若干年后，宇智波斑卷土重来，和千手柱间在终结之谷发生大战，最终柱间获得了胜利，而这一切都在斑的预料之中，假死的斑开始了他极为漫长的计划。
虽然失去了宇智波斑极大的削弱了宇智波一族的实力，可他们在木叶村仍然是除了千手一族之外最强的族群，这让千手一族如芒在背。
可此时木叶刚刚建立不久，如果对他们赶尽杀绝容易引起其他族群的恐慌，这将对忍村的发展极为不利，而且有“忍者之神”之称的柱间还活着，他们一族也掀不起什么风浪。
因此，千手一族将这件事搁置了下来。
在柱间去世后，二代目火影为了防止宇智波一族突然发生叛乱，方便将他们集中管理，设立了警务部，其中的成员全部是宇智波一族，另外他又设立了暗部，对警务部进行秘密监视。
长期的不信任让宇智波一族渐渐对千手一族不满，也对他们一族今后的命运感到担忧。
在若干年后，木叶爆发了九尾事件，因为宇智波斑召唤过九尾的先例，木叶高层怀疑这件事和宇智波一族脱不了干系，拒绝了宇智波族人参与此事。
在事件平息后，流言四起，因为宇智波一族没有参与九尾事件，引发了村民的误解和不满，可是木叶高层并没有出面解释此事，而是调整村中各族的布局，将宇智波一族安插到边缘地区，并使之处于被各大家族制衡与监视的位置。
在此高压之下，宇智波一族终于无法忍受，他们在暗中策划着一场政变。
这时距离九尾之乱已经过去了两年，木叶村已经从当初的阴霾走了出来，即便自来也和纲手不在村中，还有三代目火影、志村团藏和日向一族等强大的族群作为村子的护盾，而宇智波族内最强的只是宇智波止水，族长宇智波富岳和宇智波鼬三人而已。
除了宇智波止水的实力达到影级，年少的鼬和族长富岳都是精英上忍的级别，政变获胜的几率不高。
就算在木叶村强大的忍者都外出执行任务时政变成功，可在自来也等人归来之时，宇智波一族也没有足够的力量抵抗。
所以，这是一场成功几率非常低的政变，作为一族之长的宇智波富岳又怎么可能不清楚，但他同样明白，即便不发动政变，木叶的高层也不会一直留着他们。
然而，木叶的高层早就察觉了这场政变，做好了充分的准备，并且让人对宇智波止水施压，让他协助剿灭参与叛乱的宇智波族人。
宇智波止水明白这场政变无论成功与否，都会对木叶村造成极大的危害，被严重削弱的木叶到时会被其他忍村趁火打劫，到时宇智波一族的局面不但会更加难看，而且还会成为挑起叛乱的罪人，到时在整个忍界都会无处容身。
最终，他直接找到猿飞日斩，想用生命换取宇智波一族的平安，他告诉三代目族人之所以有叛乱的想法，是因为自己瞳术的强大，如果自己死去，一定会断了他们叛乱的念想。
“宽容”的三代目竟然同意了，还告诉止水一定会尽可能的善待宇智波族人。
在这之后，宇智波止水在鼬的面前自尽了，并且把眼睛托付给了这个族中他最亲近的人，和他预想的一样，这次政变因为他的死去后宣告终结。
但宇智波富岳知道这件事并不会结束，因为宇智波一族始终像一根肉中刺一样钉在木叶村中，这根刺对于历代火影来说都是必须要拔出的东西，现在不拔只不过还不到时候罢了。
猿飞日斩看似遵守了承诺，并没下令剿灭宇智波一族，但木叶高层对他们一族的打压却从未停止过，如此下去宇智波一族只会越来越衰弱，最后沦为极为弱小的族群，到时日斩就会以随便一个什么借口，将其连根拔掉！
但他没有办法，止水的死去让族中失去了唯一一位影级别的忍者，此时的宇智波一族是木叶建立以来最为衰弱之时，根本没有力量政变，因此他决定隐忍，等待鼬成长起来。
宇智波鼬在亲眼目睹止水死去后，开启了万花筒写轮眼，在两年后实力已经不输于当年的止水，达到了影的级别。
如今的木叶村紫猿飞日斩和志村团藏的通力配合下空前鼎盛，日斩以宽容、缓和的态度度安抚，而团藏却在黑暗的深处打压，在他们的怀柔政策与威逼利诱不断压迫下，宇智波一族逐步衰弱，族人此时都明白宇智波灭族只是或早或晚的事。
因此，如今只有政变一途！
而这时，拔掉这根刺对于时任三代目火影的猿飞日斩来说也是再合适不过的时机！
在政变之前双方都使出浑身解数，猿飞日斩表面上仍想以和平的方式解决这次事件，他告诉鼬为自己争取一些时间，而志村团藏却暗地里找到了鼬，让他出手灭掉宇智波一族，作为交换可以在政变后保住他和弟弟宇智波佐助的性命。
宇智波鼬的看法和止水一样，他认为政变并不能拯救宇智波一族，恰恰相反，只会让“宇智波”三字更加万劫不复，他将自己双面间谍的身份告知了父亲。
在得知得不到鼬支持的宇智波富岳明白，这场政变已经必败无疑！
可这时已经没有办法收手，为今之计只有尽最大的可能争取留下宇智波的血脉。
宇智波鼬具有双面间谍的身份，木叶村不会马上对他动手，至于宇智波佐助尚且是一个几岁的孩子，根本没有威胁。
为了避免骨肉相残，富岳自愿和妻子宇智波美琴一起被鼬杀死。
在当天夜里，宇智波鼬联合宇智波带土一同出手，将宇智波灭族！
宇智波一族只剩下鼬、佐助和带土三人，此时带土受到宇智波斑思想的影响，对宗族没有半点感情可言。
表面上这次灭族行动最大的受益者是获得了许多写轮眼团藏和宇智波带土，可实际上宇智波灭族也解决了困扰了历代火影数十年的难题。