隆庆六年六月以后，政权落到居正手中了。他的志愿，是把整个的生命贡献给国家。他还记得在五年冬天，正在内阁中的斗争，愈演愈烈，自己的政治生活，岌岌不保的时候，他曾经有过两句偈语：
愿以深心奉尘刹，不于自身求利益。
他对于政治的认识，是只有把握，没有放弃；只有前进，没有后退；只有牺牲，没有畏缩。现在是他的时代了。万历元年，他曾讲到这时的心理状态：
去年、当主少国疑之时，以藐然之躯，横当天下之变，比时惟知办此深心，不复计身为己有。
他认定嘉靖年间的废弛，和隆庆年间的混乱，一切的症结只是纪纲不振。所以他入手的方略便是整饬纪纲。明代掌握政权者的武器是京察，京察的大权在手，便可以澄清吏治，整肃官常。就在隆庆六年七月间，居正奏请举行京察，五品以下的由吏部、都察院会同考察，四品以上的责令自陈。京察终了，十六日神宗下诏戒谕群臣，这是居正的手笔：
朕以幼冲，获嗣丕基，夙夜兢兢，若临渊谷，所赖文武群臣，同心毕力，弼予寡昧，共的升平。乃自近岁以来，士习浇漓，官方刓缺，钻窥隙窦，巧为躐取之媒，鼓煽朋俦，公肆挤排之术，诋老成廉退为无用，谓谗佞便捷为有才。爱恶横生，恩仇交错，遂使朝廷威福之柄，徒为人臣酬报之资，四维几至于不振，九德何由而咸事。朕初承大统，深烛弊源，亟欲大事芟除，用以廓清氛浊，但念临御兹始，解泽方覃，铦锄或及于芝兰，密网恐惊乎鸾凤，是用去其太甚，薄示戒惩，余皆曲赐矜原，与之更始。《书》不云乎？“无偏无党，王道荡荡，无党无偏，王道平平。”朕方嘉与臣民，会归皇极之路，尔诸臣亦宜痛湔宿垢，共襄王道之成。自今以后，其尚精白乃心，恪恭乃职，毋怀私以罔上，毋持禄以养交，毋依阿淟涊以随时，毋噂沓翕訾以乱政。任辅弼者当协恭和衷，毋昵比于淫朋，以塞公正之路。典铨衡者当虚心鉴物，毋任情于好恶，以开邪枉之门。有官守者，或内或外，各宜分猷念以济艰难。有言责者，公是公非，各宜奋谠直以资听纳。大臣当崇养德望，有正色立朝之风；小臣当砥砺廉隅，有退食自公之节。庶几朝清政肃，道泰时康，用臻师师济济之休，归于荡荡平平之域；尔等亦皆垂功名于竹帛，绵禄荫于子孙，顾不美欤？若或沉溺故常，坚守旧辙，以朝廷为必可背，以法纪为必可干，则我祖宗宪典甚严，朕不敢赦。百尔有位，宜悉朕怀，钦哉故谕！
在举行察典的当中，居正对于“以言干政”的人，确实去了几个，他自己也说“芝兰当路，不得不锄”。但是在执行的时候，居正自有相当的分寸，所以在慰留张佳胤的书中，引用韩愈“蔡人即吾人”一句；后来《与南台长书》又言：“或曰，‘某为新郑之党，不宜留之。’或曰：‘某为新郑所进，不宜用之。’纷纷藉藉，日引月长，甚无谓也！”他在当时，曾把自己的主张和杨博说起；后来又和李渐庵说：
天生一世之才，自足一世之用，顾铨衡者，每杂之以私意，持之以偏见，遂致品流混杂，措置违宜，乃委咎云“乏才”，误矣！仆之浅薄，虽不足以与知人，然一念为国之公，实无所作。故自当事以来，谆谆以此意告于铨曹，无问是谁亲故乡党，无计从来所作眚过，但能办国家事、有礼于君者，即举而录之。用三驱以显比，悬一镜以虚照，故一时群才，咸有帝臣之愿。今部署已定，以后仍当综核名实，一一而吹之。第恐人乐混同，必有以为刻核者。然非是无以考成绩而亮天工也。
居正进用人才，要求“能办国家事，有礼于君者”，这是为的国家，但是何尝不是为的士大夫。但是从那一群不能办事、履进履退、坐食养望的人看来，便是刚很刻核。直到万历四年，居正已经当国五年，大众还不能体谅，居正曾说：
仆一念为国家，为士大夫之心，自省肫诚专一，其作用处，或有不合于流俗者，要之欲成吾为国家、为士大夫之心耳。仆尝有言：“使吾为刽子手，吾亦不离法场而证菩提。”又一偈云：“高冈虎方怒，深林蟒正嗅，世无迷路客，终是不伤人。”丈深于佛学者，岂不知此机乎？
尽管隆庆六年的士大夫不能体谅，万历四年的士大夫不能体谅，甚至永远不能体谅，但是居正抱定决心，为国家担负这一个重大的责任。他的待人是“旁求贤哲，共熙帝载”，他的自称是“别无他长，但性耐烦耳”。忍耐，忍耐！这是他从徐阶那里学到的秘密：徐阶忍耐着应付貌合神离的同僚，居正忍耐着应付千头万绪的政局。七月间举行京察，上仁圣皇太后、慈圣皇太后尊号。九月葬穆宗，居正又赶到大峪岭，“周视山川形势”。烦真是烦极了，居正还忍耐着。
居正准备实行大政，一般大臣也期待他实行大政。他们读过圣贤之书，希望居正做孔子、孟子，他们要行王政。他们还记得建文帝在位的时候，烽火已经照遍南、北二京，皇帝还和方孝孺这一群人讨论周礼应门、皋门的制度：固然那一次还是失败了，但是现在是太平时代，为什么不可以再试一下？然而居正的行为又使得他们失望了，他们甚至公然说道：
“我们以为张公在朝，当行帝王之道。现在看他的议论，不过是富国强兵，仅仅这样，真真使人失望。”
居正听了以后，只是一笑道：“这是太客气了，我怎样能使国富兵强呢？”
到万历七年，在这方面，有了一些把握，居正才昌言道：
孔子论政，开口便说“足食”“足兵”。舜令十二牧曰：“食哉维时。”周公立政：“其克诘尔戎兵！”何尝不欲国之富且强哉？后世学术不明，高谈无实，剽窃仁义，谓之“王道”，才涉富强，便云“霸术”。不知王霸之辨，义理之间，在心不在迹，奚必仁义之为王，富强之为霸也？仆自秉政以来，除密勿敷陈，培养冲德外，其播之命令者，实不外此二事。今已七八年矣，而闾里愁叹之声，尚犹未息，仓卒意外之变，尚或难支，焉在其为富且强哉！
居正对于国事的认识，是富国强兵，但是这一群人要行王政，要谈尧舜，谈周孔。居正便提出尧、舜、周、孔的议论和他们辩难。他们有时谈到宋朝周、程、张、朱的主张，居正便不客气地认为“皆宋时奸臣卖国之余习，老儒臭腐之余谈”。但是居正是政治家，他没有公开喊出，只是说：“这是太客气了，我怎样能使国富兵强呢？”
