被老派人物讥讽为“鬼子六”的恭亲王奕，在慈禧的大力支持下，掌握了军政大权。他设立了总理各国事务衙门，自任总理大臣，一心一意地办起洋务来。因为他不像老派人物那样妄自尊大，能够比较理性地和洋人打交道，所以得到了洋人的支持。
而在天京，也换了一套班子。为了弥补“永安五王”留下的空缺，天王洪秀全提拔了一批在战争中涌现出来的英雄人物：陈玉成被封为英王，李秀成被封为忠王，共同掌握了军事大权。而自香港归来的拜上帝会元老人物，天王的堂弟洪仁则被封为干王，担负起了内政工作。虽然这几位杰出人物的才干并不逊于他们的前辈，甚至在道德操守上还有过之，但此时，太平天国赖以起家的精神支柱，早在“天京事变”的炮声中轰然倒塌，他们除了一己之力，已无所凭借。
力量的天平逐渐倾向清朝一方。缓过神来的清朝新政府，对外争取外援，对内则重用曾国藩、李鸿章、左宗棠等实干派，竟然回光返照。清王朝数十年的人才储备，两百年的正统熏陶，此时逐渐发挥出效力，而失去了精神武器和道德力量的太平天国则一蹶不振。
一八五六年十二月，武昌第三次失守，接下来，一八五八年四月太平军又丢掉了九江，猛将林启荣战死沙场，清军于一八五七年六月再度围攻天京。
虽然李秀成、陈玉成等人也取得了再次击破江北、江南大营，以及庐州三河镇之战的胜利，但形势日趋严峻。西洋各国对清政府表示支持，甚至还在上海战役中直接参战，击退了李秀成的大军。一些西洋人则以个人身份加入清军作战，组织了“洋枪队”参战，如华尔、戈登的“常胜军”，法国人组织的“常捷军”等。
一八六一年，天京的最后一个外围屏障安庆失守。李鸿章组织的淮军则进军上海，窥视苏州、常州，左宗棠所率的另一部湘军也自江西进入浙江。
一八六二年五月，正当李秀成准备攻取上海时，陈玉成固守的庐州遭到清军进攻。在安庆解围战中遭到重大损失的陈玉成兵力薄弱，只得退出庐州，在途经寿州时，被当地团练头子苗沛霖出卖给清军，随即于六月间被杀，当时才二十六岁。天国的顶梁柱又塌了一根。
这时候，曾国藩的九弟曾国荃所率的湘军主力，也进抵天京城下，开始了旷日持久的天京攻守战。围城之初，李秀成曾率十三王，以二十万大军围攻曾国荃驻军的雨花台，但连攻四十六日不能克，被迫撤围。北伐时，两万太平军就可以纵横北中国，而此时，二十万太平军竟连曾国荃两三万人都吃不掉了。短短数年间，天国已走到了末路。
一八六四年六月，洪秀全病死。他在病中坚决不肯服药，也许是不愿亲眼看到天国的毁灭吧？李秀成虽然在围城之初建议突围他去，但洪秀全不肯接受，每天但说“天话”——这些指示大多荒诞无稽，连李秀成都觉得是“梦话”。
七月十九日，固守了两年的天京城终于陷落。李秀成保护着幼天王洪天贵福突围，他把骑惯的好马让给幼天王，而自己却掉队被俘。曾国藩亲自从安庆赶到金陵城下，和这位太平天国的末路英雄进行了坦率的交谈，两人颇有惺惺相惜之感。但交谈的内容，曾国藩后来却相当隐晦，避而不谈。
当时曾国藩门生亲故遍天下，东南军政大权尽在他手中，若他有异念，则天下鹿死谁手，未可知也。因此，他身边的野心家个个跃跃欲试，而清廷对他的猜忌也日深。
传说他九弟曾国荃曾私下里劝他自立为帝，取代满清政权，他踯躅通宵，次日对老九说：“人家待我们还好，何忍出此？”还有传说讲，他手下大将彭玉麟也曾密函问他：“东南半壁无主，老师其有意乎？”曾国藩读罢，勃然变色，急道：“不成话，不成话，雪琴（彭玉麟字）还如此试我，可恶，可恶！”然后把信撕成一团，吞下肚里去了。清军阵营的人马尚且如此，敌对阵营的李秀成，会不会也“英雄所见略同”呢？而在曾家后人中，也确实有“李秀成劝文正公（曾国藩谥号文正）当皇帝，文正公不敢”的说法——这大概就是曾国藩对两人的谈话秘而不宣的原因吧？
李秀成在他生命的最后岁月里，写成了数万字的《自述》，这是研究太平天国史的重要资料。在《自述》中，李秀成沉痛地讲述了太平天国从崛起到衰亡的过程，这是一篇让人惋叹不已的回忆录。他请求清政府停止对太平军残部的屠杀，为天下留些元气，“至肯赦者，天下闻知，无有不服”。此外，作为著名战将的忠王，还对国防和军事建设提出了许多建议。
