居正带着平生的抱负，埋入江陵的墓地，剩下来的是无限的恩怨和不尽的是非。
居正殁后，赐谥文忠：“文”是曾任翰林者常有的谥法，“忠”是特赐；据谥法解，“危身奉上曰忠”，在赐谥的时候，对于居正，原有确切的认识。王世贞称居正“业惟戡乱，勋表救时，在唐赞皇，复为元之”，正是那一时期的公论。
但是居正身死未久，又一道波浪来了。
居正疏荐潘晟入阁，御史、给事中弹劾潘晟的奏疏，接二连三地来了。潘晟已由原籍浙江新昌出发，只得中途疏辞，张四维拟旨报允，这是第一步。四维和曾省吾、王篆不久发生冲突，御史江东之上疏攻击冯保的门客徐爵。经过这一个尝试以后，御史李植直疏冯保十二大罪，司礼太监张诚、张鲸更在神宗面前攻击冯保，他们说起冯保家资饶富，胜过皇上。神宗随即逮捕冯保，十二月，发南京安置，同时梁梦龙、曾省吾、王篆一概勒令致仕。在查抄冯保家产的时候，得金银一百余万、珠宝无数，神宗开始领略查抄的滋味。
冯保临去的时候，慈圣太后还不十分清楚，她问神宗为什么。“没有什么，”神宗说，“只是老奴受了张居正的蛊惑，不久自会召回的。”
慈圣太后还以为神宗是那个听话的孩子呢！他已经二十岁了，知道怎样应付母亲。居正、冯保、慈圣太后，只是一串的噩梦，梦境消残了，神宗开始发现自己。不久以后，慈圣太后还看到这个朝夕问安的儿子，索性连慈庆、慈宁两宫，轻易不到一步。可怜的老妇人啊，你们被忘去了！
生人应付了，神宗再应付死人。
居正整顿驿递，现在官员不得任意乘驿的禁例取消了；居正用考成法控制六部，现在考成法取消了；居正裁汰冗官，现在冗官一律恢复了；居正严令不得滥广学额，现在学额一并从宽了；乃至居正严守世宗遗训，外戚封爵不得世袭，现在也一概世袭了。居正所遗的制度，神宗正在不断地取消。
但是这只是法制方面的改订，事情多得很呢。
万历十一年三月，诏夺居正上柱国、太师，再诏夺文忠公谥，斥其子锦衣卫指挥简修为民。居正身殁至此，仅仅九个月。
居正病重的时候，北京各部院替他建斋祈祷；这是一股风，吹遍南京、山西、陕西、河南、湖广。半个中国，都在为这功业彪炳的首辅祈祷，现在风势转过了，御史、给事中都在尽力攻击居正，他们要报效国家，报效皇上，当然便要排除居正的爪牙，废止居正的苛政。最得力的是御史丁此吕。此吕检举万历七年己卯科应天乡试主考高启愚所出的试题，“舜亦以命禹。”此吕指出这是高启愚有意劝进：舜是皇上，禹是居正，不是劝进是什么？张四维在十一年四月致仕了，现在的首辅是申时行，神宗把此吕的奏疏交给时行。
“此吕把暧昧之言陷人大罪，”时行说，“诚恐此后谗言大至，非清明之朝所宜有。”
经过几度的争持，此吕、启愚同时去职。这一次奏疏中此吕甚至攻击敬修、嗣修、懋修三人应乡试、会试时的考官，认为阿附居正，又说礼部侍郎何雒文代嗣修、懋修撰殿试策，幸亏时行说：“考官只据文艺，不知姓名，不宜以此为罪。”考官免罪，但是雒文还是解职。
