唐僖宗逃到骆谷，凤翔节度使郑畋去参见，求他留在凤翔鼓舞人心，小皇帝拒绝，说自己至少要逃到兴元才能安心工作，如果问题严重，很可能要逃到成都。郑畋没奈何，说那你跑那么远，道路又不好，我没办法事事向你汇报，你得让我随机处置。这个，小皇帝同意了。
郑畋回到凤翔，立刻召集部将宣誓讨贼，周边各藩镇也纷纷响应。
黄巢派尚让率兵五万进攻凤翔，郑畋自己不会打仗，却能用人，以泾原节度使程宗楚为副帅，前朔方节度使唐弘夫为行军司马，在龙尾陂设下埋伏，他亲自率数千人阵于高岗诱敌。尚让轻视郑畋是书生，让部队击鼓冲锋，队伍散乱（又和当年荆门之战一样），被唐弘夫的伏兵大败，被斩首二万余人，伏尸数十里。
回到长安城，有人在尚书省门口写诗讽刺尚让打败仗，他恼羞成怒，把当天该值班的官吏统统挖掉眼睛倒挂起来，还在城里大搜捕，凡是会写诗的统统杀掉，能识字的全部给贱役，据说杀掉了三千多人。
唐僖宗逃到安全地带后，总算履行了自己的职责，下诏天下藩镇讨伐黄巢，于是乱世英雄纷纷登场。
正在代北沙漠里无所事事的李克用，被朝廷赦免，带着他的沙陀军团奔赴长安勤王，一路上还总是和自己人闹摩擦。义武节度使王处存听说长安失守，号哭累日，率军入援，并派遣了两千人赴兴元保护皇帝。河中节度使王重荣，本来已经投降黄巢，但黄巢调财征兵不已，王重荣忍无可忍，杀掉黄巢的使者，起兵反抗。
就连宦官杨复光，也身残志坚，在许州召集队伍反对黄巢，进攻邓州，那个在许州舞阳鬼混，屠牛、盗驴、贩私盐什么坏事都做的“贼王八”，目前是他手下的一员都将，有了个大名叫作“王建”，这是未来十国之一的前蜀皇帝。
杨复光带部队进攻黄巢的邓州守将朱温，未来的前蜀皇帝和后梁太祖交上了手，后梁太祖落荒而逃，被前蜀皇帝追杀了六百多里地，一直从河南邓州跑到陕西蓝桥驿（今陕西蓝田县西南）才收住脚。
还有些人物，目前只能跑龙套，但影响深远。
权夏绥节度使拓跋思恭这个鲜卑胡人也跑来凑热闹，和延节度使李孝昌合兵屯东渭桥，与刚刚逃回长安的后梁太祖对垒——当然，他们俩既然连十国都混不进，自然没有前蜀皇帝的手段，所以很吃了后梁太祖些亏。
不过拓跋思恭到底是最早赴援京师的五镇之一，虽然功劳几乎没有，苦劳还是有一点的，为了表彰他的耿耿忠心，皇帝给他赐姓李。这就是未来的西夏皇帝李元昊的姓氏来历。如果我们把眼光放得足够长远，沿着这条线下去，拨开历史的迷雾，我们还能看见一个更能影响历史的人物，明末大名鼎鼎的闯王李自成。
因为黄巢没有进士及第，所以历史上出现了李元昊、李自成，而不是拓跋元昊或者拓跋自成，这就是“蝴蝶效应”。
一只小小的蝴蝶扇动翅膀，结果在遥远的地方引发了一场飓风。这里我们可以看见，咸通年间那些偶然的科举考试结果，在中国历史的大舞台上，引起了怎样的一场山崩海啸！
黑格尔说得对，读历史有如暴风雨后纵观海上桅樯摧折的沉舟。
唐军各藩镇四面围合，黄巢军坐困长安孤城，粮饷已绝。长安城里粮食曾卖到三万钱一斗米的地步，即便这样，也是有价无市。长安城及周边地区，相继出现了“人相食”的惨剧。
从金统元年到四年，长安及其周边地区，处处皆是战场，关中沦为修罗地狱。黄巢在军事上还能够苦苦支撑，但在经济上却无能为力，大齐朝已经陷入财政破产的地步。
金统三年，黄巢的爱将朱温，因屡战不利，粮饷断绝，旬月间，向黄巢十上求援表章。主管军事的孟楷正在到处补洞，烦死了老是嚷嚷的后梁太祖，严辞训斥，指责他希图兵多自重，却不肯奋力征战。老实说，这几年要不是朱温拼命打了几个胜仗，孟楷们早被唐军撵出长安城了，气晕了的孟楷居然说朱温希图拥兵自重，有二心，实在是冤枉忠臣。
朱温闻讯，一怒之下，于这年九月向唐河中节度使王重荣投降。唐僖宗闻知大喜，赐朱温名“全忠”。赐完名后，有人帮皇帝解字，说您这个名字赐得大不吉利：“全”字，人王也，“忠”字，中心也，使人王而据中心，您自己该放哪儿去？
