从那以后，傅青主继续在民间行医，同时著书立说，直到四十九岁的时候，发生了著名的“朱衣道人案”，所谓朱衣道人就是傅青主的别号，傅青主因此被捕入狱。
事情发生的起因是这样的，当时在南方还有南明永历政权，从事反清运动（后来被吴三桂给镇压了），永历政府派了一个叫宋谦的人到山西来组织起义，此人来到山西后，广泛联系山西反清人士，准备伺机起义，宋谦曾经前来见过傅青主。
本来宋谦和各界人士约好在三月十五日起义，但他在三月十二日路过武安县的时候，有个捕头发现宋谦骑着骡马，并随身带着弓箭，形迹可疑，就报告了县衙，结果县衙派兵丁在十三日凌晨将宋谦抓获，在严刑拷打下，宋谦变节，供出了起义的一些组织者，这其中就有傅青主的名字，于是河南巡抚（此事发生在晋冀豫交界）上报朝廷，不久，朝廷下令，将宋濂正法（这是个很愚蠢的命令），捉拿其他人等。
于是傅青主及其儿子傅眉入狱。
整个案件的过程其实我们能够从普通文献里见到的记载很少，大家历来说法不一，但幸运的是，1963年在北京中央档案馆的清朝档案中发现了“朱衣道人案”的审讯记录和判决题本，这样，我们就看到了真实的情况，对事情有了深入的了解。
傅青主在被捕后，“容色自如”，虽严刑拷打，仍“言语不乱”，显示了大丈夫本色。
在审讯中，傅青主面对审问，从容应对，一口咬定没有参与，拒绝供出其他人，因为知道宋谦已经被处决，所以在应对中提出了一个要求：“若将姓宋的提来，与山（傅青主自己，傅山）杂在乱人中，他若认识得山，山便情愿认罪。”（以上为审讯记录原文）
审讯的人气得脑袋都快爆了，哪位王八蛋下令先把宋谦杀掉的啊（皇上下的令），现在死无对证啊。
没办法，只有严刑拷打，于是大刑伺候！
这个案子一直牵动到清朝的最高统治者，顺治皇帝几次朱批，指示如何进行审理，可见清政府对此十分重视。
可是，却一直从傅青主的嘴里得不到任何有价值的内容。
最后，傅青主说宋谦来拜访他的时候他拒绝了，没有见面，当时有山西布政司经略魏一鳌正巧来傅青主的家里给他父亲求药方，所以亲眼看见，可以作证。
傅青主就是这么随口一说，其实哪有这事啊？
那么，如果衙门去询问魏一鳌岂不就暴露了吗？
实际上，傅青主心里是有数的，能够在危急关头托身的朋友是谁，他自己心里应该很清楚。
果然，衙门派人到布政司魏一鳌那里询问。
魏一鳌听了，连一点犹豫都没有：“没错儿，当时我就在傅青主的家里，亲眼看见的，他们没有见面。”
什么是真正的朋友？可以将生死相托者方是！
这事儿又被汇报给朝廷，北京那边在八月由皇上下旨，由刑部尚书任俊、都察院左都御史龚鼎孳、大理寺卿尼堪等十五名大臣会审（级别很高了），结果又是搞不出了结论，最后还是告诉下面，严刑逼供！
在遭受酷刑的时候，傅青主还曾经以绝食来进行抗争，他曾绝食九日，可见其不屈的意志！
傅青主是六月份被捕的，期间受尽了折磨（大家可以想象出来，清朝的酷刑是比较多的），严刑拷打甚至摧毁了他的健康，但始终不曾低头。
他还在监狱里写下了许多诗篇，在诗中，他曾经用坚硬如石的老椿树来比喻自己：“狱中无乐意，鸟雀难一来。即此老椿树，亦如生铁材。高枝丽云日，瘦干能风霾。深夜鸣金石，坚贞似有侪。”其坚毅乐观之气节，令人赞叹！
要是我们自己碰到这种情况不知道会表现如何，您可以设想一下，被日本鬼子抓去了，会经受得住严刑拷打吗？
傅青主不但能，居然在监狱里还有精力给别人讲课（俺真是服了），他在给一个青年狱友讲忠孝的事情的时候，提到了自己的母亲，其实，傅青主在监狱中最担心的就是自己的老母亲，自己的老母亲已经八十多岁了，还让她跟着自己担惊受怕，实在是心中不忍啊，但是他说忠孝不可两全，想必母亲该会理解自己“责有不得辞”吧。
那么傅青主的母亲此时如何呢？文献载，老人家对傅青主的侄子傅仁说：“你二大爷我已是舍了他了”，老人此时家里已经没有什么人了，儿子和孙子都入了监狱，但老人却对痛苦平静如常，她对傅青主的朋友们说：“道人儿应有今日事，即死亦分，不必救也！”可见，她早已做好了牺牲自己儿子的准备。
那么，难道老人真的是那么的坚强吗？实际上，人心皆为肉长，哪有不痛心之理？别人告诉傅青主，他的母亲实际上却已“饮食稀少，泪眼肿痛”，背地里“念儿忆孙，不少绝口”！
傅青主听了以后，心如刀割，“热泪浇心”。
到了年根底，由于始终审不出个眉目来，只好先把傅青主的儿子傅眉放回。
傅青主在后来的诗里描述了傅眉一路狂奔回家的情况：“黄昏奔西村（他们家居住的地方），几死固碾沟（差点掉进沟里）。敲门见祖母，不信是尔不。稍马顷少米，菜向邻家求。明日是年下（除夕），稀粥寒灯篝。老母举一匙，如我进遮羞。”
诗中写到傅眉回家后，老祖母简直不相信是他回来了，马上拿出仅有的一点米，然后向邻居要了点菜，给傅眉做吃的，明天就是除夕夜了，结果祖孙两人在寒冷的屋子里喝点稀粥就算迎接新年了。
每次读到这首诗，我都会泪流满面。
好一位深明大义的老人啊！
在审讯实在没有什么结果后，只好在第二年的七月份，由顺治皇帝下旨，把傅青主给释放了。
时人称赞傅青主“浩气如虹贯碧空”。
傅青主在出狱以后，曾经去南方做了一次游历，估计他的目的是想考察一下南方反清斗争到底进行得如何了，因为听到的传说太多，今天说那儿起义了，后天又说没有，到底如何呢？傅青主决定亲自去看看。
这次游历的结果是，傅青主看到清朝政府已经基本控制了全国的局势，各地已经基本平静了下来，老百姓已经开始恢复生产了。正所谓，大势已去矣。
这次游历是傅青主生活的一个转折点，从此，他知道武力斗争已经没有太大希望，自己能够做的，只是与清政府不合作而已。
回到山西后，傅青主搬到了太原东山脚下的松庄，因为他不承认满清政府，认为自己是侨居在异国的统治下，所以一直称自己侨居松庄（当时还没有护照之类的说法，所以华侨的身份可以自己封）。
在他侨居松庄的第一年，他的母亲去世了，享年八十四岁。