不久以后，御史羊可立追论居正构陷辽庶人宪。十七年以前的事了，现在重新提起。宪次妃王氏上疏鸣冤，疏中又说：“庶人金宝万计，尽入居正府矣。”金宝打动神宗的心坎，万历十二年四月诏令查抄居正家产，司礼太监张诚，刑部右侍郎邱橓，及锦衣卫、给事中等奉命前往。左都御史赵锦上疏，言“世宗籍严嵩家，祸延江西诸府，居正私藏未必逮严氏，若加搜索，恐遗害三楚，十倍江西民。且居正诚擅权，非有异志，其翼戴冲圣，夙夜勤劳，四外迭谧，功亦有不容泯者。今其官、荫、赠谥、及诸子官职，并从领革，已足示惩，乞特哀矜，稍宽其罚。”吏部尚书杨巍疏称：“居正为顾命辅臣，侍皇上十年，任劳任怨，一念狗马微忠，或亦有之。今……上干阴阳之气，下伤臣庶之心，职等身为大臣，受恩深重，惟愿皇上存天地之心，为尧舜之主，使四海臣民，仰颂圣德，则雷霆之威，雨露之仁，并行而不停矣。此非独职等之心，乃在朝诸臣之心，天下臣民之心也。”一切的言论，神宗照例不听。
刑部侍郎邱橓这一行人从北京出发了。出发以后，邱橓接到在朝几位大臣的书牍。内阁大学士申时行说：“圣德好生，门下必能曲体，不使覆盆有不照之冤，比屋有不辜之累也。冀始终留神，以仰承圣德，俯慰人心。”许国已入内阁了，也说“愿推罪人不孥之义，以成圣主好生之仁，且无令后世议今日轻人而重货也。上累圣德，中亏国体，下失人心，奉旨行事者亦何所辞其责”。最沉痛的是左谕德于慎行的一书，洋洋千言，是传诵一时的文字。他说：
江陵殚精毕智，勤劳于国家，阴祸机深，结怨于上下。当其柄政，举朝争颂其功而不敢言其过，今日既败，举朝争索其罪而不敢言其功，皆非情实也。且江陵平生，以法绳天下，而间结以恩，此其所入有限矣。彼以盖世之功自豪，固不甘为污鄙，而以传世之业期其子，又不使滥有交游，其所入又有限矣。若欲根究株连，称塞上命，恐全楚公私，重受其困。又江陵太夫人在堂，八十老母，累然诸子皆书生，不涉世事，籍没之后，必至落魄流离，可为酸楚。望于事宁罪定，疏请于上，乞以聚庐之居，恤以立锥之地，使生者不致为栾、郤之族，死者不致为若敖之鬼，亦上帷盖之仁也。
但是一切的话，邱橓都付之不理。
这一次查抄的动机，当然还是出自神宗。居正当国十年，效忠国家，但是居正所揽大权，是神宗的大权。居正当权是神宗的失位，效忠国家便是蔑视皇上。这是最显然的逻辑。所以居正当国十年之中：居正和神宗，站在对立的地位，纵使双方在当时未必意识到，这是一件无可否认的事实。居正死了，神宗开始尝到复仇的滋味。居正的法制推翻了，官荫、赠谥削除了，甚至连诸子的官职都褫革了。张先生、张太岳、张文忠公这一类的名称都搁起，只是一个平常的张居正。复仇的要求应当感到满足。但是感到满足的只是神宗的一个方面。
神宗是高傲，但是同时也是贪婪。一个小农的外孙，禁不住金银财宝的诱惑。是宪次妃王氏的聪明呢，还是受到什么暗示？“金宝万计，尽入张府”两句，铸定张宅抄家的命运。明朝的法律，抄家只有三条：（一）谋反；（二）叛逆；及（三）奸党。居正的罪状属于哪一条呢？不管他，查抄的诏令下来了。许国说：“无令后世议今日轻人而重货。”这才是一针见血之言。