事实上，居正还是感觉很大的困难。难在哪里？难在嘉靖、隆庆以来，积弱之势已成。世宗时代的萎靡不振，不要管了；穆宗时代，又因为内阁中的斗争，几个名臣的力量，都浪费在正负相消的局面中。居正说过：
天下之势最患于成，成则未可以骤反。治之势成，欲变而之乱难；乱之势成，欲变而之治难。
国势强则动罔不吉，国势弱则动罔不害。譬人元气充实，年力少壮，间有疾病，旋治旋愈，汤剂针砭，咸得收功：元气衰弱，年力衰惫，一有病患，补东则耗西，实上则虚下，虽有扁卢，无可奈何！
幸亏隆庆末年的积弱，还没有到不可救药的境界，这是一个关键，居正决不能放过。他正豫备实现自己的主张：“是以君子为国，务强其根本，振其纪纲，厚集而拊循之，勿使有衅，脱有不虞，乘其微细，急扑灭之，虽厚费不惜，勿使滋蔓，蔓难图矣。”
富国强兵，其实只是一件事：富国是中间的过程，强兵是终极的目标；要有良好的经济基础，才谈得上国防建设。居正当国之初，在军事方面，广东广西的僮人，福建的人民，不断起义，情势固然相当严重，但是这些无关国防。重点只在北边，这是对于鞑靼的防御。隆庆五年，俺答封贡的事情已经确定了，接后，吉能、切尽台吉这一群西部首领的贡市又告成功。北边是安静了，但是居正始终只认为这是停战，不是和平。他永远主张“外示羁縻，内修战守”。他认为对于鞑靼的方略，是“犬摇尾乞怜，固可投之以骨，如其狂噬，则大杖加焉”。大杖始终要握在手里。他的计划，是足食足兵。他和王崇古也说过：
天生五材，民并用之，谁能去兵？孔子称必不得已而去。今之时，非有甚不得已也，乃不务为强兵而务为去兵，则唐季世是矣。然足食乃足兵之本，如欲足食，则舍屯种莫路焉。诚使边政之地，万亩皆兴，三时不害，但令野无旷土，毋与小民争利，则远方失业之人，皆襁负而至，家自为战，人自为守，不求兵而兵自足矣。此言似迂，然在往时诚不暇，今则其时矣，故愿公留意焉。
这还是隆庆五年的事。居正对于北边的国防，永远没有松手。但是他对于一般人谈守边设险的计划，总还不能放心。隆庆初年，有人提议沿边种树，居正就说：“种树设险，固是守边要务，但如议者所言，决无成效。”当时大家不以为然，但是尽管种了多年的树，一株也没有长成。居正只有切实地说：“天下事岂有不从实干而能有济者哉！”
这也是隆庆五年的话。就在这一年，居正说过：
来岁拟遣大臣阅视，大行赏罚。如犹玩愒难振，则仆自请如先朝故事，杖钺巡边。人臣受国厚恩，坐享利禄，不思一报，非义也。
隆庆六年十月，一切烦杂的事，都有了头绪，居正实行派遣大臣巡边的计划：第一，兵部左侍郎汪道昆巡视蓟、辽；第二，兵部右侍郎吴百朋巡视宣、大、山西三镇；第三，兵部侍郎协理京营戎政王遴巡视陕西四镇。这三位都是嘉靖二十六年进士，恰恰是居正的同年。这一次阅视的成绩，并不十分完满，在居正和百朋、王进的私交上，更发生了不小的裂痕。
汪道昆到蓟、辽去，事情很简单。临去的时候，居正给戚继光一封信：
汪司马知足下素深，相待之礼，必从优厚，顷已面嘱之，然渠亦自不俟嘱也。但足下自处，又且务崇谦抑，毋自启侮。昔李愬属櫜鞬谒裴度于道，唐史美之。盖重命使，所以尊朝廷也。司马此行，于蓟甚有关系，幸留意焉。
道昆去后，一切很顺利；事毕上疏，议额饷，议增设墩台，都是些例行公事。居正给他去信说：“敷奏明切，文辞粹美，读之再过，叹挹弥襟。”道昆本来只是一个文人，文人的才能，只有在文辞方面表见；所幸蓟辽是谭纶、戚继光经营的局面，居正没有什么不放心。
王遴和居正本不十分融洽，到陕西去后，把巡阅的事情办妥，不久便告病还乡，这个当然是有些不满了，居正去信说：
唐虞之世，九官十二牧，师师济济，各效其能，岂必人为禹稷，位皆百揆，而后惬于心哉？诚欣于时世之遇也。方今尧舜在上，属任忠贤，仆躬履贯鱼之行，寤寐孜孜，用天下贤者，效之于上。士生于今，义无所逃，以其时则可矣。公乃独傲然远引，慨慕巢由，嘲哂禹契，欲自越乎不可逃之分，而背乎不易得之时，此愚蒙之所未譬也。虽然，人各有志，何可相强？聊为道其区区如此，惟高明裁之。
吴百朋到宣大、山西去的时候，便发生困难。宣大总督王崇古唯恐百朋要来掣肘，百朋的朋友又认为这是一种贬谪，居正无法，只有向双方解释：
比者奉翰教，薄冗未能随答，然诸所请者，一一具如尊指，属所司复行矣。尧山少司马行时，已屡嘱之云：“宣大事体，与他镇不同，北门有寇公，诸无足虑者，归来但可告成事耳。无烦刻核，徒乱人意。”然此公爽朗阔大，必能成也。
辱教，满纸皆药石之言，但谓仆骄抗，轻弃天下士，则实未敢，然因此而益加警惕，无不可也。吴尧山奉命阅视宣大，仆数年以来，经营此地，颇费心力，今以托之，属望匪浅，不知肯为国家措一臂否也？
百朋去后，着实做出一番成绩。他以（一）粮饷、（二）险隘、（三）兵马、（四）器械、（五）屯田、（六）盐法、（七）番马、（八）逆党，一共八项考核边臣。他对于宣大总督王崇古、宣府巡抚吴兑，以及山西总兵郭琥这一群人，都分别指出功过，奏请升黜。同时他对于大同总兵马芳，严重地提出弹劾。他认定马芳行贿，当然非严加惩处不可。百朋是阅视大臣，这一点完全没有做错；但是居正是首辅，便不免有无限的迟疑。明代的军队，久已是一个腐化的机构，从下层到上层，是层层的剥削。总兵官是最上层的了，他再把剥削所得，分润京官。科道受贿，兵部受贿，有时大学士也受贿。舞弊贪赃，成为一般的风气。遇到清明的高级长官，谈不到贿赂，总兵官便和长官的家丁联络，高级长官也难免受到一些嫌疑。明朝中叶以后，武人在社会中的地位，正在逐日地低落。当他们到兵部领取公文的时候，三军司命的总兵官，都要长跪，这是奴才，不是长官。他已经取得奴才的身分，那么和大官的家丁联络，也正是恰巧适合，整个国家的命运，付托给这一群人物，不能不算是前途的大虑。居正看到这一点，所以到万历元年便有西北边用书生为将的意念。书生受的文化陶冶多了，自然会比较注重名节和操守。这是后话。但是隆庆六年，居正还是迟疑。吴百朋弹劾马芳的奏折到了，言官们又在弹劾宣府总兵赵奇，居正只是说：
