万历元年，居正进《帝鉴图说》，第二年就发生效力。神宗这时才十二岁，他和吏部尚书张瀚，都察院左都御史葛守礼说，要召见廉能官员，面加奖谕。居正随即请定面奖廉能仪注，他在疏中说：“臣等窃惟致理之道，莫急于安民生；安民之要，惟在于核吏治。前代令主，欲兴道致治，未有不加意于此者。”二年正月，神宗在会极门，召见廉能官员浙江布政使谢鹏举等二十五人，特加奖励，各赐金币，便是这一次的结果。
九月间，刑部秋审，判定重囚应处死刑的，一概上奏。这是一件例行的公事，但是困难从宫内发生了。
“慈圣太后的懿旨，吩咐概行停刑，”神宗在文华殿和居正说，“先生以为怎样？”
“春生秋杀，天道之常，”居正说，“皇上即位以后，停刑已经不止一次：稂莠不去，反害嘉禾；凶恶不去，反害善良。愚臣看来，还是不必停。”
神宗听了以后，奏明太后，应处死刑的，一概准予执行。
这一点牵涉到古代统治阶级的政治思想问题。不负实际责任的人常常主张宽大，但是负担实际责任的人，便认为这是一个难题。郑子产临死的时候和子太叔说：
“我死后，国家大政是你的事了。有德的人，也许能够以宽服民，其次莫如猛。火的威焰，人人看到都害怕，所以烧死的人不多；水性懦弱，人人都觉得可爱可近，偏偏死在水中的人多了。所以宽大不是一件容易的事。”
子产死后，政权落到子太叔手上，这是一位官僚主义的统治者。被压迫的人民大众得到这个机会，发动起来，争取他们的自由。子太叔懊恨极了，他认为早听子产的话，一定不至于此，这才调动军队，把起义的人民镇压下去，仍走上反动统治者的老路。
居正是主张猛的，他曾说过：“使吾为刽子手，吾亦不离法场而证菩提。”他看到元末的大动乱，完全因为当局的宽纵，以致演成不可收拾的惨剧。所以他认定“君子为国，务强其根本，振其纪纲，厚集而拊循之，勿使有衅，脱有不虞，乘其微细，急扑灭之，虽厚费不惜，勿使滋蔓，蔓难图矣。”他又说过：“盗者必获，获而必诛，则人自不敢为矣。”关于捕“盗”的事，在考成法也有明文规定。后来万历七年，因为“盗犯”中途脱逃的事，他说：
张国用查系三月初间，已属顺天府着长解押发，乃至今尚未到，此必中途贿逃矣。顷已令该府捕长解家属监候，又行逐程挨查，于何处脱逃，务见下落，事系考成，期限已迫。若此时尚未到，执事亦宜上疏自白，请旨缉拿，务令得获正罪，庶足示惩。若已到，则照在京例，尽法处之，不可纵也。
居正的主张是“盗”者必获，获则必“诛”，这是考成法的规定。但是如《明史》所载，居正当国之时，“大辟之刑，岁有定额”，又称“居正法严，决囚不如额者罪”，都难免有些以讹传讹。每年死刑，要有一定的名额，就在当时，也不能不算是一件不可思议的事。但是《艾穆传》称艾穆为刑部员外郎，到陕西复审的时候，艾穆决定只有两个人处死刑，同审的人唯恐太轻了，要受到政府的处分，艾穆慷慨地说：
“我可不会拿别人的生命保障自己的地位。”
在居正大权在握的当中，地方官吏奉行过甚，也是不免的事。
二年十月辽东大捷，除了辽东总兵官李成梁进左都督以外，蓟辽督抚以及内阁诸臣一体加恩，居正具疏力辞，神宗亲笔下谕：
敕谕元辅张少师：朕以幼冲嗣位，赖先生匡弼启沃，四方治安，九边宁靖。我祖宗列圣，亦鉴知先生之功，就加显爵不为过。乃屡辞恩命，惟一诚辅国。自古忠臣，如先生者罕。朕今知先生实心，不复强，特赐坐蟒衣一袭、银钱五十两，以示优眷，申成先生美德，其钦承之。
自从俺答封贡事定以后，战事的中心逐渐东移。东部的鞑靼，在土蛮的领导下，继续和朝廷作战，最困难的问题是“属夷”。喜峰口、宣化境外有朵颜卫，锦州、义州、广宁境外有泰宁卫，沈阳、铁岭、开原境外有福余卫，这是所谓大宁三卫；迤东还有建州卫。在名义上他们都服属中国，所以称为“属夷”，但是事实上泰宁部长速把亥、炒花，朵颜部长董狐狸、长昂，以及建州卫都指挥王杲都和土蛮相通，成为蓟辽一带的边患。要对付土蛮，第一便得对付“属夷”，所以万历元年，居正就认定处置“属夷”之策，为国家大事，急宜经理。这一次辽东大捷，李成梁斩建州部落一千一百余人，后来连王杲也杀了，当然是对付“属夷”的一次“成功”。
战事中心到了蓟辽，但是蓟辽最大的遗憾，便是地形的缺陷。整个三卫，盘踞在热河和辽宁的西边，蓟州和辽东两镇，失去应有的联系。居正的计划，是遵守杨博固守边墙的遗策，一面整理蓟州一带的边墙，以备鞑靼的进攻；同时也计划反攻。他联络辽东、宣府、蓟州三镇，主张由蓟州坚守，由辽东、宣府双方夹击。他给方逢时说起：
比者辽左之功，固为奇绝，朝廷赏功之典，亦极其隆厚，然仆于此，蓄意甚深，谨密以告公。今九边之地，蓟门为重，以其为国之堂奥也。自嘉靖庚戌以来，虏祸日中于蓟，至罢九边之力以奉之，而内地亦且困敝。然所以酿此祸者，皆属夷为之也。国初弃大宁之地与之，冀其为吾藩屏，而今乃如此！故属夷不处，则边患无已时。然欲处之非加之以威，彼固未肯俯首而服从也。今西虏为贡市所羁，必不敢动，独土蛮一枝，力弱寡援，制之为易。今拟于上谷练得战士二万，辽东二万，多备火器，却令蓟人平时将内地各城堡，修令坚固。视三镇士气已振，度其可用，则属夷求抚赏者，一切以正理处之；凡额外求讨，及捉军要赏者，悉正以军法。彼不遂所欲，必结虏来犯，我则据台以守，遏之边外，使之一骑不入，在我虽无所获，而在彼已为失利，亦策之上也。如其贼众溃墙而入，则亦勿遽为仓皇，但令蓟将敛各路之兵四、五万人，屯据要害，令诸县邑村落，皆清野入保，勿与之战。而上谷、辽左，不必俟命，即各出万人，遣骁将，从边外将诸属夷老小尽歼之，令大将领一万人入关，不必卫京师，径趋蓟地，伏于贼所出路。彼虽已入内地，见我不动，必不敢散抢，不过四五日，虏气衰矣。衰则必遁，然后令蓟人整阵以逐之，而宣、辽两军合而蹙击。彼既饥疲，又各护其获，败不相救，而吾以三镇全力击其惰归，破之必矣。一战而胜，则蓟镇士气既倍，土、苏诸酋，不敢复窥，而属夷亦皆可胁而抚之以为我用。蓟事举则西虏之贡市愈坚，而入援之兵，可以渐减，九边安枕无事矣。愚计如此，今先试之于辽左，盖辽人素称敢战，而李将军亦忠勇可用，故厚赏以劝之，悬利以待之，亦致士从隗始之意也。
