城里气氛的变化似乎有迹可循，但针对佛教与僧人，却从回纥的又一次入侵开始。回纥的国教是摩尼教。因为回纥人帮助平定安史之乱有功，安史之乱后长安城出现许多摩尼教寺院和僧侣。现在，武宗皇帝决定不再容忍。他要去除一切不是源出中国的宗教。会昌二年（842年）三月，回纥军兵入侵唐境，皇帝下敕杀死长安城里数百名回纥居民，在州府的回纥人比照处理。会昌三年（843年）四月，回纥灭国，武宗下诏废除了所有摩尼寺，寺院庄宅、钱物，全部没收充公。四月中旬，皇帝再次下敕，命令杀死天下摩尼僧。杀摩尼僧的方式却很诡异：剃发，套上袈裟，假装成佛教僧侣的样子杀掉。
对摩尼教开刀只是皇帝计划里消灭佛教的一个步骤。在杀死回纥人和摩尼教徒几乎同时，会昌二年（842年）的三月，李德裕向皇帝奏报，长安城里的外地客僧太多，应该让他们回到户籍地。皇帝立刻下敕，驱逐籍贯不在长安的客僧。圆仁也在此列。几乎同时，圆仁收到了押衙知巡的公文，城里保外客僧一律遣发出寺。
圆仁有些不安，向仇士良求助。仇士良安慰了圆仁，再三表示这次驱逐跟他们没有关系，让他们依然住在资圣寺，一切照旧。仇士良的安慰没有太大效用。五月二十六日，圆仁再次收到查户口的要求，要他报告从哪国来，什么时候进城，在城里资圣寺住了几年，平时都做点什么。
到十月，更大规模的打击随着一道敕书下发：天下所有僧尼会巫术、练禁气、有文身，或者在寺院外养有妻小不戒修行的，全部勒令还俗。僧尼的财产田庄，一律收归国有。如果还俗，则财产田庄依然归私有，不过要按照两税法纳税，服徭役。管理僧尼的两街功德使向各寺庙发帖：命令长闭寺门，不准放出僧尼。这年晚一些皇帝又一次下敕，规定天下僧尼的数量配额，不准私自削发剃度。
会昌三年（843年）正月一日，百般不情愿的功德使在皇帝的压力下又向各寺发公文：督促去年十月敕下的僧尼还俗工作。会昌三年正月，左右街没有像往年一样挤满善男信女围观高台上和尚们绘声绘色的俗讲。正月里，左街被迫还俗僧尼一千二百三十二人，右街还俗僧尼二千二百五十九人。
作为一个外国客僧，圆仁惴惴不安。好像知道他的心思，月底仇士良召见了青龙寺南天竺僧人，兴善寺北天竺僧，各寺新罗、天竺僧人，狮子国（斯里兰卡）僧人，还有圆仁一行三人，请他们去左神策军军容衙院吃茶，又是一番安慰。
圆仁稍稍放下心来。会昌二年（842年），武宗加仇士良观军容使，知天下军事。仇士良位高权重，有他的庇佑，他们至少还是安全的。但时局的变化超过他的想象。会昌三年（843年）六月，仇士良辞官回家。他已经辞官两次，皇帝却没有允许。这一次，皇帝的允许像是他已经做好准备除去仇士良的信号：当日，仇士良曾经的职位立刻被人接替。六月二十三日，仇士良去世，皇帝敕送孝衣。两天之后，皇帝再次下敕，斩杀仇士良身边的亲信、家人甚至男女奴婢。
目睹了这场杀戮的圆仁对自己的命运产生了怀疑。