光绪六年（公元1880年）十二月初四，左宗棠将陕甘及新疆各事料理完毕，正式离开兰州总督衙门赴京。
左宗棠一行人由西安再抵潼关，由潼关渡黄河入晋北上，历经五十几天的颠簸，终于转年正月二十七日从崇文门进京，当晚住进湖南善化会馆。
左宗棠到京后，驻英、法两国公使兼驻俄公使伊犁事件交涉钦差大臣曾纪泽，代表本国政府，在俄国都城圣彼得堡，与俄国外交大臣吉尔斯重新签订了震惊世界的《中俄伊犁条约》（又称《中俄改订条约》）。该条约虽未将崇厚原订之约全盘推翻，但总算争回了以前划失的伊犁南境特克斯河流域，把损失降到了最低点。这也是晚清历史上，最让国人扬眉吐气的一个条约。
左宗棠当即给刘锦棠书函一封，通报《中俄改订条约》的签订情况：“此次劼刚所议俄事尚无不协，画押后仍返英都，而令邵小村参赞持所议新约先归复命。”又说：“栽桑、种树、养蚕、学织、畜牧、沟洫，均新疆当务之急，各局司事务求晓事之人，明者自己鉴及。”
左宗棠人虽已到京师，最放心不下的还是新疆。左宗棠在善化会馆住了五日，感觉精神略可支持，这才依例移住贤良寺，安排进宫面圣的事。五月二十八日，左宗棠抱病随文武大臣进宫面圣。两宫太后照例是帘内端坐，前面坐着的是年仅十一岁的小皇帝光绪。
问话自然都是慈禧太后发起，不过是新疆以前怎么样，现在怎么样，一路是否还安静等话。左宗棠一一作答。
慈禧太后最后才道：“左宗棠啊，你在外面待久了，现在来到京城，每天上朝都要起得很早，你又有病，想必多有不便吧？”
左宗棠忙答道：“回太后话，臣自到陕甘，身体一直不怎么好，但每天只睡到五更必起床视事；大军出关以后，臣每日睡得更少，有时三更天起床，有时四更起床，那才真叫早啊！”
慈禧太后忙笑道：“你能这样就好。你很能办事，我们和皇上都知道，你跪安吧。”
左宗棠下来不久，圣旨便颁下：“大学士左宗棠，管理兵部事务，在军机大臣上行走，并在总理各国事务衙门行走。”
左宗棠接旨的当日就上折以“宿恙举发，手足拘急痛楚，头晕耳聋”为由，恳请开缺各差回籍养疾。上自然不准，但赏假三个月在京师调理。
左宗棠在贤良寺养病期间，大内总管、慈禧太后身边最得宠的太监李莲英，来看望他。
李莲英为了能给左宗棠留个好印象，特命人从江南运来野山茭一竹筐，又在京城命人精选上等红辣椒两串，作为给左宗棠的见面礼。
但左宗棠并没有见李莲英，他让身边的侍卫传话给李莲英：“老夫此次患的是羞症，不能见生人，更不能吃山茭和辣椒。李总管的心意老夫心领了。”
李莲英离去许久，左宗棠仍大骂阉奴不止。但李莲英毕竟不是安德海，他自有对付左宗棠的办法。
李莲英是直隶河间人，绰号皮硝李，咸丰时自阉为宦。李生来性狡黠，最会见风使舵，又梳得一手好发髻，颇得慈禧太后欢心。安德海被丁宝桢诛杀后，慈禧把他从梳头房太监拔擢为总管太监，渐渐开始红起来。他从此以后便仗着慈禧的后台，开始广植私党，卖官鬻爵，并时不时地在慈禧太后面前干预国政，竟能累累得逞，连恭亲王都要敬着他。
一日，李莲英看慈禧太后心情不是很好，便借机说道：“老佛爷，奴才听外面的人说，左宗棠自打进京，整日戴着个黑黑的洋玻璃镜子，逼着京官请他吃饭、看戏，还让人送银子给他花。奴才听了这话，私下就想，这姓左的，不是要辜负老佛爷对他的那片心吗？”
慈禧太后听了这话，当时一句话也没说，但私下里，却把恭亲王传进宫来，问道：“左宗棠究竟病得怎么样了？我听人说，他进京以后，一直戴着个黑黑的洋玻璃镜子，是不是真的呀？恭亲王啊，你有时间去劝劝他。京官非比外任，做事啊，不能太跋扈。他对大清的功劳，自己不说，朝廷都记着呐。”
恭亲王一时不知如何回答，只能连连称是。
三个月后，左宗棠病情虽见好转，但仍不能理事，奏请续假继续养病，上准。左宗棠养病期间，慈安太后因病殁于宫中。
同年五月十二日，左宗棠头晕减轻，自恃可以当差，遂销假到军机处当值。哪知当值的第二天，就奉命出都到涿州，沿永定河上下，察看水利工程，整整一月方还。