仆与马、赵，素不识面。异时当国者之家奴，率与边将结拜，鲜不受其啖者。自仆任事以来，内外隔绝，幸门尽墐，朝房接受公谒，门巷间可张罗，亦无敢有以间语谮言，入于仆之耳者，又何所私庇于人。即此两人之狡猾无状，仆岂不知？第以其俱嚄唶宿将，部下又多犷少，代者未必能驭，即有疵颣，犹可驱策而用之。贡市羁虏，本难久恃，猝有缓急，无可使者，故为保全，徒以为国家耳。士大夫乃独不谅鄙心，谓之何哉！
但是居正保全不得了。吴道南正在攻击居正，认定他是包庇马芳，忽略吴百朋。怎样办呢？马芳免职了，同时居正再给百朋去信：
马帅褫职，国法已彰。仆以浅薄，谬肩重任，虽不足以当天下事，然一念公虚平直，则可以告于天地祖宗之灵，不敢措一毫私意于其间也。乃昨吴少参有书，甚为公不平，其辞怨愤，使人难堪。今九边之事，宣大为重，不以付之他人而托公者，以公为心知故也。又面请于上，特赐命服以宠其行，公视仆此心为何如哉！渠乃以仆为厚猾帅而薄故旧，岂不厚诬我哉？区区之心，惟公垂鉴焉。
居正的一番苦心，没有得到同僚的谅解，但是他对于北边的布置，始终是着着不懈。对于九边重镇，他派人巡阅；对于九边督抚，他注重人选：这是对内的事。他对外的策略，也是不断筹措。北方的鞑靼，除了土蛮一支以外，俺答这一个系统，已经通过封贡手续，和明朝处在停战状态中了。俺答对于几个重要的领袖，如他的胞弟昆都力哈，胞侄永邵卜、吉能，以及他的儿子黄台吉，本来是可以指挥的，但是因为那时的鞑靼，是一个组织不健全的部族，实际不能合作。居正的计划是要尽量地使他们分离为无数的单位，单位的增加，便是力量的减小。鞑靼没有联合向北边进攻的能力，国家的安全便增加一层保障。
隆庆五年，谣传昆都力哈和吉能死了，居正准备扶植把都的儿子青台吉，使他和黄台吉对抗。他说：
把酋之子，不知何如。仆料黄酋必思东并，今当扶植青把都，使之力抗黄酋。黄酋若有东并之志，只可责之以大义，亦不必力禁之。待其两敝而归命于我。
把都、吉能，一时俱殒，黄酋亦且病发，天之亡彼，于兹见矣。但在我处之，须以恩信。其子但能管束其部落，即令告于顺义，奏请袭职，不必择贤。要令其势分而衅构，则我可因其机而制之，数十年之利也。
俺答的问题解决了，但是一个桀骜不驯的黄台吉，连俺答也无可奈何。昆都力哈之妻，又联络永邵卜，不肯进贡，事情有些棘手。隆庆六年居正当政以后，又说起：
昆妇愚悍，似无来期，永邵卜虽为所牵，终贪嗜关市财物，可招而致，然皆无足为轻重，第常以大义责之，时出小利诱之，毋令东合土蛮，为蓟镇害，足矣。
就在这一年，昆都力哈提出要求来了，他要和俺答一样封王。封王只是一个名义，在中国没有什么损失，但是中国不能受他的威胁。居正明白现在不是世宗时代了，中国有的是准备。所以他再和王崇古说：
辱示昆都力、黄台吉二酋事情，先已有人言之。黄酋骄悍，诚为难驯，然刚躁寡谋，部下多怨，且其子父不和，势难独逞，将来疆场小衅，或不能无，然使处置有方，亦终当归吾羁绁也。昆都老而谲，数年以来，东纠土蛮，西合俺酋，皆此人为之，比之黄酋，反为难制。然俺答既已帖服，黄酋素不附之。昨已令蓟人散布流言于边外云：“昆都与吾有约，将合兵以击土蛮。”虏性多疑，必相猜忌，则此酋亦孤立，无能为也。如再言封王事，可以好语款之云：“俺答汝兄，伦序为长，且首发归顺之端，又执吾叛人，奉吾约束，朝廷嘉其悃诚，故厚赉而王之。汝频年为患，于中国未有尺寸功，何得遂与汝兄等？我皇上并包兼容，何惜一王号而不汝畀，但于事体，有未顺耳。汝若能依汝兄之言，遵奉约束，坚守盟誓，二三年后，当与汝奏闻朝廷，一体封王加赉。若欲借此事以启衅，则我惟有一战耳。”渠闻此言，必不敢动。量此孤虏，以上谷一镇之兵当之，东连云朔，彼虽入，亦不足畏也。
居正对付鞑靼的计划，是充实边防，准备随时出击，同时利用一切机会，使鞑靼分裂。这样一来，北边的敌人，只是散漫的部落而不是整个的集体，无形中减轻北方的威胁，北方的军队，便随时有决胜的可能。在这一点，很有些类似帝国主义“分而灭之”的政策，但是中间有一个绝大的区别。帝国主义的目标，是对于敌人，加以奴役或剿灭；居正的目标，是容许敌人的存在，而消弭敌人的威胁。帝国主义是攻势的，居正是守势的；帝国主义只希望片面胜利，居正却希望双方共存。中国强盛的时候，对外采取的方略，经常和居正的主张一致，这是中国文化和近代帝国主义的区别。
隆庆六年过去了，次年改元万历，是年正月庚子，发生王大臣之狱。
事情本来很简单。这一天神宗在乾清宫，看到一个人，神色仓惶地走过，吩咐左右把他拿下。经过讯问之后，才知道这是王大臣，从蓟州来的一个逃兵。逃兵的处分也还简单，但是消息到了冯保，便不简单了。冯保认定这是一个机会。他想起高拱，真是恨之切骨。高拱已经卸任回籍了，但是冯保的怨恨没有消灭。唯有血、血、血，才能洗尽冯保的怨愤。王大臣送到东厂了，经过东厂的搜检，王大臣身上，果然搜出刀来。证物有了，这一定是行刺，而且在乾清宫外走过，不是谋刺皇上是刺谁呢？谁主使的？东厂所录的供词里明明写着，是高拱主使的。凶手有了，凶刀有了，主使的人也有了，冯保决定要彻查这一件案子。
彻查又怎样呢？东厂的威权在冯保手里，要杀王大臣，杀高拱，不是很容易么？但是冯保手中的东厂，和宪宗时代汪直手中的西厂，以及熹宗时代魏忠贤手中的东厂相比，差得远了。冯保的人品，不知道比汪直、魏忠贤究竟怎样，但是神宗初年的朝廷，确实比宪宗、熹宗时代高明了。居正曾经说过，“朝多长者”。在这个环境之下，即使冯保有作恶的意志，他也没有作恶的机会。“朝多长者”，一切出于居正的布置，这里更显出居正的作用。