万历元年，居正和蓟辽总督刘应节说过，要“虚心商量，思一长策，着实整顿一番，庶为经久之计”。这便是居正的长策了。但是这一条计策，在居正手里，始终没有用过。战事的中心逐渐东移，辽东成为中国的重镇，这是后事。万历最初十年，戚继光坐镇蓟门，是当时的一重保障，土蛮不敢南侵，未必不由于此。居正对于三卫，始终设法羁縻。他自己说过：“要在当事者随宜处置。譬之于犬，摇尾则投之以骨，狂吠则击之以棰，既棰而复服，则复投之，投而复吠则击之：而可与之较曲直，论法守乎？前有书与方公，方答书云：‘耐烦二字，边臣宜书诸绅。’诚然。”居正手上有的是大棒和骨头，这是他“羁縻‘属夷’”的方法。对于“抚赏‘属夷’”的缎布，正和对于赏赐俺答的缎布一样，居正逐件看过，都要美好经用，这是骨头。朵颜部长董狐狸、长昂，和青把都是亲戚，居正吩咐宣府巡抚吴兑：“幸公示意青酋，令其传意长昂，勿复作歹，自取灭亡。”这是大棒。这一年他又说过：
辱示蓟镇虏情，渊哉其言之也。已即密语彼中当事诸公，俾知所从事。属夷处置适宜，则土虏之真情可得，而两镇之贡市愈坚，当今边务，莫要于此矣。公在上谷，内修战守，外探虏情，东制西怀，自有妙用，仆复何忧。
居正曾经自称别无他长，但能耐烦，这是一句谦虚的话，但是耐烦确是能使居正成功的品德。耐烦的人，对于一切事务，有布置，有步骤。他不会一暴十寒，然而他也不求一劳永逸，只是一步一步，脚踏实地去干。我们所不能满意的是居正对于起义的人民，没有正确的认识，因此只知道如何去镇压；同样地他对于沿边的少数民族，除了利诱威服以外，没有采取进一步靠拢和争取的方法。
对于用人行政方面，他也是一步一步干著。万历二年四月，实行久任之法，这是他在隆庆二年《陈六事疏》中已经说过的。十二月内阁进职官书屏。居正上疏：
仰惟皇上天挺睿明，励精图治，今春朝觐考察，亲奖廉能；顷者吏部奏除，躬临铨选，其加意于吏治人才如此。顾今天下疆里，尚未悉知，诸司职务，尚未尽熟，虽欲审别，其道无由。臣等思所以推广德意，发达圣聪者，谨属吏部尚书张瀚，兵部尚书谭纶，备查两京及在外文武职官，府、部而下，知府以上，各姓名籍贯，及出身资格。造为御屏一座，中三扇绘天下疆域之图：左六扇，列文官职名；右六扇，列武官职名；各为浮帖，以便更换。每十日，该部将升迁调改各官，开送内阁，臣等令中书官写换一遍。其屏即张设于文华殿后，皇上讲读进字之所，以便朝夕省览。如某衙门缺某官，该部推举某人，即知其人原系某官，今果堪此任否？某地方有事，即知某人见任此地，今能办此事否？臣等日侍左右，皇上即可亲赐询问，细加商榷，臣等若有所知，亦得面尽其愚，以俟圣断。一指顾间，而四方道里险、易，百司职务繁、简，一时官员贤、否，举莫逃于圣鉴之下。不惟提纲挈要，便于观览，且使居官守职者，皆知其名常在朝廷左右，所行之事皆得达于高聪：其贤者将兢兢焉争自淬励以求见知于上，不才者亦将凛凛焉畏上之知而不敢为非。皇上独运神智，坐以照之，垂拱而天下治矣。
在职官方面，明代定都北京以后，南京六部诸寺，实际成为赘疣。嘉靖、隆庆间已经开始裁革了。万历三年二月裁南京官，以后再经过九年的裁革，除了养望的大官和必需的属官以外，差不多已经调整，这都是居正任内的成绩。
三年四五月间，居正上《请饬学政疏》，这是一个极大的改革。明朝的学制，两京国子监是直辖中央的国立大学，与地方无干。各府、州、县有府学、州学、县学，都有一定学额，归各省提学官管辖。乡村之中又有社学，民间子弟自由入学，不受学额的限制，但是没有强迫入学的规定。当时的问题，集中在地方学制的府、州、县学。
太祖洪武年间规定，府学四十人，州学三十人，县学二十人，日给廪膳，称为廪膳生员。洪武十五年定令，廪膳生每人每月领米一石，鱼肉盐醯，由官供给。宣宗宣德三年规定，府、州、县学各设增广生员，学额与廪膳生员相同，他们没有领米的权利，但是和廪膳生员一样，一家之内，除本身外，优免二丁差役。换一句话，就是家中只要一人入学，可以三人免役。以后增广生员以外，又添附学生员，现代术语称为特别生，他们当然更谈不到廪米，但是免役的权利，还是一样。廪膳生员，增广生员，附学生员，简称廪生、增生、附生；有时只称廪、增、附。通常人用汉朝科目秀才异等的名称，称为秀才。这些秀才，有米可领，遇役可免：文理通顺，学问优长的，当然还可以考取举人、进士的出身，为国家做事；但是大多数永远只是秀才，做一世的府、州、县学主员，领米免役，成为地方的特权阶级。这一群特权阶级人物多了，发生连带关系，在地方上隐隐成为一种势力，可以欺侮一般民众，同样地也可压迫地方官吏。他们尽管满口孔子、孟子，圣经、贤传，讲道德，说仁义，但是事实上只是地方的祸害。这便是所谓学霸。嘉靖十年题准：“生员内有刁泼无耻之徒，号称学霸，恣意非为，及被提学考校，或访察黜退，妄行讪毁，赴京奏扰者，奏词立案不行，仍行巡按御史拿问。”便指的这些人。
万历二年，特敕吏部“慎选提学官，有不称者，令其奏请改黜”。去今已经一年了，但是还没有看到成绩。居正认定唯有控制各省提学官，才可以控制生员，疏称：
臣等幼时，犹及见提学官，多海内名流，类能以道自重，不苟徇人，人亦无敢干以私者，士习儒风，犹为近古。近年以来，视此官稍稍轻矣，而人亦罕能有以自重。既无卓行实学，以压服多士之心，则务为虚谭贾誉，卖法养交；甚者公开幸门，明招请托；又惮于巡历，苦于校阅，高座会城，计日待转。以故士习日敝，民伪日滋，以驰骛奔趋为良图，以剽窃渔猎为捷径，居常则德业无称，从仕则功能鲜效，祖宗专官造士之意，骎以沦失，几具员耳。去年仰荷圣明，特敕吏部，慎选提学官，有不称者，令其奏请改黜。其所以敦崇教化，加意人才，意义甚盛。今且一年矣，臣等体访各官，卒未能改于其故，吏部亦未见改黜一人。良以积习日久，振蛊为艰，冷面难施，浮言可畏，奉公守法者，上未必即知，而已被伤于众口，因循颓靡者，上不必即黜，而且博誉于一时：故宁抗朝廷之明诏，而不敢挂流俗之谤议，宁坏公家之法纪，而不敢违私门之请托。盖今之从政者大抵皆然，又不独学校一事而已。
