务的一种重要会议形式。所谓“御门听政”，通俗地说，就是皇帝办公会议。御门听政，常在早上举行，所以又称早朝。皇帝在太和殿举行的朝会，叫作大朝；在乾清门等处举行的日常朝会，叫作常朝。明朝皇帝御门听政，早期在奉天门（皇极门），文武官员每天拂晓到奉天门早朝，皇帝接受朝拜，处理政事。清初御门听政在乾清门。如皇帝在皇宫外活动，那就随皇帝行宫所在地而规定处理政务的场所。
清朝初期御门听政的场所，为什么由太和门改到乾清门呢？有学者认为，太和门在皇宫最南端，皇帝住在乾清宫，每天早上要从后宫乘舆，经过大半个皇宫，路程远，费时间，动静大，不方便。皇帝在乾清门听政，出了乾清宫，没有几步，很快就到，便捷得多。虽说乾清门不如太和门气派，但它接近后宫，比较实际，效率也高，体现了康熙帝不摆排场、讲求实效的作风。
清朝御门听政，从顺治朝开始，到康熙朝，逐渐制度化、规范化。在乾清门的门道设“黼扆”（fǔyǐ），就是围帐；帐前设御座（宝座），座前设御案，案上放置奏疏或奏折，供大臣跪奏时用。乾隆五年（1740年）命设毡垫，这是乾清门设毡垫的开端。（《养吉斋丛录》）
清朝御门听政时间，夏、秋为辰初（早七时），冬、春为辰正（早八时）。北京冬天很冷，早晨更冷，虽设围帐，也要取暖，御座前设两个铜火盆。乾清门是开敞的，虽有火盆，还是很冷。这种取暖同现代暖气或空调相比，可要寒冷多了！
御门听政时参加的官员，有大学士、六部九卿——六部尚书加左都御使、理藩院尚书、通政使，内阁学士，翰林院侍读、侍讲，日讲起居注官、各部相关官员等，一般十多人。
御门听政仪式，与会官员，先在午门外会合，传旨宣召，鱼贯而入，到乾清门，分列东西，按级序立，记注官等就位侍立。部院奏事官员，捧疏者到正中，靠近黄案前跪，奏事毕，起立，退回原班。吏部引见各部院属官毕，退下。记注官立御榻之右。每奏一事，皇帝降旨，大学士、学士承旨完毕，起立。皇帝还宫，皆退朝。（《大清会典》）设满、汉科道官各一员侍班，纠参失仪官员，迟到官员要受申斥或处分。
会议文件——奏疏或奏折，一式两份，一份呈上御案，一份由内阁学士捧本在御前背诵，如果记忆不熟或满语生疏，会受到斥责或处分。每本奏完，皇帝用满语或汉语降旨。一段时间，文件批写，都在乾清门。在诸学士执笔批写中，以折尔肯的书写为最快。诸臣一二张没写完，折尔肯已写完五张。他的草书更快，时人皆称他为“文坛飞将”。散会后，文件交内阁，遵旨缮写处理。副本交内阁或军机处存档，成为军机处录副，这就是我们现在能看到的内阁或军机处的档案。
清帝御门听政，议决重大治策。
先说治河决策。据《郎潜纪闻》记载：御门听政时，皇帝与大臣商讨治河方略。巡抚张伯行熟谙水性，面奏河务。康熙帝反问，张伯行从衣袖里取出地图，一面比画，一面答辩。大臣牛钮当即斥责张伯行狂妄。康熙帝说：“毕竟是他留心，即书本亦是他看过，尔等谁留心者？”张伯行留心河务，不仅实地考察，还查阅书上记载，你们谁这样留心过？诸位大臣，闭口不言。
康熙四十六年（1707年）十一月，康熙帝命江、浙两省在京官员，及大学士、六部九卿等官，都聚齐到乾清门外，宣谕道：朕每至一方，必取一方之土，以试验之。今岁南巡江浙，见两省农田，全资灌溉，命两省督、抚，将各地宜建闸蓄水之处，通行确察，明晰具奏。以朕度之，建闸费用，不过四五十万两，且南方地亩，见有定数，而户口渐增，偶遇岁歉，艰食可虞，若发帑建闸，使贫民得资佣工，度日糊口，也是善策。（《清圣祖实录》卷二百三十一）这说明：其一，重视水利；其二，未雨绸缪；其三，以工代赈；其四，国库出钱。
次说版图大事。康熙二十七年（1688年）五月初一，康熙帝御乾清门，派内大臣索额图、佟国维、马喇等一行，出使俄罗斯国。命选精骑万余人扈行，私从仆马，数字过万，旌旗绵延，三十余里。（《出塞纪略》）行前，康熙帝指示索额图等，大意是：俄罗斯侵占我边境，交战在黑龙江、松花江、呼玛尔江等处，占据我属尼布楚（今涅尔琴斯克）、雅克萨（今阿尔巴津）地方，收纳我逃人根特木尔等。为反击侵入，我兵筑黑龙江城（今漠河黑龙江北岸），两次进剿雅克萨，攻围其城。这就是同俄罗斯关系的原委。黑龙江地方，最为重要。嫩江而下为松花江，松花江而下为黑龙江，还有恒滚、牛满、精奇里等江，都汇流入黑龙江，直达于海。康熙帝指出：
环江左右，均系我属鄂罗春、奇勒尔、毕喇尔等人民，及赫哲、飞牙喀所居之地。若不尽取之，边民终不获安。朕以为尼布潮、雅克萨、黑龙江上下，及通此江之一河一溪，皆我所属之地，不可少弃之于鄂罗斯。我之逃人根特木尔等三佐领，及续逃一二人，悉应向彼索还。如鄂罗斯遵谕而行，即归彼逃人，及我大兵所俘获招抚者。与之画定疆界，准其通使贸易。否则尔等即还，不便更与彼议和矣。（《清圣祖实录》卷一百三十五）
当天，索额图等起行。但因噶尔丹叛乱，召索额图一行回京。局势稍定后，再派索额图等出使，康熙二十八年（1689年），与俄国签订《中俄尼布楚条约》，划定中俄东北部边界。
议政事之外，还议决人事。