不幸居正和冯保的关系太密切了，而且高拱的解职，居正又是最大的收获者。“冯保的阴谋，有居正参预吗？甚至还是他主谋吧！驱逐高拱已经过分了，现在又要杀高拱！”一般人的怀疑，又集中到居正身上。从嘉靖二十七年杀夏言以来，掌握政权的人，最后都发生身家性命的危害。严嵩当权，杀夏言，徐阶当权，杀严世蕃，八十几岁的严嵩，也被平白逼死；高拱当权，徐阶的儿子充军，徐阶也旦夕莫保。二十五年的传统了。唯有血，才是政权的代价，现在大致又是高拱支付代价的时候了。这个传统，真是又残酷，又凶暴。大众指着居正，认定他正要压迫高拱，支付最后的血债。
大臣中最有声望、最有气魄的是杨博和葛守礼。守礼约杨博一同去访居正。
“已经和他说过了。”杨博说。
“一般的舆望都在杨公，”守礼说，“认定只有杨公能不杀人、媚人。目前事情更吃重了，谈不得已经说过，不便再说啊。”
他们一同拜访居正。他们替高拱辩护，他们指明东厂没有良心，他们唯恐株连大众，他们甚至于以全家百口，担保高拱的无辜。
也许他们说得太热切了一点，居正有些气愤了。他不期望一般人的谅解，然而他不能想象平生所钦佩的人也会对自己怀疑。
“两位以为我也要甘心高公吗？”他愤愤地说。
“不是的，”杨博说，“但是只有相公，才有回天之力。”
居正决定了办法，东厂的讯问只是初审，居正奏明神宗，交掌锦衣卫左都督朱希孝和左都御史葛守礼以及冯保复审。葛守礼和冯保当然责无旁贷。希孝是第二名靖难功臣成国公朱能之后，第六代成国公朱希忠之弟。明朝自成祖以后，特别看重靖难功臣，第一名靖难功臣淇国公丘福的后代削除了，所以成国公是当时的第一世家。加以希忠、希孝，自世宗以来，都是特蒙恩宠的勋臣，居正提出希孝，正是看重他的资望。但是事情却把希孝难住了，他和希忠商量。遵照冯保的计划吧，他们不愿意得罪士大夫；遵照良心吧，他们又不愿意得罪冯保。希孝认定了事情的困难，他向居正请教，居正教他再和杨博、葛守礼商量。审讯的经过相当复杂，但是这件事情的结果非常简单。万历二年，希孝逝世，居正在他的神道碑记着：
今上践祚之元年，有贼挟刃至宫门，惊跸。捕得，下东厂治，贼冀缓死，妄言有主者。于是内外错愕，索贼甚急。然余心知其诬，乃见上，言斯事重，请令锦衣卫与东厂杂治之。上曰：“可。”公既受命，即独宿外舍，燕居深念，多设方略，密侦之，如是十余日，乃得其情，趣具狱上，戮止一人，余无所问。当是时，微公，搢绅祸且不测，其所存活，不啻数百千人矣。
王大臣灌下一杯生漆酒，哑了；他不能诬赖高拱指使，也不能陈述冯保唆供，就这样糊涂地交给刑部拟罪，得到斩首的处分。王大臣的无辜的血液，洗清高拱的被诬，但是没有洗去居正的嫌疑。居正在给总理河道万恭的信中说起：
昨会舍亲西石公言：顷者内狱之起，众情汹汹，独公以为朝有人焉，无足虑者。此足以见公知我之深也。今士大夫亲见仆行事，无一人知及于此者，而公乃在外得之，人之相去，岂不远哉。
居正对于当时士大夫之不相知，真有些愤意了。他对于高拱，不是不恨，但是他没有置之死地的意念。他在这一年曾和吴百朋说起：“仆平生所厚士大夫甚多，见背者亦不少，然终不以是而易其好贤之心，即今日内狱之事，可以观矣。”这几句话，透露他对于高拱的怨恨，但是他没有意思要杀高拱。居正《杂著》里，痛责王猛计陷慕容垂的错误。他说：“猛盖自揣才略，不能驾驭垂，故百计欲去之，以为足以弭将来之患，而乃出于阴贼险狠之谋，类小人女子妒宠忌能者之所为，此诸葛孔明辈所不道也。”他知道高拱已经倒了，自己有控制的力量，何必得罪清议，更揭示自己的不能容物。居正的自信力，正在逐日加强。
万历元年六月，内阁上疏请随时考成。在居正的一生，这是一件重要的政治事业。居正平时常说遵循祖宗成宪；假如我们要探求居正创制的行为，那便只有他的考成法。全文如次：
臣等窃闻尧之命舜曰：“询事考言，乃言的可绩。”皋陶之论治曰：“率作兴事，屡省乃成。”盖天下之事，不难于立法，而难于法之必行；不难于听言，而难于言之必效。若询事而不考其终，兴事而不加屡省，上无综核之明，人怀苟且之念，虽使尧舜为君，禹皋为佐，亦恐难以底绩而有成也。臣等窃见近年以来，章奏繁多，各衙门题复，殆无虚日。然敷奏虽勤，而实效盖鲜。言官议建一法，朝廷曰“可”，置邮而传之四方，则言官之责已矣，不必其法之果便否也。部臣议厘一弊，朝廷曰“可”，置邮而传之四方，则部臣之责已矣，不必其弊之果厘否也。某罪当提问矣，或碍于请托之私，概从延缓；某事当议处矣，或牵于可否之说，难于报闻。征发期会，动经岁月，催督稽验，取具空文。虽屡奉明旨，不曰“著实举行”，必曰“该科记着”，顾上之督之者虽谆谆，而下之听之者恒藐藐。鄙谚曰，“姑口顽而妇耳顽”，今之从政者殆类于此。欲望底绩而有成，岂不难哉？臣居正当先帝时，曾上《便宜六事》，内《重诏令》一款，亦尝亹亹言之，随该吏部题复，欲各衙门皆立勘合文簿，事下各抚按官，皆明立程限，责令完报，然亦未闻有如期令而以实应者。甚者寝格如初。兹遇皇上躬不世出之资，励精图治，百执事亦皆兢兢务修其职业，无敢以玩愒弛废者；独所谓考言屡省者，尚未加之意焉，窃恐致理之道，有未尽也。查得《大明会典》内一款，“凡六科每日收到各衙门题奏本状，奉圣旨者，各具奏目，送司礼监交收；又置文簿，陆续编号，开具本状，俱送监交收。”又一款，“凡各衙门题奏过本状，俱附写文簿，后五日，各衙门具发落日期，赴科注销，过期稽缓者，参奏。”又一款，“凡在外司、府衙门，每年将完销过两京六科行移勘合，填写底簿，送各科收贮，以备查考，钦此。”及查见行事例，在六科，则上下半年，仍具奏目缴本；在部院，则上下半月，仍具手本，赴科注销。以是知稽查章奏，自是祖宗成宪，第岁久因循，视为故事耳。请自今伊始，申明旧章，凡六部都察院，遇各章奏，或题奏明旨，或复奏钦依，转行各该衙门，俱先酌量道里远近，事情缓急，立定程期，置立文簿存照，每月终注销。