邱橓未到江陵以前，荆州府、江陵县亲自到张宅封门，张宅子女躲到空屋里，不敢出来。没有食物，不要紧，他们只是不敢出来！直到五月初五，邱橓到了，打开宅门，饿死的已经十余口。搜检、拷问，应有的尽有了。居正兄弟和诸子的私藏，都按出来，一共得到黄金万余两，白银十余万两。这是很大的数量，但是问官们还不满意，他们重行拷问，要张家招出寄存宅外的二百万银两，于是又牵上曾省吾、王篆、傅作舟三家。在拷问的当中，敬修自杀；懋修投井不死，不食又不死，侥幸保存一条性命。敬修临死的血书，是这次惨案中一件沉痛的文献，录于次：
呜呼，天道无知，似失好生之德，人心难测，罔恤尽瘁之忠。叹解网之无人，嗟缧绁之非罪，虽陈百喙，究莫释夫讥谗，惟誓一死，以申鸣其冤郁。窃先公以甘盘旧眷，简在密勿，其十年辅理之功，惟期奠天下于磐石，既不求誉，亦不恤毁，致有今日之祸；而敬修以长嗣，罹兹闵凶，何敢爱身命而寂无一言也。忆自四月二十一日闻报，二十二日即移居旧宅，男女惊骇之状，惨不忍言。至五月初五日，丘侍郎到府；初七日提敬修面审，其当事噂沓之形，与吏卒咆哮之景，皆生平所未经受者，而况体关三木，首戴幪巾乎！在敬修固不足惜，独是屈坐先公以二百万银数，不知先公自历官以来，清介之声，传播海内，不惟变产竭资不能完，即粉身碎骨亦难充者！且又要诬扳曾确庵寄银十五万，王少方寄银十万，傅大川寄银五万，云“从则已，不从则奉天命行事！”恐吓之言，令人胆落。嗟此三家，素皆怨府，患由张门及之，而又以数十万为寄，何其愚也！吾意三家纵贪，不能有此积，亦不能完结此事，吾后日何面目见之，且以敬修为何如人品也。今又以母、子、叔、侄，恐团聚一处，有串通之弊，于初十日，又出牌，追令隔别，不许相聚接语。可怜身名灰灭，骨肉星散，且虑会审之时，罗织锻炼，皆不可测，人非木石，岂能堪此！今幽囚仓室，风雨萧条，青草鸣蛙，实助余之悲悼耳。故告之天地神明，决一瞑而万世不愧。嗟乎，人孰不贪生畏死，而敬修遭时如此，度后日决无生路！旷而观之，孔之圣也而死，回之贤也而死，死有重于泰山，有轻于鸿毛者，予于此时，审之熟矣。他如先公在朝有履满之嫌，去位有忧国之虑，惟思顾命之重，以身殉国，不能先几远害，以至于斯，而其功罪，与今日辽藩诬奏事，自有天下后世公论，在敬修不必辩。独其虚坐本家之银，与三家之寄，皆非一时可了之案，则何敢欺天罔人，以为脱祸求生之计。不得已而托之片楮，啮指以明剖心！此帖送各位当道一目，勿谓敬修为匹夫小节，而甘为沟渎之行也。祖宗祭祀，与祖母、老母粥，有诸弟在，足以承奉，吾死可决矣。而吾母素受辛苦，吾妻素亦贤淑，次室尚是稚子，俱有烈妇风，闻予之死，料不能自保。尤可痛者，吾有六岁孤儿，焭焭在抱，知亦不能存活也。
五月初十日写完此帖，以期必遂，而梦兆稍吉，因缓。十二日会审，逼勒扳诬，慑以非刑，颐指气使，听其死生，皆由含沙以架奇祸，载鬼以起大狱，此古今宇宙稀有之事。上司愚弄人，而又使我叔侄自愚，何忍，何忍！
丘侍郎、任抚按、活阎王！你也有父母妻子之念，奉天命而来，如得其情，则哀矜勿喜可也，何忍陷人如此酷烈！三尺童子亦皆知而怜之，今不得已，以死明心。呜呼，炯矣黄炉之火，黯如黑水之津，朝露溘然，生平已矣，宁不悲哉！
有便，告知山西蒲州相公张凤盘，今张家事已完结矣，愿他辅佐圣明天子于亿万年也！
关于当时拷问的情形，懋修也有一段记载：
有一部堂讯狱曰：“汝先大夫与戚帅相结，凡有书问，虽夜中开门递进，意欲何为？莫非反状乎！”