疏后附列十八款，目标都在整饬当时的学风，列四款于次：
一、圣贤以经术垂训，国家以经术作人，若能体认经书，便是讲明学问，又何必别标门户，聚党空谭！今后各提学官督率教官生儒，务将平日所习经书义理，著实讲求，躬行实践，以需他日之用；不许别创书院，群聚徒党，及号召地方游食无行之徒，空谭废业，因而启奔竞之门，开请托之路。违者：提学御史，听吏部、都察院考察奏黜；提学、按察司官，听巡按御史劾奏；游士人等，许各抚、按衙门，访拿解发。
一、我圣祖设立卧碑，天下利病，诸人皆许直言，惟生员不许。今后生员务遵明禁，除本身切己事情，许家人抱告，有司从公审问，倘有冤抑，即为昭雪，其事不干己，辄便出入衙门，陈说民情，议论官员贤否者，许该管有司申呈提学官，以行止有亏革退。若纠众扛帮，聚至十人以上，骂詈官长，肆行无礼；为首者照例问遣；其余不分人数多少，尽行黜退为民。
一、廪膳、增广，旧有定额，迨后增置附学名色，冒滥居多。今后岁考，务须严加校阅。如有荒疏庸耄，不堪作养者，即行黜退，不许姑息；有捏造流言，思逞报复者，访实拿问，照例发遣。童生必择三场俱通者，始行入学，大府不得过二十人，大州县不得过十五人，如地方乏才，即四、五名亦不为少。若乡宦势豪，干托不遂，暗行中伤者，许径自奏闻处治。
一、生员考试，不谙文理者：廪膳十年以上，发附近去处充吏，六年以上，发本处充吏；增广十年以上，发本处充吏，六年以上，罢黜为民。
这是居正整饬学风的计划；他要打倒游谈之士，所以不许创建书院；他要肃清学霸之源，所以裁减学额；至于禁止纠众，考验文理，固然是明初以来的遗规，但是居正有考成法在手，一切都得实行，因此尽管只是旧话重提，但是重提的旧话，到了万历初年，便增加新的意义，不能再当具文看待。关于书院一方面，到万历七年诏毁天下书院，局势的推演，更加积极：在学额方面，因为考成的关系，有司奉行，也是非常严格。《明史》《选举志》言：“嘉靖十年，尝下沙汰生员之命，御史杨宜争之而止。万历时张居正当国，遂核减天下生员，督学官奉行太过，童生入学，有一州县仅录一人者。”大致这不是一句诬蔑的话。
假如居正为自己的政治前途打算，关于整顿学风的事，也许还要重行考虑。各个时代有各个时代的领导阶层，得罪这个阶层，往往会发生极大的风波。周武帝灭高齐，统一北方，对于南方的陈国，随时可加扑灭，只因为沙汰沙门，得罪当时的领导阶层，这一群僧侣消极反抗，武帝死后，不过数年，整个的国家移转到一个委琐平庸的杨坚手里，智识阶层，不曾提出一句反抗的呼声。明朝以来，秀才成为当时的领导阶层，政府的官吏，出身于这个阶层，地方的舆论，也操纵在这个阶层的手里。他们固然压迫一般民众；然而一般民众没有机会也没有能力喊出反抗的呼声，民众中的优秀分子，又往往因为知识发展的关系，随时为当时的领导阶层所吸收；因此秀才们不但没有受到民众的反对，反而出乎意外地受到民众的拥护。人民大众的认识没有提高以前，有时会把骑在头上的恶霸，看作领导的人物，何况在居正的时代！居正以前，世宗主张沙汰生员，但是毕竟没有沙汰。居正以后，思宗时，大学士温体仁又提出同样的主张，刑科都给事中傅朝祐立即提出弹劾，疏言体仁“又议裁减茂才，国家三百年取士之经，一旦坏于体仁之手，此谓得罪于圣贤”。温体仁固然是一个庸人，但是主张裁减生员，何尝得罪于圣贤？孔子尝为乘田、委吏，孟子也说“往役、义也”。孔子、孟子没有造成特权阶层，也没有提出领米免役的要求，为什么主张裁减生员，为民众减轻负担，为公家平均劳役，就算是得罪圣贤呢？傅朝祐的议论，只是拥护特权阶层的既得权利，不肯放弃。
居正提出整顿学风的计划，正是抱了最大的决心。万历八年，他曾经说起：
秉公执法，乃不榖所望于执事者，欲称厥职，但力行此四字足矣。至于浮言私议，人情必不能免。虽然，不容何病！不容然后见君子。不榖弃家忘躯，以徇国家之事，而议者犹或非之，然不榖持之愈力，略不少回，故得少有建立。得失毁誉关头，若打不破，天下事无一可为者，愿吾贤勉之而已。
这封信中，大致也是关于整顿学政的事，居正抱定宗旨，打破得失毁誉关头，所以能有当日的成功，也正因为他不顾人情物议，所以不免招致身后的诋毁。
万历三年五月，还有一次辽东报警的事。“属夷”传来的消息，鞑靼武士又出动了。这一次的主谋是土蛮，他纠集青把都，率同二十余万骑士，准备向辽东开发。消息紧张的了不得。辽东巡抚立刻申报兵部，敌人已经开到大宁，所以请兵请粮，一刻也缓不得。兵部尚书谭纶随即上奏。神宗虽然只有十三岁，但是对于国家大事，不容他不关心。惊惶极了，他问居正怎样办。
“请皇上宽心，”居正说，“暑天不是敌人猖狂的时候，大致不会有什么大事。”
居正尽管这样地宽慰神宗，但是言官们已经惊动了。一位给事中上疏，主张防守京城，浚壕堑，掘战坑：他恨不得立刻宣布戒严。居正悠悠地回想到隆庆四年李春芳、赵贞吉那一番仓皇失措的情形。他叹了一口气，但是同时也吩咐蓟镇戚继光和宣府巡抚吴兑打听虚实。不久，继光的报告来了，据说鞑靼诸部“酋长”，久已解散，没有集合的行动。吴兑更说青把都始终没有出动，更谈不到进兵辽东。居正的估计没有错，一切只是虚报。但是北京城里的空气，从五月以来，已经紧张了好久。秋天到了，又是准备秋防的时候。居正上《论边事疏》：
夫兵家之要，必知彼己，审虚实，而后可以待敌，可以取胜。今无端听一讹传之言，遽尔仓皇失措，至上动九重之忧，下骇四方之听，则是彼己虚实，茫然不知，徒借听于传闻耳，其与风声鹤唳、草木皆兵者何异？似此举措，岂能应敌？且近日虏情狡诈，万一彼尝以虚声恐我，使我惊惶，疲于奔命，久之懈弛不备，然后卒然而至，措手不及，是在彼反得“先声后实，多方以误之”之策，而在我顾犯不知彼己，百战百败之道，他日边臣失事，必由于此。故臣等不以虏之不来为喜，而深以边臣之不知虏情为虑也。兵部以居中调度为职，尤贵审察机宜，沉谋果断，乃能折冲樽俎，坐而制胜。今一闻奏报，遂尔张皇，事已之后，又寂无一语，徒使君父日焦劳于上，以忧四方，而该部以题复公牍，谓足以了本部之事耳。臣等谓宜特谕该部，诘以虏情虚实之由，使之知警。且秋防在迩，蓟、辽之间，近日既为虚声所动，征调疲困，恐因而懈怠，或至疏虞，尤不可不一儆戒之也。
