在开封激战之时，崇祯启用被关在狱中的孙传庭为兵部侍郎兼三边总督，赴陕西组织军队赴援开封。孙传庭上任后，杀掉在马家庄之战中拥兵自重，临阵先逃的总兵官贺人龙，以其部将高杰代之，并积极整饬军队。
此时，陕西各军刚遭受了马家庄、襄城两次沉重打击，兵员大多是新招募的，战斗力有限。崇祯不顾孙传庭的具体困难，屡次催促他出关援汴，孙以“兵新募，不堪用”，请求缓期，崇祯不许。孙传庭只得于崇祯十五年九月间，咬牙带着一帮新兵蛋子出潼关，向河南进发。刚进入河南，便得到消息说开封已被黄河水淹，周王等逃走，援汴已无必要，孙传庭遂率部于十月抵达南阳休整。
李自成于开封撤军后，得知孙传庭东出，便率军西向，寻孙传庭决战。孙军迎击，两军遭遇于郏县附近。孙军总兵牛成虎佯装败退，李自成自恃兵多，不虞有他，一路猛追，被诱入孙传庭的三重埋伏中，牛成虎返身回战，高杰、董学礼、左勷、郑嘉栋等四总兵或左右包抄，或分割冲杀，农民军大败。李自成折断帅旗溃围东走，路上还坠马一次，险些被明军俘虏。明军追杀三十余里，及于郏县东边之冢头，斩首千余。
但李自成也是沙场老手，早年吃这样的败仗不是一两次了——所谓善败者不大败——他立刻命部下一路抛弃军用物资及珠宝银两衣物等，甚至还扔下些弱马和随军妇女。明军多是新兵，缺乏战场经验，到处捡拾财物，搅乱了战斗队形。而李军方面，则因罗汝才部及时赶到，力量有所恢复。罗汝才率部绕到官军后面，反将明军包围起来，李自成则利用官军混乱之机，整顿残部，重新投入战斗，李军人多势众的优势此时充分体现出来了。战场形势立刻改变。左勷、萧慎鼎顶不住压力，率先溃逃，其他各部也难以支撑，都纷纷撤退。孙传庭喝止不住，只得在亲卫部队的保护下突围退回陕西。
此战，明军损失副将孙枝秀、参将黑尚仁以下将校七十八人，士卒损失数千人。萧慎鼎因临阵脱逃被斩首示众，左勷因为是名将左光先的儿子，只罚马两千匹。农民军因在序战中损失很大，所以也未能扩大战果，全歼孙传庭。李自成在此战中损失了精锐部队八千余人，自进入河南以来，他还从来没遭受过这么大的损失。
在战斗中，因天降大雨，粮食没能及时补给上，官兵多采青柿为食，所以此战被史家称为“柿园之役”。这一战，孙传庭败得很可惜，世人多为之叹惋。直到清朝，大学者纪晓岚还在《阅微草堂笔记》里替他抱不平：“柿园之役，败于中旨之促战，罪不在公。”并以鬼神托言的形式用孙传庭的口吻录了一首诗：“一代英雄付逝波，壮怀空握鲁阳戈。庙堂有策军书急，天地无情战骨多。故垒春滋新草木，游魂夜览旧山河。陈涛十郡良家子，杜老酸吟意若何？”署名是“柿园败将”。
孙传庭是明末大局中，一位悲剧性的英雄人物。柿园之役，还远不是他历史悲剧的结局。
李自成击败孙传庭后，随即回师扫荡驻军汝宁的保定总督杨文岳，以期彻底消灭河南的明军势力。闰十一月中旬，李自成率罗汝才及革左五营等部，合围汝宁，杨文岳在城外野战不利，退入城中固守，随即城陷被俘。
明末这些总督们，在能力上各有长短，但在气节上，都能够做到忠于所事，宁死不屈，这还是很难能可贵的。杨文岳也不例外。他拒绝了李自成的劝降，并破口大骂，李军将他绑在城南三里铺，以大炮轰击，洞胸糜骨而死。
彻底消灭河南的明军后，李自成南下寻襄阳的左良玉决战，左良玉回避决战，向东逃走，逃到九江才在李邦华和侯方域的劝说下止步，勉强组织了一道防线。
李自成没追上左良玉，便顺手攻克了嘉靖皇帝的龙兴之地承天府（今湖北钟祥）。嘉靖皇帝原本是藩王，因其堂兄武宗正德皇帝死后无子，遂以藩王身份入继大统，所以嘉靖父亲的陵墓在承天府，而不是在昌平天寿山下。而直到崇祯以来的明朝皇帝，都出自于嘉靖一支，故承天明显陵，实际也就是崇祯的祖陵。崇祯十五年初汪乔年为三边总督时，曾授意米脂县令边大绶毁掉了李自成父祖的坟茔，所以李自成攻克承天府后，如法炮制，也掘毁了显陵作为报复。
