他在松庄一住就是十多年，在这些日子里，他除了整理一些学术著作，生活中一个比较重要的事情就是为人瞧病，因为此时他的医名已经比较大了，前来求方的人很多。
他在临床中发现，妇女患了病是比较凄惨的，过去人很封建，尤其是妇科疾病都认为是隐私，所以一般都是不好意思讲，等到病重了，治疗的难度也大多了，而妇女在中国社会环境下所承受的压力也较大，生孩子，养孩子，孝敬公婆，伺候老公，都她一个人干了，一般是还没到四十岁呢，就是一个标准的黄脸婆了，有的甚至因疾病而早死。
而且，由于妇女的生理与男子不同，因此，其疾病也有自己的特点。
所以自古有“宁治十男子，不治一妇人”的说法。
在面对这些患者的时候，傅青主的心情是非常难过的，因为他想起了自己早逝的妻子。
为什么治疗妇女疾病的方法如此的少呢？难道妇女就不值得我们去尊重吗？
于是，有着叛逆思想的傅青主开始刻意于妇科病的治疗，并在这一期间写下来流传千古的《傅青主女科》。
说起这本《傅青主女科》真是值得特书一笔啊，这本书对妇科疾病分析得非常透彻，其中的药方也是傅青主经过千锤百炼，最后总结出的，此书之精炼，临床疗效之好，我认为古今少见，就在今天，妇科医生很多仍然是用其中的方药来进行加减，全国每天妇科医生开出的傅青主的医方应以千计，我自己就在临床中经常使用傅青主的方子，疗效都非常的迅速，所以对其推崇异常，经常向同道朋友宣传。
由于傅青主这个人太神秘了，光他的笔名就有几十个，所以在清朝的时候曾经有人怀疑《傅青主女科》是否是他写的，实际上在近世已经没人争论此事了，因为新中国成立后在山西发现了多部傅青主医学著作的遗墨和抄本，经过文物考古专家鉴定，已经得到确认。
值得欣慰的是，随着社会的稳定，家藏文物的人不断献宝，目前有更多的傅青主留下的文物正在被公诸于世。
除了《傅青主女科》，他还在这个阶段写下了很多其他医学著作。
在他的诗作里，我们可以看到傅青主这一时期的写作状态，如：“一缕沉烟萦白牖，先生正著养生书”（摘自《青羊庵》，先生是指他自己）、“江泌惜阴乘月白，傅山彻夜醉霜红”（摘自《红叶楼》），可见他经常通宵达旦地写着医学著作。
当然，您别以为傅青主整天都在写医学著作，那就错了，傅青主的博学是我们无法想象的，首先说他的书法，此时他的笔风已经由原来的雍容华贵一变成为了狂傲和洒脱，其气势之恢弘，其对章法之藐视都达到了令人动容的地步，尤其是他的草书作品，更是让人看了心旌摇荡，更有慑人的气魄。
我经常向人讲做事的境界问题，而书法是最能体现此中之道的，做事有“术”和“道”的区别，有“术”的人已经很不错了，可是他们会经常发现，到一定程度以后自己再也无法提高了，怎么努力都无济于事，这个时候，如果他能够获得更高的境界，进入“道”的层次，那么他就会获得突破性的进展。而现在很多人写草书，都是沉醉于“术”的层次，事先安排好运笔的路线，然后慢慢地按照设计线路书写，这样的作品，总是在二流中，而真正达到了一定境界的书家，则根本不是这样写的，他们完全是自己先进入酣畅淋漓的状态中，然后挥笔而就，据说唐代张旭在写狂草的时候，经常是喝了酒，自己兴奋得大呼小叫，然后一蹴而就。这种作品，才是真正的能够震动人心、气势磅礴的作品，让他自己再写第二遍都不可能。你再来看傅青主的作品，亦多如此。
因为，他已经达到了那种意在笔先，无拘无束的境界。
书法界公认，傅青主是中国最后一位草书大师，从此以后，如此大师，再也没有出现过。
有的人说在20世纪80年代又出现了许多草书大师，在我看来，“出现了许多”，就等于“根本没有出现”。
因为，书“道”的功夫在笔墨之外，在人生的境界中。