然而，正如当时西方报道的那样，“忠王现正在撰写自传。同时，他也在等待着北京的裁决。至于会是怎样的判决，其实已勿需多问。确实，大清政府如果放过像忠王这样声名卓著的叛军领袖人物，那一定是疯了。他的名字本身就是反抗的代名词，只要他举起一面旗帜，全国各地就会有无数的人聚集到他的周围”。
他的下场，已经毫无悬念了。
曾国藩随即自剪羽翼，上表要求大规模撤裁所部湘军，从此恩宠愈固。
天京城破的那个下午，幼天王洪天贵福远远的望见湘军攻入城中，拔腿就想跑，却被自己的媳妇们（他九岁时，老天王就给了他四个媳妇儿）哭哭啼啼地绊住了。亏得幼天王有急智，谎称看看就来，方得以脱身。他冲到天王府门口，又被守护朝门的女官挡驾，幸好忠王等人及时赶到，才把他从女官们的纠缠中救出。半夜里，忠王率一千多人假扮清军，护卫着幼天王从太平门突围，但湘军随即赶来封锁了突破口，李秀成等人被打散。
在残余将士的拼死掩护下，幼天王这个连骡子和马都分不清的少年，终于骑着李秀成让给他的那匹名马逃脱，总算没有暴殄天物。他逃到堂叔父干王军中，然而大势已去，干王的军队也很快被清军打垮，他本人被俘牺牲。
再一次逃脱的幼天王，在清军的追捕中只剩下独身一人。他谎称姓张，湖北人，在当地的一户农家打了四天短工，还剃了头。然而，那家人也不敢收留他，打发他回家。在路上他多次遇见清军，一次被抢了衣服，一次被逼着挑竹子。一八六四年十月二十五日，他被巡逻的清军抓住，这个涉世未深的小伙子，立马被人家套出了身份。
他也写了一份《自述》。在《自述》中，他把责任都推给死去的老爹和忠心耿耿的将士们，“那打江山后，都是老天王做的，与我无干。就是我登极后，也都是干王、忠王他们做的。”然后话锋一转，广东地方不好，俺也不想回去了，就跟着抓到我的唐老爷回湖南去，好好读书考个秀才吧！
这个来自湖南的唐老爷，名叫唐家桐，是清军中的训导官。大概是唐家桐对他颇有些好脸色，幼天王曾赋诗一首歌颂他：“老爷识见高，世世辅清朝。文臣兼武将，英雄盖世豪。”虽然诗的立意和笔力不敢恭维，但感情还是很诚挚的。
然而洪天贵福实在是太天真，一旦幼天王的身份被确认，他年轻的生命也就走到尽头了。十一月十八日，幼天王被押赴刑场凌迟处死，就在他临死的前一天，他还给唐老爷写了三首诗，题目叫作《右送唐家桐哥哥诗三首》，末署“甲子年十月初四日夜五更”。诗如下：
老天王在天之灵，听见这句“如今我不做长毛，一心一德辅清朝”而没有诈尸还魂，再次印证了一切妖魔鬼怪都是骗人的把戏这一唯物主义真理。
洪天贵福说得对，“乱臣贼子总难跑”，连他自己在内的太平天国大小头目很快被一网打尽，无分贤愚，玉石俱焚。各地的动乱纷纷被平息，洋务派人物各自粉墨登场，一时“自强”之声响彻云霄。因时当同治、光绪两帝统治时期，故号称为“同光中兴”，看起来，天下似乎太平了。
然而，历史潮流浩浩荡荡，顺之者昌，逆之者亡。虽然曾国藩、左宗棠、胡林翼、李鸿章等一干名臣殚精竭虑，这个“中兴”也只不过是清帝国最后的回光返照而已。内乱方兴未艾，而放眼天下，正是列强雄踞，虎视眈眈，“清朝皇帝万万岁”同样只是梦呓罢了。
在这场内乱中，曾经不可一世的中华帝国，耗尽了自己的元气。内战英雄们，或以人间天国为号召，或以捍卫名教为旗帜，然而归根结底，都是在为一姓天下相互屠戮。李秀成在他自述的最后，忽然变得迷惘了，这样忠心耿耿地辅佐那样一个梦游中的天王，到底是为什么？“实我不之知也……”李秀成坦白地说道。
曾国藩与李秀成都是那个时代的杰出人物，然而连他们也不知道自己为何而战。果真是为了名教吗？果真是为了天国吗？都不是。
在东方，东瀛岛国正在崛起。三十度春秋后，甲午年，中日战于黄海、朝鲜之间。当是时，天下英雄已经凋零殆尽，只剩下七十多岁的李鸿章独撑残局。老先生殚精竭虑还挨了一枪，却赢得天下骂名。骂得最起劲的，却是那些安坐在大后方袖手旁观的书呆子们。
两千年的帝王世纪，终于书写到了尽头。若干年后，当我们回首这一段往事时，请记住俾斯麦那句当头棒喝：“我欧人以能敌异种者为功。自残同种以保一姓，欧人所不贵也。”