除通行章奏不必查考者，照常开具手本外，其有转行复勘，提问议处，催督查核等项，另造文册二本，各注紧关略节，及原立程限，一本送科注销，一本送内阁查考。该科照册内前件，逐一附簿候查，下月陆续完销，通行注簿，每于上下半年缴本，类查簿内事件，有无违限未销。如有停阁稽迟，即开列具题候旨，下各衙门法问，责令对状。次年春、夏季终缴本，仍通查上年未完，如有规避重情，指实参奏。秋、冬二季亦照此行。又明年仍复挨查。必俟完销乃已，若各该抚、按官，奏行事理，有稽迟延阁者，该部举之。各部、院注销文册，有容隐欺蔽者，科臣举之。六科缴本具奏，有容隐欺蔽者，臣等举之。如此，月有考，岁有稽，不惟使声必中实，事可责成，而参验综核之法严，即建言立法者，亦将虑其终之罔效，而不敢不慎其始矣。致理之要，无逾于此。伏惟圣明裁断施行。
奏疏上去以后，奉圣旨：
卿等说的是，事不考成，何由底绩？这所奏，都依议行。其节年未完事件，系紧要的，著该部、院另立期限，责令完报。若不系钱粮紧要，及年远难完的，明白奏请开除，毋费文移烦扰。
居正曾经说过：“法之不行也，人不力也，不议人而议法何益？”现在他创制了，这是他的有名的考成法。事情真是简单异常。他只要各衙门分置三本账簿。一本记载一切发文、收文、章程、计划，这是底册。在这许多项目之中，把例行公事无须查考的，概行剔除以外，再同样造成两本账簿：一本送各科备注，实行一件、注销一件，如有积久尚未实行，即由该科具奏候旨；一本送内阁查考。居正的综核名实，完成万历初年之治，最得力的还是这三本账簿。
政治只是民族精神的表现。十六世纪的中国民族血液里，已经渗入因循的成分，“置邮而传之四方”，成为一切政令的归宿。法令、章程，一切的一切，只是纸笔的浪费。几个脑满肠肥的人督率着一群面黄肌瘦的人，成日办公，其实只是办纸！纸从北京南纸店里出来，送进衙门，办过以后，再出衙门，经过长短不等的公文旅行以后，另进一个衙门归档，便从此匿迹销声，不见天日。三百七十年了，想到已往的政治情况，真是不胜警惕。
居正是一个现实的政治家。他知道政务的办不通，不是机构的缺乏，所以他不主张增加政治机构。他也知道公文政治不能打倒公文政治，所以他不主张提出新的法令、章程，增加纸笔的浪费。他只要清清白白的一个交代。办法在纸上说过了，究竟办到没有？他要在各科的账簿上切实注明。在内阁里，他自己也有账簿，可以随时稽考。他以六科控制六部，再以内阁控制六科。这是居正的政治系统。
六科是明朝特有的政治机构。一切行政事务，分属吏、户、礼、兵、刑、工六部，各部行政长官，有尚书、左右侍郎。同时又有吏、户、礼、兵、刑、工六科，各科有都给事中、左右给事中、给事中。尚书是二品，都给事中只有七品，但是对于六部的封驳、纠劾之权，完全在六科手里。明朝的大官可以统率小官，但是小官同样可以牵掣大官，这是明朝的立法精神。六科实际上是六部的监察机关，各科给事中分管各科的事，但是对于国家大事，同样地可以建言；对于奉旨会推内阁大学士，吏、兵二部尚书，及在外总督、总兵的场合，各科都给事中同样地可以参加；至于光宗逝世的时候，杨涟以从七品的兵科右给事中，和内阁同受顾命，更是特有的创例。
居正以六科控制六部，是明朝的祖制，但是以内阁控制六科，便是一种创制。内阁本来是皇帝的秘书处，事实上不负行政责任，更谈不上监察责任，实施考成法以后，内阁实权显然扩大，所以万历四年刘台劾居正疏，称：“居正定令，抚、按考成，章奏每具二册，一送内阁，一送六科。抚、按延迟则部臣纠之，六部隐蔽则科臣纠之，六科隐蔽则内阁纠之。夫部院分理国事，科臣封驳奏章，举劾其职也。内阁衔列翰林，止备顾问，从容论思而已。居正创为是说，欲胁制科臣，拱手听令。祖宗之法若是乎？”刘台的言论其实没有说错。
考成法的实施，在整理赋税的方面，发生的影响最大。中国人受圣经贤传的影响太大了。孟子见梁惠王，第一句便是“王何必曰利，亦有仁义而已矣”。孟子又劝梁惠王，“王如施仁政于民，省刑罚，薄税敛，深耕易耨，壮者以暇日，修其孝悌忠信，入以事其父兄，出以事其长上，可使制梃以挞秦楚之坚甲利兵。”政治家谈到理财，好像做了一件亏心的事。汉武帝时代，桑弘羊领大农，在整个国家，因为对外战争，已经走上经济崩溃的路线以后，居然靠着平准政策的运用，“民不益赋而天下用饶”。这是多么大的贡献，但是卜式对他的批评，只是“烹弘羊，天乃雨”。其实一个有组织的国家，不能没有国家的经济政策。没有经济，便没有政治。孟子的主张，是十分取一。白圭问道：“吾欲二十而取一，何如？”孟子说；“子之道，貉道也。”孟子是说无组织的民族，才能二十取一，有组织的国家，不能不十分取一。这是孟子的经济政策。他那“薄税政”的主张，用现代的术语，其实只是“养税源”。国家对于人民的赋税，不能太重，人民才可以谋经济发展，人民的经济发展了，国家便增加十分取一的机会。孟子的主张，其实不是“崇礼义，退财利，复往古之道，匡当世之失”那一套。
居正当国以后，他的主张是富国强兵。要强兵便先要富国。富国不外是开源、节流。在这两方面，他都尽了最大的努力。考成法是开源，在考成法以外，当然还有节流。
隆庆二、三年间的预算，每年国家收入二百五十余万两，支出四百余万两。这是一个岌岌可危的预算。当时没有屋上架屋的构机，也谈不到亲戚故旧的汲引，所以要节流便不仅是裁减“骈枝机关”、“闲散人员”。隆庆年间的节流是从皇帝和国防入手。这是大处著墨的方法。所以隆庆三年穆宗向户部索银三十万两，内阁便把岁入、岁出的状况奏明，请求停取银两，其结果穆宗只是说：
朕览卿等所奏，户部银两缺乏。内库亦缺银两，朕方取。既这等说，且取十万来。卿等传示，不必再来奏扰。
这时的内阁大臣，真是负责任的大臣，穆宗的态度，有一些惫赖，但是皇帝索款，立刻打了三折，不能不算是好的。
