张献忠攻入成都的时候，清军已经入关四个月，李自成的大顺军尚在苦守山西，南京史可法、马士英等人奉立小福王监国，天下正在混乱中。
但张献忠没能抓住这几个月的宝贵时间，他虽然也建立了政权，但并没能夯实自己的统治基础，反而因为率性妄为，残忍嗜杀失尽了民心，也摧毁了自己统治的经济基础。
明朝残余力量因为他不留余地的杀降杀俘政策而被迫拼死抵抗，并与南明福王政权取得联系，获得了正统地位；地方上稍有些力量的强者，也总是试图反抗他。
纵观张献忠在四川的所作所为，我们只能说，他虽然在谋士们的劝导下，也曾一时心血来潮想建立自己的根据地，并在这方面迈出了脚步，但骨子里，他仍然只是个“流贼”，信奉的还是罗汝才式的流寇理论：“吾等横行天下为快耳，何专土为！”只会破坏，而不会建设。
张献忠在那个纷繁动乱的时代里，不是一个具有帝王风范的领袖。他最喜欢采用的手段就是杀人，而只会杀人的皇帝，老百姓是不喜欢的。
两千年曾有一段智者的对白。
天下恶乎定？
定于一。
孰能一之？
不嗜杀人者能一之。
张献忠显然不是个“不嗜杀人者”。
他也是牛金星所说的“势虽强，不过为他人驱除耳”！
张献忠攻陷重庆之后，随即向成都进军，并未留多少兵力守城。防守长江的明将曾英，尾随其后，于一六四五年初占领了重庆，川东溃散的明军士兵和难民纷纷归附他，重庆一时成为川东抵抗张献忠的旗帜。
对此，大西政权当然不能忍受。二月间，张献忠派刘文秀率兵三万再次攻打重庆，进抵合川，据多功城为营。多功城是南宋威抵抗蒙元而建的堡垒要塞，今属重庆渝北区。
十八日，刘文秀在此兵分两路，陆路攻佛图关，水路自嘉陵江而下，夹攻重庆。曾英得知情报后，先将老弱难民送往涪州，只留下精锐部队，准备与刘文秀决死一战。他以于大海防守嘉陵水路，在沙坪龙门设防，张天相防守佛图关陆路，并再三叮嘱这两路不得出战，任务是把刘文秀牢牢钳制住。
随后，他亲率五百轻骑兵，绕道潜出多功城。刘文秀轻敌，疏于防备，多功城被一举攻破，断了后路。曾英随即取大西军旗帜，沿嘉陵江急行，与于大海合击刘文秀主力于沙坪龙门。
当时的古战场，即在今重庆沙坪坝与石门之间一段江面上，江中有石矶两座，分水路为三，在此下游，还有数里长的鹅卵石滩涂伸入江中，在二月枯水季，与嘉陵南岸之间仅间隔数十米。
余大海以竹笼装卵石，沉入江中为堰，并以竹索、铁链横截南北，隔断嘉陵水路，自率水陆军在石矶和两岸设防抵抗。刘文秀至此后，顿兵不下。曾英遂伪装大西军，自背后突袭，于大海也趁机以水陆两路夹攻，刘文秀大败而逃，舰船损失殆尽。
曾英随即又挥师击败陆路大西军于亭溪。这是张献忠军自入川以来，遭受到的最大失败。
自成都逃出的参将杨展，也收集旧部数千人，于三月初六，自永宁攻叙州，以守备马应试偏师夜渡雪滩头，次日晨与大西军战于南岸，生擒两千余人，大西军溺死无数，南明军取得了又一次胜利。
但杨展随即被张献忠派来的孙可望击败，退到鱼腹关自守。
张献忠的处境也逐渐开始不妙起来。李自成在清军多铎的进攻下，放弃西安南下进入湖广。四月间，李自成留在陕北的部队在李过、高一功率领下，放弃延安、榆林南下，自川东北南下湖广追赶李自成主力，这支部队一路攻陷川东北太平、东乡、达州、夔州、新宁等处，大西政权的东北方门户洞开。
此时张献忠更加暴躁，遣兵四出屠戮，称之为“草杀”，作放弃四川的准备。