万历三年六月命各省巡抚及巡按御史，对于有司贤否，一体荐、劾，不得偏重甲科。这也是整顿吏治的一个表现。明初用人的制度，分为三途；第一是进士，第二是举人、贡生，第三是吏员。这是所谓“三途并用”。后来因为长官都是进士出身，进士出身的官员，特别蒙到关切，举人、贡生出身的，已受歧视，更谈不到吏员出身了。于是吏员上进无门，自甘暴弃，就是举贡也决不轻易就职，他们唯一的目标，是考进士，考中了便是甲科出身，日后自有合理的发展，考不中，他们准备三年以后重考。如此一科又一科，精神才力，完全消在故纸堆中。浪费精力，埋没人材，科举制遂成为大害。隆庆年间，高拱提议，明初举人为名臣者甚众，以后偏重进士，轻视举人，积弊日甚，请求自今以后，唯论政绩，不论出身。这是一个有见地的提议，但是没有实行。隆庆四年，吏科给事中贾三近上言：“抚、按诸臣遇州、县长吏，率重甲科而轻乡举：同一宽也，在进士则为‘抚字’，在举人则为‘姑息’；同一严也，在进士则为‘精明’，在举人则为‘苛戾’。是以为举人者，非华颠豁齿不就选；人或裹足毁裳，息心仕进。夫乡举岂乏才良，宜令勉就是途，因行激劝。”贾三近的奏疏，穆宗也曾批准，但是实际上这个计划没有实现。这两件事，居正都在大学士任内看到，现在自己当国，更积极地要想实现，但是即在居正任内，并没有显著的效果，居正身后，当然更谈不到。科举的制度，永远成为整顿吏治的障碍。
隆庆六年六月以后，内阁只有居正和吕调阳两人，到现在三年了。万历三年八月，居正疏请增加阁员。御批，“卿等推堪是任的来看。”居正推荐吏部左侍郎张四维及马自强、申时行二人入阁。御批“张四维升礼部尚书兼东阁大学士，著随元辅等在内阁办事”，因此四维在内阁中，名为居正的同僚，其实只是居正的属员。首辅的权力，无形中又提高一层。
张四维字子维，蒲州人，嘉靖三十二年进士。他是杨博的同乡，王崇古的外甥，和居正也有相当的关系。这是一个有办法，能忍耐，而且舍得化钱的人，因此在宦途上，得到许多意外的方便。隆庆年间，是一个盛谈边务的时期，四维当然很清楚，以后俺答封贡事起，朝议未定，奔走关说，主张封贡的便是四维，因此深得高拱的器重。高拱准备引进四维入阁，以致引起高拱、殷士儋间的冲突。其后四维也因为言官弹劾，乞假家居。但他和当道要人，还是不断地连络。隆庆六年，高拱失败，这是四维潜伏的时期了，但是因为王崇古的关系，不久他和居正又发生联系。四维知道政治中枢，还有冯保和慈圣太后，于是他再连络冯保和李太后的父亲、武清伯李伟。万历二年，四维入京，以翰林学士掌詹事府，不久改吏部左侍郎，三年八月，改礼部尚书兼东阁大学士，入阁办事。做官的欲望，当然满足了。至于争权，四维很清楚，在居正当国的时候，谈不到争权。吕调阳入阁三年了，除在内阁公本照例署名，以及每逢庆典，照例进官、蒙赏以外，还有什么？四维知道自己只是“随元辅办事”。这是圣旨，也不妨说是一个条件。大学士固然名为大学士，其实只是居正的一条尾巴。在这一点，居正和四维成立一种默契。但是居正没有看清忠厚的人和才华的人究竟有些不同。忠厚的人如吕调阳，也许可以遵守这个默契，并不感觉痛苦；才华的人如张四维，便完全两样了。他遵守这个默契，但是心里却充满怨愤。他不甘做尾巴，然而他只能做尾巴。他的恭谨，只能增加他的仇视。这便成为居正身后，四维极力报复的张本。万历十年，居正逝世；十一年抄家，他的长子敬修自杀，在他的血书后面写着：“有便，告知山西蒲州相公张凤盘，今张家事已完结矣，愿他辅佐圣明天子于亿万年也。”到了这时，敬修才知道四维是自己一家的大仇，但是在居正生前，居正只觉得四维是一个恭谨的同僚。
万历三年，在江浙海外，发生一次小规模的国际战事。嘉靖中年，是倭寇猖獗的时代。经过谭纶、俞大猷、戚继光、刘显这一群人戡定以后，大局稍为安静，但是小股的倭寇，还是不断地扰乱，隆庆年间，广东方面的动乱，也有倭寇参加的踪迹。中国和日本是接近的邻国，本来应当好好相处，为国际争取和平，为人民争取幸福，但是那时双方的统治阶级，都没有认识这个道理。远在北京的皇帝，高高在上，没有贯彻保卫祖国的职责；而日本方面，无数的封建主，一边率领掳掠成性的武士，一边勾结中国沿海的汉奸，不断向大陆进攻。这是当时中国和日本相处的情势。居正也曾说到中国和日本的关系：
倭奴自元以来，为中国患。元尝以十万人，从海征之，舟泊其境，值海风大作，十万人没于海。本朝有天下，四夷君长，靡不向风，独倭王良怀不奉朝贡，寇掠直、浙，至遣某某等募兵船以御之，沿海诸郡俱罹其苦。洪武十四年，高皇帝命礼部移书，责其国王，亦只言天道祸福之理以导之耳，终不能一加兵于其国。是以其人骄悍狡诈，谓中国无如之何。侵侮之渐，有自来也。
居正看到日本的祸害，但是居正认识当时国家的敌人，还是北方的鞑靼，所以在“北边第一”的口号下面，对于倭寇，谈不到根本解决，只能对于沿海督抚，尤其苏、浙、闽、广诸省，加以不断的戒饬。他的计划是用兵船巡弋近海，随时和倭寇在海面决战。万历三年，倭寇又到江浙海外黑水洋一带了。应天巡抚宋仪望调兵船和他开战，打了一个胜仗，居正一边奏请加官，一边致书奖励，同时警戒浙江巡抚谢鹏举。他说：
近年海寇息警，人心颇懈，仆窃以为忧，故昨年拟旨申饬。赖公伟略，起而振之。今果能一战而胜之，不俟登岸而遏之于外洋，功尤奇矣。天下事岂不贵豫哉！慰甚。彼前锋既折，必不敢窥吴，祸当中于浙矣。