隆庆六年居正当国以后，在节流方面，真是“锱铢必较”。神宗开馆纂修《穆宗实录》，居正上疏，请求免循旧例赐宴。他说：
臣等夙夜皇皇，方切兢惕，岂敢为此饮食宴乐之事，非惟于礼有不可，于心亦实有不安也。且一宴之费，动至数百金，省此一事，亦未必非节财之道。
这一年的冬天，居正在日讲的时候，请求次年正月早开日讲，不必设宴，并免元夕灯火。神宗真是一个听话的孩子，他说：
“早吩咐停止了。伺候圣母用膳的时候，都很简单，逢到节期，只有果宴。”
筵宴停止了，光禄寺春节的供应又省去七百余金。万历元年十月，居正进讲，言及宋仁宗不爱珠饰。
“贤臣才是宝贝，珠玉有什么用处！”神宗说。
“是呀，”居正再说，“明君贵五谷而贱珠玉；五谷养人，珠玉饥不可食，寒不可衣。”
“正是，”神宗说，“宫人们喜欢珠玉，但是朕在岁赐上，没有一次不减省。”
“皇上说到这一点，真是社稷苍生的福泽。”居正切实感到少年皇帝的“圣明”，同时也替户部宽心。他知道岁出方面，又省去一些不必要的开支。这年内承运库太监崔敏上疏请买金珠，奏疏发交内阁，居正看到以后，立即封还，切实给他一个否认。
居正的对付鞑靼，也随时考量到国家的财政问题。宣大边外，俺答的问题解决了。隆庆五、六两年的抚赏，所费不过万余，而所省已百余万，居正在给宣大总督王崇古的信上，曾经说起：“今所与虏者，国家不啻若九牛一毛，而所获兹如此，若公与仆所为国谋者，忠乎否耶！”他真有些自负。但是他对于蓟辽，又是一种感想。蓟辽边外的“属夷”请求加赏，他认为不值得。他说：
今户、兵二部，已议为曲处。但此数一增，后来遂为岁例，帑藏之入有限，犬羊之欲无穷，岁复增加，曷有纪极？此其弊源，必有所在，不塞其源而徒徇其欲，将不知其所终矣！蓟门事体，与他镇不同，仆日夜念之，未尝少释。凡有所求，所司未尝不频而语，屈意而从也。仆亦坐是，往往见恶于人，若仆有所私庇于蓟者。然司农所藏，委为匮乏，固亦无怪其频也。幸仆今谬司国柄，俟边警少暇，望公与镇、巡诸君，虚心商量，思一长策，著实整顿一番，庶为经久之计。若但拆东补西，支持目前，费日增而无已，兵复弱而莫支，将来必有以为口实者，恐仆与诸公，皆不能逭其咎也。
应当节省的钱都节省了：光禄寺采办的钱，世宗末年，每年用十七万，现在只用十三四万，节约的力量，一直支配到皇上的御厨。但是节流只是一个方面，主要的方面还是开源。考成法实行了，开源便得到合法的立场。考成法是一根鞭子，它的目标是督促一切政务的进行。但是在财政方面，考成法的成绩最显著。居正说过：“考成一事，行之数年，自可不加赋而上用足。”这一句揭开居正的怀抱。
“不加赋而上用足”和桑弘羊的“民不益赋而天下用饶”，似乎神秘，实际上一点也不神秘。弘羊的武器是平准法，他打倒当时的富商大贾，把一切囤积居奇的利益，收归国有，这样应付了汉武帝时代的财政困难。居正的武器是考成法，他要实收粮赋，停止减免；这样便可以摧残当时的一部分大地主，维持国家的岁收。
明朝对于江南和浙西的税额特重，尤其是苏州府。明初苏州府岁征秋粮二百七十四万六千余石，和浙江全省相等，实在是一个骇人的数字。因此反而造成土地集中的情势。贫农的生活困难了，田地卖给富家；富家的势力扩大了，不但坐食田租的收入，而且因为地位优越，可以获得减免的特惠。大地主的地位从此形成。大地主在减免的时候，可以优先享受；在科役的时候，可以设法避免；甚至在征税的时候，可以任意拖延。一切的利益都归大地主；一切的负担都归贫农。到了贫农担负不了的时候，于是便把田地卖给地主，从小农的地位，降为佃农。有的贫农索性连同土地和自由，一齐卖给地主，于是成为农奴；农奴对于主人，固然丧失平等的身分；但是对于国家，反而获得意外的自由，催租科役的差人，从此不会上门。就是这一点，便可以引起小农的羡慕。有时小农的经济状况，还不十分困难的时候，自己也会到大地主家里，请求收为农奴，这就是所谓“投靠家人”。所以从经济的立场讲，国家和大地主显然地成为对立的形势。大地主的势力愈扩大，国家的岁入便愈减少。因为大地主的拖欠赋税，以及投靠家人的逃避徭役，于是国家不得不把赋税徭役分摊到无力拖欠或逃避的小农。其结果更把小农驱入佃农或农奴的地位，越发增加大地主的势力。国家的力量，只增加事态的严重。
这时是十六世纪，社会革命的呼声没有发动，平均地权的主张没有提出。有心的当局只有从“摧豪强，抑兼并”的途径入手。隆庆三年海瑞为应天巡抚，他的目的便是摧残大户。贫农的田产并入大户的，海瑞设法替他们夺还，实行他所看到的社会政策。后来万历十五年海瑞在南京死了，小民罢市，当他的棺柩出城的时候，沿江号哭相送的人，百里不绝，但是隆庆四年，海瑞就因为“鱼肉搢绅，沽名乱政”的名义被劾，解除应天巡抚。这里看出当时的地主利益和小民利益的冲突，而为了国家对付地主的大臣，又常常因为地主阶级的势力而终归失败。居正和海瑞的立场，本来不是绝对一致的，但是他对于海瑞的去职却绝对同情，所以他说：“至于海刚峰之在吴，其施虽若过当，而心则出于为民；霜雪之后，少加和煦，人即怀春，亦不必尽变其法以徇人也。”
现在是居正的时代了。他用不到夺田还民，那些不易实行的政策；他有的是考成法，他发动政治的力量，增加岁入，打击地主，同时也减轻贫民的负担。他给应天巡抚宋仪望的信，是当时一篇有价值的文献：