金统四年，唐中和三年，公元八八三年春，随着以沙陀李克用为首的各路唐军纷纷集中长安城下，即便在军事上，黄巢也已经撑不下去了。同州梁田坡之战，大齐军惨败，作为黄巢左右手之一的大将赵璋战死，士卒被俘数万人，伏尸三十里，外围据点纷纷丢失。
在长安城的宫殿里享了两年福的黄巢（虽然“大齐”经历了四个年头，但实际时间不过两年多一点），终于坐不住了，他在李克用等藩镇的压迫下，于四月初八撤出长安，由蓝田关入商洛山，退往中原。这时候他还有十几万军队，犹堪一战。
这一年，沙陀人李克用才二十八岁，于诸将中年最少，功最高，兵最强。几十年后，他儿子追封他为后唐太祖。他也是五代的开辟者之一。
这一年，淮南杨行密杀掉和他有仇的都将，吓跑庐州刺史，迈出他成为江淮霸主的第一步。
黄巢进入中原后，攻克蔡州，节度使秦宗权投降，声势相当浩大。然后黄巢军又指向陈州。陈州刺史赵早有准备，坚壁清野，顽强抵抗。黄巢大将孟楷，率万余精锐为前锋，在项城遭赵偷袭，孟楷被生擒后斩首。
黄巢大怒，六月，与秦宗权合兵包围陈州城。没有粮食，就四处掳掠，甚至吃人。史书记载：“时民间无积聚，贼掠人为粮，生投于碓，并骨食之，号给粮之处曰‘舂磨寨’。”
陈州之围，持续了三百天之久，双方打得都异常艰苦。
这三百天里，唐朝调集各路人马，纷纷向陈州靠拢。新任宣武节度使朱温尤其积极，他接到陈州的求援后，一面请忠武军节度使周岌、感化军节度使时溥共同赴援，一面召集本镇兵马驰援陈州。但因黄巢力量还很强，三镇之兵只能在外围骚扰，不能解陈州之围。
次年二月，李克用率兵五万南下增援，中原的僵持局面立马被打破。三月，朱温攻拔黄巢瓦子寨，斩杀数万人。李克用又组织中原唐军，合攻尚让军于太康，尚让北逃。
看起来，未来的后梁太祖和后唐太祖合作得相当默契。
黄巢见唐军力量强大，遂撤陈州之围退走。向东北威胁朱温的大本营汴州，屠尉氏，尚让则率五千骑兵进逼大梁。这回轮到朱温向李克用求援了。李克用率沙陀骑兵急追，在黄河边上的王满渡追上黄巢军，趁其半渡，挥军奋击，大败黄巢军，杀万余人，黄巢主力彻底被击溃了。
这一仗，标志着黄巢在军事上的彻底失败。此战后，其部将深感大势已去，未来的五代名将李谠、霍存、葛从周、张归霸、张归厚等人投降了老熟人朱温。而黄巢最重要的助手尚让，则率残部投降了感化军节度使时溥。
黄巢率残部绕过汴州北上，在封丘被李克用再次击败，沙陀骑兵紧追不舍。黄巢收集残兵千余人，东逃兖州，连小儿子和当皇帝的行头都丢给李克用了。李克用一昼夜追二百里，一直追到黄巢老家冤句，也只剩下一百来个骑兵还跟得上他，加上粮食吃光，五月十一日，李克用放弃追击，回汴州找朱温要补给。
接下来，追击黄巢的任务被交给了感化军节度使时溥。五月二十日，时溥派大将李师悦和降将尚让率万人追击黄巢，六月十五日，又在兖州瑕丘与黄巢遭遇，这时候，曾手握六十万大军的大齐皇帝黄巢，手里只有千余人了。
自然又是一场败仗。六月十七日，黄巢带着少数人逃进了泰山东南的狼虎谷。
大结局到来了。
关于黄巢的最终结局，历来说法不一。
《新唐书》记载得最详细。
黄巢逃入狼虎谷后，见大势已去，遂对外甥林言道：“我本想为国家讨奸臣，革新朝政，但功成而不退，以致失败。我的脑袋不能便宜了别人，你拿去去献给天子吧，还能图个富贵！”林言不忍下手，黄巢毅然自刎，但没能马上死去，林言只得砍下他的头来。然后，把黄巢的兄弟、妻子等人都杀掉，准备去投降唐军，但路上遇到野蛮的博野沙陀军，他们连林言也一块杀掉，把脑袋送给了时溥。
有人说黄巢后来出家为僧，还做过著名寺院的主持，临死时，指脚下示人，有黄巢两字。
也有人说五代的高僧翠微禅师，就是黄巢。
还有人说洛阳的张全义将军见过一个僧人，长得很像他。但张将军是个厚道人，还曾经是黄巢的老部下，所以宁愿保守这个秘密——但谁也不知道是真是假。
记得当年草上飞，
铁衣著尽著僧衣。
天津桥上无人识，
独倚栏干看落晖。
据说这首诗是当了僧人之后的黄巢写的，但也只是传说而已。不管怎么说，自此以后，这个人已经不能再影响或改变历史。
从这个意义上讲，他确实是死了。