浙无倭患久矣，一旦联舟突犯，必有勾引之奸。且地方安恬日久，骤寻干戈，恐无以待寇，幸折以忠义，鼓以赏罚，悉力一创之，庶将来不敢再窥。亟剿此寇，然后徐究其祸本而除之，可也。浙人咸云：“谢公非用武之才，恐不能了此事。”仆曰：“不然，谢公沈毅有远虑，贼不足患也。”愿公勉就勋庸，以副鄙望。
万历三年，居正决心整顿驿递，这也是居正招怨的一件大事。
明代从北京到各省的交通干线都有驿站，驿站是当时的唯一交通制度。驿站有主管官吏，有马，有驴，有夫役；水驿有红船，有水夫：都很完备。马、驴从哪里来？马、驴来自民间。船只从哪里来？船只也来自民间。马、驴的草料，船只的装备，莫不来自民间。民间还要按粮出夫，马夫、水夫当然也来自民间，自备工食，三年一轮，周而复始。除开马夫、水夫以外，各驿还有馆户，专为过往人等，治造饭食，不许片刻稽留：当然馆户也是来自民间，自备工食。最初的时候，夫役还享到免粮的特权，从嘉靖二十七年议准以后，连这一点特权也取消，于是夫役不仅没有权利，只有义务，而且还要供给马、驴、红船以及其他必要的配备。交通干线附近的人民，实际成为国家的奴役，他们的地位，甚至落到清代的乌拉娃子以下。
对于交通干线附近的人民，这不能不算一种虐政，但是国家如此庞大，为维持中央和各省的交通起见，在交通工具尚未发达以前，驿站制度，纵是需要合理的调整，不是没有存在的理由。一切全看这个制度的运用。太祖时代，关于使用驿站的规定，非常严密，非有军国大事，没有使用的权力，即是公、侯、驸马、都督奉命出差的时候，也只许随带从人一名。所以驿站制度虽然存在，人民的痛苦，还得到一些缓和。有一次，吉安侯陆仲亨从陕西回京，擅行使用驿站车马，给太祖知道了，太祖痛责道：“中原兵燹以后，百姓开始复业，买马出丁，非常艰苦。倘使大家和你一样，民间卖儿鬻女，也供给不起啊！”
太祖时代究竟是老远的过去了。以后的条例，便逐日地宽大！太祖时代，给驿条例只有六条：到嘉靖三十七年，便扩充到五十一条。五十一条的使用者，都有勘合，现代称为护照。勘合分为五等：温、良、恭、俭、让。北京的勘合由兵部发出，各省的勘合由巡抚和巡按发出。填发的机关，总算还有相当的限制；但是在填发的时候，便来一个宽大的作风！兵部可以填发勘合送人，各省也可填发勘合送人。领用勘合的人，没有缴还的限期，一张勘合，成为终身的护照，而且自己不用，还可转赠旁人，姓名不合，更不妨洗去重填。宽大之外，还有宽大！交通干线附近的人民，真是民不聊生。领用勘合的官员，大都既不温良，也不恭俭，更谈不到让；勘合的五个号码，只成为刻骨的讽刺。官员到了驿站以后，百般需索。他们要粮食，要柴炭，要酒席，要蔬菜，要夫，要马。有时在拉到夫马以后，人民也可按照道路远近，讲明价值，经过一番磋商，索性缴纳银两，放走了事。于是官员们在沿站滋扰以外，连带也成为掳人勒赎的强盗。这一点，官员们久已视为他们应有的特权。在宽大的政体之下，没有人敢于侵犯他们的特权，以至引起自身的不利。
直到万历三年，居正提出整顿驿递的计划：
凡官员人等非奉公差，不许借行勘合；非系军务，不许擅用金鼓旗号。虽系公差人员，若轿扛夫马过溢本数者，不问是何衙门，俱不许应付。抚、按有违明旨，不行清查，兵部该科指实参治。若部、科相率欺隐，一体治罪。
抚、按、司、府各衙门所属官员，不许托故远行参谒，经扰驿递；违者抚、按参究。
有驿州、县，过往使客，该驿供送应得廪粮蔬菜，州、县止送油烛柴炭，不许重送下程纸札，如有借此科敛者，听抚、按官参究。
凡经过官员有勘合者，夫马中火，止令驿递应付，有司不许擅派里甲。其州、县、司、府官朝觐，给由入京，除本官额编门皂，量行带用外，不许分外又在里甲派取长行夫、马，及因而计路远近，折干入己。
凡官员经由地方，系京职方面以上者，虽无勘合，亦令巡路兵快防护出境，仍许住宿公馆，量给薪水烛炭，不许办送下程心红纸札，及折席折币礼物。
凡内外各官丁忧、起复、给由、升转、改调、到任等项，俱不给勘合，不许驰驿。
这年又规定自京往外省者，由兵部给内勘合；其中仍须回京者，回京之日缴还勘合；无须回京者，即将该项勘合，缴所到省份抚、按衙门，年终一并缴回兵部。自外省入京者，由抚、按衙门给外勘合，至京以后，一并缴部，其中有须回省者，另由兵部于回省之日换给内勘合。
居正的规定，较之太祖时代的给驿条例，已经太宽，但是从太祖到神宗，这二百年间，整个的时代变了，一切只能做到“去泰去甚”。就是这样的规定，也还有成为具文的危险，嘉靖、隆庆年间，都曾有过类似的规定，其后只成一张废纸！但是居正手中有的是考成法，他用六科控制抚、按，用内阁控制六科，章程、条例都要切实执行，不容成为具文，这是考成法的作用。
对于万历三年整顿驿递的心情，居正自己说过：
近来驿递困敝至极，主上赫然思以厘振之，明旨屡饬，不啻三令五申矣，而犹不信！承教，谓外而方面，内而部属以上，凡得遣牌行者，有司不敢不一一应付。若如近旨，但无勘合者，皆不应付，则可尽复祖宗之旧，苏罢困之民。夫有司官卑，岂敢与大官相抗，所赖以行法振弊者，全在抚、按耳。抚、按官狃于故常，牵于私意，而责有司以奉法令，抗大官，势不能也。朝廷欲法之行，惟责之抚、按，不责之有司。异日倘有犯者，或别有所闻，则抗命之罪，必当有归。
丈田、赈饥、驿传诸议，读之再三，心快然如有所获。盖治理之道，莫要于安民。究观前代，孰不以百姓安乐而阜康，闾阎愁苦而危乱者？当嘉靖中年，商贾在位，货财上流，百姓嗷嗷，莫必其命，比时景象，曾有异于汉、唐之末世乎？幸赖祖宗德泽深厚，民心爱戴已久，仅免危亡耳。隆庆间，仕路稍清，民始帖席，而纪纲不振，弊习尚存，虚文日繁，实惠日寡。天启圣明，虽在幼冲，留心治理。仆每思本朝立国规模，章程法度，尽善尽美，远过汉、唐，至于宋之懦弱牵制，尤难并语。今不必复有纷更，惟仰法我高皇帝怀保小民一念，用以对越上帝，奠安国本耳。故自受事以来，凡朝夕之所入告，教令之所敷布，惓惓以是为务，锄强戮凶，剔奸厘弊，有不得已而用威者，惟欲以安民而已。奸人不便于己，猥言时政苛猛，以摇惑众听；而迂阔虚谈之士，动引晚宋衰乱之政，以抑损上德，矫扞文罔，不知我祖宗神威圣德，元与宋不同，哺糟拾余，无裨实用，徒以惠奸宄贼良民耳。