顺便说一句，傅青主某些书法作品现在看起来（比如《啬庐妙翰》手卷中的楷书），绝对是后现代主义作品，放在今天风格前卫的美术馆中展出，仍然绝对前卫。
他和他儿子傅眉的某些画也是，我乍一看吓了一跳，这不是典型的印象派画作吗？
傅青主在学术研究方面则认为“古学不可废”，因此他把研究各种古学都当作自己的任务，他提倡“经子平等”，在注解、训诂、考据的基础上，开始进行批注、评注、校改，他打破独尊儒术的概念，对诸子百家一同研究，开创了研究子学的一代风气，子学研究从他那里开始繁荣起来。
总之，他所作的学问我难以用简单的语言来概括，各位知道他是一位在学术各个方面都有巨大建树的人就可以了。
有人会提出这样的问题：这位涉猎的范围如此的广泛，能样样都精吗？
这个问题我也曾考虑过，因为我也没有达到那种境界，所以只好猜想（实在是没有办法啊，请各位原谅），但是我们会发现，这个世界上有许多大师，会同时在几个领域里都独占鳌头，因此我猜想学问之间是互通的，是互相促进的，可能在一个领域达到了至高的境界，也会使人更容易理解其他领域的问题。大家也帮着想想，是不是这么回事儿。
由于傅青主的学问太大了，所以前来拜访的人络绎不绝，全国各地的许多学术精英都前来拜访，进行学术交流，其中比较有影响的比如著名大思想家、学者顾炎武，这位是当时学术界的一大牛人，也是学贯天人，他也是极重民族气节，一生反清，同时学问渊博，在音韵、训诂、考据方面是一代大师，他和傅青主两人一见如故，从此成为了一生的好朋友，这两位大学究在一起，那可真叫一绝，他们俩说话估计您站旁边可能听不懂，因为全是典故，听上去就跟江湖黑话似的，在《十七史商榷》中记载，有天傅青主叫顾炎武起床，说了句“汀茫久矣！”顾炎武一愣，继而才恍然大悟，原来古音中“天”就读做“汀”，“明”就读做“茫”，也就是“天亮很久了”的意思，人家大学究的说法就是不同。
两人在一起还写了大量的诗，各位别以为古人写诗很费精力，其实就和我们发帖子一样，随手写的，特快。这两人写的诗拿来，可能大家基本都看不懂，也都是满篇的典故，看来学问太大了也是毛病啊！
当然，这样也有一点好处，就是他们在商量反清复明的事情的时候，就是弄一个清廷的密探在身边，这位密探伸多长的耳朵也听不懂，怎么也要个教授级的密探才能听个大概。
这二位后来还为了给反清复明提供方便，创造了一种转运资金的方式，就是票号，这就是后来横行天下的山西票号的开始，没有想到，两位大学究的一个点子，竟创造了日后的票号传奇。
为了生活，傅青主和儿子傅眉在太原南门附近的玄通观旁开了个药局，其实傅青主不常在那里，生意主要是傅眉打理的，有趣的是，我们的高人傅青主极具广告意识，竟然自己手书广告招贴，贴到大街上，这可真是一大奇闻，现在山西省博物馆还收藏着傅青主亲笔广告招贴一张，实在是让人眼界大开，现在我给收录如下，让大家也欣赏一下：
世传儒医西村傅氏，善治男女杂症，兼理外感内伤。专长眼疾头风，能止心痛寒嗽。除年深坚固之沉积，破日久闭积之滞瘀。不妊者亦胎，难生者易产。顿起沉疴，永消烦苦。滋补元气，益寿延年。诸疮内脱，尤愚所长。不发空言，见诸实效。令人三十年安稳无恙，所谓无病第一利益也。凡欲诊脉调治者，向省南门铁匠巷元通观阁东问之。
怎么样？有趣吧，瞧人家广告写得都那么对仗，可能要说这知识分子下海，傅青主算是早的了。
但是，估计这则广告的效果不会好，因为大家一看是傅青主写的，立马就抢先撕下来，拿回家当宝贝收藏了（这不就最后流转到山西省博物馆了），估计傅青主写一万张也没有用，只能是让现在拍卖行里更热闹一些而已。
当然，这个药铺只是傅青主一家糊口而已，他的生活依旧拮据，经常是靠朋友们接济度日。