来翰谓苏松田赋不均，侵欺拖欠云云，读之使人扼腕。公以大智大勇，诚心任事，当英主综核之始，不于此时剔刷宿弊，为国家建经久之策，更待何人？诸凡谤议，皆所不恤。即仆近日举措，亦有议其操切者，然仆筹之审矣。孔子为政，先言“足食”，管子霸佐，亦言“礼义生于富足”。自嘉靖以来，当国者政以贿成，吏朘民膏以媚权门，而继秉国者又务一切姑息之政，为逋负渊薮，以成兼并之私。私家日富，公室日贫，国匮民穷，病实在此。仆窃以为贿政之弊易治也，姑息之弊难治也。何也？政之贿，惟惩贪而已，至于姑息之政，依法为私，割上为己，即如公言，豪家田至七万顷，粮至二万，又不以时纳。夫古者大国公田三万亩，而今且百倍于古大国之数。能几万顷而国不贫！故仆今约己敦素，杜绝贿门，痛惩贪墨，所以救贿政之弊也；查刷宿弊，清理通欠，严治侵渔揽纳之奸，所以砭姑息之政也。上损则下益，私门闭则公室强。故惩贪吏者所以足民也，理逋负者所以足国也。官民两足，上下俱益，所以壮根本之图，设安攘之策，倡节俭之风，兴礼义之教，明天子垂拱而御之。假令仲尼为相，由、求佐之，恐亦无以逾此矣。今议者率曰：“吹求太急，民且逃亡为乱。”凡此皆奸人鼓说以摇上，可以惑愚暗之人，不可以欺明达之士也。夫民之亡且乱者，咸以贪吏剥下，而上不加恤，豪强兼并，而民贫失所故也。今为侵欺隐占者，权豪也，非细民也，而吾法之所施者奸人也，非良民也。清隐占，则小民免包赔之累，而得守其本业；惩贪墨，则闾阎无剥削之扰，而得以安其田里。如是，民且将尸而祝之，何以逃亡为？公博综载籍，究观古今治乱兴亡之故，曾有官清民安，田赋均平而致乱者乎？故凡为此言者，皆奸人鼓说以摇上者也。愿公坚持初意，毋惑流言。异时宰相不为国家忠虑，徇情容私，甚者辇千万金入其室，即为人穿鼻矣。今主上幼冲，仆以一身当天下之重，不难破家以利国，陨首以求济，岂区区浮议可得而摇夺者乎？公第任法行之。有敢挠公法，伤任事之臣者，国典具存，必不容贷。
居正对于江南的大地主，印象太坏了。他还记得徐阶和他谈起的话，异时每闻存翁言，“其乡人最无天理”。及近时前后，官于此土者，每呼为鬼国，云“他日天下有事，必此中创之”。他说：“盖谓朝廷之政令，不能行于此地，而人情狡诈，能忍人之所不能忍，为人之所不敢为故也。”但是他对于他的办法，具有信心；他不怕时人的攻击，而且也相信终会得到大众的谅解。他说：
吴中事势已极，理必有变。今得丈稍稍振刷，使知朝廷法纪之不可干，上下分义之不可逾，汰其太甚，而无至于盭横决，而不可收拾，则吴尚宜尸祝公以报德，而可以为怨乎！婴儿不剃头则肠痛，不痤则浸疾，然剃头、痤，固不能止婴儿之不啼也。近来彼中人，不独侧目于丈，且推本于仆，造为横议，欲以摇撼国是，如昨南余云云，意皆有所由来，故不得不一创之。今上意已定，正论不摇，丈宜自审画，无为山鬼所惑。
居正的时代，国库的主要收入是田赋，唯有对田赋有把握，才谈到整理财政，才谈到富国。隆庆五年已经有过征赋不及八分，有司停俸的诏令。神宗登基以后，下诏：隆庆元年以前的积欠，一概豁免，隆庆四年以前的积欠，免三征七。换一句讲，便是隆庆五年以后的积欠，一概追缴，同时还得追缴以前三年的七成积欠。考成法实行以后，规定征赋不足额的，巡抚和巡按御史听纠，府、州、县官听调。事态确实有些严重了。从书生的立场看，一切只觉得操切，但是除了整理田赋以外，在当时的环境之下，有什么方法可以增加国库收入，弥补岁入、岁出的巨大的差额？
元年，户部尚书王国光奏称：
国初天下州县存留夏税、秋粮，可一千二百万石，其时议主宽大，岁用外计赢银百万有余。使有司岁征无缺，则州县积贮自丰，水旱盗贼，不能为灾患。今一遘兵荒，辄留京储，发内帑。由有司视存留甚缓，苟事催科，则谓扰民，弊遂至此。请行天下抚、按官，督所司具报出入存留逋负之数，臣部得通融会计，以其余济边：有司催征不力者，悉以新令从事。
这是一个整理地方财政的计划。王国光主张由地方当局整理田赋收入，除去规定截留作为地方经费者以外，一概呈报中央，再由户部统筹，作为国防的经费。这一个计划的提出、批准和实行，当然都有居正在内。经过嘉靖、隆庆两朝虚耗以后，从神宗登位起，直至万历十年，国家称为富庶，不能不认为居正的大功。
万历元年，六部的人事发生了两次变动。九月间吏部尚书杨博因病致仕，不久逝世。杨博的去位，当然是一个很大的损失。
居正说过：
自余登朝，则见故少师太宰杨公，心窃向慕之，公亦与余为忘年之契。公在本兵久，又遍历诸镇，躬履戎行，练习兵事。余每从公问今中国所以制御夷狄之策，及九塞险易，将士能否，公悉为余道所以，如指诸掌。故自余在政府，所措画兵事，盖得之公为多。
杨博逝世以后，延推吏部尚书，候补人第一名、左都御史葛守礼，第二名、工部尚书朱衡，第三名、南京工部尚书张瀚。守礼资望最好，朱衡在河工方面，成绩最著，但是居正认定张瀚清贞简靖，独用张瀚。本来第三名称为陪推，照例是用不到的。因此张瀚对于居正，真是感激，在人才进退的方面，不免受内阁的影响。
礼部尚书陆树声因为对于内阁感到不愉快，请求致仕，居正托树声的弟弟树德去挽留，但是树声去志坚决，只得由他去了。居正自己到树声家中，要他推荐替人，树声推荐南京礼部侍郎万士和。十二月间，礼部尚书也换了人。
在边疆方面，最重要的变动是宣大总督的更换。宣大是当时最重要的地方，对付俺答封贡，王崇古尽了最大的努力，但是崇古需要休息了，居正提出方逢时。一次在文华殿上，神宗问道：
“宣大重镇，为什么要取回王总督？”
“朝廷用人，不宜把他的力量用尽。王崇古在宣大久了，应当休息一下，他日不妨再用。”居正说。
“谁可以代王崇古？”神宗又问。
“方逢时可代。”居正答。
这样决定了王崇古入理京营戎政，方逢时补宣大总督的诏令。逢时本来是和崇古共事的，一切都很顺利。
北边的问题，暂时稳定了，但是广东、广西和四川还需要处分。处分的方法，第一便要使得地方负责官吏，感觉地位的稳定。居正和神宗也说起：
“现在南北督抚，皆臣亲自选用，能为国家尽忠任事之人。皇上宜加信任，不要听浮言，加以苛求，使他们无从展布。”
“先生的话说得是，”神宗说，“先生公忠为国，所用的人哪有不当的。”