驿递条例既经整顿，以后便是执行的事了。居正认定这是一件致理安民的大业，所以始终没有放松。执行的时候，当然从自己做起。儿子回江陵应试，吩咐儿子自己雇车；父亲过生日，吩咐仆人背着寿礼，骑驴回里祝寿。万历八年，居正次弟居谦病重，回里调理，保定巡抚张卤发出勘合，居正随即缴还，并附去一封信：
亡弟南归，辱给勘合，谨缴纳。禁例申严，顷有顽仆擅行飞票，骑坐官马，即擒送锦衣，榜之至百，其同行者，俱发原籍官司重究矣。仰惟皇上子惠穷民，加意驿传，前遣皇亲于武当祈嗣，亦不敢乘传，往来皆宿食逆旅，盖上之约己厚民如此。仆忝在执政，欲为朝廷行法，不敢不以身先之。小儿去岁归试，一毫不敢惊扰有司，此台下所亲见，即亡弟归，亦皆厚给募资，不意又烦垂怜也。此后望俯谅鄙愚，家人往来，有妄意干泽者，即烦擒治，仍乞示知，以便查处，勿曲徇其请，以重仆违法之罪也。前奉旨查朝觐官遣牌驰驿者，久不闻奏报，辱在知厚，敢以直告。
唯有始终不懈，从自己做起，才算得“综核名实”，这是居正给我们的教训。在整顿驿递的当中，一切都从大官做起。外勘合由抚、按衙门发出，所以便先行整顿抚、按。甘肃巡抚侯东莱的儿子擅行驰驿，言官提出弹劾了。甘肃虽然不是最吃紧的地方，但是究在北边，而且东莱是一个应付鞑靼号称得力的边臣。居正确实感到一点困难，但是不能因为一个巡抚的原故，破坏国家的定法。没奈何，把东莱的儿子应得的官荫革去了，以后再慢慢地设法补救。保定巡抚张卤奉到居正的催促，恰好保定正在交通干线的要点，只得实行稽查。他发现违反规定的，一共十几人，一齐都奏报上去。这一次太严重了，居正只得稍行容忍，先把太仆寺和太原府的官员处分一下。他和张卤说：
两承翰示，一一领悉。前奉明旨所查，惟朝觐遣牌驰驿者，即所参苑寺、太原二人，亦足以应诏矣。若概及其他，恐干连人众，所伤者多。今姑为隐涵，后若再犯，即达官显贵，亦不能少贷矣。旧染颓俗，久难骤变，彼顽梗玩肆之人，以为法虽如是，未必行也，今量处数人，以示大信于天下，庶几有所惮而不敢犯乎！然惟在各抚、按以实奉行，不敢废格诏令可耳。今台谏诸君屡奉严旨诘责，常虑无以塞明诏，苟搜得一事，如获奇宝，一经指摘，声价颇损，故愿诸公之毋舍己以徇人也。至于三司官在本省地方，夫马廪饩，用之自不为过，惟出境则不可。若宣大之于蓟辽，则地隔两境，各有军门统属，自难以相通。若奉敕者，则不在此例矣。
这一次的处分，有一点出人意外的，是太原府知府上书兵部和都察院，声明并非本人有意违例，因为山西巡抚派人护送，所以竟在省外使用驿站车马。责任落到山西巡抚身上。居正当然犯不着因为这个问题，动摇边疆大臣，所以只得去信加以严重的诰诫：
太原守投揭部、院，自辩驰驿非其本意，悉由相知者差人护送。都台即欲据揭并参，不穀喻之乃止。原揭奉览。盖闻智者不先人而后己也，仁者不危身以邀恩也。夫各抚、按、司、道之公背明旨，而以传驿徇人也，冀以避怨而施德也，今既不施德于人，而又有累于己，岂不两失之乎？仁智者不为也。公尝告我曰：“今内之纪纲政事，已觉振肃，而外之吏治民风，尚未丕变，则诸大吏不以实奉行之故也。”不穀深韪其言。今若此，未可谓之奉法也！以公之高明强毅，而犹若此，况其他乎？已矣乎，吾无望于人已！恃在知厚，直献其愚。诗云，“他山之石，可以攻玉。”幸惟原谅。
整顿驿递，当然不是一年的事。最感觉棘手的是内监和衍圣公。内监是宫内的亲信，轻易干涉不得。居正只得吩咐他们的领袖去设法。衍圣公是孔子六十四代孙尚贤。大圣的后人，因此更应为世表率，偏偏尚贤忘去这一点。每年衍圣公自曲阜入京朝贡，沿途骚扰不堪。山东布政据实直告居正。居正说：
承示大监、圣公横索驿递。今内官、勋臣小有违犯，动被绳治，而圣公所过，百姓如被虏贼，有司亦莫之谁何，以其为先圣之后也。夫圣人秉礼为教，志在从周，假令生今之时，亦必斤斤守朝廷之法，不可逾越，况其后裔乎？后若再行骚扰，亦宜一体参究，庶为持法之公也。
这是万历八年的事。次年，衍圣公家庭发生风波，尚贤的庶母郭氏攻讦尚贤，朝廷派员查勘。一面由居正和山东巡抚何起鸣把衍圣公每年入朝的故事，重行商定。居正说：
中间处分孔氏朝贡一节，极为得中。然仆窃以为今亲王俱不朝贡，孔氏何必亲行？朝廷亦不必借此为重。渠每岁一行，族人佃户，科派骚扰，不胜劳苦，沿途生事百端，军民避之，无异夷虏，及至京师，淹留数月，待私货卖尽，然后启行，此岂为观光修贡者耶？窃以为宜如王府例，每岁只差人进马入贺，不必亲行；或当朝觐之年，预期奏请，得旨而后行，亦为简便。公如以为可，疏请之。若今岁，则彼听勘未结，自不宜来矣。
商定的结果，衍圣公入朝定为三年一次。这样一来，对于衍圣公的走私夹带，当然不免发生稍许的不便，但是交通干线附近的居民，却减少了不少的惊惶。
万历三年，发生了水利问题；这一年旧事重提，再行发动疏凿泇河和胶莱河，这两件事，居正都尽了最大的努力，但是都没有成功。本来明朝的水利问题，集中在黄河，这不是因为明朝人对于水利有特别的兴趣，而是因为政治和军事的关系，不能不着重漕运；着重漕运，便不能不着重黄河。明朝的京城在北京，整个的国防形胜，也着重在北边，因此每年由南而北的漕运四百万石，成为国家的生命线。隆庆六年，居正曾和漕运总督王宗沐说过：
今方内乂安，所可虑者，河漕为最。兹赖公之力，经理什七，江、淮之粟，方舟而至，来岁新运，又已戒期，计三年之后，京师之粟，将不可胜食矣，欣慰欣慰。
万历元年，四百万石又安稳地北上，居正又说：
四百万军储江、海并运，洪涛飞越，若涉平津，自仆有知以来，实未见有如是之盛者。一日侍上，语及今岁漕事，天颜喜悦，殿上侍臣，咸呼万岁。仆因推言，此皆督臣之功也，宜加懋赏，重任之。上深以为然。
次年，漕运还是如期北上，居正说起：
