朱棣夺得皇位后，要写诏书，布告天下。事先道衍和尚给他介绍了方孝孺其人其事，并嘱托道：您到了金陵后，杀谁也不能杀方孝孺，“杀孝孺，天下读书种子绝矣”。（《明史·方孝孺传》卷一百四十一）永乐帝点头应允。
方孝孺（1357—1402年），浙江宁海人。幼年警敏，双眸炯炯，每天读书，数量过寸。他受孟子“天将降大任于斯人也，必先苦其心志，劳其筋骨，饿其体肤”的训导，“尝卧病，绝粮”。家里人很纳闷，他笑着解释说：“古人三旬九食，贫岂独我哉！”这里“三旬九食”用的是陶渊明《拟古》诗中“三旬九遇食，十年著一冠”的典故，意思是衣食难以自足。孝孺长大后受到了明太祖和建文帝的信用，官至翰林院侍讲学士，给皇帝讲课，并参与机要文件起草。史称其“文章滂沛，议论波澜”。
燕王兵进南京金川门后，方孝孺被逮，带到燕王面前。朱棣命他起草继位诏书。方孝孺悲恸大哭，哭声震动殿堂。因为有道衍嘱托的话在先，朱棣不顾九五之尊，走下宝座，到方孝孺面前，君臣有了一段对话。
朱棣说：“先生，不必自找苦吃。我要效仿周公辅佐成王啊！”
孝孺说：“成王在哪里？”
朱棣说：“他自焚死了！”
孝孺说：“为何不立成王的儿子呢？”
朱棣说：“他的儿子太小，国家需要年长的国君。”
孝孺说：“为何不立他的弟弟呢？”
朱棣说：“这是我们的家事！”
孝孺说：“我不能起草诏书！”
朱棣说：“这份昭告天下的文书，非先生起草不可！”说完命太监将笔墨纸砚等放在孝孺的面前。
孝孺直对朱棣，不但不写，还将御赐的笔墨掷在地上，又哭又骂，并说：“死即死耳，诏不可草！”
朱棣大怒，忘了（或抛却了）道衍的嘱托，说：“不写，你就不怕诛九族？”九族：《辞海》引《尚书·尧典》“以亲九族”，解释“九族”有两说：一是指高祖、曾祖、祖父、父亲、自身、儿子、孙子、曾孙、玄孙，“旧时立宗法、定丧服，皆以此为准”；二是指父族四、母族三、妻族二。
孝孺说：“就是诛十族，我也不能写！”
朱棣以杀其弟相威逼。方孝孺面对胞弟孝友即将临刑而潸然泪下，其弟吟诗道：“阿兄何必泪潸潸，取义成仁在此间。华表柱头千载后，旅魂依旧回家山。”（《明史纪事本末》卷十八）
朱棣大怒，命人以刀抉方孝孺之口，裂至两耳，再将其寸磔于市，并诛其十族。十族，就是宗亲九族加上学生。可怜那些与方氏有牵连的读书人，无辜被杀，血染黄泉。史载孝孺口占绝命诗，慨然赴死，气节高昂。清人倪瑞璿诗曰：“碧血一区（ōu）埋十族，青山千古护孤坟。”这表达了后人对方孝孺的崇敬和怀念。
方孝孺不写诏书，还是有人写的。建文四年（1402年）六月十七日，朱棣在金陵皇宫奉天殿即皇帝位，昭告天下。
上面故事反映了一个血腥的现实：永乐新贵族与建文旧贵族之间，进行了一场生与死、天堂与地狱的残酷厮杀——《明史纪事本末》记载：方孝孺之党，坐死者870人；邹瑾之案，诛戮者440人；练子宁之狱，弃市者150人；陈廸之党，杖戍者180人；司中之系，姻娅从死者80余人；胡闰之狱，全家抄提者317人；董镛之逮，姻族死戍者230人等。以上7个案子，牵连2200多人！其中许多人是前朝官员和社会名流！史家对他们称赞道：“忠愤激发，视刀锯鼎镬，甘之若饴，百世而下，凛凛犹有生气！”（《明史》卷一百四十一）
孝孺“血色诏书”风波刚平息，朱棣“白日噩梦”悲剧又上演。