二十三年前的五月，东京都足立区与父母同住的本桥优奈失踪了。优奈当时十二岁，傍晚说要去附近的公园和同学见面后出了门，公园就在住家附近，也在往学校的路上，所以她的母亲完全没有担心，没想到优奈一直到晚餐时间还没有回来，于是就去公园找人，却不见优奈的身影。优奈的母亲去问了她的同学，那个同学说，早就和优奈分开了。
优奈的母亲感到不安，立刻联络了丈夫，夫妻两人去找了几个优奈可能会去的地方，然后报了警。
警方认为很可能是犯罪事件，立刻展开大规模搜索，却没有掌握任何有助于了解优奈下落的线索，当时的监视器数量不如现在，也没有掌握任何有用的目击消息。
当时掌握的唯一线报，就是有人看到像是优奈的少女和一个身穿水蓝色工作服的男人走在一起，因为目击证人的那名家庭主妇只看到他们的背影，所以不知道男人的长相，只知道差不多是平均身高，既不胖，也不瘦，而且不记得优奈当时的情况。
听到水蓝色工作服，大家都想到一件事。优奈的父亲本桥诚二经营的零件工厂内，所有工人身上都穿着水蓝色工作服。请目击的家庭主妇看了之后，她证实很像当时看到的衣服。
工厂内约有三十名工人，侦查员调查了所有人，向他们了解情况。在要求察看他们住处时，几乎所有人都二话不说表示同意，即使有人拒绝，也可以说出具有说服力的理由，所以当时负责的侦查员认为没有任何疑点。
莲沼宽一就是其中一名工人，他的年纪三十岁，一个人住。根据当时的侦查纪录，侦查员在优奈失踪的三天后去了莲沼家，检查了他住家的情况，并没有发现任何可疑的地方。
最后还是没有找到优奈，虽然继续展开搜查，却完全没有任何成果。在优奈失踪的一个月后，她的母亲在住家附近的大楼跳楼自杀，遗书上表达了对丈夫和优奈的抱歉，她为女儿可能已经不在人世感到悲观，也为让女儿这么晚出门造成这样的后果感到自责。
大约四年后，案情有了重大发展。一名在奥多摩山中健行的男性报警，说在泥土中发现了像是人骨的束西。当地警察立刻赶往现场，挖掘后发现了好几块已经解体的人骨，详细调查后发现的确是人骨，而且根据大小和长短，判断是儿童的骨骼。
因为头盖骨仍然完好，所以科学搜查研究所根据头盖骨画出了十几幅肖像画，然后发给全国的警察，收到了有可能是本桥优奈的消息，于是就进行了DNA鉴定，很快就得出了应该就是本桥优奈的结论。
于是在足立警察分局成立了搜查总部，警视厅派多多良带领的那一股前往支持，间宫当时是主任，被分到搜查一课不久的草薙是被寄予厚望的生力军。
虽然线索很少，但挖出的人骨有一个特征，那些人骨并不是被敲断后埋入泥土中，而是之前有遭到焚烧的痕迹。
于是，警方以本桥优奈最后出现的地点为中心，寻找是否有可以焚烧尸体的地方。因为凶手不可能在空地上假装焚烧垃圾来烧尸体，所以很可能使用了焚化炉，在逐一清查附近焚化炉的同时，再度针对零件工厂的员工展开调查，确认他们住家附近是否有焚化炉。
在这个过程中，草薙盯上了莲沼宽一。莲沼当时已经离开了本桥的公司，但留下了应征时的履历表。履历表上显示，他以前曾经在处理产业废弃物的公司上班，那里当然有好几个大小不一的焚化炉。
草薙去了那家公司，向曾经是莲沼上司的人了解了情况，得知了令人震惊的事。莲沼曾经在四年前和他联络，说有想要处理的东西，希望利用公司休假时借用焚化炉。上司问他要烧什么东西，莲沼回答说，有好几只朋友放在他那里的宠物尸体，请他帮忙烧掉，而且还暗示他靠这种类似宠物葬仪社的生意赚点零用钱。这家公司经常把猫、狗的尸体和垃圾一起焚烧。于是这位前上司回答说，只要事后收拾干净就没问题。
