李自成于四月二十六日仓皇逃回北京，吴三桂与清军紧紧尾随其后。大顺军在北京城的奸淫掳掠和拷饷政策，已经完全失去了民心，这座城池，是无法为大顺朝而坚守了。
二十九日，李自成在武英殿登基，即皇帝位，追尊七庙，立夫人高氏为皇后，以牛金星代行郊天礼。当夜，大顺军纵火焚烧了已有两百多年历史的宫殿建筑群，连九门的城楼也未能幸免。次日黎明，大顺军即由齐化门撤退，受伤的刘宗敏躺在一张长桌子上被抬走。
五月二日，多尔衮率清军进入北京城，随即将顺治皇帝福临迎来，从此，北京城就成为了清王朝的都城。
李自成撤出北京后，取道保定、真定，由井陉关退入山西境内。殿后的大将谷可成和左光先在庆都、真定被尾追的清军赶上，连遭败绩，谷可成战死，左光先受伤。五月中旬李自成抵达太原，留陈永福率一万人马守太原，自己撤回西安。七月上旬，大顺军发动了一些反击，但随即被清军击退。
九月中旬，清军攻太原，以重型火炮轰破太原城墙，守将陈永福战死。
十月，福临在北京正式登基称帝，君临中原。清廷以阿济格为靖远大将军，率吴三桂、尚可喜等人自陕北进攻关中；多铎为定国大将军，南下河南，自潼关威胁关中。
十二月，李自成误判北路为清军主攻，除以李过、高一功驻守榆林、延安外，又亲率大军北上增援。但在半路上得到清军进攻潼关的消息，又匆忙回援潼关。大顺军与清军在潼关城下苦战了近二十天，清军以重炮轰塌关城，于次年正月十二日占领了潼关。
李自成随即放弃西安，自蓝田出武关，南下襄阳。此时清军多铎部被调往中原东部准备消灭南明政权，由阿济格负责追击李自成。李自成一路逃跑，沿途没有组织一次有效的抵抗，苦心经营的荆襄根据地也轻易放弃了，部队士气越来越低落。阿济格紧紧追赶，数次击败大顺军。
李自成打不过清军，对打左良玉还是很有信心的，他于三月上旬抵达潜江，扬言要攻打左良玉占据的武昌。左良玉打张献忠在行，对付李自成就没把握，加之他和南明当权的马士英、阮大钺不合，所以正好借口去南京“清君侧”、“救太子”，率部沿江逃走了。李自成轻易占据了武昌，但也只停留了两天，又轻易把武昌城交给了追来的阿济格，自己沿江逃往九江。山海关和潼关两战，严重地打击了李自成的信心，使得他见到清军主力部队就想逃。
清军在富池口及九江附近，两度追上了李自成，大顺军败得一塌糊涂。李自成折向西南，在德化县西掉头转入幕府山脉，经瑞昌，入兴国，又沿骑立山、太平山北进入通山县九宫山北麓。清军一路紧追，在九宫山阴，再次追及大顺军，李自成又吃了败仗，部队也被打散了。在这一系列战斗中，大顺军损失惨重，大将刘宗敏、左光先、军师宋献策、李自成的两个叔叔及大批高级眷属先后被俘，牛金星也与李自成失散。
李自成退入九宫山中。一六四五年农历五月初，他带着二十八骑登山观察地形，被一群乡勇伏击，李自成在混乱中被杀。因为事发仓促，随行的李自成的义子张双喜仅得驰马先逃，李自成的近随刘某飞骑追呼道：“李万岁爷被乡兵杀死下马！”大顺军残部满营皆哭。
这一说法，来自于南明唐王隆武元年，湖广总督何腾蛟的奏报，当时李自成的旧将都被何腾蛟招抚，他们众口一词的说法，应该是比较可信的。何况，幸存当事人之一的张双喜，此时正长驻在湘阴，随时可供调查。
清军方面，阿济格也得到了李自成已死的情报，他随即乐滋滋地向老哥多尔衮汇报了这一喜讯。多尔衮立刻告祭天地太庙，宣谕中外。但没过几天，多尔衮又得到李自成逃到江西的情报，抱着宁可信其有，不可信其无的审慎态度，谴责阿济格谎报军情。于是大功臣阿济格由亲王降级为郡王，还额外罚银五千两，还有一些将领也受了牵连——其中有一个就是大名鼎鼎的鳌拜鳌少保。
阿济格吃亏在没有可靠的当事人能提供证词。
于是几个月后，九宫山民程九百，突然接到当地清朝县官的访问和嘉奖，称他杀死了李自成——至于尸体么，大热天的，自然是“尸朽莫辨”了，腐烂的尸体难以辨认——这难道还有什么疑问么？在县官的鼓励或者说是胁迫下，程九百拎着一个朽坏的人头，以及据说是缴获的珠盔、龙袍去见湖广总督。总督佟军门大喜，委任他为德安府经历，后又选任西安府守备。
不过二十世纪五十年代发现的《程氏家谱》中，却老老实实地记录为“（程）安思……字九百……剿闯贼李延于牛迹岭下”。李延和李自成到底是不是一个人，只有鬼知道。
也许因为家谱是私修书，没有那么多顾虑吧？
当然，历史的事实我们都知道，李自成确实是死了。
所以，一年后多尔衮又亲自签署文件，给阿济格、谭泰、鳌拜等人平反昭雪。
但这事儿还没完。到乾隆时，皇帝闲来把曾祖父顺治朝《实录》拿出拜读，看完之后还发表评论：“英亲王阿济格秉心不纯，往追流贼，诳报已死……黜爵实由自取。其子孙前俱降为庶人，削其宗籍。”阿济格又一次倒霉。
这时，都过了差不多一个世纪了！历史，它一直在静悄悄地改变着未来。