公元一八五六年九月初，长江下游的清军，突然发现江中出现许多不明漂浮物。经查，均为太平天国各色人等尸首，多系军人及其家属，内中不乏穿黄衣黄褂的高级头目。清军一头雾水，但迅即将敌情上报。经情报部门判断，通报为：太平天国内讧！
此事件，史称“天京事变”。
一八五六年秋，杨秀清借口天父下凡附身，逼洪秀全封他为“万岁”，洪天王假意同意，但托辞在两月后杨秀清生日时兑现。然后，洪天王密召在江西南昌的韦昌辉、湖北武昌的石达开、江苏丹阳的秦日纲三人回京诛逆。
秦日纲先抵达天京，但未敢轻动。九月一日午夜，韦昌辉率战舰二百余艘，精锐将士三千余人自南门入天京，随即与秦日纲、赖汉英、胡以晃等人开了个短会，据说他们也向天王洪秀全做了请示。次日凌晨，韦昌辉等人先控制住城中险要，并切断了所有通往东王府的道路，然后突入东王府中，斩杀了杨秀清，并将其首级砍下，悬挂在街市中的一根木杆上。东王府中侍从卫士家属人等仓促应战，全部被杀。
由于城中的当事人均先后被杀，故传世的具体文献大多描述得模糊不清，反倒是几个时在城中的外国雇佣兵，颇能道其详。
有个绰号“肯能”的爱尔兰文盲，仰慕我天朝上国风土人情，不远万里远渡重洋，来中国支持各种捣乱事业。他先在上海滩鬼混，在清军中混过饭吃，后来又参加了“小刀会”起义。清军夺回上海后，他沿江西上，来到镇江参加了太平军，因精通枪械，屡战有功，先后蒙秦日纲、杨秀清召见，被调往天京，任东王府闲职。
他住在东王的妻舅家中，经常和主人一块搞酒喝——而太平天国其实是禁酒的。他最后一次看见活着的杨秀清时，他正在训斥三千名两广老兄弟，说他们有厌战情绪。
九月二日凌晨四点多，酣睡中的肯能被炮火声惊醒，他和另一个洋朋友冲到大门口想探寻究竟，但被韦昌辉、秦日纲布置的警戒哨赶回屋里。直到拂晓，他们才溜出房子，跑到东王府去查看情形。他们发现街上到处是尸体，大都是东王府的属官人等，有些还是熟人——看来韦、秦二人的部队连东王府中的乐师、书吏、仆役都没有放过。
悲剧发生后，天王总算露面了。在天王府前，宫女们张贴出了一份用朱砂书写的足有两米多长的黄绸布告，严厉谴责了韦、秦两人在杨家的滥杀和抢劫，宣布重责两人各五百杖。所有疑似的“东王余党”，都被招去观看行刑，刑场就设在天王府的院子里。
杨秀清虽然跋扈，但毕竟是太平天国开创的元勋功臣，他执政期间，日开疆百里，多少还是有些人望的。他被残杀灭门，天京城中的大多数人都表示同情和哀悼，因此到场观看韦、秦受刑的不在少数——而这些人，并不见得都是杨秀清的党羽。
由于刑场设在天王府，入场的人都自觉地交出了携带的武器——到天王府看热闹，还有什么好担心的？然而，天王府所有的院门突然都被关闭，刑场上的杖击也停止了……这些企图跑来看热闹的“东王余党”，被分割包围，押送到几所大屋子里关押起来。
肯能和守在天王府前门的卫兵呆在一起，亲眼目睹了这次大屠杀：“次日黎明时分，关押东王余党的大厅门窗打开了，一些炸药包扔向被押的人群，而出口则被严密地把守着。兵丁们没遇到什么反抗就冲进了其中的一座大厅，将被押者统统杀光。但在另一座大厅里，被押者用厅墙和隔墙上的砖块拼死抵抗了六个多小时才被消灭。屠杀者除了用步枪扫射抵抗者外，还向被押者发射了一枚两磅重的葡萄弹——这些可怜的人们脱光了上身的衣服，许多人都力竭而死。”