在向这位前上司确认日期后，发现和本桥优奈失踪的时间一致。于是，莲沼宽一就成为这起事件嫌疑最重大的嫌犯。
草薙立刻调查了他的背景，发现这个男人很神秘，只知道他在静冈县出生，然后换了很多工作。
间宫提出想要见一见这名头号嫌犯，于是草薙也一同前往。莲沼虽然辞去了零件工厂的工作，但并没有搬家，于是他们直接去他的住处找他。
莲沼的眼睛很小，是个没什么表情的男人，就连说话时，凹陷脸颊上的肌肉也几乎没有动。
间宫问的第一个问题，就是他在焚化炉烧掉的那些宠物的主人名字，因为只要问到名字，就可以马上确认他说的话是否属实。
没想到莲沼回答，因为他和饲主有约定，所以不能透露。
间宫继续问他宠物的种类、总共有几只，以及收多少钱帮人处理这些问题，莲沼都没有回答，最后甚至问：“如果我不回答就算犯罪吗？”草薙对他压抑感情的低沉声音留下了深刻印象。
莲沼的拒绝回答加深了他的嫌疑，而且他中等身材，也和目击证词相符。
但是，之后的侦查却找不到切入点。即使向优奈的父亲本桥诚二等相关人员了解情况，也查不出莲沼和优奈之间，除了当时的员工和经营者的女儿以外有任何交集，莲沼和公司之间也没有任何纠纷。
这时，草薙注意到一张照片，那是四年前去莲沼家的侦查员拍摄的室内照片，草薙在打量时，发现了一件事。
间宫和草薙一起去了莲沼的住处，草薙在听他们说话时，不经意地观察了周围的情况。
间宫事先要求他确认莲沼家里有没有可以藏尸体的地方，因为他们猜想在借到焚化炉之前，莲沼应该会把尸体藏在某个地方。
莲沼的租屋处是简单的两个房间外加厨房的格局，如果要藏尸体，只能藏在壁橱或是天花板的夹层内。房间内并没有看到大衣柜之类的家具。
房问内的冰箱吸引了草薙的目光。那是像饭店房间放的小冰箱，草薙认为即使是小孩子的尸体，应该也没办法塞进这个冰箱。
但是，四年前的照片拍到了莲沼家里放了一个更大的冰箱。虽然不像一般家庭使用的那么大，但高度差不多到大人的腰。只要肢解小孩子的尸体，应该可以塞进去。
莲沼在这四年期间换了冰箱。为什么？草薙开始推理。
即使最后会用焚化炉烧掉尸体，在此之前，必须暂时放在家里。为了预防尸体腐烂，放在冰箱内保存最理想。他可能在把尸体埋去山上之后，处理了那台冰箱。因为无论如何都不可能继续使用那台冰箱。
如果这样的推理正确，也许那个冰箱内留下了尸体的痕迹。
草薙向间宫和多多良出示了那张照片，说出了自己的想法。两位上司认为这名年轻刑警的推理很有可能，同意了他的见解，但两个人脸上都露出愁容。因为不知道该如何找到那台冰箱，不，这台冰箱还在这个世界上吗？因为毕竟已经过了四年的时间。
于是大家集思广益，思考如果莲沼是凶手，会怎么处理那台冰箱。莲沼为了避免引起警方注意，一定会偷偷处理。也就是说，他不可能委托正规的业者处理。
但是，即使想要自行搬走，一个人也无法做到，必须请人帮忙。
莲沼的朋友并不多。调查之后，很快就查到了经常和他一起打麻将的牌友，而且那个人有一辆小货车。
找到那个男人后，他立刻承认在四年前，曾经协助莲沼搬过一台冰箱，送去莲沼的老家。莲沼对他说，要把家里的旧冰箱送去给在静冈独住的母亲。
草薙立刻和间宫一起前往莲沼的母亲家。莲沼的母亲叫芳惠，个子矮小，而且还驼背，所以看起来比实际年龄更苍老。当她得知突然上门的男人是刑警，感到十分害怕，好像在念咒语般重复着自己没有做任何坏事。