辱示知：运艘已于三月十一日，尽数过淮，无任忻慰。闻度江遇风，谅无大损，若前途通利，则额赋可以毕达，国储可以日裕矣。今计太仓之粟，一千三百余万石，可支五、六年。鄙意欲俟十年之上，当别有处分，今固未敢言也。
居正方作国储充实以后的计划，就在这一年，黄河在邳州决口，淮河也决口。万历三年，黄河又在砀山决口，黄水不断南流，一部分由淮安入运，直灌长江，淮、扬一带因此发生极大的恐慌。但是当局的注意还是集中运道。这时从宿迁到韩庄的运河还没有，从淮安到宿迁，再从宿迁到徐州茶城，黄河就是运河，明朝人称为“借黄为运”，在借黄为运的情形下面，黄河的通塞，和漕运有关，也就和国防有关。明朝人治河有几条牢不可破的原则。第一，黄河到开封以后，不许向北，因为向北便不能向南，淮、徐一线的漕运便发生问题。第二，黄河到徐州以后，不许向南，因为向南便影响明朝凤、泗一带的祖墓。第三，即使在这个范围以内，也不许轻易改道，因为改道便会发生浅滩，必然妨碍粮艘向北，空船回南的路线。在这几个原则之下，明人对于洪水横流，挟沙俱下的黄河，只有夹岸筑堤以防黄水的溃决。他们筑堤的技术非常发达，单就堤岸的名称，便有遥堤、缕堤、月堤、格堤的不同，但是最后总有横溃的一日。黄河屡次决口，河水流入运河，复在高邮决口。事态严重极了，种种的主张都提出，一切等待居正解决。
居正只有给河道总督傅希挚去信。万历二年，他说：
近闻淮、扬士大夫言海口益淤，以故河流横决四溢，今不治，则河且决而入于江，维扬巨浸矣。又有言前议筑遥堤为不便者。其说皆信否？从未行此道，不知利害所归，望公熟计其便，裁教。幸甚。
希挚的复信来了，居正觉到游移，又去一信：
辱示《治河议》，一一领悉，但据公所言，皆为未定之论。海口既不可开；遥堤又不必筑；开泇口，则恐工巨之难；疏草湾，又虑安东之贻患。然则，必如何而后为便乎？愿闻至当归一之论，入告于上而行之。
最后希挚决定请求重开泇河。泇河二源，一出峄县，一出费县，称为东、西二泇河。隆庆四年，翁大立总理河道的时候，就提议开泇河，他主张上通微山、赤山等湖，中贯东、西泇河，下合沂水，过宿迁骆马湖，再入黄河。在隆庆万历年间，称为新水道，其实就是现在韩庄、宿迁间的运河水道。这一个计划《明史》称为“引泗合沂”，当然不是专指泇河本身。大立的计划没有实现，希挚重行提出。万历三年二月，希挚疏称：“治河当视其大势，虑患务求其永图。顷见徐、邳一带河身垫淤，壅决变徙之患，不在今秋则在来岁，……臣日夜忧惧，悉心讲求。禹之治水，顺水之性耳；今以资河为漕，故强水之性以从吾，虽神禹亦难底绩。惟开创泇河，置黄河于度外，庶为永图耳。”他提出工程计划，最后说，“若拼十年治河之费，以成泇河，泇河既成，黄河无虑溃决矣，茶城无虑填淤矣，二洪无虑艰险矣，运艘无虑漂损矣，洋山之支河可无开，境山之闸座可无建，徐口之洪夫可尽省，马家桥之堤工可中辍，今日不赀之费，他日所有省，尚有余抵也。故臣以为开泇河便。”奏疏上去以后，发户、工二部看议，工科都给事中侯于赵请求召集廷臣会议。居正认定会议只是虚文，一面奏派于赵和希挚会勘，一面再给希挚去信：
开河之策，议在必行，但以事体重大，且此中有言其费度七、八百万乃足者，岂其然乎！故请差科臣会勘，徒以息呶呶之口耳。此事先年诸臣，亦知其便利，独以艰大之任，惮于承肩。今公赤忠，身任其责，更复何疑，愿坚持初意，勿夺群言。其中事体，亦须详慎，期在万全无害可也。
于赵勘后，认定要开泇河，势必经过良城，良城伏石实勘五百五十丈，开凿之力，难以逆料。户部又谓“正河有目前之患，而泇河非数年不成，故治河为急，开泇为缓。”居正准备承肩“艰大之任”，但是户、工二部都不赞同，希挚的态度，又不坚决，事情只得搁下。万历三年六月，奉旨：
侯于赵等所奏，与傅希挚原议，大不相同。傅希挚久历河道，他当初若无底见，岂敢谩兴此役，此必该道等官，畏工久羁官，故难其说，阴肆阻挠。勘官据其所言，谩尔回奏，其言先开良城伏石，徐议兴工，都是搪塞了事之语，深负委托。今人平日都会说利道害，沽名任事，及至着落他实干，便百计推诿，只图优游无事，捱日待时，讵肯视国如家，忠谋远虑者？似这等人，如何靠得他成功济事？且泇口之议，止欲通漕，非欲弃河而不理，今他每既说治河即可以兼漕，便着他一意治河，别工不必再议。
万历三年开泇河的计划失败了。直到万历三十二年，总河侍郎李化龙、曹时聘的手里，才完成。每年三月，粮船由泇河北上，秋天以后，空船仍由黄河南下，泇河、黄河，成为徐州、宿迁间往还分途的水道。但是居正没有看到！居正所看到的，只是一个大计划的失败。三年六月的上谕，充满焦急和愤恨，我们不难想象是谁的手笔。
开泇河的计划失败了，四百万石的漕粮，重行寄托给全无把握的黄河。国家的命运，真是非常地渺茫，居正方在踌躇着。这年九月，南京工部尚书刘应节，右侍郎徐栻上疏请开胶莱河。这两位都是居正的同年，尤其是刘应节，在他任蓟辽总督的时候，居正曾经和他有过不少的磋商。应节，山东潍县人，对于胶莱一带的情形，更应当熟悉。居正记得隆庆五年，自己曾经反对胶莱新河的计划，曾经虑到水泉难济，但是现在的情形不同。黄河屡次决口，泇河计划不成，除勘探胶莱新河以外，他没有其他的办法，而且经过几年以来的开源节流，在经费方面，他有相当的把握。所以他毅然地不待复勘，派徐栻前往山东开浚，会同山东巡抚李世达办理，一面再嘱世达极力协助。他对应节、徐栻、世达等说起：
胶河之可开，凡有心于国家者皆知之，独贵乡人以为不便，皆私己之言也。读大疏具见忘私徇国之忠，已奉旨允行。又承教，凤竹公肯身任之，尤为难得，今即以属之。渐庵亦曾有疏云，开泇口不若疏胶河。故宜与之会同，且委用属吏，量派夫役，亦必借其力以共济也。至于一应疏凿事宜，及工费多寡，俱俟凤竹公亲履其地，次第条奏。其河道官属钱粮，俱不必与之干涉，以破其弃河不治之说，庶浮言不能兴，大事可就也。