懋修答曰：“边烽紧急，宰相或不得坚卧不省。”部堂意阻。
经过多次拷问，敬修自缢身死，懋修自杀未遂，居正十六年的政权，最后由敬修、懋修偿还这一笔血债。
敬修这一死，耸动朝廷，申时行和六部大臣疏请从宽处分；刑部尚书潘季驯复言“居正母逾八旬，旦暮莫必其命，乞降特恩宥释。”在这个空气之下，神宗下诏特留空宅一所，田十顷，赡养居正的母亲。辽府一案，也在此时结束了。上谕说：
辽府废革，既奉先帝宸断，又无应继之人，着推举亲枝，以本爵奉祀，仍准王归葬原封。抱养子述玺准依亲居住，给与庶粮二百石，本折中半支。王氏从厚，援徽府例赡养。张居正诬蔑亲藩，箝制言官，蔽塞朕聪，私占废辽田亩，假以丈量遮饰，骚动海内，专权乱政，罔上负恩，谋国不忠，本当斫棺戮尸，念效劳有年，姑免尽法。伊属张居易、张嗣修、张书、张顺，俱令烟瘴地面充军。
神宗和居正说过：“只是看顾先生子孙便了。”是这样地看顾也许没有料到！
张家这一次大祸，当时人以为是高拱陷害，其实高拱死于万历六年，与此事无涉：敬修以为是张四维陷害，但是四维于十一年四月致仕，纵使平时对于居正久积嫌怨，现在也没有报复的机会。一切都由神宗主持。万历十六年冬，吏科给事中李沂上疏，攻击司礼太监张鲸，曾说“流传鲸广献金宝，多方请乞，陛下犹豫未忍断决。中外臣民初未肯信，以为陛下富有四海，岂爱金宝；威如雷霆，岂徇请乞？及见明旨许鲸策励供事，遂谓为真，亏损圣德”。张鲸是神宗特别赏识的内监，攻击冯保的是他，怂恿查抄的是他！神宗看见李沂的疏本，怒极了：他说：“李沂要为冯保、张居正报仇。”立刻下令杖六十，革职为民。为什么这是替张、冯两家报仇呢？攻击居正最力的三位御史李植、羊可立、江东之：李植常和人说：“至尊见我，称我为儿子，看见查抄的宝玩便喜欢。”为什么这样宠爱呢？神宗当然有他的理由。居正自己说过：“念己既忘家殉国，逞恤其他，虽机阱满前，众镞攒体，孤不畏也。”居正身后的得祸，本来不在居正的意外。
整个的神宗一朝，更没有称道居正的。嘉宗天启二年，这才想起居正的大功，复原官，予祭葬，张家房产没有变卖的一并发还。思宗崇祯三年，礼部侍郎罗喻义等，为居正讼冤，交给部议以后，这才给还二荫和诰命。十三年，敬修孙同敞再请追复敬修礼部主事并复武荫。思宗复敬修官，并授同敞中书舍人。国家到了艰难的时候，才想起往日的功臣。复官复荫，一切都是激励当日的臣工，但是事情已经太迟了。
然而对于居正的子孙，事情毕竟不算太迟。
居正诸子，自杀的自杀了，充军的充军了。懋修中状元的时候，年二十六岁；崇祯七年懋修死时，已经八十岁。在事业方面，他没有什么表现，但是居正全集四十六卷的搜集，大半是懋修的功绩。书牍凡例题后云：“留此一段精诚在天壤间，古人所谓知我罪我，先公意在是乎。史家所称为功为过，小子辈何敢避焉。”这是几句有意义的语句。
万历十年，允修回南应乡试，居正死了，允修丁忧，不能入闱，留为终身的遗憾，发还文荫以后，荫尚宝司司丞。崇祯十七年，张献忠的部下，到了江陵，要允修出来做官，允修自杀，留下一首绝命诗：“八十空嗟发已皤，岂知衰骨碎干戈，纯忠事业承先远，捧日肝肠启后多，今夕敢言能报国，他年漫惜未抡科，愿将心化铮铮铁，万死丛中气不磨！”