间宫对她说，想问她冰箱的事，莲沼芳惠张大嘴巴，露出纳闷的表情，似乎不知道间宫在说什么。当向她说明，是她儿子四年前送来的那台冰箱时，她才终于露出恍然大悟的表情，但更用力地皱起眉头说：
“我才没有用那种东西，他自说自话丢在那里，很占空间。”
问她那台冰箱放在哪里，她回答说在里面的和室。草薙走进去一看，几乎说不出话来。那里根本已经不是和室，而是变成了储藏室，杂乱地堆放了很多东西。
和室深处的确放了一台冰箱，就是照片上的那台冰箱。
他们立刻办理了扣押手续，莲沼芳惠这才想要了解到底发生了什么事。草薙当然不可能告诉她详细情况，只说有可能和某起事件有关。
那台冰箱送去科搜研后彻底进行了调查，结果发现了微量血迹和像是肉片的东西，进行DNA鉴定后，断定都属于本桥优奈。得知这个消息时。搜查总部内响起一阵欢呼。
每个人都认为这下子终于破案了，草薙很得意，觉得自己刚进搜查一课，就立刻立下了大功。
没想到事情朝向意外的方向发展。
莲沼彻底否认犯案。
他对于在冰箱中发现了本桥优奈的尸体残留物，一再回答说：“不知道”；问他更换冰箱的理由，他也只说是“因为旧了”。
即使这样，多多良等负责侦办这起案子的负责人仍然决定逮捕他，当初认为只要逮捕他，再彻底侦讯，就可以让他招供。
原本应该以遗弃尸体或是毁损尸体的罪名逮捕他，但因为已经过了遗弃尸体和毁损尸体时效的三年时间，所以只能以杀人罪逮捕。
但是，莲沼并没有招供，在侦讯过程中彻底保持沉默，软硬兼施都无法让他开口。
无论如何都要找到证据——多多良在侦查会议上大吼着命令道，所有下属都大声回答。
在草薙和其他人努力侦查之下，又查到了几项可以显示莲沼犯案的事实。比方说，在他借用焚化炉的两天后，曾经向租车行租车，行驶距离几乎就是住家和发现白骨地点来回的距离。侦查员在搜索莲沼的住家时，发现了一把用报纸包起的旧铁铲，分析铁铲上的泥土后，发现和埋尸骨地点的泥土成分很相近。
除此以外，还有一些新的线索，但都只是间接证据，难以成为证明莲沼犯案的决定性证据。
也有人提出了妥协的方案。既然莲沼始终保持沉默，是否不要以杀人罪，而是以伤害致死罪，或是更轻的过失致死罪让他承认，因为优奈的死因不明，所以并不会产生矛盾。
多多良对这个意见感到震怒，而且断然拒绝，认为和凶手谈条件简直岂有此理。更何况凶手意识到自己犯了重罪，才会保持缄默，无论如何都要以杀人罪起诉。
最后在没有任何杀人物证的情况下移送检方，之后只能交由检方判断。
检方选择起诉，检察官似乎认为，既然间接证据这么齐全，在法庭上一定可以真相大白。
然而，审判的情况并不如检方的预期。
莲沼在第一次开庭时就否认起诉事实，这是他第一次，也是最后一次说出有实质意义的话。之后彻头彻尾保持缄默，无论面对检察官的任何问题，他都一直重复“我无话可说”这句话。
随着审判的进行，形势越来越不妙，可能会判无罪的风声也渐渐传入草薙和其他人的耳中。
怎么可能？草薙难以置信。虽然都是间接证据，但有这么多证据，仍然无法制裁他吗？
审判围绕着两大焦点。第一个焦点，本桥优奈是否因为他杀导致死亡，另一个焦点是即使无法确定杀人动机和杀人方法，是否能够靠所有这些间接证据，证明莲沼杀人。
尸体遭到烧毁，而且埋入地下，当然是行凶杀人才会这么做。虽然可以这么认为，但在法庭上似乎行不通。只要有一丝“莲沼并没有杀害优奈”的可能性存在，杀人罪就无法成立。
在某个一大早就很寒冷的日子，法院作出了一审的判决。距离逮捕已经将近一千个日子，草薙在当时参与案子的搜查总部听到了判决结果。
被告无罪。