胶河之可开，凡有心于国家者皆知之，乃竟为浮议所阻者，其端有二。一则山东之人，畏兴大役，有科派之扰，又恐漕渠一开，官民船只，乘便别行，则临清一带，商贩自稀，此昔年之说。一则恐漕渠既开，粮运无阻，将轻视河患，而不为之理，此近年之说也。凡此皆私己之言，非公天下之虑也。今当决计行之，无事再勘。仆尝念此，惟以不得任事之人为虑。昨奉百川公书，公雅不辞劳，审尔，大事济矣。已即面奏于上，特以属公。前得山东抚台李公书，谓开泇口不如疏胶河，意与公合，故宜会同，且委用属吏，量派夫役，亦必借其力以共济也。诸疏凿、造船事宜，及工费多寡，俱俟公亲履其地，一一条奏。其河道官属、钱粮等项，俱绝不与之干涉，以破其弃河不治之说，庶浮言不兴，大工可就也。夫世必有非常之人，然后有非常之功，然又必遇非常之时，而后其功可成。故曰：“非常之原，黎民惑焉。”今主上英明天启，志欲有为，而公以非常之才，适遘此时，可不努力以建非常之业乎？大功克成，当虚揆席以待。
向承教胶河事，时方议凿泇口，未遑论也。今泇口既罢，刘、徐二司空复议及此，适与公议合，故特属之。望公协恭熟计，共济此事。仆以浅薄，谬膺重寄，主上虚己而任之，自受事以来，昼作夜思，寝不寐，食不甘，以忧国家之事，三年于此矣。今朝廷大政幸已略举，惟清河、宗室，未得其理。宗室事巨，不敢轻动，清河则宜及今图之。了此一二大事，仆即纳管钥，稽首归政，乞骸而去矣。千金之裘，非一狐之腋，所望海内英哲，共助不逮。
万历三年，胶莱新河的开凿，是一件最迫切的事。神宗上谕：“这胶莱河议，即经行勘，俱为浮议所阻，刘应节等既的有所见，不必复勘。就着徐栻改工部右侍郎兼都察院右佥都御史，会同山东抚按官，将开浚事宜，一一计处停当，具奏来行。朝廷屡议开河，止为通漕，与治河事务不相干涉，再有造言阻挠的，拿来重处。”在这道上谕后面，我们看到居正具了最大的决心。居正对于运河工程，不一定明白，但是他假定刘应节、徐栻应当明白，再加以李世达的赞同，他认为成功的希望，可以看到，所以排除一切障碍，集合一切力量，为国家开辟新水道，替四百万石漕粮找一条安全的交通线。
但是这一次又是一度严重的失败。山东方面，一则唯恐运河改道，对于西部的繁荣，发生影响；二则眼见开凿新河，东部的劳役，非常繁重：山东的舆论动摇了，山东巡抚李世达也动摇了，连带徐栻也起了动摇。居正立刻去信：
仆闻疑事无功，疑行无名，明主方励精图治，询事考成，岂宜以未定之议，尝试朝廷哉？神禹大智，犹必亲乘四载，遍历九土，至于手足胼胝，而后能成功。方其凿龙门之时，民皆拾瓦砾以击之。盖众庶之情，莫不欲苟安于无事，而保身自便者，孰肯淹留辛苦于泥涂横潦之中，此众议之所以纷纷也。愿公主之以刚断，持之以必行，心乎为国，毕智竭忠，以成不朽之功。凡粘滞顾忌，调停人情之说，一切勿怀之于中，又亲历工所，揆虑相度，分任责成。若惮劳不亲细事，徒寄耳目于人，则纷纷之议，将日闻于耳，虽勉强图之，亦具文而已，决不能济也，幸公熟图之。若果未能坚持初意，恐拂众心，则亦宜明告于上，以谢昔建议之为非，而后重负可释耳。此国之大事，不敢不尽其愚，幸惟鉴有。
这是万历三年冬间的事。四年正月，徐栻奏称估计凿山引水，筑堤建闸，工费该银九十余万。在国家岁出岁入，都在三百万上下的时候，这不能不算一个不小的数字。居正认定这是徐栻“故设难词，欲以阻坏成事”，这时刘应节已改戎政尚书，二月间，再着应节暂解营务，赴山东会同徐栻开河。事情似乎有了办法，但是应节到了山东以后，和徐栻发生重大的异议。同样一条胶莱新河，应节主张通海，徐栻主张引泉，关于水源方面，有了绝对不同的主张。但是在分水岭方面，势必动工开凿，这是应节和徐栻都不能不应付的问题。山东巡按御史商为正奉命挑验。据他的结论，“虽二百余万金，不足以了此”，经费方面，困难极大。应节主张通海，但是海水一来，海沙连带也来，因此应节主张建闸障沙。山东巡抚李世达认为海沙和海水同来；他说，“窃以谓闸闭则潮安从入，闸启则又安从障也。”全河长二百七十里，据应节所计，海潮自南口入，凡五十里；自北口入，凡一百八十里：这是说在二百七十里之中，可以通潮的二百三十里。但是据世达所计，除大风迅烈，海潮狂涌的时候以外，南潮所及，距海口二十里，北潮所及，距海口六十里，和应节的估计，便有很大的距离。当然，在海潮不及的地方，可以引泉，但是世达论及泉水，以为“十月以后，日渐消耗，至春月泉脉微细，适值粮运涌到之时，虽置柜设闸，以时启闭，终不能使之源源而来，滔滔不竭也”。海潮不能来，泉水不敷用，水源发生问题，那么二百余万金，还不是等于白费？
但是还有一个根本的问题。胶莱新河原是为着海运提出的动议，本来的计划是漕船由淮入海，再取道胶莱新河入渤海湾。所以必须淮安以下的运河没有问题，才谈到这个计划的实现。但是万历三四年间，运河沿岸高邮、宝应一带，正是问题的中心。商为正说：“况海运必出自淮安海口，高、宝其所必经，高、宝不治，此河虽通，亦不能越而飞渡。”李世达说：“今当缉高、宝之堤，无徒殚财力于不可必成之胶河也。”他们也许有一些成见，但是他们的逻辑，不容人不重加考虑。居正没有办法，只有交工部集议。工部尚书郭朝宾复称“事体委多窒碍，相应停罢以省劳费。”万历四年六月，罢胶莱新河，这是居正在漕运方面第二次的失败。以后他的注意，便集中到运河和黄河。
居正的两次失败，本来不是意外。他自己没有治河的经验，而且平生没有经过这一带，他凭什么可以构成正确的判断呢？他有坚强的意志，他能充分地运用政治的力量，但是在他没有找到得力的干才以前，意志和力量只能加强他的失败，所以在无法进行的时候，他便毅然地承认失败，这正是他的干练。最可惜的，万历二年工部尚书朱衡致仕，失去一个有经验、有魄力的大臣，假如居正能够和他和衷共济，也许可以减少一部分的失败。万历三年，工科给事中徐贞明上水利议，认定河北、山东一带都可兴水利，供军实。但是在交给工部尚书郭朝宾查复以后，朝宾只说“水田劳民，请俟异日”，打销了一个最有价值的提议。假如居正能够给贞明一些应得的注意，再推动政治力量，作为他的后盾，也许可以根本解决北方的粮食问题。