保宁等大城市相继被屠城，成都市民也被有计划地分批屠杀，大西军以人手验功，在验功的地方，人手堆积如山。甚至有些大西军的将士，因为实在不忍心下手，干脆自己自缢身亡或逃走。张献忠的总兵温自让率百余骑兵逃跑，其全家被杀，温有个小儿子，粉白可爱，张献忠在孩子周身烙上万字符，称为“锦孩儿”。都督张君用、王明等数十人，都因为杀人少，遭剥皮而死，全家被屠。
被派出担任“草杀”任务的各路部队，都不敢把杀人数据报得太低，为了让张献忠高兴，大兴浮夸风。孙可望报杀男子五千五百八十余万，杀女子九千二百万；刘文秀报杀男子九千五百六十余万，女子八千八百万；李定国报杀男子九千九百余万，女八千八百万；艾能奇报杀男子七千六百余万，女子八千八百九十六万……累计数约六亿八千万人。
所以清人编撰的《明史·流寇志》说大西军，“将卒以杀人多少叙功次，共杀男女六万万有奇。”这个数据显然是浮夸的，但浮夸的根源，还不在于清人，而在于大西军上下因畏惧张献忠而编造的数据。后世所谓清人“诬蔑”张献忠之说，多把这个数据拿出来为例，认为当时四川不可能有如此众多的人口，并进而推论连“张献忠屠四川”都是清人的栽赃。
编《明史》的张廷玉是康熙、雍正、乾隆三朝老臣，毋庸置疑，在感情上当然会有所偏向，但他对于《明史》的编撰还是比较客观的，所言基本上都能做到有所依据，这些数据虽然不可信，但通过分析这些数据的来历，我们多少可以窥见当时的一些历史背景。
把周边破坏得差不多后，张献忠先生准备离开成都，嫌自己的兵们拖家带口太累赘，杀！嫌老弱病残人马太多，杀！连自己的家口也不放过，趁醉酒把自己的幼子扑杀，醒来又以姬妾人等不劝阻为由将这帮人也杀了……
八月中，他隳成都城，焚蜀王宫，还烧掉了残存的民房，凡石柱亭栏也在其中，过大难毁者，聚柴草焚烧。成都中园有梨花数千株，每年三月三到此游赏，已是成都风俗，但这些梨树也没能躲过这一劫，被当作柴火烧掉了。
史书评价道：“屠城、屠堡、屠山、屠野、屠全省，甚至千里无人，空如沙漠，自亘古以来，未尝有也！”
他毁灭成都后，带兵北上，攻陷顺庆，屠杀顺庆居民五六十万人，并宣示城中，称四川人为“蜀獠”，说朕待蜀獠最好，而蜀獠每每要反，负朕之极，故尽屠之。
张献忠将刘进忠屯于保宁，所部多是川兵，听说张献忠尽屠川兵，都很惶恐，刘进忠就带着部队叛变，走投无路之下，听说清军已到汉中，便投降了清军。
五月中，李自成在九宫山被杀，余部陷入混乱，清廷遂以肃亲王豪格替代阿济格，统帅追击李自成的这支部队，转进汉中，准备入川消灭张献忠。刘进忠投降后，豪格便以他为向导，南下进川。
十二月十一日，清军探知张献忠屯兵于西充凤凰山，潜兵偷袭。这天清晨大雾，清将鳌拜率所部登山，张献忠部下发现敌情，向他汇报，他轻蔑地说：“摇黄贼耳！”将报信的人斩首，不相信清军来得这么快。
直到清兵已到营门，他才穿着飞龙蟒半臂，也不披甲，腰边随便插着三支箭，嘴里还咀嚼着早饭，带几个人出帐查看敌情。当时清军前锋与他只隔一条溪流，他着装太明显，立刻被担任清军向导的刘进忠发现，刘随即指示鳌拜手下蒙古章京雅布兰：这就是张献忠！
雅布兰抽箭射之，张献忠咽喉中箭落马而死。清军大呼“献贼死矣”，大西军群龙无首，大乱，孙可望等人用锦被包裹张献忠的尸体，草草将他埋葬，然后率残部突围向东逃走。
清军清理战场，发现了张献忠的尸体，将他挖出斩首，后悬挂于成都北门示众。
一代枭雄，就这样草草落幕了。他只比李自成多活了半年，这一年，是农历乙酉年，西历一六四五年。