韦昌辉和秦日纲的战士挽起右边袖子，冲入厅中大肆砍杀。等到肯能进去时，发现里面惨不忍睹：有些地方尸体堆了有五六层，有的则被炸药包烧焦了，还有些人自己上吊死了。在接下来的几个星期里，一些侥幸漏网的“东王余党”也纷纷落网，或数十人，或成百上千人一队，被押往刑场斩首，连妇孺亦不能幸免。
石达开随后赶回天京，他看到城中惨状后，谴责韦昌辉杀得太滥。杀红了眼的韦昌辉，又准备干掉石达开。刚回到天京城才几个小时的石达开，只得仓促冲杀出城外，但其家人老小数十口未能逃出，全部被韦昌辉所杀。石达开回到军中，正赶上清军猛攻宁国，他以大局为重，先挥师救宁国，同时上表天王洪秀全，要求杀韦昌辉以谢天下，并声称将班师还朝，讨伐韦昌辉。
然而，出乎石达开意料的是，他尚未回师，韦昌辉的人头就被天王送来了，倒霉鬼的名单上，又多出了两百多号人。据说韦昌辉惨遭肢解，天京城的巷子里到处悬着两寸多宽的肉条，旁边标注着“北奸肉，只许看，不许取”。
一八五六年底，石达开回到天京城，受到英雄凯旋般的欢迎，然而在翼王心中，却是失去家人的沉痛，失去战友的感伤和对天国未来的迷茫。作为永安五王中最后一人，他强忍下悲伤，责无旁贷地担负起了辅政的重任。他一人独居，每天夜里批改白天收到的文牍，次日早晨由侍从把批示张贴在他住所外面的墙上。
可是洪秀全并不信任他，他封自己的两个老哥洪仁发、洪仁达为王，让这两个“既无才情，又无算计，一味固执”的蠢家伙处处牵制石达开。次年四月，忍无可忍的石达开愤而离开天京出走，十余万精兵随他而去。然而离开了天京城的石达开，成了离开大地母亲的泰坦，也失去了当年战无不胜攻无不克的力量，他屡战屡败，最后全军被围于大渡河畔。他亲往清军营中“自首”，想舍一身而挽救部下，但最后其部属仍惨遭清军屠杀。一八六三年六月二十五日，石达开在成都被凌迟处死，临刑时神气凛然，无丝毫畏缩。
曾国藩、左宗棠等人评价称“石逆狡悍为诸贼之冠”，“石逆狡悍著闻，素得群贼之心。其才智出诸贼之上，而观其所为，颇以结人心求人才为急，不甚理会邪教俚说。是贼之宗主，而我之畏忌也”。洋人麦高文也评价说：“这一位青年领袖是英勇侠义、勇敢无畏、正直耿介的，正是全军的中坚人物。他的头衔称为‘电师’，这真能表达他的行动。他是饱受教育而又能行动的人。”
他是那个时代最悲剧化的英雄。
“天京事变”中，被称作能代上帝立言的人间精灵，且与洪秀全同为上帝之子的杨秀清死了；当年捐弃全部家财资助拜上帝会，同为上帝之子的韦昌辉也死了；太平天国重要的军事领袖秦日纲也死了；数万来自广西的百战精锐也死了；元勋中唯一幸存的石达开，负气他去，全军覆没于大渡河畔……人间天国的脊梁垮了。
更糟糕的是，“天京事变”，彻底埋葬了天国的梦想与神话，让人们从迷梦中醒来。李秀成认为，如果不是清朝方面奉行严厉的杀戮政策，也许太平天国那个时候就该结束了。当时清方记载民谣称：“天父杀天兄，江山打不通，长毛非正统，依旧让咸丰。”这反映了事变对天国上下人等的巨大震撼与冲击。