由于河南已经零落不堪，李自成着意于经营荆襄作为根据地，随即于崇祯十六年三月进攻郧阳。按察使高斗枢与原农民军降将“小秦王”王光恩等人固守城池，李自成虽连战连胜，但却两攻郧阳不下。五月底，孙传庭在崇祯的催促下，再次出关入河南，李自成恐腹背受敌，放弃了第三次攻郧阳的计划，率主力北上迎击孙传庭。
在攻占襄阳之后这段时间里，李自成做了几件大事。
首先，他于崇祯十六年三月间，剪除了罗汝才，贺一龙等人。
罗汝才是明末农民军中能与李自成、张献忠并肩相论的人物，他多谋善变，所以江湖上人送绰号“曹操”。早在崇祯八年，十三家七十二营荥阳大会时，罗汝才就已经独树一帜了，而李自成当时还只是高迎祥麾下的一营。
杨嗣昌十面张网时，罗汝才也在湖广接受了招安，不过却借口自己不愿为官，只想带着旧部老老实实过日子，躲在房县一带的山里不肯出来。熊文灿忙着对付张献忠，当时也没功夫多研究他。转年张献忠在谷城重新造反，罗汝才也随之起事。先是和张献忠合股，后两人因意见分歧分道扬镳，罗北上河南与李自成搭档，配合得相当默契，在“柿园之役”中，正是因为他的及时出现，李自成才得以转败为胜。
罗汝才虽然年纪大过李自成，但并不以老大哥自居，在军事决策和个人地位上，都让着李自成，李自成称“奉天倡义大元帅”，罗汝才仅称“代天抚民德威大将军”。
但两人的兴趣爱好却完全不同。
罗汝才好酒色，后房美女数百，珍食山积，似乎造反就只是为了吃喝玩乐，不脱山大王本色。李自成则生活朴实，谋虑深远，私下里颇有些瞧不起罗汝才，称罗为“酒色之徒也”。
一次两人喝酒，李自成借醉对罗说：“咱们起身草莽之间，可真没想到过能到今天这地步！今后咱们拿下老家关中，就可以割据称王了！”罗汝才喝多了，晕乎乎地没听明白李自成话中深意，回答道：“老子们横行天下多痛快啊，干嘛要找块地方割据？”浑没弄明白李自成这话是试探他是否支持自己称王。
事实上，李自成要称王，罗汝才只有三种选择：要么干掉李自成取而代之，要么留下称臣，要么率部离开。罗汝才是个讲义气的人，口头禅就是“贼不杀贼”，干掉李自成他想都不愿想；留下称臣吧，他“曹操”闲散惯了，向来不服管，也难受得紧；离开吧，看起来还成，但李自成可就不乐意了——他怎么能给自己留下一个争天下的潜在对手呢？
史书说这位“曹操”先生是：“不能为人上，又不能为人下，是绝物也，安往而非危地乎？”既不能适应形势，又不愿意改变心态，这样的家伙，走到哪里都容易出危险。
宋太祖说得好，卧榻之旁，岂容他人酣睡？李自成能成为明末最著名的枭雄，这个道理不能不懂。所以崇祯十六年的三月初六，也就是二攻郧阳的前十几天，李自成请罗汝才和与他亲近的革里眼贺一龙去他营中喝酒。
罗称病未到，贺一龙却欣然前往，喝得大醉。当夜，李自成即命人将沉醉中的贺一龙杀掉，黎明时，李自成以二十骑突入罗汝才帐中，称有事找他商量，罗刚起床，正在梳洗，毫无准备，被来人杀死。罗汝才的部下虽然愤怒，但面对严阵以待的李军，也无可奈何。有部分罗的亲信逃入还在明军手中的郧阳城，陈述了事情的经过，因此这一事件得以通过第三方的记述，在历史上留下详细的记录。
当时跟随李自成活动的其他农民军，主要是罗汝才部和所谓“革左五营”。罗被杀后，其部众大部归属了李自成。“革左五营”也被分化瓦解：革里眼贺一龙被杀与左金王贺锦先后被杀，部众被收编，治世王刘希尧、争世王蔺养成则成为李自成的部将。老回回也属“革左五营”，但他一直保持独立，婉拒了李自成的招降。他随后病死于彝陵，其部队为张献忠所并。
这年的五月，李自成又消灭了对他时叛时附的河南农民军袁时中部。至此，除了张献忠一时还难以解决外，曾在明末大舞台上活跃过的农民军其他各部都已退场，北中国的舞台上似乎只剩下李自成与大明王朝逐鹿中原——如果不算关外那个虎视眈眈的新兴王朝的话。事实证明，明末群雄们都小看了它的野心与实力。