最激烈的是同敞。思宗十五年，诏命同敞慰问湖广诸王，顺道调兵云南。同敞事毕以后，北京失陷了，不久南京陷落。同敞走依隆武，隆武复同敞武荫，遣往湖南。他在途中，听说汀州又陷落了，整个的中国，除西南一角以外，都沦陷在敌人手里。同敞这才到广西，投奔永历帝。经过瞿式耜的推荐，永历帝授同敞兵部右侍郎、总督诸路军务。领导中原人民抗清的责任，又落到姓张的肩上。同敞记得曾祖在日，曾经主张用文人为边将；他也记得曾祖曾经说过：“国家或有大事，皇上幸而召臣，朝闻命而夕就道，虽执义荷戈，效死疆场，亦所弗避。”关保的血液，在同敞的脉管里跳动了。跟从明太祖的大纛，推翻元朝的统治是他的始祖；整顿国防，分化鞑靼，最后造成明朝强盛地位的是他的曾祖。同敞抚摩自己的筋骨，真有些自负。但是当时的大局整个变了，明朝只余得这一点残山剩水，败兵孱将；谈什么斗争！内讧、自扰、抵触、牵制：一切都在这个小朝廷里复演，这才是英雄短气的时候。但同敞有的是热血，单凭这一点，他要参加民族的决斗。总督诸路军务只是一个名义，当时的兵权全在将领手里。但是不管他，在一切斗争里，同敞常在前面。前进的时候，一马当先的是同敞；动摇的时候，端坐不动的也是同敞。他渐渐取得一般将士的信任。不幸永历五年，敌人攻进广西，严关失陷，前敌的将士败溃下来，永历帝往梧州去了，桂林的军队也溃了，剩得大学士瞿式耜一人留守，当时的重镇，成为一座空城。恰巧同敞从灵川来，见面以后，式耜和同敞说：
“我为留守，当然死在桂林；总督没有守土的责任，你还是去吧！”
“古人耻独为君子，”同敞毅然地说，“相公为什么不让同敞共死呢？”
式耜高兴极了，吩咐剩下的一个老兵进酒，秉烛待旦，和同敞销磨这空城的一夜。第二天敌人进城，式耜、同敞同时被执。式耜说：“我们久已准备了。”敌人要他们投降，他们拒绝；要他们削发为僧，他们也拒绝；他们只要把自己的热血，为民族横流。敌人这才把他们分别幽禁起来。他们的中间是一堵墙，在幽禁的四十几天之内，他们叩着墙壁，赋诗唱和。永历五年闰十一月十七日，敌人把他们杀了。据说在行刑的时候，同敞衣冠整齐，昂然地站着。头颅落地以后，他向前跃起三步，方始躺下。直到现在，桂林东关还留着这一位民族英雄的坟墓。
同敞留下两首有名的诗句：
自诀诗
弥月悲歌待此时，成仁取义有天知，
衣冠不改生前制，姓字空留死后思，
破碎山河休葬骨，颠连君父未舒眉；
魂兮莫指归乡路，直往诸陵拜旧碑。
自誓诗
翰林骨莫葬青山，见有沙场咫尺间，
老大徒伤千里骥，艰难胜度万重关；
朝朝良史思三杰，夜夜悲歌困八蛮，
久已无家家即在，丈夫原不望生还！
同敞死了，热烈的血液，灌溉了民族复兴的萌芽。
整个的中国，不是一家一姓的事，任何人追溯到自己的祖先的时候，总会发见许多可歌可泣的事实；有的显焕一些，也许有的黯淡一些，但是当我们想到自己的祖先，曾经为自由而奋斗，为发展而努力，乃至为生存而流血，我们对于过去，固然看到无穷的光辉，对于将来，也必然抱着更大的期待。前进啊，每一个中华民族的儿女！