傅青主赢得了官司，回到山西后，开始埋头于学术研究。
从这个时候开始，傅青主对所谓的举子业开始失去了兴趣，因为他在北京看到了官场的腐败，他觉得在那样乌七八糟的环境中是不会令自己快乐的，从此，他开始将注意力集中到了诸如史学、宗教等方面的研究中。
我们现在能够见到的傅青主最早的一幅书法作品，就是出自这个时期，是书写于1641年的《上兰五龙祠场圃记》，现在我就正在端详着这幅书法作品的拓本，我把自己的感受向大家汇报一下吧：它以行草风格书写，给人的感受是笔势圆转流畅，雍容华贵，从容不迫，看上去与明朝和平时期的文徵明、祝枝山等人的作品很有些相似之处，其笔意之娴雅，与王羲之的书法作品亦有相通之点。可见，前期正规的书法训练，给傅青主的书法奠定了坚实的基础，但是，由于此刻他还没有经历人生中真正的惊涛骇浪，因此，书法还没有达到真正的至高境界，至少，还没有让人望之骇然，精神为之一振的地步。
另外，傅青主到底是什么时候开始学医的呢？这是一个不解之谜，有的文献说他是家传医学：“家传故有禁方，乃资以自活”，这个说法不够确切，或者可能是家里有一些医书，但是他却没有学习，因为在他十几岁的时候父亲患了外感病，甚至到了病危的地步，根据文献，具体的症状是：“呃逆，直视，循衣摸床，发黄发瘢”，如果傅青主此时要是经过医学训练的话，那么用《伤寒论》中的方法就可以解决问题，至少是缓解，但他却相信神仙，听说南关文昌庙特灵，就跑去那里一心求神，结果拿回了一些莫名其妙的神仙药，父亲服下后病情有所减轻，他还认为是神仙显灵了，可见当时他还没有学医。
在他的妻子去世后，我们也没有找到他学习医学的记载，有可能他开始对此事关注，但还没有开始学。
实际上，傅青主自己的身体就非常的不好，小的时候曾经几次得了重病，差点死去，把他的父母吓坏了。
在傅青主三十五岁的时候，也就是他从北京打官司回来四年后，他的家庭再次遭遇打击，他哥哥傅庚的儿子傅襄病了，具体患的是什么病文献中没有记载，只知道没有多久就死去了，年龄只有二十岁，就在傅襄去世的当天，他年仅十九岁的妻子喝下毒药殉情自尽。
一对儿文静可爱的年轻夫妻就这样地相伴着离开了人世，这是何等的令人痛心啊，傅青主的心中感到了锥心刺骨般的疼痛，他自己描述到：“庚辰夏，舍侄物故，余长日拥被坐，昏昏然不出门，亦不见客，中楚不时作”。
由于有关傅青主的文献存世的比较少，而且研究得不够，所以我们对傅青主并不真正的了解，很多人只知道他是个水平非常高的医生，甚至很多人认为他是“神医”，但是，人们却不知道他的医术是怎么来的，更不知道他和他的家庭曾经被病魔逼迫到了何种地步！
现在，让我们来看看作为一个凡人的傅青主真正的情况吧，看看他是如何一步一步走上钻研医学的道路的。
傅青主的侄子去世的第二年春天（1641），很不幸，傅青主自己也感染上了瘟疫，这次的病严重得用他自己的话来说是“几死”，就是几乎死掉。具体患病的情况傅青主自己没有记载，可见，这个时候他对医药并不了解，也没有解救的对策，多亏他的哥哥傅庚照顾他，为他精心调护，傅青主才活了下来，但是这次患病的时间却很长，直到秋天的时候还没有完全恢复。
可是，傅青主自己的病刚刚好，他的哥哥却不幸地染上了病，在第二年夏天，就去世了。
到底哥哥患病的情况如何，文献中也没有记载，我们已经无法了解当时的具体情况了，只知道这次失去兄长对傅青主的打击无比巨大。
傅青主自己记载说在那些日子里，他和老母亲两个人整天抱头痛哭（此时他父亲已经去世），母亲一会儿安慰他，他一会儿安慰母亲，但那都是无济于事的，随即两个人又痛哭。（日夜共老母哭泣，老母慰山，山慰老母，随复涕出，不能仰视）
在那些日子里，傅青主甚至到了不能出门的地步，“直怕见人家有兄弟偕行者”，看到了人家兄弟，就想起了自己的哥哥，就会抑制不住自己，失声痛哭！
看到了吧，这就是傅青主年轻时期的真实状态，病魔一个一个地夺去了他的家人的生命，傅青主虽然此时已经学富五车，却无能为力，并因此被折磨得痛苦不堪。
怎么办啊傅青主？努力学习医学吧！千万不要让这样的事情再次发生了，快快找到你自己的位置吧，因为你日后将是我们的大医傅青主！
相信这是此时所有看官的心声。
我现在要告诉您，不要着急，因为老天爷对他的打击还没有真正的到来，在他的人生历程中，他还要经历更大风雨，遭受更大的打击！