剪除诸雄后，李自成随即自称“新顺王”。
除了统一军政大权，李自成还在襄阳建立起了一整套政治军事制度，这标志着一向被称作“流寇”的农民军，开始运行雏形的政权。
军事制度上，在李自成“奉天倡义大元帅”之下，军衔依次为权将军、制将军、果毅将军、威武将军、都尉、掌旅、部总、哨总等。高一功掌亲军，田见秀为权将军，刘宗敏也为权将军，但地位次之。此下再分前、后、左、右、中五营，每营主将为制将军，其下再设置果毅、威武等将军。
李军将士在行军时，不允许私藏金银；经过城邑，不得在老百姓家里住宿；除自己妻子外，不得携带其他妇女；骑兵一人配马三匹，轮流换乘，确保机动性。
作战中，以骑兵为主力，将数万骑兵分列三排，号称“三堵墙”，如前排溃退，后排负责执行战场纪律。但在久战不下的僵持局面下，骑兵可以佯装败退诱敌，待持长枪的步兵与敌接触后，骑兵回头再战。
攻城中，如守军不战而降，则一人不杀；守一天，杀十分之三，守两天，杀十分之七，守三天以上的，全城尽屠。由步兵四面包围，骑兵巡逻搜索，守军通常极难逃脱。
战利品上，讲究实用，最重视骡马，其次是武器，再次是金银布帛，最后才是珠玉。
官僚制度上，左辅、右弼为最尊，相当于正、副丞相，以牛金星为左辅，来仪为右弼。此下为吏、户、礼、兵、工、刑“六政府”，其职能相当于明朝的六部。
李自成一改长期流动作战的习惯，开始在一些要点设“卫”，派大将率军驻守，还派出了上百名地方官员建立地方政权——但从后来的效果看，这些外派的将军和官吏们并没有能建立起像样的根据地。
李自成还在襄阳开科取士，题目是“三分天下有其二”，有九十多人参加，有七人被录取，状元赏银三百两，其他六名每人一百两，落榜生每人也有十两。
襄阳政权还提出了“三年不征”的口号，并要求自己的地方官给老百姓提供耕牛、种子，以积极支援农业生产。
这一系列措施的直接结果就是，“民皆附贼而不附兵”。
李自成称王后，召开了一次战略性的会议，决定今后的发展方向。投降的明钦天监博士杨永裕建议取南京，据江南之财富，断京师之粮运；顾君恩则认为，攻南京尚需和左良玉等军决战，无必胜把握，即便成功也是缓招，不能立刻制明王朝于死地。不如直取关中，旁略三边，先得边疆劲卒充实军队，然后取道山西攻北京，是为万全。
李自成及其诸将多是陕西人，自然倾向于顾君恩的方案。但顾君恩方案，尤其是后半部分，却相当失策。自唐宋以降，陕西渐趋贫瘠，且十余年来频遭兵乱，早已不是历史书上所谓的“天府之国”与“百二之地”。虽然关河险固未变，其经济基础已近崩溃，实不足以支撑一支数十万人的军队。
自陕西入晋，继而北上攻京师，计划本身无可厚非。但顾君恩过分强调了自明王朝手中夺取皇权的意义，而忽略了正是明王朝的存在阻碍了清军南下的客观事实。曾有一段与之相似的历史，可以引证：唐高祖李渊入关中，不先取近在关东的李密，反而以卑辞联合，实借李密之兵以抵挡关东隋军和其他各路诸侯。李渊父子则集中力量扫平西方的薛举，待后顾无忧后，方才锐力东进。李密、王世充、窦建德等人先后授首，大唐天下遂得以建立。
所以顾君恩所谓的“进战退守，万全无失”，是相当主观的判断，他把李自成放到了北有虎视眈眈的满清，南有一心报君父之仇的南明这样两线作战的不利形势之下——他还忘记了，在对抗异族的战斗中，同一种族的明王朝，本应该成为盟友。
十余年的兄弟阋墙之战，使杀红了眼的双方，忘记了还有更可怕的敌人，正在窥视中原。正是这一决策，推动了“甲申之变”的脚步，将在我们历史的天空中，引发了一场影响长达三百年的狂风暴雨。
你听，你听，至今窗外仍有那淅淅沥沥的雨声……