这是左宗棠自到京后首次办差，兴致颇高。回京不久，竟然就不顾年迈体衰，连上《前赴涿州履勘水利工程商定修浚事宜》和《复陈涿州工作已可就绪情形》二折，算是复命。
但两折递上后便没了下文，显然是遭了留中不发的命运。左宗棠纳罕了多日，却又不能问，真正把他急得不行。
还有一点也让左宗棠不解：每逢上朝，慈禧太后竟与以前大不相同，竟然不再给他好脸子，也不再向他问话、讨主意，分明是把他当成了一个闲臣、庸臣来对待。
左宗棠愈发不解，终于又一次病倒在贤良寺里。这一病，竟病到农历九月份，仍不见减轻；偏巧这时，两江总督刘坤一任满，上折奏请入京觐见。
慈禧太后于是就把恭亲王召进来，吩咐道：“左宗棠从打进京，就一直闹意气，许多大臣都对他有成见，他这京官是不能再做了。好在刘坤一任满，就把他放到两江去吧，顺便让他整理一下沿江防务，练练兵。”
恭亲王明知道这么做对左宗棠大是不公，但没敢反驳。
说起来，这都是阉奴的可恨，慈禧太后把左宗棠有病说成是闹意气。圣旨当晚便下到贤良寺：“大学士左宗棠，着补授两江总督，兼充办理南洋通商事务大臣。”
说也煞是作怪，圣旨到前，左宗棠尚头痛胸闷不止，接旨后，倒忽然有些轻松起来，当晚就睡得极其安稳；五日后，竟然能下床走路了。
左宗棠于是先上《病痊销假》一折，随后又上《恳赏假回籍省墓并查阅长江水师会商上游布置事宜》一折。折子递进宫去，慈禧太后冷笑了两声，提笔照准。在太后的心里，这左宗棠在京里闹意气，已是铁案如山了。这件事，不仅左宗棠蒙在鼓里，连恭亲王也始终蒙在鼓里。
事隔八天后，左宗棠陛辞出京，取道直隶、河南、湖北，过洞庭湖，顺利抵达一别二十一年的湘阴。
沿途自有各省督抚与当地地方官接送，次子孝宽率两个弟弟孝勋、孝同，亲到湖南省城长沙迎候。
一见到齐齐跪在自己面前的三个儿子，左宗棠一下子想起了长子孝威，眼里不由自主便流出泪来。
左宗棠此次荣归故里，虽是衣锦还乡，但内心的伤感却大于喜悦。昔时老友，如今只剩郭嵩焘一个，也是皓首银眉、满目沧桑。
郭嵩焘是大清国的第一位驻外公使，也是第一位受人弹劾最多的公使。他驻外不足一年，便被迫回国，退居故里，每日与青山绿水为伴。
一妻两妾原本是左宗棠的骄傲，如今只剩了一妾，却又有病在床多时，眼见也是去日无多了。一妾的寿材早已备好，左宗棠本人的寿材，也在他离开肃州前便已运了回来。
左宗棠省墓之后，没有在家多耽搁，便包租了一艘大商船，带上一家大小，赶往两江任所。湘阴的田产房屋等物，只委了几名下人照料。
左宗棠已到垂暮之年，他是应该好好享受一下天伦之乐了。郭嵩焘扶杖赶到码头为左宗棠一家送行。
左宗棠到江宁的当天就拜印视事。一个月后，又出省城到瓜州、扬州、清江、高邮等地阅兵，并查看南运河、淮河水利，提出“引淮归海”的治水方案。
光绪八年（公元1882年）四月十一日，左宗棠身体恢复如常，遂决定乘船东下，在镇江、常州、福山、苏州、太湖、吴淞等地，视察一下江海防务。
左宗棠的官船在通过上海租界时，各国军、商两界人物为睹左爵相风采，都持中国龙旗迎接，一时观者如堵。
六月初十，七十岁的左宗棠乘船到江北阅兵后，不期在南行途中旧病复发，且愈演愈烈，回省后不仅连连咯血，头目亦开始肿烂。
但他身躺在病榻之上，心却仍系新疆。他把文案传到床前，为刘锦棠口述一函，提出：“新疆改设行省，冀可长治久安，否则边地多于腹地，武官多于文官，转瞬不堪设想。文卿、和甫诸公只顾目前，敷衍完事，以无暇谋及久长。都中人士能深知此事原委者少，恐无复议论及之者矣。麾下所处颇难，唯有静听廷论一法，然随众画诺，却似不可。弟上年在枢垣，曾以伊犁复后必须置省，机不可失，为贤王诵之，不知仍能记忆否？遇有机会，或当补牍。”
刘锦棠接到左宗棠的书信不久，即向朝廷递上一折，提出新疆建省的具体方案。