回到山西后，他继续在民间游历，一边诊病，一边联络有识之士。他在这一时期的诊病活动是可以从他的诗作中看出来的，他与老百姓建立了非常好的关系，走到一个村子，就给人看病，也不收诊费，然后这家给他点饭，那家给他些水果，一个书香门第出身的大学问家，此刻开始彻底地融入了老百姓之中了。
但是，傅青主这个时期的反清复明活动却很少能够在文献中找到，因为当时的活动太隐秘了，在那些时候都无法见诸记载，当然我们现在也就无从看到了，但是从他的一些诗作里，仍然可以看出一些蛛丝马迹。
在公元1649年，也就是傅青主四十四岁那年，山西各地开始了农民起义，反清的大旗被重新拉了起来。
看来这些起义很让清政府头晕，因为清政府一下派出了多尔衮、鳌拜等著名的猛人出征前来镇压。
在清政府残酷的镇压下，起义军损失惨重，但也歼灭了大量的清军。
傅青主曾经积极地参与策划起义等事宜，其中他们一同参与的，有当年在三立书院和傅青主一起进京请愿的薛宗周、王如金。
在最后的日子里，他们聚集了很多起义人员，准备奔赴太原，参加最后的决战（此时前方已经开战了），在路过雷家堡的时候，有位曹举人为他们摆酒饯行，在席间，曹举人劝大家，现在实力悬殊，就别去送死了。
薛宗周激动地说：“我们也知道此去有去无回，但如果我们看到了明朝的旗号，却还观望的话，那么我们还算是大丈夫吗？！”（极知事不无利钝，但见我明旗号，尚观望，非夫也）
然后，薛宗周转身对王如金说：“你有老母亲在堂，就别去了！”
王如金盯着薛宗周回答：“我已经和母亲讲了，是老母亲让我去战斗的！”
薛宗周含着眼泪点了点头。
最后，他把傅青主拉到了旁边，对傅青主说了一番话。
他说：“青主，你我兄弟一场，今天就要分别了。”
傅青主很诧异：“此事怎讲？”
薛宗周：“我希望你能够活下去，我们这些人里，你的笔法最好，我希望你能够在我们战死后，把我们的故事写下去！”
傅青主一听急了：“大家一同出生入死，为国捐躯，岂可独活我一人！”
薛宗周：“青主，此事必须有人记载下去，这比我们去战斗还重要啊，否则，壮士们一腔碧血，转眼就会被掩埋掉的，反清复明的大业，又岂是一天能够完成的！”
傅青主的眼泪汹涌而出，已经无法说话了。
薛宗周：“青主，为了弟兄们，请你一定要活下去啊！一定要把壮士们的精神写给后代！让千古之后的人知道，什么是‘忠义’二字！”
傅青主紧紧地抓着这位兄弟的手，泪流满面。
然后，薛宗周转过身，带领着这几百人的队伍，奔赴前线。
此次战役，清军派重兵大举进攻，起义军最后退守晋祠，清军攻城几日不克，最后挖地道放入炸药，炸开城墙，起义军与清军展开了白刃战，王如金身中数箭，力战而死，薛宗周力战群敌，最后葬身烈焰之中。
他们不是正规的军人，他们是手无缚鸡之力的书生，但是，在国难当头的时刻，他们却拔剑杀敌，慷慨赴死！
面对这些前辈，我们斯复何言！
在事后，傅青主含着眼泪，写下了饱含悲愤之情的《汾二子传》，其中详细地记载了起义的过程，和最后壮士们慷慨赴死的过程，此文流传了下来，我们现在可以看到。
傅青主一生都在自责，怎么没有在那场战斗中和大家一起死去。
但是，我相信，薛宗周在九泉之下一定会微笑的，他一定会说：谢谢你，青主，是你，成就了我们的义举！感谢你。
《汾二子传》这样的文章流传了下来，傅青主一生写的多如牛毛的攻击清朝的诗作也流传了下来，其实我一直都很奇怪，为什么在文字狱那么多的清朝，傅青主会是一个例外，不但没有因此而受到瓜葛，清政府还不断地试图给他官做，最后连皇上都对他特客气，真是奇怪，看来，有忠义之心的人连敌人都会佩服的啊。