左宗棠抱病带着刘锦棠、徐占彪等将领，乘轿来到嘉峪关内外视察，考察囤粮之所，然后才拔营向兰州回返。
刘锦棠、徐占彪各营留在肃州休整。左宗棠走一路，视察一路，病情竟然日见好转，随行人员莫不称奇。
到兰州后，左宗棠陆续收到杨昌浚、刘典、刘蓉等人的来信；来信无一例外全是对他拜相一事表示祝贺。这些信后，他又收到一些督抚发来的贺函。几年不与他通音信的曾国荃，也从湘乡发来了一信。
一见曾国荃的信到，左宗棠忽然想起曾国藩，心头就猛地一热。他含泪把信读完，决定最先给曾国荃回信。
当晚，左宗棠对香姑娘说道：“沅甫倒真讲信守。我不拜相，他便一个字不写给我；我当真拜了相，他便主动与我握手言和，还自称晚生！涤生拜相多年，我就从未自称过晚生，也真难为这个九帅了！涤生去后，沅甫一直在原籍赋闲。攻克江宁，沅甫是立有大功的，朝廷不该如此对待功臣。我当寻机奏明朝廷，敦促沅甫重新出山。沅甫好闹意气，但终不失为一代名臣。名臣赋闲，国家言何昌盛！”
这话说过不久，左宗棠果然拜折一篇，奏请起用曾国荃。
左宗棠的折子递进宫去，慈禧太后一览之下，仿佛这才想起大清国还有曾国荃这号人物，于是命军机处拟旨，先授曾国荃陕西巡抚，旋又改授河东河道总督。曾国荃于是得以重新出山。
同治十二年（公元1873年）底，左宗棠从实际出发，再上《官军出关宜分起行走并筹粮运事宜》一折。大军孤悬塞外，左宗棠采用的是次第出关的方略，以期更有把握。
折子拜发，考虑到陕甘累遭兵燹，乡试已中止多年，两省士子翘盼已久，遂又上折奏请，将原甘肃乡试与陕西合并，改为甘肃分闱乡试，并分设学政，每科取中名额由二十一名增至四十二名。
为不误乡试届期，左宗棠派人奔赴各省筹措款项，拟于来年开春在兰州建造贡院。旨准。
同治十三年（公元1874年）正月，照例，大清国每逢此时，正是衙门封印之时，不办公事，但左宗棠在这一个大年里却忙得不可开交。他百病缠身，自觉去日无多，又受皇恩深重，不敢心存懈怠，极想在有生之年，把自己想办的事、该办的事都办完，以报答破格的皇恩。他得知张曜大军已抵哈密的消息后，当即给张曜写信，提出屯田一说。
左宗棠函告张曜，哈密土地肥沃，五谷皆适合种植，气候也与内地差不多。哈密历经兵燹，荒地不少，可招募当地人种植，也可军垦，收获会很可观。左宗棠向张曜讲述了屯垦的四点好处：“各营勇丁吃官粮，做私粮，于正饷外，又得粮价，利一；官省转运费，利二；将来百姓归业，可免开荒之劳，利三；又军人习惯劳苦，打仗更力，且免久闲致生事端，容易生病，利四。”
给张曜的信刚刚发走，左宗棠又接福建船政大臣沈葆桢来函，言称已奏请朝廷，建议派出国留学生，除去英、法两国外，还可赴德国学习制造水雷、水器等技艺。
左宗棠接信大喜，马上致函总理衙门，对沈葆桢所议表示赞同。
函曰：“遣人赴泰西游历各处，借资学习，互相考证，精益求精，不致废弃。则彼之聪明有尽，我之神智日开，以防外侮，以利民用，绰有余裕矣。就此一节而论，沈议遣赴英、法，曾议遣赴花旗，窃竟既遣生徒赴西游学，则不必指定三处，尽可随时斟酌资遣。如布洛斯枪炮之制晚出最精，其国曾言彼中新制水雷足破轮船，如中国肯挑二十余人同往学习制造，则水雷、后膛螺丝开花大炮亦可于三年内学得。”
很快，朝廷又颁诏四海，实授景廉为乌鲁木齐都统、钦差大臣，督办新疆军务；金顺为帮办大臣。大清国武力收复新疆的序幕开始拉开。
左宗棠接诏大喜，尽管他对景廉的能力一直持怀疑态度，但不管怎么说，景廉毕竟是朝廷倚重的边务老臣，如今实授钦差，或许当真能扭转新疆的局面。
左宗棠一面派员出关向景廉赍送钦差大臣关防，一面檄饬各路粮台，加紧筹措饷粮，以利师行。
但岛国日本以琉球船员在台湾遇难为借口，突然发兵侵犯台湾一事，却打乱了大清国西征的部署。大清国朝廷不得不由专注新疆，转而兼顾起海防来，并由此引发了一场声势浩大的塞防与海防之争。武力收复新疆的脚步放慢了。
同治十三年（公元1874年）初，经过充分的准备，早已觊觎我国台湾的岛国日本，以琉球船员在台湾被当地人杀害为借口，悍然发动对台湾的战争，只用三昼夜便将台湾占领，其进军之速大出朝廷所料。日本此次虽只派兵三千，但船坚炮利，士兵手里的器械精良，极有战斗力。
这件事最后虽然仍然通过外交谈判得以解决，但大清国不仅允给日本恤银十万两，还对日本军队占据台湾期间所有修道、建房等件，偿银四十万两，并承认日本此次侵台是保民义举。日本侵台事件，无意中显示了日本海防的强大，也暴露了大清国海防的薄弱。
而就在总理衙门与日本反复交涉期间，左宗棠以饷源顿涸，奏请允借洋款三百万两，以支西征大局。又上《附陈开屯实在情形》及《嵩武军进驻哈密垦荒》二片。
日本侵台事件发生后，左宗棠又连续两次上书总理衙门，就总理衙门筹议海防一事，条陈自己的意见。
左宗棠指出：“此次倭奴窥犯台郡，西洋各国先未与闻，其竟以相告，示其无他，似近情理。然岛族性情贪诈傲狠，不可深信。倭人既舍其旧俗，变其衣冠，以从西人，西人安之素矣。谓此次阴助之者，仅花旗一起，未必尽然。”又说：“轮船已成十五号，洋防可固。更得劲卒万余，以次航海继进，陆路亦有把握。维此事肇端虽在一隅，而事体事关全局。”
很显然，左宗棠对日本之患还没有深刻的认识。而朝廷对左宗棠奏请借洋款以及上书总理衙门等事，均未给予答复。