广东离北京太远，地方又太富庶了。中央鞭长莫及，吏治不能澄清，贪官愈多，民愤愈大。政治的不良，成为地方治安的大祸。嘉靖中年以后，和平、龙南一带，李文彪、谢允樟、赖清规，都称王，占据江西、广东交界的地方，但是政府因为受到倭寇的牵掣，始终无力应付，直到四十四年，才算稍为安定一下。隆庆年间，惠州蓝一清、赖元爵，潮州林道乾、林凤、诸良宝，琼州李茂都起事了，整个的社会，不能安定。居正曾经说过：“嘉、隆之间，广州处处皆盗，议者谓岭表非我版图矣。”形势真是非常的严重。隆庆五年八月，高拱和居正商定，调殷正茂总督两广军务，决定进兵。居正和正茂说起：“治乱国，用重典。广固乱国也，其势非用兵威以震荡之，奸宄不畏，良民无依。”以后募浙兵，发马价，一切都由正茂放手去做。居正当国以后，更和正茂说：
广事之坏，已非一日，今欲振之，必宽文法，假便宜乃可。近来议者纷纷，然朝廷既以阃外托公，任公自择便宜行之，期于地方安宁而已，虽弹章盈公车，终不为摇也。
万历元年，潘季驯又和居正谈起，也是悬念广东的兵事。居正肯定地说：“广事近以属之殷司马，此君才略，足以办此，又假以便宜，兵食期一二年，当得荡定。”果然就在这一年中，将广东方面，逐步安定，只剩诸良宝、林凤未平，不幸广东军队，在进攻中，受到一些意外的挫折，居正和正茂再说：
诸良宝必死之寇，而各官乃易视之，其败固宜。一撮许残贼不能克，则诸山海逃伏之盗，必将乘势再起，将来广事，不可便谓无虞。大抵南贼，譬之蔓草，铲尽还生。从古以来经略南方者，皆未能以一举而收荡平之功，其势然也。今当申严将令，调益生兵，大事芟除，见贼即杀，勿复问其向背。诸文武将吏有不用命者，宜照敕书，悉以军法从事，斩首以徇。了此，则诸不逞之人，皆破胆而不敢旁睨矣。不惜一朝之费，而贻永世之安，惟公留意焉。
统治者下了镇压的决心，正茂当然出力，万历元年四月，潮州一带的军事成功了，只有林凤和部下出海，在福建、广东的海岸线活动，最后完成他在海外发展的使命。
在广西方面，当殷正茂由广西巡抚调任两广总督的时候，继任的是郭应聘。这时府江瑶也起了一次大动乱。府江是从桂林到苍梧的桂江，在阳朔到昭平三四百里这一段，两岸都是瑶山。瑶人进攻永安州、荔浦县，掳去知州杨唯、都指挥胡潮。桂江交通中断，各县城门，白天都不敢开，形势严重极了。居正一面吩咐应聘调集大军，一面说：
两江寇盗，为患久矣，异时居官者，皆畏首事，莫敢发，故其患滋甚。今乘古田之余威，用足下之妙算，歼此狐鼠，谅不为难。但炎荒瘴病之地，屯数万之众，役不宜淹久，贵在临机速断，沉谋遄发，先并力以破其一巢，则余贼自然破胆，次第可平。若以三万之饷，与之相持于钦、岑之间，使贼跧伏溪涧，以逸待劳，非计之得者也。兵机不敢遥制，特献其瞽见如此，惟高明采择焉。
应聘正在调集大军六万，进讨府江瑶的当中，怀远的瑶人又起义了，杀知县马希武，情势也很吃紧。这时已经是隆庆六年的秋后，居正当国，更有决定的全权。他和应聘商定，先定府江瑶，一面招抚怀远，等到府江平定以后，随即进兵。冬天以后，府江已经安定，但是万历元年正月进兵怀远，又因为雨雪的关系，发生停顿。居正说：
怀远之兵，既未得天时地利之便，暂宜解归，以俟大举。若有他巧可取之，尤妙矣。此事若非县令苛急，亦未遽叛。事之未形，一夫制之有余，祸端已构，数万人取之不克，至兵连祸结，师老财费，使朝廷廑南顾之忧，疆场有不讨之贼，彼激乱启衅者，死何足恤哉！以是知天下之事，推知几识微者，可与图成，而轻躁锋锐者，适足以偾事阶乱而已。
但是战事已经决定，没有徘徊的余地。应聘调兵十万，积极进行，居正只是说：“不谓其怙恶不悛，敢行称乱如此，则天讨所必加，虽费财动众，亦难中止矣。一切剿处事宜，公所画俱当，惟公自裁便宜行之，不敢中制。”就在这一年，怀远兵事结束，广西平定。居正主张彻底荡平。他说：“兵已深入，须尽歼之，毋使易种于斯土，又烦再举也。”
万历元年，四川方面发生平定都掌的军事。都掌“蛮”盘踞叙州府高、珙、筠连、长宁、江安、纳溪六县地方。“蛮”首踞九丝山、鸡冠岭、都都寨、凌霄峰、四出掳掠，成为四川心腹之患。四川巡抚曾省吾决心进兵，居正也认为“都掌为害多年，不容不除”。省吾调兵十四万，奏留总兵刘显统兵出发。刘显在福建平倭，和俞大猷、戚继光齐名，但武官的积习太深了，贪赃行贿，不守法纪，一切的事都有，这时正被劾罢。居正和省吾说：“若其人果可用，不妨特疏留之，立功赎罪；如不可用，则当别授能者。公宜以此意明示刘显，俾鼓舞奋励；如玩寇无功，必将前罪并论诛之，不敢庇也。地方大事，惟公熟计之。”三月中，刘显准备完成，一举击破凌霄峰；居正再寄书省吾，督促追击：
凌霄既破，我师据险，此天亡小丑之时也。宜乘破竹之势，早收荡定之功。计蛮众不过数千，我师当数倍之，无不克者。攻险之道，必以奇胜，今可征兵积饷，为坐困之形，而募死士，从间道以捣其虚。……若不奋死出奇，欲以岁月取胜，此自困之计。兵闻拙速，未睹巧之久也。惟公熟计之。刘帅功名，著于西蜀，取功赎过，保全威名，在此一举。其一切攻围之计，宜听其自为便利，勿中制之，唯与之措处军前赏功募士之费。计军中一月当费几何，与其旷日迟久，不若暂费速罢之为愈也。
九月中，刘显平定都掌。捷音到京，居正说起：“十月十四日，闻九丝捷音，不觉屐齿之折。殄此巨寇，不惟蜀民安枕，且国家神气，借此一振，四方有逆志感纪之人，亦将破胆而不敢恣睢矣。”这里看出他心中的喜悦。
居正对于国事的计划，是在稳定中求进展。他整顿赋税，节省支出，为国家安定经济的基础。对于北边的国防，他是一面分化鞑靼，一面整理军实。对于南方的动乱，他用最大的努力加以镇压，劳师费财，一点都不顾惜。这些动乱的原因，他明明知道是由于政治的不良，因此他的责任应当是努力改进当时的政治情况，但是他的措施，只是对于起义农民和少数民族的无情镇压。居正是封建社会的统治者，这里完全暴露了封建统治者的凶狠面貌。