会昌五年（845年）五月，圆仁担心已久的敕令下发：要求外国僧人还俗。不遵从还俗敕令的，当即决杀。为了离开长安，圆仁同意还俗。一向对僧尼佛寺十分照顾的左神策军押衙李元佐暗中帮圆仁搞到一张离开长安的通关文牒。五月十四日，圆仁将要离开这座他生活了五年的都市。头发已经长出了一些，他戴上一顶毡帽，穿着平民的褐衫，这让他看上去就像是一个普通的旅客。
圆仁心情忐忑，时刻担心着身后牵着的三头驴。驴背上的箱笼里有他在唐土七年所有珍贵的收藏：四笼经文与画像。从开成三年（838年）到达扬州起，圆仁把日本朝廷与唐土朋友们接济的金钱全部用在了购买和抄写经书、描绘大师像与曼荼罗上。除此之外，还有白居易与杜甫的诗篇。但城里剿灭佛教的禁令严厉，圆仁时刻担心一路上收集的经文与在佛寺临写的画像能否在重重关卡的检查下安然离开长安。
在这样风声鹤唳的时候，依然有一些朋友前来相送。大理寺卿杨敬之为他写了几封信，托他在洛阳的朋友照顾圆仁。左神策军押衙李元佐为他置办了毡帽，绫布，檀香，一双软鞋，一些钱和一卷银字《金刚经》等许多礼物。临行，李元佐请求他留下袈裟，他将每日烧香供奉。
还有一首专门写给他的诗，来自他的一个朋友，诗僧栖白和尚：
家山临晚日，海路信归桡（ráo）。
树灭浑无岸，风生只有潮。
岁穷程未尽，天末国仍遥。
已入闽王梦，香花境外邀。
——《送圆仁三藏归本国》
归心似箭的圆仁走水路，经过洛阳、郑州、汴州、泗州，回到扬州。会昌六年（846年）四月，武宗皇帝驾崩的消息传到扬州。不久，新皇帝登基，严厉的灭佛政策随着皇帝的去世一起松动，被禁锢的佛教活动又昌盛起来。圆仁终于可以重新公开他和尚的身份。
圆仁沿着海岸线一路北上，经过楚州、海州，最后回到登州赤山，他巡礼中国的旅程真正开始的地方。唐宣宗大中元年（847年）九月，圆仁登船回到日本博多。返国这年，圆仁五十四岁，后十七年，圆仁在日本国传法，成为日本天台宗的“慈觉大师”。
武宗在位七年，他的年号“会昌”因为发生在这六年中的残酷的对僧尼寺院的迫害而成为后世最屡屡提起的名字。武宗的死因与他的爷爷宪宗一样成谜：服食丹药，喜怒失常，甚至神志不清，口不能言。死前连宰相李德裕想见他，也被宦官拦在门外。他并没有比自己的前辈们更加坚强。
会昌年间，天下拆寺院四千六百余所，还俗僧尼二十六万零五百人，按两税法交税。“会昌毁佛”之后，国家的户口增加了一倍多，成为日后收税的税基。寺院和僧侣中有武艺、有医术、有建筑机械手艺的僧侣多半被派上了会昌三年至四年间征讨回纥与藩镇叛乱的战场。从寺院缴获的铜像与钟锣被命令用来铸钱，但是铸造成本极高，每铸造一千文钱所耗费的人力物料与运输成本就有七百五十文左右。
从佛教寺院挤压出的土地、财富与人口并没有能够改变李唐王朝沉没的轨迹。武宗之后继位的宣宗晚年落入了与他的前辈们一样的怪圈：求神炼丹，中毒而死。唐昭宗光化三年（900年），侍中崔胤借宣武军节度使朱全忠之力把宦官手上的左右神策军、监军和参与枢密政治的权力一切罢停，杀死宦官数百人。朝官与宦官的“南衙北司”之争终于以朝官的胜利告终。但惨胜如败，胜利的代价是南方一次又一次的兵变与民变。
昭宗解决了宦官，却让藩镇渔翁得利，朱全忠从此再也不受控制，伸出了终结李唐王朝的那只手，不久，自立为帝，改国号为“大梁”。
时间是公元907年，唐哀帝天祐四年。